www/index.cgi

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2006-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 use strict;
  24 use warnings;
  25
  26 use lib $ENV{ 'BP_PERL' };
  27
  28 use CGI;
  29 use URI::Escape;
  30 use Data::Dumper;
  31 use Digest::MD5;
  32 use Maasha::Common;
  33 use Maasha::Filesys;
  34 use Maasha::Calc;
  35 use Maasha::XHTML;
  36 use Maasha::BGB::Session;
  37 use Maasha::BGB::Track;
  38 use Maasha::BGB::Draw;
  39
  40 my ( $cgi, $cookie, @html );
  41
  42 $cgi    = new CGI;
  43 $cookie = cookie_default( $cgi );;
  44
  45 push @html, Maasha::XHTML::html_header(
  46     cgi_header  => 1,
  47     title       => 'Biopieces Genome Browser',
  48     css_file    => 'bgb.css',
  49     author      => 'Martin A. Hansen, mail@maasha.dk',
  50     description => 'Biopieces Genome Browser',
  51     keywords    => [ qw( Biopieces biopiece genome browser viewer bacterium bacteria prokaryote prokaryotes ) ],
  52     no_cache    => 1,
  53 );
  54
  55 push @html, Maasha::XHTML::h1( txt => "Biopieces Genome Browser", class => 'center' );
  56 push @html, Maasha::XHTML::form_beg( action => $cookie->{ 'SCRIPT' }, method => "post", enctype => "multipart/form-data" );
  57
  58 push @html, page( $cookie );
  59
  60 push @html, Maasha::XHTML::form_end;
  61 push @html, Maasha::XHTML::body_end;
  62 push @html, Maasha::XHTML::html_end;
  63
  64 # push @html, Maasha::XHTML::hdump( [ $cgi->Vars ] );  # DEBUG
  65 # push @html, Maasha::XHTML::hdump( \%ENV );           # DEBUG
  66 # push @html, Maasha::XHTML::hdump( $cookie );         # DEBUG
  67
  68 print "$_\n" foreach @html;
  69
  70
  71 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> SUBROUTINES <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  72
  73
  74 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> COOKIE <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  75
  76
  77 sub cookie_default
  78 {
  79     # Martin A. Hansen, November 2009.
  80
  81     # Set a cookie with values from the CGI object or defaults.
  82
  83     my ( $cgi,   # CGI object
  84        ) = @_;
  85
  86     # Returns a hash.
  87
  88     my ( $cookie );
  89
  90     $cookie = {};
  91
  92     if ( $cgi->param( 'nav_search' ) )
  93     {
  94         if ( $cgi->param( 'nav_search' ) =~ /([0-9,]+)[ -]([0-9,]+)/ )
  95         {
  96             $cookie->{ 'NAV_START' } = $1;
  97             $cookie->{ 'NAV_END' }   = $2;
  98         }
  99         else
 100         {
 101             $cookie->{ 'SEARCH' } = $cgi->param( 'nav_search' );
 102
 103             $cgi->param( 'page', 'search' );
 104         }
 105     }
 106
 107     $cookie->{ 'SCRIPT' }          = Maasha::Common::get_scriptname();
 108     $cookie->{ 'DATA_DIR' }        = "Data";
 109     $cookie->{ 'SESSION_DIR' }     = "Sessions";
 110     $cookie->{ 'LIST_PAGES' }      = [ qw( clade genome assembly contig browse ) ];
 111
 112     $cookie->{ 'USER' }            = $cgi->param( 'user' ) || '';
 113     $cookie->{ 'PASSWORD' }        = $cgi->param( 'password' );
 114     $cookie->{ 'SESSION_ID' }      = $cgi->param( 'session_id' );
 115
 116     cookie_session( $cookie );
 117     cookie_login( $cookie );
 118
 119     $cookie->{ 'PAGE' }          ||= $cgi->param( 'page' )     || 'login';
 120     $cookie->{ 'CLADE' }           = $cgi->param( 'clade' )    || '';
 121     $cookie->{ 'GENOME' }          = $cgi->param( 'genome' )   || '';
 122     $cookie->{ 'ASSEMBLY' }        = $cgi->param( 'assembly' ) || '';
 123     $cookie->{ 'CONTIG' }          = $cgi->param( 'contig' )   || '';
 124     $cookie->{ 'Q_ID' }            = $cgi->param( 'q_id' );
 125     $cookie->{ 'NAV_START' }     ||= $cgi->param( 'nav_start' );
 126     $cookie->{ 'NAV_END' }       ||= $cgi->param( 'nav_end' );
 127     $cookie->{ 'NAV_CENTER' }      = $cgi->param( 'nav_center' );
 128     $cookie->{ 'S_BEG' }           = $cgi->param( 's_beg' );
 129     $cookie->{ 'S_END' }           = $cgi->param( 's_end' );
 130     $cookie->{ 'STRAND' }          = $cgi->param( 'strand' );
 131     $cookie->{ 'ZOOM_IN1' }        = $cgi->param( 'zoom_in1' );
 132     $cookie->{ 'ZOOM_IN2' }        = $cgi->param( 'zoom_in2' );
 133     $cookie->{ 'ZOOM_IN3' }        = $cgi->param( 'zoom_in3' );
 134     $cookie->{ 'ZOOM_OUT1' }       = $cgi->param( 'zoom_out1' );
 135     $cookie->{ 'ZOOM_OUT2' }       = $cgi->param( 'zoom_out2' );
 136     $cookie->{ 'ZOOM_OUT3' }       = $cgi->param( 'zoom_out3' );
 137     $cookie->{ 'MOVE_LEFT1' }      = $cgi->param( 'move_left1' );
 138     $cookie->{ 'MOVE_LEFT2' }      = $cgi->param( 'move_left2' );
 139     $cookie->{ 'MOVE_LEFT3' }      = $cgi->param( 'move_left3' );
 140     $cookie->{ 'MOVE_RIGHT1' }     = $cgi->param( 'move_right1' );
 141     $cookie->{ 'MOVE_RIGHT2' }     = $cgi->param( 'move_right2' );
 142     $cookie->{ 'MOVE_RIGHT3' }     = $cgi->param( 'move_right3' );
 143
 144     $cookie->{ 'IMG_WIDTH' }       = 1200;
 145     $cookie->{ 'IMG_HEIGHT' }      = 800;
 146     $cookie->{ 'TRACK_OFFSET' }    = 20;
 147     $cookie->{ 'TRACK_SPACE' }     = 20;
 148     $cookie->{ 'RULER_FONT_SIZE' } = 10;
 149     $cookie->{ 'RULER_COLOR' }     = [ 0, 0, 0 ];
 150     $cookie->{ 'SEQ_FONT_SIZE' }   = 10;
 151     $cookie->{ 'SEQ_COLOR' }       = [ 0, 0, 0, ];
 152     $cookie->{ 'FEAT_WIDTH' }      = 5;
 153     $cookie->{ 'FEAT_COLOR' }      = [ 0, 0, 0 ];
 154     $cookie->{ 'FEAT_MAX' }        = 5000;
 155
 156     $cookie->{ 'LIST_USER' }       = Maasha::BGB::Track::list_users();
 157     $cookie->{ 'LIST_CLADE' }      = Maasha::BGB::Track::list_clades(     $cookie->{ 'USER' } );
 158     $cookie->{ 'LIST_GENOME' }     = Maasha::BGB::Track::list_genomes(    $cookie->{ 'USER' }, $cookie->{ 'CLADE' } );
 159     $cookie->{ 'LIST_ASSEMBLY' }   = Maasha::BGB::Track::list_assemblies( $cookie->{ 'USER' }, $cookie->{ 'CLADE' }, $cookie->{ 'GENOME' } );
 160     $cookie->{ 'LIST_CONTIG' }     = Maasha::BGB::Track::list_contigs(    $cookie->{ 'USER' }, $cookie->{ 'CLADE' }, $cookie->{ 'GENOME' }, $cookie->{ 'ASSEMBLY' } );
 161
 162     if ( $cookie->{ 'CONTIG' } )
 163     {
 164         cookie_start( $cookie );
 165         cookie_end( $cookie );
 166         cookie_zoom( $cookie );
 167         cookie_move( $cookie );
 168         cookie_center( $cookie );
 169     }
 170
 171     $cookie->{ 'STRAND' } = '+' if defined $cookie->{ 'STRAND' } and $cookie->{ 'STRAND' } eq ' ';   # FIXME ugly HTML fix
 172
 173     return wantarray ? %{ $cookie } : $cookie;
 174 }
 175
 176
 177 sub cookie_session
 178 {
 179     # Martin A. Hansen, December 2009.
 180
 181     # Check cookie information against session information.
 182
 183     my ( $cookie,   # cookie hash
 184        ) = @_;
 185
 186     # Returns nothing.
 187
 188     my ( $session );
 189
 190     $session = Maasha::BGB::Session::session_restore( "$cookie->{ 'SESSION_DIR' }/sessions.txt" );
 191
 192     # if ( $cookie->{ 'SESSION_ID' } )
 193     # {
 194     #     if ( $cookie->{ 'SESSION_ID' } ne $ENV{ 'SSL_SESSION_ID' } ) {
 195     #         $cookie->{ 'PAGE' } = 'login';
 196     #         print STDERR "HER1"; # DEBUG
 197     #     }
 198     # }
 199     # else
 200     # {
 201     #     $cookie->{ 'PAGE' } = 'login';
 202     #
 203     #     print STDERR "HER2"; # DEBUG
 204     # }
 205
 206     if ( exists $session->{ $cookie->{ 'USER' } } and $cookie->{ 'SESSION_ID' } )
 207     {
 208         if ( $session->{ $cookie->{ 'USER' } }->{ 'SESSION_ID' } ne $cookie->{ 'SESSION_ID' } ) {
 209             $cookie->{ 'PAGE' } = 'login';
 210             print STDERR "HER3"; # DEBUG
 211         }
 212     }
 213     else
 214     {
 215         $cookie->{ 'PAGE' } = 'login';
 216         print STDERR "HER4"; # DEBUG
 217         print STDERR "NO COOKIE SESSION ID\n" if not $cookie->{ 'SESSION_ID' }; # DEBUG
 218         print STDERR "NO COOKIE USER\n" if not $cookie->{ 'USER' }; # DEBUG
 219         print STDERR "NO SESSION USER\n"      if not exists $session->{ $cookie->{ 'USER' } }; # DEBUG
 220     }
 221 }
 222
 223
 224 sub cookie_login
 225 {
 226     # Martin A. Hansen, December 2009.
 227
 228     # Check a user and password from CGI against the password file and
 229     # set the session ID, if found, in the cookie.
 230
 231     my ( $cookie,   # cookie hash
 232        ) = @_;
 233
 234     # Returns nothing.
 235
 236     my ( $session );
 237
 238     if ( $cookie->{ 'USER' } and $cookie->{ 'PASSWORD' } )
 239     {
 240         $session = Maasha::BGB::Session::session_restore( "$cookie->{ 'SESSION_DIR' }/sessions.txt" );
 241
 242         if ( exists $session->{ $cookie->{ 'USER' } } and
 243              $session->{ $cookie->{ 'USER' } }->{ 'PASSWORD' } eq Digest::MD5::md5_hex( $cookie->{ 'PASSWORD' } ) )
 244         {
 245             $session->{ $cookie->{ 'USER' } }->{ 'SESSION_ID' } ||= Maasha::BGB::Session::session_new();
 246             # $session->{ $cookie->{ 'USER' } }->{ 'SESSION_ID' }   = $ENV{ 'SSL_SESSION_ID' };
 247             $session->{ $cookie->{ 'USER' } }->{ 'TIME' }         = Maasha::Common::time_stamp();
 248
 249             $cookie->{ 'SESSION_ID' } = $session->{ $cookie->{ 'USER' } }->{ 'SESSION_ID' };
 250             $cookie->{ 'LOGIN' }      = "OK";
 251             $cookie->{ 'PAGE' }       = 'clade';
 252
 253             Maasha::BGB::Session::session_store( "$cookie->{ 'SESSION_DIR' }/sessions.txt", $session );
 254         }
 255         else
 256         {
 257             $cookie->{ 'LOGIN' } = "ERROR";
 258         }
 259     }
 260 }
 261
 262
 263 sub cookie_start
 264 {
 265     # Martin A. Hansen, November 2009.
 266
 267     # Decommify the cookie value for NAV_START and adjust it to
 268     # to prevent negative values.
 269
 270     my ( $cookie,   # cookie hash
 271        ) = @_;
 272
 273     # Returns nothing.
 274
 275     if ( defined $cookie->{ 'NAV_START' } )
 276     {
 277         $cookie->{ 'NAV_START' } =~ tr/,//d;
 278         $cookie->{ 'NAV_START' } = 0 if $cookie->{ 'NAV_START' } < 0;
 279     }
 280     else
 281     {
 282         $cookie->{ 'NAV_START' } = 0;
 283     }
 284 }
 285
 286
 287 sub cookie_end
 288 {
 289     # Martin A. Hansen, November 2009.
 290
 291     # Decommify the cookie value for NAV_END and adjust it to prevent
 292     # overshooting the max value for the contig size as determined
 293     # from the cookie.
 294
 295     my ( $cookie,   # cookie hash
 296        ) = @_;
 297
 298     # Returns nothing.
 299
 300     my ( $max );
 301
 302     $max = Maasha::Filesys::file_size( Maasha::BGB::Track::path_seq( $cookie ) );
 303
 304     if ( defined $cookie->{ 'NAV_END' } )
 305     {
 306         $cookie->{ 'NAV_END' } =~ tr/,//d;
 307         $cookie->{ 'NAV_END' } = $max if $cookie->{ 'NAV_END' } > $max;
 308     }
 309     else
 310     {
 311         $cookie->{ 'NAV_END' } = $max;
 312     }
 313 }
 314
 315
 316 sub cookie_zoom
 317 {
 318     # Martin A. Hansen, November 2009.
 319
 320     # Adjust the cookie values for NAV_START and NAV_END based
 321     # on cookie ZOOM values.
 322
 323     my ( $cookie,   # cookie hash
 324        ) = @_;
 325
 326     # Returns nothing.
 327
 328     my ( $max, $dist, $new_dist, $dist_diff );
 329
 330     $max = Maasha::Filesys::file_size( Maasha::BGB::Track::path_seq( $cookie ) );
 331
 332     $dist = $cookie->{ 'NAV_END' } - $cookie->{ 'NAV_START' };
 333
 334     if ( defined $cookie->{ 'ZOOM_IN1' } ) {
 335         $new_dist = $dist / 1.5;
 336     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_IN2' } ) {
 337         $new_dist = $dist / 3;
 338     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_IN3' } ) {
 339         $new_dist = $dist / 10;
 340     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_OUT1' } ) {
 341         $new_dist = $dist * 1.5;
 342     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_OUT2' } ) {
 343         $new_dist = $dist * 3;
 344     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_OUT3' } ) {
 345         $new_dist = $dist * 10;
 346     }
 347
 348     if ( $new_dist )
 349     {
 350         $dist_diff = $dist - $new_dist;
 351
 352         $cookie->{ 'NAV_START' } = int( $cookie->{ 'NAV_START' } + ( $dist_diff / 2 ) );
 353         $cookie->{ 'NAV_END' }   = int( $cookie->{ 'NAV_END' }   - ( $dist_diff / 2 ) );
 354
 355         $cookie->{ 'NAV_START' } = 0    if $cookie->{ 'NAV_START' } < 0;
 356         $cookie->{ 'NAV_END' }   = $max if $cookie->{ 'NAV_END' } > $max;
 357     }
 358 }
 359
 360
 361 sub cookie_move
 362 {
 363     # Martin A. Hansen, November 2009.
 364
 365     # Adjust the cookie values for NAV_START and NAV_END based
 366     # on cookie MOVE values.
 367
 368     my ( $cookie,   # cookie hash
 369        ) = @_;
 370
 371     # Returns nothing.
 372
 373     my ( $max, $dist, $shift, $new_start, $new_end );
 374
 375     $max = Maasha::Filesys::file_size( Maasha::BGB::Track::path_seq( $cookie ) );
 376
 377     $dist = $cookie->{ 'NAV_END' } - $cookie->{ 'NAV_START' };
 378
 379     if ( defined $cookie->{ 'MOVE_LEFT1' } ) {
 380         $shift = -1 * $dist * 0.10;
 381     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_LEFT2' } ) {
 382         $shift = -1 * $dist * 0.475;
 383     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_LEFT3' } ) {
 384         $shift = -1 * $dist * 0.95;
 385     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_RIGHT1' } ) {
 386         $shift = $dist * 0.10;
 387     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_RIGHT2' } ) {
 388         $shift = $dist * 0.475;
 389     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_RIGHT3' } ) {
 390         $shift = $dist * 0.95;
 391     }
 392
 393     if ( $shift )
 394     {
 395         $new_start = int( $cookie->{ 'NAV_START' } + $shift );
 396         $new_end   = int( $cookie->{ 'NAV_END' }   + $shift );
 397
 398         if ( $new_start > 0 and $new_end < $max )
 399         {
 400             $cookie->{ 'NAV_START' } = $new_start;
 401             $cookie->{ 'NAV_END' }   = $new_end;
 402         }
 403     }
 404 }
 405
 406
 407 sub cookie_center
 408 {
 409     # Martin A. Hansen, March 2010
 410
 411     # Adjust the cookie values for NAV_START and NAV_END based
 412     # on cookie CENTER value if defined.
 413
 414     my ( $cookie,   # cookie hash
 415        ) = @_;
 416
 417     # Returns nothing.
 418
 419     my ( $l_dist, $r_dist );
 420
 421     if ( defined $cookie->{ 'NAV_CENTER' } )
 422     {
 423         $l_dist = $cookie->{ 'NAV_CENTER' } - $cookie->{ 'NAV_START' };
 424         $r_dist = $cookie->{ 'NAV_END' } - $cookie->{ 'NAV_CENTER' };
 425
 426         if ( $l_dist > $r_dist ) {
 427             $cookie->{ 'NAV_START' } = $cookie->{ 'NAV_END' } - 2 * $r_dist;
 428         } else {
 429             $cookie->{ 'NAV_END' } = $cookie->{ 'NAV_START' } + 2 * $l_dist;
 430         }
 431     }
 432 }
 433
 434
 435 sub cookie_page_next
 436 {
 437     # Martin A. Hansen, November 2009.
 438
 439     # Returns the next page in the taxonomy path.
 440
 441     my ( $cookie,   # cookie hash
 442        ) = @_;
 443
 444     # Returns a string.
 445
 446     my ( $i );
 447
 448     for ( $i = 0; $i < @{ $cookie->{ 'LIST_PAGES' } }; $i++ ) {
 449         last if $cookie->{ 'PAGE' } eq $cookie->{ 'LIST_PAGES' }->[ $i ];
 450     }
 451
 452     return $cookie->{ 'LIST_PAGES' }->[ $i + 1 ];
 453 }
 454
 455
 456 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> PAGES <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 457
 458
 459 sub page
 460 {
 461     # Martin A. Hansen, November 2009.
 462
 463     # Determines what page to render based on
 464     # the cookie's PAGE setting.
 465
 466     my ( $cookie,   # cookie hash
 467        ) = @_;
 468
 469     # Returns a list.
 470
 471     my ( @html );
 472
 473     if ( $cookie->{ 'SESSION_ID' } ) {
 474         push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "session_id", value => $cookie->{ 'SESSION_ID' } ) );
 475     }
 476
 477     if ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'login' ) {
 478         push @html, page_login( $cookie );
 479     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'search' ) {
 480         push @html, page_search( $cookie );
 481     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'browse' ) {
 482         push @html, page_browse( $cookie );
 483     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'dna' ) {
 484         push @html, page_dna( $cookie );
 485     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'export' ) {
 486         push @html, page_export( $cookie );
 487     } else {
 488         push @html, page_taxonomy( $cookie );
 489     }
 490
 491     return wantarray ? @html : \@html;
 492 }
 493
 494
 495 sub page_login
 496 {
 497     # Martin A. Hansen, December 2009.
 498
 499     # Renders the login page.
 500
 501     my ( $cookie,
 502        ) = @_;
 503
 504     # Returns a list.
 505
 506     my ( @html );
 507
 508     push @html, section_login( $cookie );
 509
 510     return wantarray ? @html : \@html;
 511 }
 512
 513
 514 sub page_search
 515 {
 516     # Martin A. Hansen, December 2009.
 517
 518     # Renders the search page.
 519
 520     my ( $cookie,
 521        ) = @_;
 522
 523     # Returns a list.
 524
 525     my ( @html );
 526
 527     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 528     push @html, section_search( $cookie );
 529
 530     return wantarray ? @html : \@html;
 531 }
 532
 533
 534 sub page_browse
 535 {
 536     # Martin A. Hansen, November 2009.
 537
 538     # Renders the browse page.
 539
 540     my ( $cookie,
 541        ) = @_;
 542
 543     # Returns a list.
 544
 545     my ( @html );
 546
 547     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 548     push @html, section_navigate( $cookie );
 549     push @html, section_browse( $cookie );
 550
 551     return wantarray ? @html : \@html;
 552 }
 553
 554
 555 sub page_dna
 556 {
 557     # Martin A. Hansen, November 2009.
 558
 559     # Renders the DNA page.
 560
 561     my ( $cookie,
 562        ) = @_;
 563
 564     # Returns a list.
 565
 566     my ( @html );
 567
 568     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 569     push @html, section_dna( $cookie );
 570
 571     return wantarray ? @html : \@html;
 572 }
 573
 574
 575 sub page_export
 576 {
 577     # Martin A. Hansen, November 2009.
 578
 579     # Renders the export page.
 580
 581     my ( $cookie,
 582        ) = @_;
 583
 584     # Returns a list.
 585
 586     my ( @html );
 587
 588     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 589     push @html, section_export( $cookie );
 590
 591     return wantarray ? @html : \@html;
 592 }
 593
 594
 595 sub page_taxonomy
 596 {
 597     # Martin A. Hansen, November 2009.
 598
 599     # Renders the browse page.
 600
 601     my ( $cookie,   # cookie hash
 602        ) = @_;
 603
 604     # Returns a list.
 605
 606     my ( @html );
 607
 608     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 609     push @html, section_taxonomy_select( $cookie );
 610
 611     return wantarray ? @html : \@html;
 612 }
 613
 614
 615 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> SECTIONS <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 616
 617
 618 sub section_login
 619 {
 620     # Martin A. Hansen, December 2009.
 621
 622     # Returns a HTML section with a login menu.
 623
 624     my ( $cookie,   # cookie hash
 625        ) = @_;
 626
 627     # Returns a list.
 628
 629     my ( $user, $password, $login, @html );
 630
 631     $user     = Maasha::XHTML::text( name => "user", value => "", size => 20 );
 632     $password = Maasha::XHTML::password( name => "password", value => "", size => 20 );
 633     $login    = Maasha::XHTML::submit( name => "login_submit", value => "Login" );
 634
 635     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Login", class => 'center' );
 636
 637     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Login table", align => 'center' );
 638     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ "User:", $user ] );
 639     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ "Password:", $password ] );
 640     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ "", $login ] );
 641     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 642
 643     if ( $cookie->{ 'LOGIN' } and $cookie->{ 'LOGIN' } eq 'ERROR' ) {
 644         push @html, Maasha::XHTML::h3( txt => "Bad user or password - please retry", class => 'error' );
 645     }
 646
 647     return wantarray ? @html : \@html;
 648 }
 649
 650
 651 sub section_taxonomy_table
 652 {
 653     # Martin A. Hansen, November 2009.
 654
 655     # Returns a HTML section with a taxonomy table
 656     # showing the location in the taxonomy and with
 657     # links to browse the taxonomy.
 658
 659     my ( $cookie,   # cookie hash
 660        ) = @_;
 661
 662     # Returns a list.
 663
 664     my ( $page, @row, @html, $href, $txt );
 665
 666     foreach $page ( @{ $cookie->{ 'LIST_PAGES' } } )
 667     {
 668         last if $page eq $cookie->{ 'PAGE' } or $page eq 'browse';
 669
 670         $href  = "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=$page";
 671         $href .= "&session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }";
 672         $href .= "&user=$cookie->{ 'USER' }";
 673         $href .= "&clade=$cookie->{ 'CLADE' }"       if $page !~ /clade/;
 674         $href .= "&genome=$cookie->{ 'GENOME' }"     if $page !~ /clade|genome/;
 675         $href .= "&assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }" if $page !~ /clade|genome|assembly/;
 676         $href .= "&contig=$cookie->{ 'CONTIG' }"     if $page !~ /clade|genome|assembly|contig/;
 677
 678         $txt = ": $cookie->{ uc $page }";
 679
 680         push @row, Maasha::XHTML::ln( txt => $page, href => $href, class => 'inline' );
 681         push @row, Maasha::XHTML::p(  txt => $txt, class => 'inline' );
 682     }
 683
 684     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Taxonomy table", align => 'center', cellpadding => '5px' );
 685     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ join( "\n", @row ) ], align => 'center' );
 686     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 687
 688     return wantarray ? @html : \@html;
 689 }
 690
 691
 692 sub section_taxonomy_select
 693 {
 694     # Martin A. Hansen, November 2009.
 695
 696     # Returns a HTML section with selection choices
 697     # for navigating the taxonomy tree.
 698
 699     my ( $cookie,   # cookie hash
 700        ) = @_;
 701
 702     # Returns a list.
 703
 704     my ( $list, @html, $item, $href );
 705
 706     $list = "LIST_" . uc $cookie->{ 'PAGE' };
 707
 708     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Select $cookie->{ 'PAGE' }", class => 'center' );
 709
 710     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Taxonomy select table", align => 'center', cellpadding => '5px' );
 711
 712     foreach $item ( @{ $cookie->{ $list } } )
 713     {
 714         $cookie->{ uc $cookie->{ 'PAGE' } } = $item;
 715
 716         $href  = "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=" . cookie_page_next( $cookie );
 717         $href .= "&session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }";
 718         $href .= "&user=$cookie->{ 'USER' }";
 719         $href .= "&clade=$cookie->{ 'CLADE' }";
 720         $href .= "&genome=$cookie->{ 'GENOME' }"     if $cookie->{ 'GENOME' };
 721         $href .= "&assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }" if $cookie->{ 'ASSEMBLY' };
 722         $href .= "&contig=$cookie->{ 'CONTIG' }"     if $cookie->{ 'CONTIG' };
 723
 724         push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ Maasha::XHTML::ln( txt => $item, href => $href ) ] );
 725     }
 726
 727     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 728
 729     return wantarray ? @html : \@html;
 730 }
 731
 732
 733 sub section_navigate
 734 {
 735     # Martin A. Hansen, November 2009.
 736
 737     # Returns a HTML section for navigating in the browser window.
 738
 739     my ( $cookie,   # cookie hash
 740        ) = @_;
 741
 742     # Returns a list.
 743
 744     my ( @html, $nav_val );
 745
 746     $nav_val = Maasha::Calc::commify( $cookie->{ 'NAV_START' } ) . "-" . Maasha::Calc::commify( $cookie->{ 'NAV_END' } );
 747
 748     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Navigation table", align => 'center' );
 749     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [
 750         "Position or search term:",
 751         Maasha::XHTML::text( name => "nav_search", value => $nav_val, size => 30 ),
 752         Maasha::XHTML::submit( name => "nav_submit", value => "Submit" ),
 753     ] );
 754     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 755
 756     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Zoom table", align => 'center' );
 757     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [
 758         Maasha::XHTML::p( txt => 'Move:' ),
 759         Maasha::XHTML::submit( name => "move_left3",  value => "<<<", title => "move 95% to the left" ),
 760         Maasha::XHTML::submit( name => "move_left2",  value => "<<",  title => "move 47.5% to the left" ),
 761         Maasha::XHTML::submit( name => "move_left1",  value => "<",   title => "move 10% to the left" ),
 762         Maasha::XHTML::submit( name => "move_right1", value => ">",   title => "move 10% to the rigth" ),
 763         Maasha::XHTML::submit( name => "move_right2", value => ">>",  title => "move 47.5% to the rigth" ),
 764         Maasha::XHTML::submit( name => "move_right3", value => ">>>", title => "move 95% to the right" ),
 765         Maasha::XHTML::p( txt => 'Zoom in:' ),
 766         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_in1", value => "1.5x" ),
 767         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_in2", value => "3x" ),
 768         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_in3", value => "10x" ),
 769         Maasha::XHTML::p( txt => 'Zoom out:' ),
 770         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_out1", value => "1.5x" ),
 771         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_out2", value => "3x" ),
 772         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_out3", value => "10x" ),
 773     ] );
 774     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 775
 776     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "page",     value => "browse" ) );
 777     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "user",     value => $cookie->{ 'USER' } ) );
 778     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "clade",    value => $cookie->{ 'CLADE' } ) );
 779     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "genome",   value => $cookie->{ 'GENOME' } ) );
 780     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "assembly", value => $cookie->{ 'ASSEMBLY' } ) );
 781     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "contig",   value => $cookie->{ 'CONTIG' } ) );
 782
 783     return wantarray ? @html : \@html;
 784 }
 785
 786
 787 sub section_browse
 788 {
 789     my ( $cookie,
 790        ) = @_;
 791
 792     # Returns a list.
 793
 794     my ( @tracks, $i, @features, $feat, $elem, $surface, $cr, $png_data, @html, @img, $x1, $y1, $x2, $y2, $factor, $center );
 795
 796     push @features, [ Maasha::BGB::Track::track_ruler( $cookie ) ];
 797     push @features, [ Maasha::BGB::Track::track_seq( $cookie ) ];
 798
 799     @tracks = Maasha::BGB::Track::path_tracks( $cookie );
 800
 801     for ( $i = 0; $i < @tracks; $i++ )
 802     {
 803         $cookie->{ 'FEAT_COLOR' } = Maasha::BGB::Draw::palette( $i );
 804
 805         push @features, [ Maasha::BGB::Track::track_feature( $tracks[ $i ], $cookie ) ];
 806     }
 807
 808     $surface = Cairo::ImageSurface->create( 'argb32', $cookie->{ 'IMG_WIDTH' }, $cookie->{ 'TRACK_OFFSET' } );
 809     $cr      = Cairo::Context->create( $surface );
 810
 811     $cr->rectangle ( 0, 0, $cookie->{ 'IMG_WIDTH' },  $cookie->{ 'TRACK_OFFSET' } );
 812     $cr->set_source_rgb ( 1, 1, 1 );
 813     $cr->fill;
 814
 815     foreach $feat ( @features ) {
 816         Maasha::BGB::Draw::draw_feature( $cr, $feat ) if $feat;
 817     }
 818
 819     $png_data = Maasha::BGB::Draw::base64_png( $surface );
 820
 821     push @img, Maasha::XHTML::img(
 822         src    => "data:image/png;base64,$png_data",
 823         alt    => "Browser Tracks",
 824         height => $cookie->{ 'TRACK_OFFSET' },
 825         width  => $cookie->{ 'IMG_WIDTH' },
 826         id     => "browser_map",
 827         usemap => "#browser_map"
 828     );
 829
 830     push @img, Maasha::XHTML::map_beg( name => "browser_map", id => "browser_map" );
 831
 832     $factor = ( $cookie->{ 'NAV_END' } - $cookie->{ 'NAV_START' } + 1 ) / $cookie->{ 'IMG_WIDTH' };
 833
 834     for ( $i = 0; $i < $cookie->{ 'IMG_WIDTH' }; $i += 5 )
 835     {
 836         $x1 = $i;
 837         $y1 = 10;
 838         $x2 = $i + 5;
 839         $y2 = 20;
 840
 841         $center = int( $cookie->{ 'NAV_START' } + $factor * $i );
 842
 843         push @img, Maasha::XHTML::area(
 844             href     => join( "&", "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=browse",
 845                                    "session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }",
 846                                    "user=$cookie->{ 'USER' }",
 847                                    "clade=$cookie->{ 'CLADE' }",
 848                                    "genome=$cookie->{ 'GENOME' }",
 849                                    "contig=$cookie->{ 'CONTIG' }",
 850                                    "assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }",
 851                                    "nav_start=$cookie->{ 'NAV_START' }",
 852                                    "nav_end=$cookie->{ 'NAV_END' }",
 853                                    "nav_center=$center",
 854                       ),
 855             shape  => 'rect',
 856             coords => "$x1, $y1, $x2, $y2",
 857             title  => "Center on " . Maasha::Calc::commify( $center ),
 858         );
 859     }
 860
 861     foreach $feat ( @features )
 862     {
 863         foreach $elem ( @{ $feat } )
 864         {
 865             next if $elem->{ 'type' } eq 'text';
 866             next if $elem->{ 'type' } eq 'wiggle';
 867
 868             #$elem->{ 'strand' } = '&#43' if $elem->{ 'strand' } eq '+';
 869
 870             $cookie->{ 'Q_ID' }   = $elem->{ 'q_id' };
 871             $cookie->{ 'S_BEG' }  = $elem->{ 's_beg' };
 872             $cookie->{ 'S_END' }  = $elem->{ 's_end' };
 873             $cookie->{ 'STRAND' } = $elem->{ 'strand' };
 874
 875             push @img, Maasha::XHTML::area(
 876                 href     => join( "&", "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=export",
 877                                        "session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }",
 878                                        "user=$cookie->{ 'USER' }",
 879                                        "clade=$cookie->{ 'CLADE' }",
 880                                        "genome=$cookie->{ 'GENOME' }",
 881                                        "contig=$cookie->{ 'CONTIG' }",
 882                                        "assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }",
 883                                        "s_beg=$cookie->{ 'S_BEG' }",
 884                                        "s_end=$cookie->{ 'S_END' }",
 885                                        "strand=$cookie->{ 'STRAND' }",
 886                           ),
 887                 shape  => 'rect',
 888                 coords => "$elem->{ x1 }, $elem->{ y1 }, $elem->{ x2 }, $elem->{ y2 }",
 889                 title  => "$elem->{ 'title' }",
 890             );
 891         }
 892     }
 893
 894     push @img, Maasha::XHTML::map_end();
 895
 896     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => join( "\n", @img ) );
 897
 898     @html = Maasha::XHTML::div( txt => join( "\n", @html ), class => 'browse' );
 899
 900     return wantarray ? @html : \@html;
 901 }
 902
 903
 904 sub section_export
 905 {
 906     # Martin A. Hansen, November 2009.
 907
 908     # Returns a HTML section with export table.
 909
 910     my ( $cookie,   # cookie hash
 911        ) = @_;
 912
 913     # Returns a list.
 914
 915     my ( @row_dna_contig, @html );
 916
 917     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::p( txt => qq(Export Feature: "$cookie->{ 'Q_ID' }" DNA from Contig: ), class => 'inline' );
 918     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::p( txt  => "$cookie->{ 'CONTIG' } Start: ", class => 'inline' );
 919     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::text( name => "s_beg", value => Maasha::Calc::commify( $cookie->{ 'S_BEG' } ), size => 15 );
 920     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::p( txt => "End: ", class => 'inline' );
 921     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::text( name => "s_end", value => Maasha::Calc::commify( $cookie->{ 'S_END' } ), size => 15 );
 922     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::p( txt => "Strand: ", class => 'inline' );
 923     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::menu( name => "strand", options => [ qw( + - ) ], selected => $cookie->{ 'STRAND' } );
 924     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::submit( name => "export", value => "Export", title => "Fetch DNA from this region" );
 925
 926     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Export", class => 'center' );
 927     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Taxonomy select table", align => 'center' );
 928     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => \@row_dna_contig );
 929     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 930
 931     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "page",     value => "dna" ) );
 932     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "user",     value => $cookie->{ 'USER' } ) );
 933     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "clade",    value => $cookie->{ 'CLADE' } ) );
 934     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "genome",   value => $cookie->{ 'GENOME' } ) );
 935     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "assembly", value => $cookie->{ 'ASSEMBLY' } ) );
 936     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "contig",   value => $cookie->{ 'CONTIG' } ) );
 937
 938     return wantarray ? @html : \@html;
 939 }
 940
 941
 942 sub section_search
 943 {
 944     # Martin A. Hansen, November 2009.
 945
 946     # Returns a HTML section with export table.
 947
 948     my ( $cookie,   # cookie hash
 949        ) = @_;
 950
 951     # Returns a list.
 952
 953     my ( $results, $result, $count, @html, $export, $browse );
 954
 955     $results = Maasha::BGB::Track::search_tracks( $cookie );
 956
 957     $count = scalar @{ $results };
 958
 959     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Search", class => 'center' );
 960     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => qq(Results for "$cookie->{ 'SEARCH' }": $count), class => 'center' );
 961
 962     if ( $count > 0 )
 963     {
 964         push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Search table", align => 'center', cellpadding => '5px' );
 965         push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ qw( S_ID S_BEG S_END Q_ID SCORE STRAND HITS ALIGN BLOCK_COUNT BLOCK_BEGS BLOCK_LENS BLOCK_TYPE) ] );
 966
 967         foreach $result ( @{ $results } )
 968         {
 969             $cookie->{ 'CONTIG' }    = $result->{ 'S_ID' };
 970             $cookie->{ 'NAV_START' } = $result->{ 'S_BEG' };
 971             $cookie->{ 'NAV_END' }   = $result->{ 'S_END' };
 972             $cookie->{ 'S_BEG' }     = $result->{ 'S_BEG' };
 973             $cookie->{ 'S_END' }     = $result->{ 'S_END' };
 974             $cookie->{ 'STRAND' }    = $result->{ 'STRAND' };
 975             $cookie->{ 'Q_ID' }      = $result->{ 'Q_ID' };
 976
 977             $browse = Maasha::XHTML::ln(
 978                 txt  => "browse",
 979                 href => join( "&", "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=browse",
 980                                    "session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }",
 981                                    "user=$cookie->{ 'USER' }",
 982                                    "clade=$cookie->{ 'CLADE' }",
 983                                    "genome=$cookie->{ 'GENOME' }",
 984                                    "contig=$cookie->{ 'CONTIG' }",
 985                                    "assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }",
 986                                    "nav_start=$cookie->{ 'NAV_START' }",
 987                                    "nav_end=$cookie->{ 'NAV_END' }",
 988                 ),
 989             );
 990
 991
 992             $export = Maasha::XHTML::ln(
 993                 txt  => "export",
 994                 href => join( "&", "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=export",
 995                                    "session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }",
 996                                    "user=$cookie->{ 'USER' }",
 997                                    "clade=$cookie->{ 'CLADE' }",
 998                                    "genome=$cookie->{ 'GENOME' }",
 999                                    "contig=$cookie->{ 'CONTIG' }",
1000                                    "assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }",
1001                                    "s_beg=$cookie->{ 'S_BEG' }",
1002                                    "s_end=$cookie->{ 'S_END' }",
1003                                    "strand=$cookie->{ 'STRAND' }",
1004                 ),
1005             );
1006
1007             push @html, Maasha::XHTML::table_row_advanced(
1008                 tr => [ { td => $result->{ 'S_ID' } },
1009                         { td => $result->{ 'S_BEG' }, align => 'right' },
1010                         { td => $result->{ 'S_END' }, align => 'right' },
1011                         { td => $result->{ 'Q_ID' } },
1012                         { td => $result->{ 'SCORE' }, align => 'right' },
1013                         { td => $result->{ 'STRAND' } },
1014                         { td => $result->{ 'HITS' }, align => 'right' },
1015                         { td => $result->{ 'ALIGN' } },
1016                         { td => $result->{ 'BLOCK_COUNT' }, align => 'right' },
1017                         { td => $result->{ 'BLOCK_BEGS' } },
1018                         { td => $result->{ 'BLOCK_LENS' } },
1019                         { td => $result->{ 'BLOCK_TYPE' } },
1020                         { td => $browse },
1021                         { td => $export },
1022                 ], class => "monospace"
1023             );
1024         }
1025
1026         push @html, Maasha::XHTML::table_end;
1027     }
1028
1029     return wantarray ? @html : \@html;
1030 }
1031
1032
1033 sub section_dna
1034 {
1035     # Martin A. Hansen, November 2009.
1036
1037     # Returns a HTML section with extracted DNA.
1038
1039     my ( $cookie,   # cookie hash
1040        ) = @_;
1041
1042     # Returns a list.
1043
1044     my ( @html, $beg, $end, $seq );
1045
1046     $beg = $cookie->{ 'S_BEG' };
1047     $end = $cookie->{ 'S_END' };
1048     $beg =~ tr/,//d;
1049     $end =~ tr/,//d;
1050
1051     $seq = join ";", ">$cookie->{ 'GENOME' }", $cookie->{ 'ASSEMBLY' }, $cookie->{ 'CONTIG' }, $beg, $end, "$cookie->{ 'STRAND' }\n";
1052     $seq .= Maasha::BGB::Track::dna_get( $cookie );
1053
1054     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "DNA", class => 'center' );
1055     push @html, Maasha::XHTML::pre( txt => $seq );
1056
1057     return wantarray ? @html : \@html;
1058 }
1059
1060
1061 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1062
1063
1064 __END__