CC= gcc
-CFLAGS= -g -Wall -O2 #-fPIC #-m64 #-arch ppc
+CFLAGS= -g -Wall -O2 #-m64 #-arch ppc
DFLAGS= -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE
-LOBJS= bcf.o bcfutils.o prob1.o index.o
+LOBJS= bcf.o vcf.o bcfutils.o prob1.o em.o kfunc.o kmin.o index.o fet.o mut.o bcf2qcall.o
OMISC= ..
-AOBJS= vcfout.o main.o $(OMISC)/kstring.o $(OMISC)/bgzf.o $(OMISC)/knetfile.o
+AOBJS= call1.o main.o $(OMISC)/kstring.o $(OMISC)/bgzf.o $(OMISC)/knetfile.o $(OMISC)/bedidx.o
PROG= bcftools
-INCLUDES= -I..
+INCLUDES=
SUBDIRS= .
.SUFFIXES:.c .o
.c.o:
- $(CC) -c $(CFLAGS) $(DFLAGS) $(INCLUDES) $< -o $@
+ $(CC) -c $(CFLAGS) $(DFLAGS) -I.. $(INCLUDES) $< -o $@
all-recur lib-recur clean-recur cleanlocal-recur install-recur:
@target=`echo $@ | sed s/-recur//`; \
lib:libbcf.a
libbcf.a:$(LOBJS)
- $(AR) -cru $@ $(LOBJS)
+ $(AR) -csru $@ $(LOBJS)
bcftools:lib $(AOBJS)
- $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(AOBJS) -lm $(LIBPATH) -lz -L. -lbcf
+ $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(AOBJS) -L. $(LIBPATH) -lbcf -lm -lz -lpthread
bcf.o:bcf.h
+vcf.o:bcf.h
+index.o:bcf.h
+bcfutils.o:bcf.h
prob1.o:prob1.h bcf.h
-vcfout.o:bcf.h prob1.h
+call1.o:prob1.h bcf.h
+bcf2qcall.o:bcf.h
main.o:bcf.h
bcf.pdf:bcf.tex