]> git.donarmstrong.com Git - neurodebian.git/blobdiff - artwork/brochure/brochure_debian-neurodebian.tex
A slight overhaul of the brochure -- nothing radical but at least it is up to date now
[neurodebian.git] / artwork / brochure / brochure_debian-neurodebian.tex
index b64fed5d63a502395253918f9381f284f1fa3937..ba199929386a07ec2d89b5b8e977b2437e79a959 100644 (file)
@@ -6,10 +6,14 @@
 \usepackage[landscape,margin=0.5cm]{geometry}
 \usepackage{color}
 \usepackage{flowfram}
 \usepackage[landscape,margin=0.5cm]{geometry}
 \usepackage{color}
 \usepackage{flowfram}
+%\usepackage{booktabs}           % for rules in tables
+\usepackage{tabularx}           % for column-width tables
+\usepackage[table]{xcolor}      % color control
+
 \usepackage[colorlinks]{hyperref}
 
 \usepackage{multicol}
 \usepackage[colorlinks]{hyperref}
 
 \usepackage{multicol}
-\setlength{\columnseprule}{1pt} % for visible divider
+%\setlength{\columnseprule}{1pt} % for visible divider
 \setlength{\columnsep}{1cm}
 
 \usepackage{graphicx}
 \setlength{\columnsep}{1cm}
 
 \usepackage{graphicx}
 }
 
 \usepackage{enumitem}           % useful for control of listings
 }
 
 \usepackage{enumitem}           % useful for control of listings
+\usepackage[compact,raggedright]{titlesec}
+\usepackage{comment}
+
+\newcommand{\epigraph}[3]{\textit{#1}\linebreak \vspace{-1.5em} \begin{flushright}\hspace{5em}\ --\ #2\linebreak\small{#3} \end{flushright}}
 
 \pagestyle{empty}
 
 \pagestyle{empty}
+\parindent=0pt
+
+% Attempts to change bg color of *section headings
+%\definecolor{secbgcol}{rgb}{0.9, 0.85, 0.85}
+%\titleformat{\section}
+%{\color{red}\normalfont\Large\bfseries}{\ndsection}{1em}{}
+%\titleformat{\subsection}
+%{\color{red}\normalfont\large\bfseries}{\begin{flushright}\hfill\thesubsection
+%  \end{flushright}}{1em}{}
+%
+%\usepackage{pstricks}
+
+% To create tables within multicols
+\makeatletter
+\newenvironment{ndtable}
+  {\def\@captype{table}}
+  {}
+
+
+\newcommand{\ndheading}[3]{%
+\vspace{0.5em}
+\begin{ndtable}%
+\rowcolors[\hline]{1}{#2}{} \arrayrulecolor{#3}
+\begin{tabularx}{\columnwidth}{>{\centering\arraybackslash}X}\vspace{-.5em}\normalfont\large\bfseries
+  #1\vspace{0.05em}\\\end{tabularx}
+\end{ndtable}
+\vspace{-.5em}
+}
+
+\definecolor{secfgcol}{RGB}{215, 6, 83}
+\definecolor{secbgcol}{RGB}{255, 241, 248}
+\newcommand{\ndsection}[1]{\ndheading{#1}{secbgcol}{secfgcol}}
+\newcommand{\ndsubsection}[1]{\ndheading{#1}{secbgcol}{secfgcol}}
+
+
 \begin{document}
 
 %%
 \begin{document}
 
 %%
 %%
 \begin{multicols}{3}    % 3 columns
 
 %%
 \begin{multicols}{3}    % 3 columns
 
+\section*{The Universal Operating System}
 \begin{center}
 \noindent
 \includegraphics[width=0.5\columnwidth]{openlogo}
 \begin{center}
 \noindent
 \includegraphics[width=0.5\columnwidth]{openlogo}
+%\includegraphics[width=0.5\columnwidth]{openlogo-vsop}
 
 \url{http://www.debian.org}
 
 \url{http://www.debian.org}
-\section*{Debian GNU/Linux}
-\subsection*{The Universal Operating System}
+%\ndsection{Debian GNU/Linux}
+
+% \hrule
 \end{center}
 \end{center}
+\vspace{-1em}
+
+\ndsection{Debian}
+
+was founded by Ian Murdock in August 1993 with the goal
+to create an easy-to-install and maintain non-commercial GNU/Linux
+operating system that would be able to compete in the
+commercial market.  Since then, Debian established itself as an
+independent and unique project driven by more than 3000
+enthusiastic contributors all around the globe.
+Principles of \mbox{\emph{do-ocracy}} and democracy backed up by evolving transparent
+standards allowed Debian to deliver the most comprehensive operating system -- not
+only by amount of integrated software, but also by
+number of the supported hardware architectures.
+% Current installer of Debian has been translated more that to 60 languages.
+% (12 ???  officially supported architectures).
+% Well appreciated
+The high quality and openness of Debian made it the foundation of choice for
+more than 120 derivative GNU/Linux distributions, such as Ubuntu and
+Mint.
+
+\ndsubsection{Debian is}
+\begin{description}[nolistsep,leftmargin=0.8em]
+\item[V\textnormal{ersatile}]\hfill\url{http://packages.debian.org}\\
+  Over 15000 software packages maintained by experts to provide
+  a stable system for \textit{any} field of application.
+\item[S\textnormal{ecure}]\hfill\url{http://www.debian.org/security}\\
+  Security updates guarantee safe operation.
+%\item[S]table
+% \item[S\textnormal{imple}]\blank\\
+%   Single command is enough to install or upgrade single
+%   software or the entire system at once
+\item[O\textnormal{pen}]\hfill\url{http://www.debian.org/social_contract}\\
+  All software is free and open-source (FOSS).\\
+  Debian is governed by public democratic processes.
+\item[P\textnormal{opular}]\hfill\url{http://www.debian.org/users}\\
+  Used by governments, companies, educational institutions.
+\end{description}
+
+\begin{comment}
+Original: Very Special Old Pale
+
+Could also stand for
+Very (Special|Stable) Operating Platform
+\end{comment}
+
+%\ndsection{Understand Debian}
+\columnbreak
+\ndsubsection{Three Debian suites}
+
+% Debian distribution comes in 3 major flavors
+
+\begin{description}[nolistsep,leftmargin=1pc,topsep=0em]
+
+%\item[Unstable] \emph{Constantly changing distribution}\\
+\item[Development]\hfill\emph{Unstable} (always \emph{sid})\\
+  Never \emph{released}, constantly evolving platform to integrate new
+  versions of software into Debian.\\
+  %entry point for the software to appear in Debian.\\
+  Despite its name, \emph{Unstable} is a good platform for those
+  requiring the most recent versions of software.
+
+%\item[Testing] \emph{Constantly changing future release candidate}\\
+\item[``Always-ready-to-release'']\hfill\emph{Testing} (now \emph{wheezy})\\
+%  What to become a next \emph{Stable} release candidate.\\
+  Software versions known to be secure and of good quality.
+%  Software migrated from \emph{Unstable} which is known to be of good
+%  quality.  Immediate updates are provided only
+%  to assure secure and robust performance. \\
+  \emph{Testing} provides a good balance between stability and recency
+  of software.
+
+%\item[Stable] \emph{Official release}\\
+\item[Official release]\hfill\emph{Stable} (now \emph{squeeze})\\
+  % Software verified to be well tested and secure,
+  % Very stable (hence the name) and secure
+  % but might be lacking the most recent versions.\\% of the software.\\
+  % of not the most recent versions. \\
+  \emph{Stable} is released ``when it is ready'', \emph{i.e.} when
+  \emph{Testing} is assured to be robust. %, on average bi-yearly.
+  Complementary updates keep the
+  system secure. \\
+  \emph{Stable} is the best choice where stability and security are of
+  primary importance.
+\end{description}
+
+\begin{comment}
+\ndsubsection{It has names}
+
+The code names of Debian releases are names of characters from the Toy
+Story animation, e.g. sid, squeeze, lenny.  \emph{Unstable}
+flavor always called \emph{sid}, while a new name chosen for every
+upcoming release and assigned to \emph{Testing} to become a code name
+of the release when it becomes \emph{Stable}.\\  At the moment
+\emph{squeeze} is \emph{Testing}, and \emph{lenny} is \emph{Stable}.
+As soon as \emph{squeeze} gets released, \emph{Testing} will be given
+a new name -- \emph{wheezy}.
+\end{comment}
+
+\ndsubsection{Three Debian components}
+
+% Debian distribution comes in 3 major flavors
+%Debian Free Software Guidelines (DFSG)\\
+%\url{http://www.debian.org/social_contract}
+
+\begin{description}[nolistsep,leftmargin=1pc,topsep=0em]
+\item[Free as in freedom]\hfill\emph{main}\\
+  % This is the actual Debian with full support.\\
+  All software in \emph{main} is distributed under FOSS licenses
+  compliant with Debian Free Software Guidelines (DFSG) to assure
+  complete freedom to use, modify, and (re-)distribute.
+\item[Wanna-be free]\hfill\emph{contrib}\\
+  FOSS depending on \emph{non-free} 3rd party software.
+%  Software which, despite being free itself, depends on
+%  \emph{non-free} 3rd party software, rendering it useless without
+\item[Somewhat free]\hfill\emph{non-free}\\
+  Software under restrictive licenses available at no charge.
+ % removing some freedoms
+ % (\emph{e.g.} non-commercial use only), but which is allowed to be
+ % used for free and re-distributed (\emph{e.g. NVidia drivers})
+\end{description}
+
+
+\ndsubsection{Who is Debian}
+% could be simply 'Debian People' or 'Debian Community'
+
+Debian is the only major operating system developed
+solely by volunteer individuals who collaborate via the Internet.
+Debian developers, teams or individual contributors improve the operating
+system not by writing new applications (in most cases), but by
+\begin{itemize}[nolistsep,topsep=0em,leftmargin=1pc]
+\item integrating existing software into Debian
+\item fixing and communicating bug reports to original developers
+\item assuring overall quality of the distribution
+\item improving documentation and translations
+\item providing user support
+\end{itemize}
+
+Packaged software in Debian have individual maintainers who are
+often also users of a particular software, and who are therefore interested in its
+reliable operation. Certain fields of applications have dedicated maintainer
+teams, such as Debian-Science or Debian-Med.
+
+%\columnbreak
+\ndsubsection{How to get Debian}
+
+%\subsubsection*{Stable}
+\begin{description}[nolistsep,leftmargin=1pc,style=nextline]
+\item[Install on a hard-drive] \url{http://www.debian.org/distrib/}
+\item[Live CD/DVD] \url{http://www.debian.org/CD/live/}
+\item[Run in a Virtual Machine] \url{http://neuro.debian.net/vm.html}
+\item[Development version] \url{http://www.debian.org/devel/debian-installer}
+\end{description}
+
+% \ndsubsection{Get \emph{Testing/Unstable} Debian}
+%
+% Install on a hard-drive or in a Virtual Machine\\
+% \url{http://www.debian.org/devel/debian-installer}
+%
+
+\ndsubsection{How to install software}
+
+GUI (Synaptic): \textit{Select and click ``Apply''}\\
+\includegraphics[width=\columnwidth]{shots/synaptic-fslview}
+
+Command line: \texttt{apt-get install <packagename>}
+
+
 
 
-\section*{Reasons to choose Debian}
+\ndsubsection{How to upgrade the entire system}
+
+GUI (Synaptic):
+
+\quad\textit{Click ``Mark All Upgrades'', ``Apply''}\\
+Command line:
+
+\quad\texttt{apt-get update; apt-get dist-upgrade}
+
+\ndsubsection{How to get support}
+
+\begin{description}[nolistsep,leftmargin=1pc,style=nextline]
+\item[Overview]
+\url{http://www.debian.org/support}
+
+%\item[GUI]
+%  Use \emph{Synaptic Package Manager}
+\item[Software bug]
+  \texttt{reportbug <packagename>}
+\item[Community support]
+  %\begin{description}[nolistsep,leftmargin=1pc]
+  %\item[Mailing lists] 
+  \url{http://www.debian.org/MailingLists}\\
+  \url{http://forums.debian.net}\\
+  \url{http://ask.debian.net}\\
+  \url{irc://irc.debian.org/debian}
+  %\end{description}
+\item[Commercial support]
+  \url{http://www.debian.org/consultants}
+\end{description}
+
+\begin{comment}
+\ndsection{Reasons to choose Debian}
 \paragraph{It is maintained by its users}
 \paragraph{It is maintained by its users}
+
 If something needs to be fixed or improved, we just do it.
 
 \paragraph{Unparalleled support}
 If something needs to be fixed or improved, we just do it.
 
 \paragraph{Unparalleled support}
@@ -119,8 +366,8 @@ to submit bug reports and are notified when and why the bug was closed. This
 system allows Debian to respond to problems quickly and honestly.
 
 
 system allows Debian to respond to problems quickly and honestly.
 
 
-
-\section*{Acknowledgements}
+\ndsection{Acknowledgements}
+\end{comment}
 
 \end{multicols}
 
 
 \end{multicols}
 
@@ -131,84 +378,187 @@ system allows Debian to respond to problems quickly and honestly.
 %%
 \begin{multicols}{3}    % 3 columns
 
 %%
 \begin{multicols}{3}    % 3 columns
 
+\section*{The Universal Research Platform}
 \begin{center}
 \begin{center}
-\noindent
-\vspace{-3em}
 \includegraphics[width=\columnwidth]{logo_tuned/label}
 \includegraphics[width=\columnwidth]{logo_tuned/label}
-
 \url{http://neuro.debian.net}
 \url{http://neuro.debian.net}
-\section*{NeuroDebian Project}
-\subsection*{The Universal Research Environment}
+%\ndsection{NeuroDebian Project:}
+% \hrule
+\end{center}
 
 
+\ndsection{NeuroDebian is}
+
+a Debian project that provides the Neuroscience community with a
+stable and versatile research platform -- the Debian operating system.
+Since 2005, \mbox{NeuroDebian} integrates neuroscience software into Debian
+to allow neuroscientists to benefit from the advantages of
+the universal operating system in their day-to-day research activities.
+The NeuroDebian repository
+(\url{http://neuro.debian.net}) offers the latest research software for
+all Debian suites (and various releases of Ubuntu).
+The combination of a stable generic
+operating system, Debian, and a variety of conveniently accessible research
+software creates a versatile research platform for neuroscience that offers the
+latest methodologies of the field to everyone, for free.
+These advantages make NeuroDebian increasingly popular among
+neuroscientists and scientific software developers.
+
+\vspace{2em}
+
+\ndsubsection{NeuroDebian is NOT}
+
+yet another Debian GNU/Linux derivative distribution.  All work done
+by the NeuroDebian project targets the official Debian operating system. This
+approach helps to increase the longevity of the project by relying on the
+efforts of thousands of Debian contributors.
+
+\vspace{3em}
+\columnbreak
+
+\ndsubsection{Software at your fingertips}
+\begin{flushright}
+\vspace{-1em}
+\url{http://neuro.debian.net/pkgs.html}
+\end{flushright}
+\textit{Distributed computing:} Condor \\
+\textit{Electrophysiology:} BioSig, EEGLAB, Sigviewer, \ldots\\
+\textit{Machine Learning:} MDP, PyMVPA, sklearn, \ldots\\
+\textit{Neural Modeling:} Brian, PyNN, \ldots\\
+\textit{Imaging:} AFNI, FSL, Mricron, NiPy, SPM, \ldots\\
+\textit{Psychophysics:} PsychoPy, Psychtoolbox, \ldots\\
+\vspace{-0.8em}
+
+% TODO: Environments... -- list avail cloud env using NeuroDebian
+
+\ndsubsection{Benefits from Debian integration}
+
+\begin{itemize}[nolistsep,leftmargin=1pc]
+
+% rephrase to outline the benefit, not burden
+\item Debian standards and policies guarantee quality and robustness.
+
+\item Debian's centralized bug tracking system provides a unified
+  single-point of entry for bug reporting and troubleshooting
+  for any software in Debian.
+
+\item Debian makes software available through a world-wide distribution
+  network, thus offloading bandwidth demands.
+
+\item Other Debian contributors handle large-scale aspects of
+  deployment, quality assurance, porting and integration at the level
+  of the entire distribution:
+
+\begin{description}[nolistsep,leftmargin=1pc]
+\item[Porting] Software sources get built for 11 hardware
+  architectures and 3 kernels (Linux, HURD, kFreeBSD). Porter teams
+  maintain build infrastructure and help make the code
+  platform-agnostic.
+\item[QA] Whole-archive rebuilds assure robustness of packaging and
+  warn about upcoming problems (core libraries upgrades) beforehand.
+\item[Internationalization (I18n)] Translator teams help localize
+  software for more than 60 languages.
+\end{description}
 
 
-\end{center}
+\item Neuroscience software becomes a 1st-class citizen within the
+  Debian project, which guarantees its longevity, smooth installation
+  and upgrades.
 
 
-\section*{What is NeuroDebian}
+%\item Participation in the Debian community helps to assure Debian's
+%  aptness for the neuroscientific software demands
 
 
-\section*{What is in NeuroDebian}
+\end{itemize}
 
 
-Icons for FSL, Caret, AFNI, etc
 
 
 %\columnbreak
 
 
 
 %\columnbreak
 
-\section*{How to get NeuroDebian}
+\ndsubsection{How to get NeuroDebian}
 
 
-\begin{itemize}
-\item Debian/Ubuntu -- Repository
-\item Others -- Virtual Appliance
-\end{itemize}
+\textit{Debian/Ubuntu:} \url{neuro.debian.net} repository \\
+\textit{Others:} NeuroDebian Virtual Machine
 
 
-\section*{Developers oriented information}
+% Here place a left-top corner of OSX with seamless mode
+\vspace{3mm}
+\includegraphics[width=\columnwidth]{../shots/mac_vm_mricron}
 
 
-buga dugabuga dugabuga dugabuga dugabuga dugabuga dugabuga dugabuga dugabuga dugabuga dugabuga dugabuga dugabuga dugabuga dugabuga dugabuga dugabuga dugabuga dugabuga dugabuga dugabuga duga
-sdflkj
-slkdjf
+\begin{comment}
+\ndsubsection{Developers oriented information}
 
 %\columnbreak
 
 
 %\columnbreak
 
-\section*{Who is using NeuroDebian}
+\ndsubsection{Who is using NeuroDebian}
 
 \noindent
 %\includegraphics[width=\columnwidth]{usage_worldmap}
 
 buga dugabuga dugabuga dugabuga dugabuga dugabuga dugabuga dugabuga dugabuga dugabuga dugabuga dugabuga dugabuga dugabuga dugabuga dugabuga dugabuga dugabuga dugabuga dugabuga dugabuga duga
 
 \noindent
 %\includegraphics[width=\columnwidth]{usage_worldmap}
 
 buga dugabuga dugabuga dugabuga dugabuga dugabuga dugabuga dugabuga dugabuga dugabuga dugabuga dugabuga dugabuga dugabuga dugabuga dugabuga dugabuga dugabuga dugabuga dugabuga dugabuga duga
+\end{comment}
+
+
+\def\blank{\hspace{0em}\vspace{-1em}}
+\columnbreak
+
+\ndsubsection{Work-in-progress}
+\begin{description}[nolistsep,leftmargin=1pc,style=nextline]
+\item[Increased coverage]
+\textit{Electrophysiology:} Fieldtrip, \ldots \\
+\textit{Neural Modeling:} NEURON, (NEST) \\
+\textit{Imaging:} DTI-TK, Freesurfer, XNAT, \ldots
+% \epigraph{Having FreeSurfer integrated into the Debian operating system by the NeuroDebian team would have enormous benefits for us, and for the thousands of users of FreeSurfer across the world.}{Prof. Bruce Fischl}{Director, Computational Core at Martinos Center at Massachusetts General Hospital, Charlestown, Massachusetts, USA}
+\item[Improved quality assurance]
+  Extended integration and regression testing
+\item[Available snapshotting service]
+  % Entire NeuroDebian repository for any given past moment
+  All versions of packages readily available
+\item[Data as the 1st-class citizen]
+  \url{http://neuro.debian.net/datasets.html}
+% yoh: see TODO above -- we can say that it is available already
+%\item[Universal availability]
+%  % \begin{itemize}[nolistsep,leftmargin=1pc,topsep=0em]
+%  % \item Virtual Appliance enhancements
+%  %\item
+%  Cloud computing
+%  %\end{itemize}
+\end{description}
 
 
 
 
-\section*{Future\ldots}
-
-\begin{description}[leftmargin=1em]
-
-\item[Wider coverage]:\\
-  BioSig, NEURON, FreeSurfer, etc.
-
-\item[Assured interoperability]:\\
-  Intergration- and regression- testing
-
-\item[Snapshotting]
-
-\item[Data as 1st class citizen]
-
-\item[Universal Availability]:\\
-  \begin{itemize}
-  \item New versions of Virtual Appliance
-  \item Cloud computing images
-  \end{itemize}
+\ndsubsection{Testimonials}
+\begin{flushright}
+\vspace{-0.5em}
+\url{http://neuro.debian.net/testimonials.html}
+\vspace{-0.5em}
+\end{flushright}
 
 
-\end{description}
+% TODO  yoh: This one remains the best summary IMHO.  But may be
+% we would just kick this section out an place Testimonials into References
+\epigraph{The approach taken with NeuroDebian is plainly the most appropriate
+approach to software distribution for the dominant platform in brain
+image analysis, and I have great confidence that this project will be
+a major asset to the neuroscience community in facilitating the
+distribution of stable software, improving the reliability and
+replicability of analyses, and in helping to improve software
+development practices.}{Prof. Daniel Y. Kimberg}{Director, Data
+Processing Facility, Center for Functional Neuroimaging, University of
+Pennsylvania, Philadelphia, USA}
 
 
+\ndsubsection{Acknowledgements}
 
 
-\section*{Endorsements}
+NeuroDebian is grateful to all Debian developers and contributors for
+developing the Debian operating system, to
+\href{http://www.incf.org}{INCF} for the support in community outreach
+and technical collaborations, and to
+Prof. \href{http://haxbylab.dartmouth.edu}{James V. Haxby}
+(\href{http://www.dartmouth.edu/~psych}{PBS Department, Dartmouth
+  College}) for his continued support and endless supply of Italian
+espresso (\url{http://neuro.debian.net/coffeeart.html}).
 
 
-some quotes from letters of support
 
 
+\ndsubsection{References}
 
 
-\section*{Acknowledgements}
+Halchenko, Y. O. \& Hanke, M. (2012). \href{http://www.frontiersin.org/Neuroinformatics/10.3389/fninf.2012.00022/full}{Open is not enough. Let’s take the next step: An integrated, community-driven computing platform for neuroscience}. Frontiers in Neuroinformatics, 6:22.
 
 
-We are grateful to all Debian developers and contributors for the
-development of Debian OS, and to Prof. Jim Haxby (PBS Department,
-Dartmouth College) for his continued support and endless supply of
-Italian espresso.
+% TODO: adjust for the new layout
+\url{http://neuro.debian.net/#publications}
 
 %\columnbreak
 \end{multicols}
 
 %\columnbreak
 \end{multicols}