When -B is applied to mpileup, still use paired reads only unless -A is flagged.

[samtools.git] / Makefile

diff --git a/Makefile b/Makefile
index 3ff3272165c5e87e1bcda15bcade2baf100b53ad..13d4a7698e1ded63520b3c8c7a117a45d91af1a1 100644 (file)
--- a/Makefile
+++ b/Makefile
@@ -4,10 +4,10 @@ DFLAGS=               -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1
 KNETFILE_O=    knetfile.o
 LOBJS=         bgzf.o kstring.o bam_aux.o bam.o bam_import.o sam.o bam_index.o \
                        bam_pileup.o bam_lpileup.o bam_md.o glf.o razf.o faidx.o \
-                       $(KNETFILE_O) bam_sort.o sam_header.o bam_reheader.o
+                       $(KNETFILE_O) bam_sort.o sam_header.o bam_reheader.o kprobaln.o
 AOBJS=         bam_tview.o bam_maqcns.o bam_plcmd.o sam_view.o \
                        bam_rmdup.o bam_rmdupse.o bam_mate.o bam_stat.o bam_color.o     \
-                       bamtk.o kaln.o bam2bcf.o errmod.o sample.o
+                       bamtk.o kaln.o bam2bcf.o bam2bcf_indel.o errmod.o sample.o
 PROG=          samtools
 INCLUDES=      -I.
 SUBDIRS=       . bcftools misc
@@ -57,13 +57,14 @@ bam_plcmd.o:bam.h faidx.h bam_maqcns.h glf.h bcftools/bcf.h bam2bcf.h
 bam_index.o:bam.h khash.h ksort.h razf.h bam_endian.h
 bam_lpileup.o:bam.h ksort.h
 bam_tview.o:bam.h faidx.h bam_maqcns.h
-bam_maqcns.o:bam.h ksort.h bam_maqcns.h
+bam_maqcns.o:bam.h ksort.h bam_maqcns.h kaln.h
 bam_sort.o:bam.h ksort.h razf.h
 bam_md.o:bam.h faidx.h
 glf.o:glf.h
 sam_header.o:sam_header.h khash.h
 bcf.o:bcftools/bcf.h
 bam2bcf.o:bam2bcf.h errmod.h bcftools/bcf.h
+bam2bcf_indel.o:bam2bcf.h
 errmod.o:errmod.h
 
 faidx.o:faidx.h razf.h khash.h