CXXFLAGS= $(CFLAGS)
DFLAGS= -D_FILE_OFFSET_BITS=64
OBJS=
-PROG= md5sum-lite md5fa maq2sam-short maq2sam-long wgsim seqtk
+PROG= md5sum-lite md5fa maq2sam-short maq2sam-long ace2sam wgsim bamcheck
INCLUDES= -I..
SUBDIRS= .
lib:
-seqtk:seqtk.o
- $(CC) $(CFLAGS) -o $@ seqtk.o -lm -lz
+bamcheck:bamcheck.o
+ $(CC) $(CFLAGS) -o $@ bamcheck.o -lm -lz -L.. -lbam -lpthread
+
+bamcheck.o:bamcheck.c ../faidx.h ../khash.h ../sam.h ../razf.h
+ $(CC) $(CFLAGS) -c -I.. -o $@ bamcheck.c
+
+ace2sam:ace2sam.o
+ $(CC) $(CFLAGS) -o $@ ace2sam.o -lz
wgsim:wgsim.o
$(CC) $(CFLAGS) -o $@ wgsim.o -lm -lz
md5fa.o:md5.h md5fa.c
$(CC) $(CFLAGS) -c -I.. -o $@ md5fa.c
-seqtk.o:seqtk.c ../khash.h ../kseq.h
- $(CC) $(CFLAGS) -c -I.. -o $@ seqtk.c
-
wgsim.o:wgsim.c ../kseq.h
$(CC) $(CFLAGS) -c -I.. -o $@ wgsim.c
+ace2sam.o:ace2sam.c ../kstring.h ../kseq.h
+ $(CC) $(CFLAGS) -c -I.. -o $@ ace2sam.c
+
cleanlocal:
rm -fr gmon.out *.o a.out *.exe *.dSYM $(PROG) *~ *.a