CC= gcc
CFLAGS= -g -Wall -O2 #-m64 #-arch ppc
DFLAGS= -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1
+KNETFILE_O= knetfile.o
LOBJS= bgzf.o kstring.o bam_aux.o bam.o bam_import.o sam.o bam_index.o \
- bam_pileup.o bam_lpileup.o bam_md.o glf.o razf.o faidx.o knetfile.o \
- bam_sort.o sam_header.o
+ bam_pileup.o bam_lpileup.o bam_md.o glf.o razf.o faidx.o \
+ $(KNETFILE_O) bam_sort.o sam_header.o
AOBJS= bam_tview.o bam_maqcns.o bam_plcmd.o sam_view.o \
bam_rmdup.o bam_rmdupse.o bam_mate.o bam_stat.o bam_color.o \
bamtk.o kaln.o
all:$(PROG)
+.PHONY:all lib clean cleanlocal
+.PHONY:all-recur lib-recur clean-recur cleanlocal-recur install-recur
+
lib:libbam.a
libbam.a:$(LOBJS)
$(AR) -cru $@ $(LOBJS)
-samtools:lib $(AOBJS)
- $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(AOBJS) -lm $(LIBPATH) $(LIBCURSES) -lz -L. -lbam
+samtools:$(AOBJS) libbam.a
+ $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(AOBJS) libbam.a -lm $(LIBPATH) $(LIBCURSES) -lz
-razip:razip.o razf.o knetfile.o
- $(CC) $(CFLAGS) -o $@ razf.o razip.o knetfile.o -lz
+razip:razip.o razf.o $(KNETFILE_O)
+ $(CC) $(CFLAGS) -o $@ razf.o razip.o $(KNETFILE_O) -lz
-bgzip:bgzip.o bgzf.o
- $(CC) $(CFLAGS) -o $@ bgzf.o bgzip.o -lz
+bgzip:bgzip.o bgzf.o $(KNETFILE_O)
+ $(CC) $(CFLAGS) -o $@ bgzf.o bgzip.o $(KNETFILE_O) -lz
razip.o:razf.h
bam.o:bam.h razf.h bam_endian.h kstring.h sam_header.h
faidx_main.o:faidx.h razf.h
cleanlocal:
- rm -fr gmon.out *.o a.out *.exe *.dSYM razip $(PROG) *~ *.a
+ rm -fr gmon.out *.o a.out *.exe *.dSYM razip bgzip $(PROG) *~ *.a
clean:cleanlocal-recur