CC= gcc
-CXX= g++
-CFLAGS= -g -Wall -O2 -m64 #-arch ppc
-CXXFLAGS= $(CFLAGS)
-DFLAGS= -D_IOLIB=2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 #-D_NO_RAZF #-D_NO_CURSES
-OBJS= bam.o bam_import.o bam_pileup.o bam_lpileup.o bam_sort.o bam_index.o \
- razf.o bgzf.o faidx.o bam_tview.o bam_maqcns.o bam_aux.o bam_plcmd.o \
- bam_mate.o bam_rmdup.o glf.o bam_stat.o
-PROG= razip bgzip samtools
-INCLUDES=
-LIBS= -lm -lz
+CFLAGS= -g -Wall -O2 #-m64 #-arch ppc
+DFLAGS= -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1
+LOBJS= bgzf.o kstring.o bam_aux.o bam.o bam_import.o sam.o bam_index.o \
+ bam_pileup.o bam_lpileup.o bam_md.o glf.o razf.o faidx.o knetfile.o \
+ bam_sort.o sam_header.o
+AOBJS= bam_tview.o bam_maqcns.o bam_plcmd.o sam_view.o \
+ bam_rmdup.o bam_rmdupse.o bam_mate.o bam_stat.o bam_color.o \
+ bamtk.o kaln.o
+PROG= samtools
+INCLUDES=
SUBDIRS= . misc
+LIBPATH=
+LIBCURSES= -lcurses # -lXCurses
.SUFFIXES:.c .o
wdir=`pwd`; \
list='$(SUBDIRS)'; for subdir in $$list; do \
cd $$subdir; \
- $(MAKE) CC="$(CC)" CXX="$(CXX)" DFLAGS="$(DFLAGS)" CFLAGS="$(CFLAGS)" \
- INCLUDES="$(INCLUDES)" LIBS="$(LIBS)" $$target || exit 1; \
+ $(MAKE) CC="$(CC)" DFLAGS="$(DFLAGS)" CFLAGS="$(CFLAGS)" \
+ INCLUDES="$(INCLUDES)" LIBPATH="$(LIBPATH)" $$target || exit 1; \
cd $$wdir; \
done;
lib:libbam.a
-libbam.a:$(OBJS)
- $(AR) -cru $@ $(OBJS)
+libbam.a:$(LOBJS)
+ $(AR) -cru $@ $(LOBJS)
-samtools:lib bamtk.o
- $(CC) $(CFLAGS) -o $@ bamtk.o $(LIBS) -L. -lbam -lcurses
+samtools:lib $(AOBJS)
+ $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(AOBJS) -lm $(LIBPATH) $(LIBCURSES) -lz -L. -lbam
razip:razip.o razf.o
- $(CC) $(CFLAGS) -o $@ razf.o razip.o $(LIBS)
+ $(CC) $(CFLAGS) -o $@ razf.o razip.o -lz
bgzip:bgzip.o bgzf.o
- $(CC) $(CFLAGS) -o $@ bgzf.o bgzip.o $(LIBS)
+ $(CC) $(CFLAGS) -o $@ bgzf.o bgzip.o -lz
razip.o:razf.h
-bam.o:bam.h razf.h bam_endian.h
+bam.o:bam.h razf.h bam_endian.h kstring.h sam_header.h
+sam.o:sam.h bam.h
bam_import.o:bam.h kseq.h khash.h razf.h
bam_pileup.o:bam.h razf.h ksort.h
bam_plcmd.o:bam.h faidx.h bam_maqcns.h glf.h
bam_tview.o:bam.h faidx.h bam_maqcns.h
bam_maqcns.o:bam.h ksort.h bam_maqcns.h
bam_sort.o:bam.h ksort.h razf.h
-razf.o:razf.h
+bam_md.o:bam.h faidx.h
glf.o:glf.h
+sam_header.o:sam_header.h khash.h
faidx.o:faidx.h razf.h khash.h
faidx_main.o:faidx.h razf.h
cleanlocal:
- rm -fr gmon.out *.o a.out *.dSYM $(PROG) *~ *.a
+ rm -fr gmon.out *.o a.out *.dSYM razip $(PROG) *~ *.a
clean:cleanlocal-recur