fixed a bug in realignment

[samtools.git] / Makefile

diff --git a/Makefile b/Makefile
index 6a15c284a90eae0632e9dfbc86c89ba08c7bb16b..77cda865c4b38df76fdafe338feae873dabde0e6 100644 (file)
--- a/Makefile
+++ b/Makefile
@@ -7,7 +7,7 @@ LOBJS=          bgzf.o kstring.o bam_aux.o bam.o bam_import.o sam.o bam_index.o \
                        $(KNETFILE_O) bam_sort.o sam_header.o bam_reheader.o
 AOBJS=         bam_tview.o bam_maqcns.o bam_plcmd.o sam_view.o \
                        bam_rmdup.o bam_rmdupse.o bam_mate.o bam_stat.o bam_color.o     \
-                       bamtk.o kaln.o bam2bcf.o errmod.o
+                       bamtk.o kaln.o bam2bcf.o errmod.o sample.o
 PROG=          samtools
 INCLUDES=      -I.
 SUBDIRS=       . bcftools misc
@@ -57,7 +57,7 @@ bam_plcmd.o:bam.h faidx.h bam_maqcns.h glf.h bcftools/bcf.h bam2bcf.h
 bam_index.o:bam.h khash.h ksort.h razf.h bam_endian.h
 bam_lpileup.o:bam.h ksort.h
 bam_tview.o:bam.h faidx.h bam_maqcns.h
-bam_maqcns.o:bam.h ksort.h bam_maqcns.h
+bam_maqcns.o:bam.h ksort.h bam_maqcns.h kaln.h
 bam_sort.o:bam.h ksort.h razf.h
 bam_md.o:bam.h faidx.h
 glf.o:glf.h