CXX= g++\r
CXXFLAGS= -Wall -O3\r
-PROG= bamtools bamtools_test\r
-LIBS= -lz\r
-OBJS= BGZF.o BamReader.o BamWriter.o BamMultiReader.o bamtools.o
+PROG= bamtools\r
+API= BGZF.o BamReader.o BamWriter.o BamMultiReader.o
+UTILS= bamtools_options.o bamtools_utilities.o
+TOOLKIT= bamtools_convert.o bamtools_count.o bamtools_coverage.o bamtools_filter.o bamtools_header.o bamtools_index.o bamtools_merge.o bamtools_sam.o bamtools_sort.o bamtools_stats.o
+MAIN= bamtools.o
+OBJS= $(API) $(UTILS) $(TOOLKIT) $(MAIN)
+LIBS= -lz
\r
all: $(PROG)\r
\r