if (tv->is_dot && toupper(c) == toupper(rb)) c = bam1_strand(p->b)? ',' : '.';
}
}
- } else c = '*';
+ } else c = p->is_refskip? (bam1_strand(p->b)? '<' : '>') : '*';
} else { // padding
if (j > p->indel) c = '*';
else { // insertion
{
tview_t *tv = (tview_t*)calloc(1, sizeof(tview_t));
tv->is_dot = 1;
- tv->idx = bam_index_load(fn);
- if (tv->idx == 0) exit(1);
tv->fp = bam_open(fn, "r");
bgzf_set_cache_size(tv->fp, 8 * 1024 *1024);
assert(tv->fp);
tv->header = bam_header_read(tv->fp);
+ tv->idx = bam_index_load(fn);
+ if (tv->idx == 0) exit(1);
tv->lplbuf = bam_lplbuf_init(tv_pl_func, tv);
if (fn_fa) tv->fai = fai_load(fn_fa);
tv->bmc = bam_maqcns_init();
} else if (c == KEY_ENTER || c == '\012' || c == '\015') {
int _tid = -1, _beg, _end;
if (str[0] == '=') {
- _beg = strtol(str+1, &p, 10);
+ _beg = strtol(str+1, &p, 10) - 1;
if (_beg > 0) {
*pos = _beg;
return;