razf.o bgzf.o faidx.o bam_tview.o bam_maqcns.o bam_aux.o bam_plcmd.o \
bam_mate.o bam_rmdup.o glf.o bam_stat.o kstring.o bam_md.o sam.o sam_view.o \
bam_rmdupse.o
-PROG= razip bgzip samtools
-INCLUDES= -Izlib
-LIBS= -lm -Lzlib -lz
-SUBDIRS= zlib . misc
+PROG= bgzip samtools
+INCLUDES=
+SUBDIRS= . misc
.SUFFIXES:.c .o
wdir=`pwd`; \
list='$(SUBDIRS)'; for subdir in $$list; do \
cd $$subdir; \
- $(MAKE) -f Makefile CC="$(CC)" CXX="$(CXX)" DFLAGS="$(DFLAGS)" CFLAGS="$(CFLAGS)" \
- INCLUDES="$(INCLUDES)" LIBS="$(LIBS)" $$target || exit 1; \
+ $(MAKE) CC="$(CC)" DFLAGS="$(DFLAGS)" CFLAGS="$(CFLAGS)" \
+ INCLUDES="$(INCLUDES)" $$target || exit 1; \
cd $$wdir; \
done;
### For ncurses: comment out `-lcurses' if you do not have ncurses installed
samtools:lib bamtk.o
- $(CC) $(CFLAGS) -o $@ bamtk.o $(LIBS) -L. -lbam -lcurses
+ $(CC) $(CFLAGS) -o $@ bamtk.o -lm -L. -lbam -lcurses -lz
razip:razip.o razf.o
- $(CC) $(CFLAGS) -o $@ razf.o razip.o $(LIBS)
+ $(CC) $(CFLAGS) -o $@ razf.o razip.o -lz
bgzip:bgzip.o bgzf.o
- $(CC) $(CFLAGS) -o $@ bgzf.o bgzip.o $(LIBS)
+ $(CC) $(CFLAGS) -o $@ bgzf.o bgzip.o -lz
razip.o:razf.h
bam.o:bam.h razf.h bam_endian.h kstring.h
bam_maqcns.o:bam.h ksort.h bam_maqcns.h
bam_sort.o:bam.h ksort.h razf.h
bam_md.o:bam.h faidx.h
-razf.o:razf.h
glf.o:glf.h
faidx.o:faidx.h razf.h khash.h
faidx_main.o:faidx.h razf.h
cleanlocal:
- rm -fr gmon.out *.o a.out *.dSYM $(PROG) *~ *.a
+ rm -fr gmon.out *.o a.out *.dSYM razip $(PROG) *~ *.a
clean:cleanlocal-recur