X-Git-Url: https://git.donarmstrong.com/?a=blobdiff_plain;f=Makefile;h=77523d93a80f9f5fa0c984f1506f47e38cf413fa;hb=13f55c1789c59ae9a376ffa817e112b24be30069;hp=358120d97650b1391fc39c53ca448477e2d68da8;hpb=41775b6aea64786d78f680607eed41b5195fb92d;p=samtools.git

diff --git a/Makefile b/Makefile
index 358120d..77523d9 100644
--- a/Makefile
+++ b/Makefile
@@ -8,9 +8,9 @@ OBJS=		bam.o bam_import.o bam_pileup.o bam_lpileup.o bam_sort.o bam_index.o \
 			razf.o bgzf.o faidx.o bam_tview.o bam_maqcns.o bam_aux.o bam_plcmd.o \
 			bam_mate.o bam_rmdup.o glf.o bam_stat.o kstring.o bam_md.o sam.o sam_view.o \
 			bam_rmdupse.o
-PROG=		razip bgzip samtools
-INCLUDES=	-Izlib
-SUBDIRS=	zlib . misc
+PROG=		bgzip samtools
+INCLUDES=	
+SUBDIRS=	. misc
 
 .SUFFIXES:.c .o
 
@@ -36,13 +36,13 @@ libbam.a:$(OBJS)
 
 ### For ncurses: comment out `-lcurses' if you do not have ncurses installed
 samtools:lib bamtk.o
-		$(CC) $(CFLAGS) -o $@ bamtk.o -lm -L. -lbam -lcurses -Lzlib -lz
+		$(CC) $(CFLAGS) -o $@ bamtk.o -lm -L. -lbam -lcurses -lz
 
 razip:razip.o razf.o
-		$(CC) $(CFLAGS) -o $@ razf.o razip.o -Lzlib -lz
+		$(CC) $(CFLAGS) -o $@ razf.o razip.o -lz
 
 bgzip:bgzip.o bgzf.o
-		$(CC) $(CFLAGS) -o $@ bgzf.o bgzip.o -Lzlib -lz
+		$(CC) $(CFLAGS) -o $@ bgzf.o bgzip.o -lz
 
 razip.o:razf.h
 bam.o:bam.h razf.h bam_endian.h kstring.h
@@ -56,13 +56,12 @@ bam_tview.o:bam.h faidx.h bam_maqcns.h
 bam_maqcns.o:bam.h ksort.h bam_maqcns.h
 bam_sort.o:bam.h ksort.h razf.h
 bam_md.o:bam.h faidx.h
-razf.o:razf.h
 glf.o:glf.h
 
 faidx.o:faidx.h razf.h khash.h
 faidx_main.o:faidx.h razf.h
 
 cleanlocal:
-		rm -fr gmon.out *.o a.out *.dSYM $(PROG) *~ *.a
+		rm -fr gmon.out *.o a.out *.dSYM razip $(PROG) *~ *.a
 
 clean:cleanlocal-recur