]> git.donarmstrong.com Git - ape.git/blobdiff - ChangeLog
new image.DNAbin()
[ape.git] / ChangeLog
index c88556f37ac0c9cc7505097d2dba56924c785247..32f99c176f5c57989b540425499eea13c3700a6b 100644 (file)
--- a/ChangeLog
+++ b/ChangeLog
@@ -3,6 +3,9 @@
 
 NEW FEATURES
 
+    o There is a new image() method for "DNAbin" objects: it plots DNA
+      alignments in a flexible and efficient way.
+
     o base.freq() gains an option 'all' to count all the possible bases
       including the ambiguous ones (defaults to FALSE).
 
@@ -15,7 +18,12 @@ BUG FIXES
     o prop.part() failed in some situations with unrooted trees.
 
     o read.nexus() shuffled node labels when a TRANSLATE block was
-      present
+      present.
+
+    o varCompPhylip() did not work if 'exec' was specified.
+
+    o bind.tree() shuffled node labels when position > 0 and 'where'
+      was not the root.
 
 
 OTHER CHANGES
@@ -25,7 +33,7 @@ OTHER CHANGES
     o A number of functions in src/tree_build.c have been modified.
 
     o The matching representation has now only two columns as the third
-      column was repetitive.
+      column was redundant.