]> git.donarmstrong.com Git - biopieces.git/blobdiff - bp_bin/read_2bit
refactoring of assemble_pairs
[biopieces.git] / bp_bin / read_2bit
index 25f0193ba82bdc4869bc4e66be9c0a119703fecb..7eebe05309df6b0d26004332d38e270b23f94cee 100755 (executable)
@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/env perl -w
+#!/usr/bin/env perl
 
 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
 
@@ -26,6 +26,7 @@
 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 
 
+use warnings;
 use strict;
 use Maasha::Biopieces;
 use Maasha::Filesys;
@@ -35,7 +36,7 @@ use Maasha::TwoBit;
 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 
 
-my ( $run_time_beg, $run_time_end, $options, $in, $out, $record, $file, $data_in, $mask, $toc, $line, $num );
+my ( $options, $in, $out, $record, $file, $data_in, $mask, $toc, $line, $num );
 
 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
     [
@@ -82,25 +83,22 @@ NUM:
 
 close $data_in if $data_in;
 
+Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
+Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
+
 
 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 
 
 BEGIN
 {
-    $run_time_beg = Maasha::Biopieces::run_time();
-
-    Maasha::Biopieces::log_biopiece();
+    Maasha::Biopieces::status_set();
 }
 
+
 END
 {
-    Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
-    Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
-
-    $run_time_end = Maasha::Biopieces::run_time();
-
-    Maasha::Biopieces::run_time_print( $run_time_beg, $run_time_end, $options );
+    Maasha::Biopieces::status_log();
 }