CXX=		g++
CXXFLAGS=	-Wall -O3
PROG= 		BamConversion BamDump BamTrim bamtools
LIBS=		-lz

all: $(PROG)

bamtools: BGZF.o BamReader.o BamWriter.o BamMultiReader.o bamtools.o
	$(CXX) $(CXXFLAGS) -o $@ BGZF.o BamReader.o BamWriter.o BamMultiReader.o bamtools.o $(LIBS)

BamConversion:  BGZF.o BamReader.o BamWriter.o BamConversionMain.o
	$(CXX) $(CXXFLAGS) -o $@  BGZF.o BamReader.o BamWriter.o BamConversionMain.o $(LIBS)

BamDump:  BGZF.o BamReader.o BamDumpMain.o
	$(CXX) $(CXXFLAGS) -o $@  BGZF.o BamReader.o BamDumpMain.o $(LIBS)

BamTrim:  BGZF.o BamReader.o BamWriter.o BamTrimMain.o
	$(CXX) $(CXXFLAGS) -o $@  BGZF.o BamReader.o BamWriter.o BamTrimMain.o $(LIBS)

clean:
	rm -fr gmon.out *.o *.a a.out *~ $(PROG)