CC= gcc
-CXX= g++
CFLAGS= -g -Wall -O2 #-m64 #-arch ppc
-CXXFLAGS= $(CFLAGS)
-DFLAGS= -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE #-D_NO_CURSES
+DFLAGS= -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1
LOBJS= bgzf.o kstring.o bam_aux.o bam.o bam_import.o sam.o bam_index.o \
bam_pileup.o bam_lpileup.o bam_md.o glf.o razf.o faidx.o knetfile.o \
bam_sort.o
bam_rmdup.o bam_rmdupse.o bam_mate.o bam_stat.o bam_color.o \
bamtk.o
PROG= samtools
-INCLUDES=
+INCLUDES=
SUBDIRS= . misc
-LIBPATH=
+LIBPATH=
+LIBCURSES= -lcurses # -lXCurses
.SUFFIXES:.c .o
libbam.a:$(LOBJS)
$(AR) -cru $@ $(LOBJS)
-### For the curses library: comment out `-lcurses' if you do not have curses installed
samtools:lib $(AOBJS)
- $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(AOBJS) $(LIBPATH) -lm -lcurses -lz -L. -lbam
+ $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(AOBJS) -lm $(LIBPATH) $(LIBCURSES) -lz -L. -lbam
razip:razip.o razf.o
$(CC) $(CFLAGS) -o $@ razf.o razip.o -lz