fixed encoding bug in read_454

[biopieces.git] / bp_test / out / read_genbank.out.3

diff --git a/bp_test/out/read_genbank.out.3 b/bp_test/out/read_genbank.out.3
index 6c3def0eee3610bee6ebe1df4b6f98db22567cd9..2f8d235857bfd8239e71067ee0c721b1bc3dc50e 100644 (file)
--- a/bp_test/out/read_genbank.out.3
+++ b/bp_test/out/read_genbank.out.3
@@ -5,7 +5,8 @@ TRANSLATION: SSIYNGISTSGLDLNNGTIADMRQLGIVESYKLKRAVVSSASEAAEVLLRVDNIIRARPRTANRQHM
 FEATURE: CDS
 LOCATOR: <1..206
 ACCESSION: U49845
-SEQ: gatcctccatatacaacggtatctccacctcaggtttagatctcaacaacggaaccattgccgacatgagacagttaggtatcgtcgagagttacaagctaaaacgagcagtagtcagctctgcatctgaagccgctgaagttctactaagggtggataacatcatccgtgcaagaccaagaaccgccaatagacaacatatgta
+SEQ: gatcctccatatacaacggtatctccacctcaggtttagatctcaacaacggaaccattgccgacatgagacagttaggtatcgtcgagagttacaagctaaaacgagcagtagtcagctctgcatctgaagccgctgaagttctactaagggtggataacatcatccgtgcaagaccaagaaccgccaatagacaacatatgtaa
+SEQ_LEN: 206
 STRAND: +
 S_BEG: 0
 S_END: 205
@@ -20,7 +21,8 @@ TRANSLATION: MTQLQISLLLTATISLLHLVVATPYEAYPIGKQYPPVARVNESFTFQISNDTYKSSVDKTAQITYNC
 FEATURE: CDS
 LOCATOR: 687..3158
 ACCESSION: U49845
-SEQ: atgacacagcttcagatttcattattgctgacagctactatatcactactccatctagtagtggccacgccctatgaggcatatcctatcggaaaacaataccccccagtggcaagagtcaatgaatcgtttacatttcaaatttccaatgatacctataaatcgtctgtagacaagacagctcaaataacatacaattgcttcgacttaccgagctggctttcgtttgactctagttctagaacgttctcaggtgaaccttcttctgacttactatctgatgcgaacaccacgttgtatttcaatgtaatactcgagggtacggactctgccgacagcacgtctttgaacaatacataccaatttgttgttacaaaccgtccatccatctcgctatcgtcagatttcaatctattggcgttgttaaaaaactatggttatactaacggcaaaaacgctctgaaactagatcctaatgaagtcttcaacgtgacttttgaccgttcaatgttcactaacgaagaatccattgtgtcgtattacggacgttctcagttgtataatgcgccgttacccaattggctgttcttcgattctggcgagttgaagtttactgggacggcaccggtgataaactcggcgattgctccagaaacaagctacagttttgtcatcatcgctacagacattgaaggattttctgccgttgaggtagaattcgaattagtcatcggggctcaccagttaactacctctattcaaaatagtttgataatcaacgttactgacacaggtaacgtttcatatgacttacctctaaactatgtttatctcgatgacgatcctatttcttctgataaattgggttctataaacttattggatgctccagactgggtggcattagataatgctaccatttccgggtctgtcccagatgaattactcggtaagaactccaatcctgccaatttttctgtgtccatttatgatacttatggtgatgtgatttatttcaacttcgaagttgtctccacaacggatttgtttgccattagttctcttcccaatattaacgctacaaggggtgaatggttctcctactattttttgccttctcagtttacagactacgtgaatacaaacgtttcattagagtttactaattcaagccaagaccatgactgggtgaaattccaatcatctaatttaacattagctggagaagtgcccaagaatttcgacaagctttcattaggtttgaaagcgaaccaaggttcacaatctcaagagctatattttaacatcattggcatggattcaaagataactcactcaaaccacagtgcgaatgcaacgtccacaagaagttctcaccactccacctcaacaagttcttacacatcttctacttacactgcaaaaatttcttctacctccgctgctgctacttcttctgctccagcagcgctgccagcagccaataaaacttcatctcacaataaaaaagcagtagcaattgcgtgcggtgttgctatcccattaggcgttatcctagtagctctcatttgcttcctaatattctggagacgcagaagggaaaatccagacgatgaaaacttaccgcatgctattagtggacctgatttgaataatcctgcaaataaaccaaatcaagaaaacgctacacctttgaacaacccctttgatgatgatgcttcctcgtacgatgatacttcaatagcaagaagattggctgctttgaacactttgaaattggataaccactctgccactgaatctgatatttccagcgtggatgaaaagagagattctctatcaggtatgaatacatacaatgatcagttccaatcccaaagtaaagaagaattattagcaaaacccccagtacagcctccagagagcccgttctttgacccacagaataggtcttcttctgtgtatatggatagtgaaccagcagtaaataaatcctggcgatatactggcaacctgtcaccagtctctgatattgtcagagacagttacggatcacaaaaaactgttgatacagaaaaacttttcgatttagaagcaccagagaaggaaaaacgtacgtcaagggatgtcactatgtcttcactggacccttggaacagcaatattagcccttctcccgtaagaaaatcagtaacaccatcaccatataacgtaacgaagcatcgtaaccgccacttacaaaatattcaagactctcaaagcggtaaaaacggaatcactcccacaacaatgtcaacttcatcttctgacgattttgttccggttaaagatggtgaaaatttttgctgggtccatagcatggaaccagacagaagaccaagtaagaaaaggttagtagatttttcaaataagagtaatgtcaatgttggtcaagttaaggacattcacggacgcatcccagaaatgctgtg
+SEQ: atgacacagcttcagatttcattattgctgacagctactatatcactactccatctagtagtggccacgccctatgaggcatatcctatcggaaaacaataccccccagtggcaagagtcaatgaatcgtttacatttcaaatttccaatgatacctataaatcgtctgtagacaagacagctcaaataacatacaattgcttcgacttaccgagctggctttcgtttgactctagttctagaacgttctcaggtgaaccttcttctgacttactatctgatgcgaacaccacgttgtatttcaatgtaatactcgagggtacggactctgccgacagcacgtctttgaacaatacataccaatttgttgttacaaaccgtccatccatctcgctatcgtcagatttcaatctattggcgttgttaaaaaactatggttatactaacggcaaaaacgctctgaaactagatcctaatgaagtcttcaacgtgacttttgaccgttcaatgttcactaacgaagaatccattgtgtcgtattacggacgttctcagttgtataatgcgccgttacccaattggctgttcttcgattctggcgagttgaagtttactgggacggcaccggtgataaactcggcgattgctccagaaacaagctacagttttgtcatcatcgctacagacattgaaggattttctgccgttgaggtagaattcgaattagtcatcggggctcaccagttaactacctctattcaaaatagtttgataatcaacgttactgacacaggtaacgtttcatatgacttacctctaaactatgtttatctcgatgacgatcctatttcttctgataaattgggttctataaacttattggatgctccagactgggtggcattagataatgctaccatttccgggtctgtcccagatgaattactcggtaagaactccaatcctgccaatttttctgtgtccatttatgatacttatggtgatgtgatttatttcaacttcgaagttgtctccacaacggatttgtttgccattagttctcttcccaatattaacgctacaaggggtgaatggttctcctactattttttgccttctcagtttacagactacgtgaatacaaacgtttcattagagtttactaattcaagccaagaccatgactgggtgaaattccaatcatctaatttaacattagctggagaagtgcccaagaatttcgacaagctttcattaggtttgaaagcgaaccaaggttcacaatctcaagagctatattttaacatcattggcatggattcaaagataactcactcaaaccacagtgcgaatgcaacgtccacaagaagttctcaccactccacctcaacaagttcttacacatcttctacttacactgcaaaaatttcttctacctccgctgctgctacttcttctgctccagcagcgctgccagcagccaataaaacttcatctcacaataaaaaagcagtagcaattgcgtgcggtgttgctatcccattaggcgttatcctagtagctctcatttgcttcctaatattctggagacgcagaagggaaaatccagacgatgaaaacttaccgcatgctattagtggacctgatttgaataatcctgcaaataaaccaaatcaagaaaacgctacacctttgaacaacccctttgatgatgatgcttcctcgtacgatgatacttcaatagcaagaagattggctgctttgaacactttgaaattggataaccactctgccactgaatctgatatttccagcgtggatgaaaagagagattctctatcaggtatgaatacatacaatgatcagttccaatcccaaagtaaagaagaattattagcaaaacccccagtacagcctccagagagcccgttctttgacccacagaataggtcttcttctgtgtatatggatagtgaaccagcagtaaataaatcctggcgatatactggcaacctgtcaccagtctctgatattgtcagagacagttacggatcacaaaaaactgttgatacagaaaaacttttcgatttagaagcaccagagaaggaaaaacgtacgtcaagggatgtcactatgtcttcactggacccttggaacagcaatattagcccttctcccgtaagaaaatcagtaacaccatcaccatataacgtaacgaagcatcgtaaccgccacttacaaaatattcaagactctcaaagcggtaaaaacggaatcactcccacaacaatgtcaacttcatcttctgacgattttgttccggttaaagatggtgaaaatttttgctgggtccatagcatggaaccagacagaagaccaagtaagaaaaggttagtagatttttcaaataagagtaatgtcaatgttggtcaagttaaggacattcacggacgcatcccagaaatgctgtga
+SEQ_LEN: 2472
 STRAND: +
 S_BEG: 686
 S_END: 3157
@@ -33,7 +35,8 @@ TRANSLATION: MNRWVEKWLRVYLKCYINLILFYRNVYPPQSFDYTTYQSFNLPQFVPINRHPALIDYIEELILDVLS
 FEATURE: CDS
 LOCATOR: complement(3300..4037)
 ACCESSION: U49845
-SEQ: tgaatagatgggtagagaagtggctgagggtatacttaaaatgctacattaatttgattttattttatagaaatgtatacccacctcagtcattcgactacactacttaccagtcattcaacttgccgcagttcgttcccattaataggcatcctgctttaattgactatatagaagaacttatactggatgttctttctaaattaacgcacgtttacagattttccatctgcattattaataaaaagaacgatttatgcattgaaaaatacgttttagattttagtgaattacaacatgtggataaagacgatcagatcattacggaaactgaagtgttcgacgaattccgatcttccttaaatagtttgattatgcatttggagaaattacctaaagtcaacgatgacacaataacatttgaagcagttattaatgcgatcgaattggaactaggacataagttggacagaaacaggagggtcgatagtttggaggaaaaagcagaaattgaaagggattcaaactgggttaaatgtcaagaagatgaaaatttaccagacaataatggttttcaacctcctaaaataaaactcacttctttagtcggttctgacgtggggcctttgattattcatcagtttagtgaaaaattaatcagcggtgacgacaaaattttgaatggagtgtattctcaatatgaagagggcgagagcatttttggatctttgttttaa
+SEQ: atgaatagatgggtagagaagtggctgagggtatacttaaaatgctacattaatttgattttattttatagaaatgtatacccacctcagtcattcgactacactacttaccagtcattcaacttgccgcagttcgttcccattaataggcatcctgctttaattgactatatagaagaacttatactggatgttctttctaaattaacgcacgtttacagattttccatctgcattattaataaaaagaacgatttatgcattgaaaaatacgttttagattttagtgaattacaacatgtggataaagacgatcagatcattacggaaactgaagtgttcgacgaattccgatcttccttaaatagtttgattatgcatttggagaaattacctaaagtcaacgatgacacaataacatttgaagcagttattaatgcgatcgaattggaactaggacataagttggacagaaacaggagggtcgatagtttggaggaaaaagcagaaattgaaagggattcaaactgggttaaatgtcaagaagatgaaaatttaccagacaataatggttttcaacctcctaaaataaaactcacttctttagtcggttctgacgtggggcctttgattattcatcagtttagtgaaaaattaatcagcggtgacgacaaaattttgaatggagtgtattctcaatatgaagagggcgagagcatttttggatctttgttttaa
+SEQ_LEN: 738
 STRAND: -
 S_BEG: 3299
 S_END: 4036