-CXX= g++
-CFLAGS= -g -Wall -O2 -m64 #-arch ppc
-CXXFLAGS= $(CFLAGS)
-DFLAGS= -D_IOLIB=2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 #-D_NO_RAZF #-D_NO_CURSES
-OBJS= bam.o bam_import.o bam_pileup.o bam_lpileup.o bam_sort.o bam_index.o \
- razf.o bgzf.o faidx.o bam_tview.o bam_maqcns.o bam_aux.o bam_plcmd.o \
- bam_mate.o bam_rmdup.o glf.o bam_stat.o kstring.o bam_md.o
-PROG= razip bgzip samtools
-INCLUDES=
-LIBS= -lm -lz
-SUBDIRS= . misc
+CFLAGS= -g -Wall -O2 #-m64 #-arch ppc
+DFLAGS= -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE64_SOURCE -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1
+KNETFILE_O= knetfile.o
+LOBJS= bgzf.o kstring.o bam_aux.o bam.o bam_import.o sam.o bam_index.o \
+ bam_pileup.o bam_lpileup.o bam_md.o razf.o faidx.o bedidx.o \
+ $(KNETFILE_O) bam_sort.o sam_header.o bam_reheader.o kprobaln.o bam_cat.o
+AOBJS= bam_tview.o bam_plcmd.o sam_view.o \
+ bam_rmdup.o bam_rmdupse.o bam_mate.o bam_stat.o bam_color.o \
+ bamtk.o kaln.o bam2bcf.o bam2bcf_indel.o errmod.o sample.o \
+ cut_target.o phase.o bam2depth.o padding.o
+PROG= samtools
+INCLUDES= -I.
+SUBDIRS= . bcftools misc
+LIBPATH=
+LIBCURSES= -lcurses # -lXCurses