X-Git-Url: https://git.donarmstrong.com/?a=blobdiff_plain;f=Makefile;h=0ab4498a10f81cfb4f0d677d393e354551b379b2;hb=6971381d1e639d69dd3d72f8f16e2726c95fd3e4;hp=246ac5cd329dba60aa9dcfc7552132c3fea8e430;hpb=87d9ea7a580d0d1a58b8f0dca3ba3528ca118e46;p=samtools.git

diff --git a/Makefile b/Makefile
index 246ac5c..0ab4498 100644
--- a/Makefile
+++ b/Makefile
@@ -1,9 +1,10 @@
 CC=			gcc
 CFLAGS=		-g -Wall -O2 #-m64 #-arch ppc
 DFLAGS=		-D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1
+KNETFILE_O=	knetfile.o
 LOBJS=		bgzf.o kstring.o bam_aux.o bam.o bam_import.o sam.o bam_index.o	\
-			bam_pileup.o bam_lpileup.o bam_md.o glf.o razf.o faidx.o knetfile.o	\
-			bam_sort.o sam_header.o
+			bam_pileup.o bam_lpileup.o bam_md.o glf.o razf.o faidx.o \
+			$(KNETFILE_O) bam_sort.o sam_header.o
 AOBJS=		bam_tview.o bam_maqcns.o bam_plcmd.o sam_view.o	\
 			bam_rmdup.o bam_rmdupse.o bam_mate.o bam_stat.o bam_color.o	\
 			bamtk.o kaln.o
@@ -30,19 +31,22 @@ all-recur lib-recur clean-recur cleanlocal-recur install-recur:
 
 all:$(PROG)
 
+.PHONY:all lib clean cleanlocal
+.PHONY:all-recur lib-recur clean-recur cleanlocal-recur install-recur
+
 lib:libbam.a
 
 libbam.a:$(LOBJS)
 		$(AR) -cru $@ $(LOBJS)
 
-samtools:lib $(AOBJS)
-		$(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(AOBJS) -lm $(LIBPATH) $(LIBCURSES) -lz -L. -lbam
+samtools:$(AOBJS) libbam.a
+		$(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(AOBJS) libbam.a -lm $(LIBPATH) $(LIBCURSES) -lz
 
-razip:razip.o razf.o
-		$(CC) $(CFLAGS) -o $@ razf.o razip.o -lz
+razip:razip.o razf.o $(KNETFILE_O)
+		$(CC) $(CFLAGS) -o $@ razf.o razip.o $(KNETFILE_O) -lz
 
-bgzip:bgzip.o bgzf.o
-		$(CC) $(CFLAGS) -o $@ bgzf.o bgzip.o -lz
+bgzip:bgzip.o bgzf.o $(KNETFILE_O)
+		$(CC) $(CFLAGS) -o $@ bgzf.o bgzip.o $(KNETFILE_O) -lz
 
 razip.o:razf.h
 bam.o:bam.h razf.h bam_endian.h kstring.h sam_header.h
@@ -63,6 +67,6 @@ faidx.o:faidx.h razf.h khash.h
 faidx_main.o:faidx.h razf.h
 
 cleanlocal:
-		rm -fr gmon.out *.o a.out *.dSYM razip $(PROG) *~ *.a
+		rm -fr gmon.out *.o a.out *.exe *.dSYM razip bgzip $(PROG) *~ *.a
 
 clean:cleanlocal-recur