]> git.donarmstrong.com Git - bamtools.git/blobdiff - src/api/BamWriter.h
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[bamtools.git] / src / api / BamWriter.h
index 56ac30142949c034c209b2e872e70aed9bebb3fa..5e8d21f22fd7a53151cf8366a5d7cd091bbfc5fc 100644 (file)
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 // BamWriter.h (c) 2009 Michael Str�mberg, Derek Barnett\r
 // Marth Lab, Department of Biology, Boston College\r
 // ---------------------------------------------------------------------------\r
-// Last modified: 4 March 2011 (DB)\r
+// Last modified: 5 October 2011 (DB)\r
 // ---------------------------------------------------------------------------\r
 // Provides the basic functionality for producing BAM files\r
 // ***************************************************************************\r
@@ -25,9 +25,11 @@ namespace Internal {
 \r
 class API_EXPORT BamWriter {\r
 \r
-    public: enum CompressionMode { Compressed = 0\r
-                                 , Uncompressed\r
-                                 };\r
+    // enums\r
+    public:\r
+        enum CompressionMode { Compressed = 0\r
+                             , Uncompressed\r
+                             };\r
 \r
     // ctor & dtor\r
     public:\r
@@ -38,6 +40,8 @@ class API_EXPORT BamWriter {
     public:\r
         //  closes the current BAM file\r
         void Close(void);\r
+        // returns a human-readable description of the last error that occurred\r
+        std::string GetErrorString(void) const;\r
         // returns true if BAM file is open for writing\r
         bool IsOpen(void) const;\r
         // opens a BAM file for writing\r
@@ -49,9 +53,9 @@ class API_EXPORT BamWriter {
                   const SamHeader& samHeader,\r
                   const RefVector& referenceSequences);\r
         // saves the alignment to the alignment archive\r
-        void SaveAlignment(const BamAlignment& alignment);\r
+        bool SaveAlignment(const BamAlignment& alignment);\r
         // sets the output compression mode\r
-        void SetCompressionMode(const CompressionMode& compressionMode);\r
+        void SetCompressionMode(const BamWriter::CompressionMode& compressionMode);\r
 \r
     // private implementation\r
     private:\r