DFLAGS= -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1
LOBJS= bgzf.o kstring.o bam_aux.o bam.o bam_import.o sam.o bam_index.o \
bam_pileup.o bam_lpileup.o bam_md.o glf.o razf.o faidx.o knetfile.o \
- bam_sort.o
+ bam_sort.o sam_header.o
AOBJS= bam_tview.o bam_maqcns.o bam_plcmd.o sam_view.o \
bam_rmdup.o bam_rmdupse.o bam_mate.o bam_stat.o bam_color.o \
bamtk.o kaln.o
$(AR) -cru $@ $(LOBJS)
samtools:lib $(AOBJS)
- $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(AOBJS) -lm $(LIBPATH) $(LIBCURSES) -lz -L. -lbam
+ $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(AOBJS) libbam.a -lm $(LIBPATH) $(LIBCURSES) -lz
-razip:razip.o razf.o
- $(CC) $(CFLAGS) -o $@ razf.o razip.o -lz
+razip:razip.o razf.o knetfile.o
+ $(CC) $(CFLAGS) -o $@ razf.o razip.o knetfile.o -lz
bgzip:bgzip.o bgzf.o
$(CC) $(CFLAGS) -o $@ bgzf.o bgzip.o -lz
razip.o:razf.h
-bam.o:bam.h razf.h bam_endian.h kstring.h
+bam.o:bam.h razf.h bam_endian.h kstring.h sam_header.h
sam.o:sam.h bam.h
bam_import.o:bam.h kseq.h khash.h razf.h
bam_pileup.o:bam.h razf.h ksort.h
bam_sort.o:bam.h ksort.h razf.h
bam_md.o:bam.h faidx.h
glf.o:glf.h
+sam_header.o:sam_header.h khash.h
faidx.o:faidx.h razf.h khash.h
faidx_main.o:faidx.h razf.h
cleanlocal:
- rm -fr gmon.out *.o a.out *.dSYM razip $(PROG) *~ *.a
+ rm -fr gmon.out *.o a.out *.exe *.dSYM razip $(PROG) *~ *.a
clean:cleanlocal-recur