]> git.donarmstrong.com Git - ape.git/blobdiff - man/image.DNAbin.Rd
final update for ape 2.7-1
[ape.git] / man / image.DNAbin.Rd
index 7ad62df27d756f51086ca694071d6fe80c38738c..9bb04a11ed8042f16ae9202f53bc2fed0e7c2d68 100644 (file)
@@ -31,7 +31,7 @@
     \code{\link[graphics]{image.default}} (e.g., \code{cex.axis}).}
 }
 \details{
-  The idea of this function is to allow fleixble plotting and colouring
+  The idea of this function is to allow flexible plotting and colouring
   of a nucleotide alignment. By default, the most common bases (a, g, c,
   t, and n) and alignment gap are plotted using a standard colour
   scheme.
@@ -43,7 +43,8 @@
 }
 \author{Emmanuel Paradis}
 \seealso{
-  \code{\link{DNAbin}}, \code{\link{del.gaps}}, \code{\link{clustal}}
+  \code{\link{DNAbin}}, \code{\link{del.gaps}}, \code{\link{clustal}},
+  \code{\link[graphics]{grid}}
 }
 \examples{
 data(woodmouse)
@@ -57,6 +58,7 @@ for (x in c("a", "g", "c", "t"))
 par(mfcol = c(1, 1))
 ### zoom on a portion of the data:
 image(woodmouse[11:15, 1:50], c("a", "n"), c("blue", "grey"))
+grid(50, 5, col = "black")
 ### see the guanines on a black background:
 image(woodmouse, "g", "yellow", "black")
 }