void setCandidate(Sequence*);
void setTemplate(Sequence*);
void setSearchParameters(string, float);
void setAlignmentParameters(string, Alignment*);
void setNastParameters(Nast);
void print();
void setCandidate(Sequence*);
void setTemplate(Sequence*);
void setSearchParameters(string, float);
void setAlignmentParameters(string, Alignment*);
void setNastParameters(Nast);
void print();