CC= gcc
-CFLAGS= -g -Wall -O2 #-m64 #-arch ppc
+CFLAGS= -g -Wall -O2
+#LDFLAGS= -Wl,-rpath,\$$ORIGIN/../lib
DFLAGS= -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE64_SOURCE -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1
KNETFILE_O= knetfile.o
LOBJS= bgzf.o kstring.o bam_aux.o bam.o bam_import.o sam.o bam_index.o \
bam_pileup.o bam_lpileup.o bam_md.o razf.o faidx.o bedidx.o \
$(KNETFILE_O) bam_sort.o sam_header.o bam_reheader.o kprobaln.o bam_cat.o
-AOBJS= bam_tview.o bam_plcmd.o sam_view.o \
- bam_rmdup.o bam_rmdupse.o bam_mate.o bam_stat.o bam_color.o \
+AOBJS= bam_tview.o bam_plcmd.o sam_view.o \
+ bam_rmdup.o bam_rmdupse.o bam_mate.o bam_stat.o bam_color.o \
bamtk.o kaln.o bam2bcf.o bam2bcf_indel.o errmod.o sample.o \
- cut_target.o phase.o bam2depth.o
+ cut_target.o phase.o bam2depth.o padding.o bedcov.o bamshuf.o
PROG= samtools
INCLUDES= -I.
SUBDIRS= . bcftools misc
LIBCURSES= -lcurses # -lXCurses
.SUFFIXES:.c .o
+.PHONY: all lib
.c.o:
$(CC) -c $(CFLAGS) $(DFLAGS) $(INCLUDES) $< -o $@
$(AR) -csru $@ $(LOBJS)
samtools:lib-recur $(AOBJS)
- $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(AOBJS) -Lbcftools $(LIBPATH) libbam.a -lbcf $(LIBCURSES) -lm -lz
+ $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(AOBJS) $(LDFLAGS) libbam.a -Lbcftools -lbcf $(LIBPATH) $(LIBCURSES) -lm -lz -lpthread
razip:razip.o razf.o $(KNETFILE_O)
$(CC) $(CFLAGS) -o $@ razf.o razip.o $(KNETFILE_O) -lz
bgzip:bgzip.o bgzf.o $(KNETFILE_O)
- $(CC) $(CFLAGS) -o $@ bgzf.o bgzip.o $(KNETFILE_O) -lz
+ $(CC) $(CFLAGS) -o $@ bgzf.o bgzip.o $(KNETFILE_O) -lz -lpthread
+
+bgzf.o:bgzf.c bgzf.h
+ $(CC) -c $(CFLAGS) $(DFLAGS) -DBGZF_CACHE $(INCLUDES) bgzf.c -o $@
razip.o:razf.h
bam.o:bam.h razf.h bam_endian.h kstring.h sam_header.h