]> git.donarmstrong.com Git - biopieces.git/blobdiff - code_perl/Maasha/Biopieces.pm
fixed rename bug
[biopieces.git] / code_perl / Maasha / Biopieces.pm
index 5de534e7abe5af94c9aa9198e8908acccac186f9..6c38e430698324319052305b5c1c3afcf5fd84dc 100644 (file)
@@ -110,14 +110,8 @@ close $log_local;
 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> RUN SCRIPT <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 
 
-my $t0 = gettimeofday();
-
 run_script( $script );
 
-my $t1 = gettimeofday();
-
-print STDERR "Program: $script" . ( " " x ( 25 - length( $script ) ) ) . sprintf( "Run time: %.4f\n", ( $t1 - $t0 ) );
-
 
 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> SUBROUTINES <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 
@@ -158,7 +152,9 @@ sub run_script
 
     # Returns nothing.
 
-    my ( $options, $in, $out );
+    my ( $t0, $t1, $options, $in, $out );
+
+    $t0 = gettimeofday();
 
     $options = get_options( $script );
 
@@ -267,6 +263,10 @@ sub run_script
 
     close $in if defined $in;
     close $out;
+
+    $t1 = gettimeofday();
+
+    print STDERR "Program: $script" . ( " " x ( 25 - length( $script ) ) ) . sprintf( "Run time: %.4f\n", ( $t1 - $t0 ) ) if $options->{ 'verbose' };
 }
 
 
@@ -1426,7 +1426,7 @@ sub script_read_fixedstep
 {
     # Martin A. Hansen, Juli 2008.
 
-    # Read fixedStep wiggle format from stream or file.
+    # Read fixedstep wiggle format from stream or file.
 
     my ( $in,        # handle to in stream
          $out,       # handle to out stream
@@ -3105,7 +3105,7 @@ sub script_get_genome_phastcons
     $phastcons_file  = Maasha::Config::genome_phastcons( $options->{ "genome" } );
     $phastcons_index = Maasha::Config::genome_phastcons_index( $options->{ "genome" } );
 
-    $index           = Maasha::UCSC::phastcons_index_retrieve( $phastcons_index );
+    $index           = Maasha::UCSC::fixedstep_index_retrieve( $phastcons_index );
     $fh_phastcons    = Maasha::Common::read_open( $phastcons_file );
 
     if ( defined $options->{ "chr" } and defined $options->{ "beg" } and ( defined $options->{ "end" } or defined $options->{ "len" } ) )
@@ -3117,7 +3117,7 @@ sub script_get_genome_phastcons
             $options->{ "end" } = $options->{ "beg" } + $options->{ "len" } - 1;
         }
 
-        $scores = Maasha::UCSC::phastcons_index_lookup( $index, $fh_phastcons, $options->{ "chr" }, $options->{ "beg" }, $options->{ "end" }, $options->{ "flank" } );
+        $scores = Maasha::UCSC::fixedstep_index_lookup( $index, $fh_phastcons, $options->{ "chr" }, $options->{ "beg" }, $options->{ "end" }, $options->{ "flank" } );
 
         $record->{ "CHR" }       = $options->{ "chr" };
         $record->{ "CHR_BEG" }   = $options->{ "beg" } - $options->{ "flank" };
@@ -6452,7 +6452,7 @@ sub clean_tmp
 {
     # Martin A. Hansen, July 2008.
 
-    # Cleans out any unused temporary files and direcotries in BP_TMP.
+    # Cleans out any unused temporary files and directories in BP_TMP.
 
     # Returns nothing.
 
@@ -6482,7 +6482,7 @@ sub clean_tmp
                 elsif ( $pid == $curr_pid )
                 {
                     # print STDERR "Removing current dir: $dir\n";
-                    Maasha::Common::dir_remove( $dir );
+                    Maasha::Common::dir_remove( $dir );
                 }
             }
         }