added the phase command

[samtools.git] / Makefile

diff --git a/Makefile b/Makefile
index 13d4a7698e1ded63520b3c8c7a117a45d91af1a1..80f7a31b94f5d2a30909a0cac65a3db8c0f8462f 100644 (file)
--- a/Makefile
+++ b/Makefile
@@ -7,7 +7,8 @@ LOBJS=          bgzf.o kstring.o bam_aux.o bam.o bam_import.o sam.o bam_index.o \
                        $(KNETFILE_O) bam_sort.o sam_header.o bam_reheader.o kprobaln.o
 AOBJS=         bam_tview.o bam_maqcns.o bam_plcmd.o sam_view.o \
                        bam_rmdup.o bam_rmdupse.o bam_mate.o bam_stat.o bam_color.o     \
-                       bamtk.o kaln.o bam2bcf.o bam2bcf_indel.o errmod.o sample.o
+                       bamtk.o kaln.o bam2bcf.o bam2bcf_indel.o errmod.o sample.o \
+                       cut_target.o phase.o
 PROG=          samtools
 INCLUDES=      -I.
 SUBDIRS=       . bcftools misc
@@ -40,7 +41,7 @@ libbam.a:$(LOBJS)
                $(AR) -cru $@ $(LOBJS)
 
 samtools:lib-recur $(AOBJS)
-               $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(AOBJS) libbam.a -lm $(LIBPATH) $(LIBCURSES) -lz -Lbcftools -lbcf
+               $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(AOBJS) -Lbcftools $(LIBPATH) libbam.a -lbcf $(LIBCURSES) -lm -lz
 
 razip:razip.o razf.o $(KNETFILE_O)
                $(CC) $(CFLAGS) -o $@ razf.o razip.o $(KNETFILE_O) -lz
@@ -66,6 +67,7 @@ bcf.o:bcftools/bcf.h
 bam2bcf.o:bam2bcf.h errmod.h bcftools/bcf.h
 bam2bcf_indel.o:bam2bcf.h
 errmod.o:errmod.h
+phase.o:bam.h khash.h ksort.h
 
 faidx.o:faidx.h razf.h khash.h
 faidx_main.o:faidx.h razf.h