CC= gcc
-CFLAGS= -g -Wall -O2 #-m64 #-arch ppc
-DFLAGS= -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1
+CFLAGS= -g -Wall -O2
+#LDFLAGS= -Wl,-rpath,\$$ORIGIN/../lib
+DFLAGS= -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE64_SOURCE -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1
+KNETFILE_O= knetfile.o
LOBJS= bgzf.o kstring.o bam_aux.o bam.o bam_import.o sam.o bam_index.o \
- bam_pileup.o bam_lpileup.o bam_md.o glf.o razf.o faidx.o knetfile.o \
- bam_sort.o sam_header.o
-AOBJS= bam_tview.o bam_maqcns.o bam_plcmd.o sam_view.o \
- bam_rmdup.o bam_rmdupse.o bam_mate.o bam_stat.o bam_color.o \
- bamtk.o kaln.o
+ bam_pileup.o bam_lpileup.o bam_md.o razf.o faidx.o bedidx.o \
+ $(KNETFILE_O) bam_sort.o sam_header.o bam_reheader.o kprobaln.o bam_cat.o
+AOBJS= bam_tview.o bam_plcmd.o sam_view.o \
+ bam_rmdup.o bam_rmdupse.o bam_mate.o bam_stat.o bam_color.o \
+ bamtk.o kaln.o bam2bcf.o bam2bcf_indel.o errmod.o sample.o \
+ cut_target.o phase.o bam2depth.o padding.o bedcov.o bamshuf.o
PROG= samtools
-INCLUDES=
-SUBDIRS= . misc
+INCLUDES= -I.
+SUBDIRS= . bcftools misc
LIBPATH=
LIBCURSES= -lcurses # -lXCurses
.SUFFIXES:.c .o
+.PHONY: all lib
.c.o:
$(CC) -c $(CFLAGS) $(DFLAGS) $(INCLUDES) $< -o $@
all:$(PROG)
+.PHONY:all lib clean cleanlocal
+.PHONY:all-recur lib-recur clean-recur cleanlocal-recur install-recur
+
lib:libbam.a
libbam.a:$(LOBJS)
- $(AR) -cru $@ $(LOBJS)
+ $(AR) -csru $@ $(LOBJS)
+
+samtools:lib-recur $(AOBJS)
+ $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(AOBJS) $(LDFLAGS) libbam.a -Lbcftools -lbcf $(LIBPATH) $(LIBCURSES) -lm -lz -lpthread
-samtools:lib $(AOBJS)
- $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(AOBJS) -lm $(LIBPATH) $(LIBCURSES) -lz -L. -lbam
+razip:razip.o razf.o $(KNETFILE_O)
+ $(CC) $(CFLAGS) -o $@ razf.o razip.o $(KNETFILE_O) -lz
-razip:razip.o razf.o knetfile.o
- $(CC) $(CFLAGS) -o $@ razf.o razip.o knetfile.o -lz
+bgzip:bgzip.o bgzf.o $(KNETFILE_O)
+ $(CC) $(CFLAGS) -o $@ bgzf.o bgzip.o $(KNETFILE_O) -lz -lpthread
-bgzip:bgzip.o bgzf.o
- $(CC) $(CFLAGS) -o $@ bgzf.o bgzip.o -lz
+bgzf.o:bgzf.c bgzf.h
+ $(CC) -c $(CFLAGS) $(DFLAGS) -DBGZF_CACHE $(INCLUDES) bgzf.c -o $@
razip.o:razf.h
bam.o:bam.h razf.h bam_endian.h kstring.h sam_header.h
sam.o:sam.h bam.h
bam_import.o:bam.h kseq.h khash.h razf.h
bam_pileup.o:bam.h razf.h ksort.h
-bam_plcmd.o:bam.h faidx.h bam_maqcns.h glf.h
+bam_plcmd.o:bam.h faidx.h bcftools/bcf.h bam2bcf.h
bam_index.o:bam.h khash.h ksort.h razf.h bam_endian.h
bam_lpileup.o:bam.h ksort.h
-bam_tview.o:bam.h faidx.h bam_maqcns.h
-bam_maqcns.o:bam.h ksort.h bam_maqcns.h
+bam_tview.o:bam.h faidx.h
bam_sort.o:bam.h ksort.h razf.h
bam_md.o:bam.h faidx.h
-glf.o:glf.h
sam_header.o:sam_header.h khash.h
+bcf.o:bcftools/bcf.h
+bam2bcf.o:bam2bcf.h errmod.h bcftools/bcf.h
+bam2bcf_indel.o:bam2bcf.h
+errmod.o:errmod.h
+phase.o:bam.h khash.h ksort.h
+bamtk.o:bam.h
faidx.o:faidx.h razf.h khash.h
faidx_main.o:faidx.h razf.h
+
+libbam.1.dylib-local:$(LOBJS)
+ libtool -dynamic $(LOBJS) -o libbam.1.dylib -lc -lz
+
+libbam.so.1-local:$(LOBJS)
+ $(CC) -shared -Wl,-soname,libbam.so -o libbam.so.1 $(LOBJS) -lc -lz
+
+dylib:
+ @$(MAKE) cleanlocal; \
+ case `uname` in \
+ Linux) $(MAKE) CFLAGS="$(CFLAGS) -fPIC" libbam.so.1-local;; \
+ Darwin) $(MAKE) CFLAGS="$(CFLAGS) -fPIC" libbam.1.dylib-local;; \
+ *) echo 'Unknown OS';; \
+ esac
+
+
cleanlocal:
- rm -fr gmon.out *.o a.out *.dSYM razip $(PROG) *~ *.a
+ rm -fr gmon.out *.o a.out *.exe *.dSYM razip bgzip $(PROG) *~ *.a *.so.* *.so *.dylib
clean:cleanlocal-recur