]> git.donarmstrong.com Git - samtools.git/blobdiff - bam2bcf.h
fixed compilation error
[samtools.git] / bam2bcf.h
index b96488b1ee29ed90b99bdad59f11e941a4c14cb7..896108ac8a1f26bf4c67bb7694fd4f71da4658cd 100644 (file)
--- a/bam2bcf.h
+++ b/bam2bcf.h
@@ -2,7 +2,7 @@
 #define BAM2BCF_H
 
 #include <stdint.h>
-#include "bcf.h"
+#include "bcftools/bcf.h"
 
 struct __bcf_callaux_t;
 typedef struct __bcf_callaux_t bcf_callaux_t;
@@ -10,11 +10,11 @@ typedef struct __bcf_callaux_t bcf_callaux_t;
 typedef struct {
        int depth;
        uint64_t sum_Q2;
-       float p[16], esum[4];
+       float p[25], esum[5];
 } bcf_callret1_t;
 
 typedef struct {
-       int a[4]; // alleles: ref, alt, alt2, alt3
+       int a[5]; // alleles: ref, alt, alt2, alt3
        int n, n_alleles, shift, ori_ref, unseen;
        int depth, rmsQ;
        uint8_t *PL;