Put libraries at the end, so they can resolve references from libbam.a

[samtools.git] / Makefile

diff --git a/Makefile b/Makefile
index ad2cfb122502c5ac984f8ebfa16a56adc9056f73..2a7ab713d3c71a683fe792ca76bd45e865b99b87 100644 (file)
--- a/Makefile
+++ b/Makefile
@@ -1,5 +1,5 @@
 CC=                    gcc
-CFLAGS=                -g -Wall #-O2 #-m64 #-arch ppc
+CFLAGS=                -g -Wall -O2 #-m64 #-arch ppc
 DFLAGS=                -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1
 LOBJS=         bgzf.o kstring.o bam_aux.o bam.o bam_import.o sam.o bam_index.o \
                        bam_pileup.o bam_lpileup.o bam_md.o glf.o razf.o faidx.o knetfile.o     \
@@ -36,10 +36,10 @@ libbam.a:$(LOBJS)
                $(AR) -cru $@ $(LOBJS)
 
 samtools:lib $(AOBJS)
-               $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(AOBJS) -lm $(LIBPATH) $(LIBCURSES) -lz -L. -lbam
+               $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(AOBJS) libbam.a -lm $(LIBPATH) $(LIBCURSES) -lz
 
-razip:razip.o razf.o
-               $(CC) $(CFLAGS) -o $@ razf.o razip.o -lz
+razip:razip.o razf.o knetfile.o
+               $(CC) $(CFLAGS) -o $@ razf.o razip.o knetfile.o -lz
 
 bgzip:bgzip.o bgzf.o
                $(CC) $(CFLAGS) -o $@ bgzf.o bgzip.o -lz
@@ -63,6 +63,6 @@ faidx.o:faidx.h razf.h khash.h
 faidx_main.o:faidx.h razf.h
 
 cleanlocal:
-               rm -fr gmon.out *.o a.out *.dSYM razip $(PROG) *~ *.a
+               rm -fr gmon.out *.o a.out *.exe *.dSYM razip $(PROG) *~ *.a
 
 clean:cleanlocal-recur