CXXFLAGS= $(CFLAGS)
DFLAGS= #-D_FILE_OFFSET_BITS=64
OBJS=
-PROG= faidx md5sum-lite md5fa maq2sam-short maq2sam-long
-INCLUDES=
+PROG= faidx md5sum-lite md5fa maq2sam-short maq2sam-long wgsim
+INCLUDES= -I..
LIBS= -lm -lz
SUBDIRS= .
lib:
+wgsim:wgsim.o
+ $(CC) $(CFLAGS) -o $@ wgsim.o -lm
+
faidx:../faidx.c ../faidx.h
$(CC) $(CFLAGS) -D_NO_RAZF -DFAIDX_MAIN -o $@ ../faidx.c
md5fa:md5.o md5fa.o md5.h ../kseq.h
$(CC) $(CFLAGS) -o $@ md5.o md5fa.o -lz
-md5sum-lite:md5.c md5.h
- $(CC) $(CFLAGS) -DMD5SUM_MAIN -o $@ md5.c
+md5sum-lite:md5sum-lite.o
+ $(CC) $(CFLAGS) -o $@ md5sum-lite.o
+
+md5sum-lite.o:md5.c md5.h
+ $(CC) -c $(CFLAGS) -DMD5SUM_MAIN -o $@ md5.c
maq2sam-short:maq2sam.c
$(CC) $(CFLAGS) -o $@ maq2sam.c -lz