X-Git-Url: https://git.donarmstrong.com/?a=blobdiff_plain;f=Makefile;h=7ab972e21982a37b132edd1114805fc2ecd898f3;hb=168ad095c3483f195ae3e404b3cd1fe949681909;hp=4f89dc1e47d80243d591ca67048d25ef6832e4f8;hpb=7eaf231bcd3c44fad56f8d7200e44a37ae453c88;p=samtools.git

diff --git a/Makefile b/Makefile
index 4f89dc1..7ab972e 100644
--- a/Makefile
+++ b/Makefile
@@ -1,5 +1,5 @@
 CC=			gcc
-CFLAGS=		-g -Wall #-O2 #-m64 #-arch ppc
+CFLAGS=		-g -Wall -O2 #-m64 #-arch ppc
 DFLAGS=		-D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1
 KNETFILE_O=	knetfile.o
 LOBJS=		bgzf.o kstring.o bam_aux.o bam.o bam_import.o sam.o bam_index.o	\
@@ -7,10 +7,10 @@ LOBJS=		bgzf.o kstring.o bam_aux.o bam.o bam_import.o sam.o bam_index.o	\
 			$(KNETFILE_O) bam_sort.o sam_header.o bam_reheader.o
 AOBJS=		bam_tview.o bam_maqcns.o bam_plcmd.o sam_view.o	\
 			bam_rmdup.o bam_rmdupse.o bam_mate.o bam_stat.o bam_color.o	\
-			bamtk.o kaln.o bam_mcns.o bam2bcf.o bcf.o
+			bamtk.o kaln.o kprobaln.o bam2bcf.o errmod.o sample.o
 PROG=		samtools
-INCLUDES=
-SUBDIRS=	. misc
+INCLUDES=	-I.
+SUBDIRS=	. bcftools misc
 LIBPATH=
 LIBCURSES=	-lcurses # -lXCurses
 
@@ -39,8 +39,8 @@ lib:libbam.a
 libbam.a:$(LOBJS)
 		$(AR) -cru $@ $(LOBJS)
 
-samtools:$(AOBJS) libbam.a
-		$(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(AOBJS) libbam.a -lm $(LIBPATH) $(LIBCURSES) -lz
+samtools:lib-recur $(AOBJS)
+		$(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(AOBJS) libbam.a -lm $(LIBPATH) $(LIBCURSES) -lz -Lbcftools -lbcf
 
 razip:razip.o razf.o $(KNETFILE_O)
 		$(CC) $(CFLAGS) -o $@ razf.o razip.o $(KNETFILE_O) -lz
@@ -53,17 +53,18 @@ bam.o:bam.h razf.h bam_endian.h kstring.h sam_header.h
 sam.o:sam.h bam.h
 bam_import.o:bam.h kseq.h khash.h razf.h
 bam_pileup.o:bam.h razf.h ksort.h
-bam_plcmd.o:bam.h faidx.h bam_maqcns.h glf.h bam_mcns.h bcf.h bam2bcf.h
+bam_plcmd.o:bam.h faidx.h bam_maqcns.h glf.h bcftools/bcf.h bam2bcf.h
 bam_index.o:bam.h khash.h ksort.h razf.h bam_endian.h
 bam_lpileup.o:bam.h ksort.h
 bam_tview.o:bam.h faidx.h bam_maqcns.h
-bam_maqcns.o:bam.h ksort.h bam_maqcns.h
+bam_maqcns.o:bam.h ksort.h bam_maqcns.h kaln.h
 bam_sort.o:bam.h ksort.h razf.h
 bam_md.o:bam.h faidx.h
 glf.o:glf.h
 sam_header.o:sam_header.h khash.h
-bcf.o:bcf.h
-bam2bcf.o:bam2bcf.h bcf.h
+bcf.o:bcftools/bcf.h
+bam2bcf.o:bam2bcf.h errmod.h bcftools/bcf.h
+errmod.o:errmod.h
 
 faidx.o:faidx.h razf.h khash.h
 faidx_main.o:faidx.h razf.h