- bam_pileup.o bam_lpileup.o bam_md.o glf.o razf.o faidx.o
-AOBJS= bam_sort.o bam_tview.o bam_maqcns.o bam_plcmd.o sam_view.o \
- bam_rmdup.o bam_rmdupse.o bam_mate.o bam_stat.o bam_color.o \
- bamtk.o
-PROG= samtools bgzip
-INCLUDES=
-SUBDIRS= . misc
+ bam_pileup.o bam_lpileup.o bam_md.o razf.o faidx.o bedidx.o \
+ $(KNETFILE_O) bam_sort.o sam_header.o bam_reheader.o kprobaln.o bam_cat.o
+AOBJS= bam_tview.o bam_plcmd.o sam_view.o \
+ bam_rmdup.o bam_rmdupse.o bam_mate.o bam_stat.o bam_color.o \
+ bamtk.o kaln.o bam2bcf.o bam2bcf_indel.o errmod.o sample.o \
+ cut_target.o phase.o bam2depth.o padding.o
+PROG= samtools
+INCLUDES= -I.
+SUBDIRS= . bcftools misc
+LIBPATH=
+LIBCURSES= -lcurses # -lXCurses