KNETFILE_O= knetfile.o
LOBJS= bgzf.o kstring.o bam_aux.o bam.o bam_import.o sam.o bam_index.o \
bam_pileup.o bam_lpileup.o bam_md.o glf.o razf.o faidx.o \
- $(KNETFILE_O) bam_sort.o sam_header.o bam_reheader.o
+ $(KNETFILE_O) bam_sort.o sam_header.o bam_reheader.o kprobaln.o
AOBJS= bam_tview.o bam_maqcns.o bam_plcmd.o sam_view.o \
bam_rmdup.o bam_rmdupse.o bam_mate.o bam_stat.o bam_color.o \
- bamtk.o kaln.o bam_mcns.o bam2bcf.o
+ bamtk.o kaln.o bam2bcf.o bam2bcf_indel.o errmod.o sample.o
PROG= samtools
-INCLUDES= -Ibcftools
+INCLUDES= -I.
SUBDIRS= . bcftools misc
LIBPATH=
LIBCURSES= -lcurses # -lXCurses
list='$(SUBDIRS)'; for subdir in $$list; do \
cd $$subdir; \
$(MAKE) CC="$(CC)" DFLAGS="$(DFLAGS)" CFLAGS="$(CFLAGS)" \
- LIBPATH="$(LIBPATH)" $$target || exit 1; \
+ INCLUDES="$(INCLUDES)" LIBPATH="$(LIBPATH)" $$target || exit 1; \
cd $$wdir; \
done;
sam.o:sam.h bam.h
bam_import.o:bam.h kseq.h khash.h razf.h
bam_pileup.o:bam.h razf.h ksort.h
-bam_plcmd.o:bam.h faidx.h bam_maqcns.h glf.h bam_mcns.h bcf.h bam2bcf.h
+bam_plcmd.o:bam.h faidx.h bam_maqcns.h glf.h bcftools/bcf.h bam2bcf.h
bam_index.o:bam.h khash.h ksort.h razf.h bam_endian.h
bam_lpileup.o:bam.h ksort.h
bam_tview.o:bam.h faidx.h bam_maqcns.h
-bam_maqcns.o:bam.h ksort.h bam_maqcns.h
+bam_maqcns.o:bam.h ksort.h bam_maqcns.h kaln.h
bam_sort.o:bam.h ksort.h razf.h
bam_md.o:bam.h faidx.h
glf.o:glf.h
sam_header.o:sam_header.h khash.h
-bcf.o:bcf.h
-bam2bcf.o:bam2bcf.h bcf.h
+bcf.o:bcftools/bcf.h
+bam2bcf.o:bam2bcf.h errmod.h bcftools/bcf.h
+bam2bcf_indel.o:bam2bcf.h
+errmod.o:errmod.h
faidx.o:faidx.h razf.h khash.h
faidx_main.o:faidx.h razf.h