CXX= g++\r
CXXFLAGS= -Wall -O3\r
-PROG= BamDump BamTrim\r
+PROG= BamConversion BamDump BamTrim bamtools\r
LIBS= -lz\r
\r
all: $(PROG)\r
\r
-BamDump: BamReader.o BamDumpMain.o\r
- $(CXX) $(CXXFLAGS) -o $@ BamReader.o BamDumpMain.o $(LIBS)\r
+bamtools: BGZF.o BamReader.o BamWriter.o BamMultiReader.o bamtools.o\r
+ $(CXX) $(CXXFLAGS) -o $@ BGZF.o BamReader.o BamWriter.o BamMultiReader.o bamtools.o $(LIBS)\r
\r
-BamTrim: BamReader.o BamWriter.o BamTrimMain.o\r
- $(CXX) $(CXXFLAGS) -o $@ BamReader.o BamWriter.o BamTrimMain.o $(LIBS)\r
+BamConversion: BGZF.o BamReader.o BamWriter.o BamConversionMain.o\r
+ $(CXX) $(CXXFLAGS) -o $@ BGZF.o BamReader.o BamWriter.o BamConversionMain.o $(LIBS)\r
+\r
+BamDump: BGZF.o BamReader.o BamDumpMain.o\r
+ $(CXX) $(CXXFLAGS) -o $@ BGZF.o BamReader.o BamDumpMain.o $(LIBS)\r
+\r
+BamTrim: BGZF.o BamReader.o BamWriter.o BamTrimMain.o\r
+ $(CXX) $(CXXFLAGS) -o $@ BGZF.o BamReader.o BamWriter.o BamTrimMain.o $(LIBS)\r
\r
clean:\r
- rm -fr gmon.out *.o *.a a.out *~\r
+ rm -fr gmon.out *.o *.a a.out *~ $(PROG)\r