-CC= gcc
-CXX= g++
-CFLAGS= -Wall -O3
-CXXFLAGS= $(CFLAGS)
-DFLAGS= -D_IOLIB=2 #-D_NDEBUG
-OBJS= BamReader.o bgzf.o
-PROG= BamReaderTest
-INCLUDES=
-ARFLAGS= -crs
-LIBS= -lz
-SUBDIRS= .
-
-.SUFFIXES:.c .cpp .o
-
-.c.o:
- $(CC) -c $(CFLAGS) $(DFLAGS) $(INCLUDES) $< -o $@
-
-.cpp.o:
- $(CXX) -c $(CXXFLAGS) $(DFLAGS) $(INCLUDES) $< -o $@
-
-all: $(PROG) BamConversion
-
-lib:libbambc.a
-
-libbambc.a:$(OBJS)
- $(AR) $(ARFLAGS) $@ $(OBJS)
-
-BamReaderTest:lib BamReaderMain.o
- $(CXX) $(CXXFLAGS) -o $@ BamReaderMain.o $(LIBS) -L. -lbambc
-
-BamConversion: lib BamWriter.o BamConversionMain.o
- $(CXX) $(CXXFLAGS) -o $@ BamWriter.o BamConversionMain.o $(LIBS) -L. -lbambc
-
-clean:
- rm -fr gmon.out *.o *.a a.out $(PROG) BamConversion *~
+CXX= g++\r
+CXXFLAGS= -Wall -O3\r
+PROG= BamConversion BamDump BamTrim bamtools\r
+LIBS= -lz\r
+\r
+all: $(PROG)\r
+\r
+bamtools: BGZF.o BamReader.o BamWriter.o BamMultiReader.o bamtools.o\r
+ $(CXX) $(CXXFLAGS) -o $@ BGZF.o BamReader.o BamWriter.o BamMultiReader.o bamtools.o $(LIBS)\r
+\r
+BamConversion: BGZF.o BamReader.o BamWriter.o BamConversionMain.o\r
+ $(CXX) $(CXXFLAGS) -o $@ BGZF.o BamReader.o BamWriter.o BamConversionMain.o $(LIBS)\r
+\r
+BamDump: BGZF.o BamReader.o BamDumpMain.o\r
+ $(CXX) $(CXXFLAGS) -o $@ BGZF.o BamReader.o BamDumpMain.o $(LIBS)\r
+\r
+BamTrim: BGZF.o BamReader.o BamWriter.o BamTrimMain.o\r
+ $(CXX) $(CXXFLAGS) -o $@ BGZF.o BamReader.o BamWriter.o BamTrimMain.o $(LIBS)\r
+\r
+clean:\r
+ rm -fr gmon.out *.o *.a a.out *~ $(PROG)\r