move bcftools to samtools

[samtools.git] / Makefile

diff --git a/Makefile b/Makefile
index 88d82178ed6b4a82b983091f97b51e2042d3f157..8a7418e3bcfd961c31810fee6faf86713a6433d6 100644 (file)
--- a/Makefile
+++ b/Makefile
@@ -7,10 +7,10 @@ LOBJS=                bgzf.o kstring.o bam_aux.o bam.o bam_import.o sam.o bam_index.o \
                        $(KNETFILE_O) bam_sort.o sam_header.o bam_reheader.o
 AOBJS=         bam_tview.o bam_maqcns.o bam_plcmd.o sam_view.o \
                        bam_rmdup.o bam_rmdupse.o bam_mate.o bam_stat.o bam_color.o     \
-                       bamtk.o kaln.o bam_mcns.o
+                       bamtk.o kaln.o bam_mcns.o bam2bcf.o
 PROG=          samtools
-INCLUDES=
-SUBDIRS=       . misc
+INCLUDES=      -Ibcftools
+SUBDIRS=       . bcftools misc
 LIBPATH=
 LIBCURSES=     -lcurses # -lXCurses
 
@@ -25,7 +25,7 @@ all-recur lib-recur clean-recur cleanlocal-recur install-recur:
                list='$(SUBDIRS)'; for subdir in $$list; do \
                        cd $$subdir; \
                        $(MAKE) CC="$(CC)" DFLAGS="$(DFLAGS)" CFLAGS="$(CFLAGS)" \
-                               INCLUDES="$(INCLUDES)" LIBPATH="$(LIBPATH)" $$target || exit 1; \
+                               LIBPATH="$(LIBPATH)" $$target || exit 1; \
                        cd $$wdir; \
                done;
 
@@ -39,8 +39,8 @@ lib:libbam.a
 libbam.a:$(LOBJS)
                $(AR) -cru $@ $(LOBJS)
 
-samtools:$(AOBJS) libbam.a
-               $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(AOBJS) libbam.a -lm $(LIBPATH) $(LIBCURSES) -lz
+samtools:lib-recur $(AOBJS)
+               $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(AOBJS) libbam.a -lm $(LIBPATH) $(LIBCURSES) -lz -Lbcftools -lbcf
 
 razip:razip.o razf.o $(KNETFILE_O)
                $(CC) $(CFLAGS) -o $@ razf.o razip.o $(KNETFILE_O) -lz
@@ -53,7 +53,7 @@ bam.o:bam.h razf.h bam_endian.h kstring.h sam_header.h
 sam.o:sam.h bam.h
 bam_import.o:bam.h kseq.h khash.h razf.h
 bam_pileup.o:bam.h razf.h ksort.h
-bam_plcmd.o:bam.h faidx.h bam_maqcns.h glf.h
+bam_plcmd.o:bam.h faidx.h bam_maqcns.h glf.h bam_mcns.h bcf.h bam2bcf.h
 bam_index.o:bam.h khash.h ksort.h razf.h bam_endian.h
 bam_lpileup.o:bam.h ksort.h
 bam_tview.o:bam.h faidx.h bam_maqcns.h
@@ -62,6 +62,8 @@ bam_sort.o:bam.h ksort.h razf.h
 bam_md.o:bam.h faidx.h
 glf.o:glf.h
 sam_header.o:sam_header.h khash.h
+bcf.o:bcf.h
+bam2bcf.o:bam2bcf.h bcf.h
 
 faidx.o:faidx.h razf.h khash.h
 faidx_main.o:faidx.h razf.h