AOBJS= bam_tview.o bam_plcmd.o sam_view.o \
bam_rmdup.o bam_rmdupse.o bam_mate.o bam_stat.o bam_color.o \
bamtk.o kaln.o bam2bcf.o bam2bcf_indel.o errmod.o sample.o \
- cut_target.o phase.o bam2depth.o
+ cut_target.o phase.o bam2depth.o padding.o
PROG= samtools
INCLUDES= -I.
SUBDIRS= . bcftools misc
lib:libbam.a
libbam.a:$(LOBJS)
- $(AR) -cru $@ $(LOBJS)
+ $(AR) -csru $@ $(LOBJS)
samtools:lib-recur $(AOBJS)
$(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(AOBJS) -Lbcftools $(LIBPATH) libbam.a -lbcf $(LIBCURSES) -lm -lz