CC= gcc
CFLAGS= -g -Wall -O2 #-m64 #-arch ppc
-DFLAGS= -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1
+DFLAGS= -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE64_SOURCE -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1
KNETFILE_O= knetfile.o
LOBJS= bgzf.o kstring.o bam_aux.o bam.o bam_import.o sam.o bam_index.o \
- bam_pileup.o bam_lpileup.o bam_md.o glf.o razf.o faidx.o \
- $(KNETFILE_O) bam_sort.o sam_header.o bam_reheader.o
+ bam_pileup.o bam_lpileup.o bam_md.o glf.o razf.o faidx.o bedidx.o \
+ $(KNETFILE_O) bam_sort.o sam_header.o bam_reheader.o kprobaln.o bam_cat.o
AOBJS= bam_tview.o bam_maqcns.o bam_plcmd.o sam_view.o \
bam_rmdup.o bam_rmdupse.o bam_mate.o bam_stat.o bam_color.o \
- bamtk.o kaln.o kprobaln.o bam2bcf.o bam2bcf_indel.o errmod.o sample.o
+ bamtk.o kaln.o bam2bcf.o bam2bcf_indel.o errmod.o sample.o \
+ cut_target.o phase.o bam2depth.o
PROG= samtools
INCLUDES= -I.
SUBDIRS= . bcftools misc
$(AR) -cru $@ $(LOBJS)
samtools:lib-recur $(AOBJS)
- $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(AOBJS) libbam.a -lm $(LIBPATH) $(LIBCURSES) -lz -Lbcftools -lbcf
+ $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(AOBJS) -Lbcftools $(LIBPATH) libbam.a -lbcf $(LIBCURSES) -lm -lz
razip:razip.o razf.o $(KNETFILE_O)
$(CC) $(CFLAGS) -o $@ razf.o razip.o $(KNETFILE_O) -lz
sam_header.o:sam_header.h khash.h
bcf.o:bcftools/bcf.h
bam2bcf.o:bam2bcf.h errmod.h bcftools/bcf.h
+bam2bcf_indel.o:bam2bcf.h
errmod.o:errmod.h
+phase.o:bam.h khash.h ksort.h
+bamtk.o:bam.h
faidx.o:faidx.h razf.h khash.h
faidx_main.o:faidx.h razf.h