$record->{ 'Q_SEQ_UNMAPPED' } = $record->{ 'FLAG' } & 0x0004;
$record->{ 'MATE_UNMAPPED' } = $record->{ 'FLAG' } & 0x0008;
- if ( $record->{ 'FLAG' } & 0x0010 ) {
- $record->{ 'STRAND' } = '+';
- } else {
+ if ( $record->{ 'FLAG' } & 0x0010 ) { # 0 for forward, 1 for reverse
$record->{ 'STRAND' } = '-';
+ } else {
+ $record->{ 'STRAND' } = '+';
}
$record->{ 'MATE_STRAND' } = $record->{ 'FLAG' } & 0x0020;