www/index.cgi

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2006-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 use strict;
  24 use warnings;
  25
  26 use lib $ENV{ 'BP_PERL' };
  27
  28 use CGI;
  29 use URI::Escape;
  30 use Data::Dumper;
  31 use Digest::MD5;
  32 use Maasha::Common;
  33 use Maasha::Filesys;
  34 use Maasha::Calc;
  35 use Maasha::XHTML;
  36 use Maasha::BGB::Session;
  37 use Maasha::BGB::Track;
  38 use Maasha::BGB::Draw;
  39
  40 my ( $cgi, $cookie, @html );
  41
  42 $cgi    = new CGI;
  43 $cookie = cookie_default( $cgi );;
  44
  45 push @html, Maasha::XHTML::html_header(
  46     cgi_header  => 1,
  47     title       => 'Biopieces Genome Browser',
  48     css_file    => 'bgb.css',
  49     author      => 'Martin A. Hansen, mail@maasha.dk',
  50     description => 'Biopieces Genome Browser',
  51     keywords    => [ qw( Biopieces biopiece genome browser viewer bacterium bacteria prokaryote prokaryotes ) ],
  52     no_cache    => 1,
  53 );
  54
  55 push @html, Maasha::XHTML::h1( txt => "Biopieces Genome Browser", class => 'center' );
  56 push @html, Maasha::XHTML::form_beg( action => $cookie->{ 'SCRIPT' }, method => "post", enctype => "multipart/form-data" );
  57
  58 push @html, page( $cookie );
  59
  60 push @html, Maasha::XHTML::form_end;
  61 push @html, Maasha::XHTML::body_end;
  62 push @html, Maasha::XHTML::html_end;
  63
  64 # push @html, Maasha::XHTML::hdump( { $cgi->Vars } );  # DEBUG
  65 # push @html, Maasha::XHTML::hdump( $cookie );         # DEBUG
  66 # push @html, Maasha::XHTML::hdump( \%ENV );           # DEBUG
  67
  68 print "$_\n" foreach @html;
  69
  70 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> SUBROUTINES <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  71
  72
  73 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> COOKIE <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  74
  75
  76 sub cookie_default
  77 {
  78     # Martin A. Hansen, November 2009.
  79
  80     # Set a cookie with values from the CGI object or defaults.
  81
  82     my ( $cgi,   # CGI object
  83        ) = @_;
  84
  85     # Returns a hash.
  86
  87     my ( $cookie, $session );
  88
  89     $cookie = {};
  90
  91     if ( $cgi->param( 'nav_search' ) )
  92     {
  93         if ( $cgi->param( 'nav_search' ) =~ /([0-9,]+)[ -]([0-9,]+)/ )
  94         {
  95             $cookie->{ 'NAV_START' } = $1;
  96             $cookie->{ 'NAV_END' }   = $2;
  97         }
  98         else
  99         {
 100             $cookie->{ 'SEARCH' } = $cgi->param( 'nav_search' );
 101
 102             $cgi->param( 'page', 'search' );
 103         }
 104     }
 105
 106     $cookie->{ 'SCRIPT' }      = Maasha::Common::get_scriptname();
 107     $cookie->{ 'DATA_DIR' }    = "Data";
 108     $cookie->{ 'SESSION_DIR' } = "Sessions";
 109     $cookie->{ 'LIST_PAGES' }  = [ qw( clade genome assembly contig browse ) ];
 110     $cookie->{ 'USER' }        = $cgi->param( 'user' );
 111     $cookie->{ 'PASSWORD' }    = $cgi->param( 'password' );
 112     $cookie->{ 'SESSION_ID' }  = $cgi->param( 'session_id' );
 113
 114     $session = session_restore( $cookie );
 115
 116     cookie_login( $cookie );
 117
 118     # session_id_check( $cookie, $session );
 119
 120     if ( $cookie->{ 'LOGIN_ERROR' } or $cookie->{ 'SESSION_ERROR' } )
 121     {
 122         $cookie->{ 'PAGE' } = 'login';
 123     }
 124     elsif ( $cookie->{ 'LOGIN' } )
 125     {
 126         if ( $cgi->param( 'genome' ) ) {
 127             $cookie->{ 'PAGE' } = 'browse';
 128         } else {
 129             $cookie->{ 'PAGE' } = $session->{ 'PAGE' } || 'clade';
 130         }
 131     }
 132     elsif ( not defined $cookie->{ 'USER' } )
 133     {
 134         $cookie->{ 'PAGE' } = 'login';
 135     }
 136     else
 137     {
 138          $cookie->{ 'PAGE' } = $cgi->param( 'page' ) || 'login';
 139     }
 140
 141     $cookie->{ 'TRACK_STATUS' }    = $session->{ 'TRACK_STATUS' };
 142     $cookie->{ 'CLADE' }           = $cgi->param( 'clade' )       || $session->{ 'CLADE' };
 143     $cookie->{ 'GENOME' }          = $cgi->param( 'genome' )      || $session->{ 'GENOME' };
 144     $cookie->{ 'ASSEMBLY' }        = $cgi->param( 'assembly' )    || $session->{ 'ASSEMBLY' };
 145     $cookie->{ 'CONTIG' }          = $cgi->param( 'contig' )      || $session->{ 'CONTIG' };
 146     $cookie->{ 'Q_ID' }            = $cgi->param( 'q_id' )        || $session->{ 'Q_ID' };
 147     $cookie->{ 'NAV_START' }     ||= defined $cgi->param( 'nav_start' ) ? $cgi->param( 'nav_start' ) : $session->{ 'NAV_START' };
 148     $cookie->{ 'NAV_END' }       ||= defined $cgi->param( 'nav_end' )   ? $cgi->param( 'nav_end' )   : $session->{ 'NAV_END' };
 149     $cookie->{ 'NAV_CENTER' }      = $cgi->param( 'nav_center' );
 150     $cookie->{ 'S_BEG' }           = $cgi->param( 's_beg' )       || $session->{ 'S_BEG' };
 151     $cookie->{ 'S_END' }           = $cgi->param( 's_end' )       || $session->{ 'S_END' };
 152     $cookie->{ 'STRAND' }          = $cgi->param( 'strand' )      || $session->{ 'STRAND' };
 153     $cookie->{ 'TRACK' }           = $cgi->param( 'track' );
 154     $cookie->{ 'ZOOM_IN1' }        = $cgi->param( 'zoom_in1' );
 155     $cookie->{ 'ZOOM_IN2' }        = $cgi->param( 'zoom_in2' );
 156     $cookie->{ 'ZOOM_IN3' }        = $cgi->param( 'zoom_in3' );
 157     $cookie->{ 'ZOOM_OUT1' }       = $cgi->param( 'zoom_out1' );
 158     $cookie->{ 'ZOOM_OUT2' }       = $cgi->param( 'zoom_out2' );
 159     $cookie->{ 'ZOOM_OUT3' }       = $cgi->param( 'zoom_out3' );
 160     $cookie->{ 'MOVE_LEFT1' }      = $cgi->param( 'move_left1' );
 161     $cookie->{ 'MOVE_LEFT2' }      = $cgi->param( 'move_left2' );
 162     $cookie->{ 'MOVE_LEFT3' }      = $cgi->param( 'move_left3' );
 163     $cookie->{ 'MOVE_RIGHT1' }     = $cgi->param( 'move_right1' );
 164     $cookie->{ 'MOVE_RIGHT2' }     = $cgi->param( 'move_right2' );
 165     $cookie->{ 'MOVE_RIGHT3' }     = $cgi->param( 'move_right3' );
 166
 167     $cookie->{ 'IMG_WIDTH' }       = 1200;   # Width of browser image in pixels
 168     $cookie->{ 'IMG_HEIGHT' }      = 800;    # Height of browser image in pixels
 169     $cookie->{ 'WIGGLE_HEIGHT' }   = 75;     # Height of Wiggle tracks in pixels
 170     $cookie->{ 'TRACK_OFFSET' }    = 20;
 171     $cookie->{ 'TRACK_SPACE' }     = 20;
 172     $cookie->{ 'RULER_FONT_SIZE' } = 10;     # Size of ruler font in pixels
 173     $cookie->{ 'RULER_COLOR' }     = [ 0, 0, 0 ];
 174     $cookie->{ 'SEQ_FONT_SIZE' }   = 10;
 175     $cookie->{ 'SEQ_COLOR' }       = [ 0, 0, 0, ];
 176     $cookie->{ 'FEAT_WIDTH' }      = 5;
 177     $cookie->{ 'FEAT_COLOR' }      = [ 0, 0, 0 ];
 178 #    $cookie->{ 'FEAT_MAX' }        = 5000;   # TODO: Reduntant?
 179
 180 #    $cookie->{ 'LIST_USER' }       = Maasha::BGB::Track::list_users();  # TODO: Redundant?
 181
 182     if ( $cookie->{ 'USER' } and not $cookie->{ 'LOGIN_ERROR' } )
 183     {
 184         $cookie->{ 'LIST_CLADE' }      = Maasha::BGB::Track::list_clades(     $cookie->{ 'USER' } );
 185         $cookie->{ 'LIST_GENOME' }     = Maasha::BGB::Track::list_genomes(    $cookie->{ 'USER' }, $cookie->{ 'CLADE' } );
 186         $cookie->{ 'LIST_ASSEMBLY' }   = Maasha::BGB::Track::list_assemblies( $cookie->{ 'USER' }, $cookie->{ 'CLADE' }, $cookie->{ 'GENOME' } );
 187         $cookie->{ 'LIST_CONTIG' }     = Maasha::BGB::Track::list_contigs(    $cookie->{ 'USER' }, $cookie->{ 'CLADE' }, $cookie->{ 'GENOME' }, $cookie->{ 'ASSEMBLY' } );
 188
 189         if ( $cookie->{ 'CONTIG' } )
 190         {
 191             cookie_start( $cookie );
 192             cookie_end( $cookie );
 193             cookie_zoom( $cookie );
 194             cookie_move( $cookie );
 195             cookie_center( $cookie );
 196             cookie_track_status( $cookie );
 197         }
 198     }
 199
 200     $cookie->{ 'STRAND' } = '+' if defined $cookie->{ 'STRAND' } and $cookie->{ 'STRAND' } eq ' ';   # FIXME ugly HTML fix
 201
 202     session_store( $cookie, $session );
 203
 204     return wantarray ? %{ $cookie } : $cookie;
 205 }
 206
 207
 208 sub session_restore
 209 {
 210     # Martin A. Hansen, March 2010.
 211
 212     # Restores session and returns this.
 213
 214     my ( $cookie,   # cookie hash
 215        ) = @_;
 216
 217     # Returns hashref.
 218
 219     my ( $session );
 220
 221     if ( defined $cookie->{ 'USER' } and -d "$cookie->{ 'SESSION_DIR' }/$cookie->{ 'USER' }" ) {
 222         $session = Maasha::BGB::Session::session_restore( "$cookie->{ 'SESSION_DIR' }/$cookie->{ 'USER' }/session.json" );
 223     }
 224
 225     return wantarray ? %{ $session } : $session;
 226 }
 227
 228
 229 sub session_store
 230 {
 231     # Martin A. Hansen, March 2010.
 232
 233     # Store a session updated with cookie information to session file.
 234
 235     my ( $cookie,    # cookie hash
 236          $session,   # session hash
 237        ) = @_;
 238
 239     # Returns nothing.
 240
 241     my ( $new_session );
 242
 243     if ( defined $cookie->{ 'USER' } and $cookie->{ 'USER' } ne '' and -d "$cookie->{ 'SESSION_DIR' }/$cookie->{ 'USER' }" )
 244     {
 245         $new_session->{ 'PASSWORD' }   = $session->{ 'PASSWORD' };
 246         $new_session->{ 'SESSION_ID' } = $session->{ 'SESSION_ID' };
 247         $new_session->{ 'TIME' }       = Maasha::Common::time_stamp();
 248         $new_session->{ 'PAGE' }       = $cookie->{ 'PAGE' };
 249
 250         if ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'browse' )
 251         {
 252             $new_session->{ 'CLADE' }     = $cookie->{ 'CLADE' };
 253             $new_session->{ 'GENOME' }    = $cookie->{ 'GENOME' };
 254             $new_session->{ 'ASSEMBLY' }  = $cookie->{ 'ASSEMBLY' };
 255             $new_session->{ 'CONTIG' }    = $cookie->{ 'CONTIG' };
 256             $new_session->{ 'NAV_START' } = $cookie->{ 'NAV_START' };
 257             $new_session->{ 'NAV_END' }   = $cookie->{ 'NAV_END' };
 258         }
 259         elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'contig' )
 260         {
 261             $new_session->{ 'CLADE' }     = $cookie->{ 'CLADE' };
 262             $new_session->{ 'GENOME' }    = $cookie->{ 'GENOME' };
 263             $new_session->{ 'ASSEMBLY' }  = $cookie->{ 'ASSEMBLY' };
 264         }
 265         elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'assembly' )
 266         {
 267             $new_session->{ 'CLADE' }     = $cookie->{ 'CLADE' };
 268             $new_session->{ 'GENOME' }    = $cookie->{ 'GENOME' };
 269         }
 270         elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'genome' )
 271         {
 272             $new_session->{ 'CLADE' }     = $cookie->{ 'CLADE' };
 273         }
 274         elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'export' )
 275         {
 276             $new_session->{ 'CLADE' }     = $cookie->{ 'CLADE' };
 277             $new_session->{ 'GENOME' }    = $cookie->{ 'GENOME' };
 278             $new_session->{ 'ASSEMBLY' }  = $cookie->{ 'ASSEMBLY' };
 279             $new_session->{ 'CONTIG' }    = $cookie->{ 'CONTIG' };
 280             $new_session->{ 'Q_ID' }      = $cookie->{ 'Q_ID' };
 281             $new_session->{ 'S_BEG' }     = $cookie->{ 'S_BEG' };
 282             $new_session->{ 'S_END' }     = $cookie->{ 'S_END' };
 283             $new_session->{ 'STRAND' }    = $cookie->{ 'STRAND' };
 284         }
 285
 286         $new_session->{ 'TRACK_STATUS' } = $cookie->{ 'TRACK_STATUS' };
 287
 288         Maasha::BGB::Session::session_store( "$cookie->{ 'SESSION_DIR' }/$cookie->{ 'USER' }/session.json", $new_session );
 289     }
 290 }
 291
 292
 293 sub session_id_check
 294 {
 295     # Martin A. Hansen, March 2010.
 296
 297     # Check that the session id in the cookie and session match.
 298     # Sets SESSION_ERROR flag in cookie if not matching.
 299
 300     my ( $cookie,    # cookie hash
 301          $session,   # session hash
 302        ) = @_;
 303
 304     # Returns nothing.
 305
 306     if ( defined $cookie->{ 'SESSION_ID' } and defined $session->{ 'SESSION_ID' } )
 307     {
 308         if ( $cookie->{ 'SESSION_ID' } ne $session->{ 'SESSION_ID' } ) {
 309             $cookie->{ 'SESSION_ERROR' } = 1;
 310         } else {
 311             $cookie->{ 'SESSION_ERROR' } = 0;
 312         }
 313     }
 314 }
 315
 316
 317 sub cookie_login
 318 {
 319     # Martin A. Hansen, December 2009.
 320
 321     # Check a user and password from CGI against the password file and
 322     # set the session ID, if found, in the cookie.
 323
 324     my ( $cookie,   # cookie hash
 325        ) = @_;
 326
 327     # Returns nothing.
 328
 329     my ( $session );
 330
 331     if ( defined $cookie->{ 'PASSWORD' } )
 332     {
 333         if ( defined $cookie->{ 'USER' } and -d "$cookie->{ 'SESSION_DIR' }/$cookie->{ 'USER' }" )
 334         {
 335             $session = Maasha::BGB::Session::session_restore( "$cookie->{ 'SESSION_DIR' }/$cookie->{ 'USER' }/session.json" );
 336
 337             if ( $session->{ 'PASSWORD' } eq Digest::MD5::md5_hex( $cookie->{ 'PASSWORD' } ) )
 338             {
 339                 $cookie->{ 'TIME' }          = Maasha::Common::time_stamp();
 340                 $cookie->{ 'SESSION_ID' }  ||= Maasha::BGB::Session::session_new();
 341                 $cookie->{ 'LOGIN' }         = 1;
 342                 $cookie->{ 'LOGIN_ERROR' }   = 0;
 343             }
 344             else
 345             {
 346                 $cookie->{ 'LOGIN_ERROR' } = 1;
 347             }
 348         }
 349         else
 350         {
 351             $cookie->{ 'LOGIN_ERROR' } = 1;
 352         }
 353     }
 354 }
 355
 356
 357 sub cookie_start
 358 {
 359     # Martin A. Hansen, November 2009.
 360
 361     # Decommify the cookie value for NAV_START and adjust it to
 362     # to prevent negative values.
 363
 364     my ( $cookie,   # cookie hash
 365        ) = @_;
 366
 367     # Returns nothing.
 368
 369     if ( defined $cookie->{ 'NAV_START' } )
 370     {
 371         $cookie->{ 'NAV_START' } =~ tr/,//d;
 372         $cookie->{ 'NAV_START' } = 0 if $cookie->{ 'NAV_START' } < 0;
 373     }
 374     else
 375     {
 376         $cookie->{ 'NAV_START' } = 0;
 377     }
 378 }
 379
 380
 381 sub cookie_end
 382 {
 383     # Martin A. Hansen, November 2009.
 384
 385     # Decommify the cookie value for NAV_END and adjust it to prevent
 386     # overshooting the max value for the contig size as determined
 387     # from the cookie.
 388
 389     my ( $cookie,   # cookie hash
 390        ) = @_;
 391
 392     # Returns nothing.
 393
 394     my ( $max );
 395
 396     $max = Maasha::Filesys::file_size( Maasha::BGB::Track::path_seq( $cookie ) );
 397
 398     if ( defined $cookie->{ 'NAV_END' } )
 399     {
 400         $cookie->{ 'NAV_END' } =~ tr/,//d;
 401         $cookie->{ 'NAV_END' } = $max if $cookie->{ 'NAV_END' } > $max;
 402     }
 403     else
 404     {
 405         $cookie->{ 'NAV_END' } = $max;
 406     }
 407 }
 408
 409
 410 sub cookie_zoom
 411 {
 412     # Martin A. Hansen, November 2009.
 413
 414     # Adjust the cookie values for NAV_START and NAV_END based
 415     # on cookie ZOOM values.
 416
 417     my ( $cookie,   # cookie hash
 418        ) = @_;
 419
 420     # Returns nothing.
 421
 422     my ( $max, $dist, $new_dist, $dist_diff );
 423
 424     $max = Maasha::Filesys::file_size( Maasha::BGB::Track::path_seq( $cookie ) );
 425
 426     $dist = $cookie->{ 'NAV_END' } - $cookie->{ 'NAV_START' };
 427
 428     if ( defined $cookie->{ 'ZOOM_IN1' } ) {
 429         $new_dist = $dist / 1.5;
 430     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_IN2' } ) {
 431         $new_dist = $dist / 3;
 432     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_IN3' } ) {
 433         $new_dist = $dist / 10;
 434     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_OUT1' } ) {
 435         $new_dist = $dist * 1.5;
 436     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_OUT2' } ) {
 437         $new_dist = $dist * 3;
 438     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_OUT3' } ) {
 439         $new_dist = $dist * 10;
 440     }
 441
 442     if ( $new_dist )
 443     {
 444         $dist_diff = $dist - $new_dist;
 445
 446         $cookie->{ 'NAV_START' } = int( $cookie->{ 'NAV_START' } + ( $dist_diff / 2 ) );
 447         $cookie->{ 'NAV_END' }   = int( $cookie->{ 'NAV_END' }   - ( $dist_diff / 2 ) );
 448
 449         $cookie->{ 'NAV_START' } = 0    if $cookie->{ 'NAV_START' } < 0;
 450         $cookie->{ 'NAV_END' }   = $max if $cookie->{ 'NAV_END' } > $max;
 451     }
 452 }
 453
 454
 455 sub cookie_move
 456 {
 457     # Martin A. Hansen, November 2009.
 458
 459     # Adjust the cookie values for NAV_START and NAV_END based
 460     # on cookie MOVE values.
 461
 462     my ( $cookie,   # cookie hash
 463        ) = @_;
 464
 465     # Returns nothing.
 466
 467     my ( $max, $dist, $shift, $new_start, $new_end );
 468
 469     $max = Maasha::Filesys::file_size( Maasha::BGB::Track::path_seq( $cookie ) );
 470
 471     $dist = $cookie->{ 'NAV_END' } - $cookie->{ 'NAV_START' };
 472
 473     if ( defined $cookie->{ 'MOVE_LEFT1' } ) {
 474         $shift = -1 * $dist * 0.10;
 475     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_LEFT2' } ) {
 476         $shift = -1 * $dist * 0.475;
 477     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_LEFT3' } ) {
 478         $shift = -1 * $dist * 0.95;
 479     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_RIGHT1' } ) {
 480         $shift = $dist * 0.10;
 481     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_RIGHT2' } ) {
 482         $shift = $dist * 0.475;
 483     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_RIGHT3' } ) {
 484         $shift = $dist * 0.95;
 485     }
 486
 487     if ( $shift )
 488     {
 489         $new_start = int( $cookie->{ 'NAV_START' } + $shift );
 490         $new_end   = int( $cookie->{ 'NAV_END' }   + $shift );
 491
 492         if ( $new_start > 0 and $new_end < $max )
 493         {
 494             $cookie->{ 'NAV_START' } = $new_start;
 495             $cookie->{ 'NAV_END' }   = $new_end;
 496         }
 497     }
 498 }
 499
 500
 501 sub cookie_center
 502 {
 503     # Martin A. Hansen, March 2010.
 504
 505     # Adjust the cookie values for NAV_START and NAV_END based
 506     # on cookie CENTER value if defined.
 507
 508     my ( $cookie,   # cookie hash
 509        ) = @_;
 510
 511     # Returns nothing.
 512
 513     my ( $l_dist, $r_dist );
 514
 515     if ( defined $cookie->{ 'NAV_CENTER' } )
 516     {
 517         $l_dist = $cookie->{ 'NAV_CENTER' } - $cookie->{ 'NAV_START' };
 518         $r_dist = $cookie->{ 'NAV_END' } - $cookie->{ 'NAV_CENTER' };
 519
 520         if ( $l_dist > $r_dist ) {
 521             $cookie->{ 'NAV_START' } = $cookie->{ 'NAV_END' } - 2 * $r_dist;
 522         } else {
 523             $cookie->{ 'NAV_END' } = $cookie->{ 'NAV_START' } + 2 * $l_dist;
 524         }
 525     }
 526 }
 527
 528
 529 sub cookie_track_status
 530 {
 531     # Martin A. Hansen, March 2010.
 532
 533     #
 534
 535     my ( $cookie,   # cookie hash
 536        ) = @_;
 537
 538     # Returns nothing.
 539
 540     my ( $clade, $genome, $assembly, $track );
 541
 542     $clade    = $cookie->{ 'CLADE' };
 543     $genome   = $cookie->{ 'GENOME' };
 544     $assembly = $cookie->{ 'ASSEMBLY' };
 545     $track    = $cookie->{ 'TRACK' };
 546
 547     if ( $track )
 548     {
 549         if ( $cookie->{ 'TRACK_STATUS' }->{ $clade }->{ $genome }->{ $assembly }->{ $track } ) {
 550             $cookie->{ 'TRACK_STATUS' }->{ $clade }->{ $genome }->{ $assembly }->{ $track } = 0;
 551         } else {
 552             $cookie->{ 'TRACK_STATUS' }->{ $clade }->{ $genome }->{ $assembly }->{ $track } = 1;
 553         }
 554     }
 555 }
 556
 557
 558 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> PAGES <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 559
 560
 561 sub page
 562 {
 563     # Martin A. Hansen, November 2009.
 564
 565     # Determines what page to render based on
 566     # the cookie's PAGE setting.
 567
 568     my ( $cookie,   # cookie hash
 569        ) = @_;
 570
 571     # Returns a list.
 572
 573     my ( @html );
 574
 575     if ( $cookie->{ 'SESSION_ID' } ) {
 576         push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "session_id", value => $cookie->{ 'SESSION_ID' } ) );
 577     }
 578
 579     if ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'login' ) {
 580         push @html, page_login( $cookie );
 581     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'search' ) {
 582         push @html, page_search( $cookie );
 583     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'browse' ) {
 584         push @html, page_browse( $cookie );
 585     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'dna' ) {
 586         push @html, page_dna( $cookie );
 587     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'export' ) {
 588         push @html, page_export( $cookie );
 589     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'clade' ) {
 590         push @html, page_clade( $cookie );
 591     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'genome' ) {
 592         push @html, page_genome( $cookie );
 593     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'assembly' ) {
 594         push @html, page_assembly( $cookie );
 595     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'contig' ) {
 596         push @html, page_contig( $cookie );
 597     }
 598
 599     return wantarray ? @html : \@html;
 600 }
 601
 602
 603 sub page_login
 604 {
 605     # Martin A. Hansen, December 2009.
 606
 607     # Renders the login page.
 608
 609     my ( $cookie,
 610        ) = @_;
 611
 612     # Returns a list.
 613
 614     my ( @html );
 615
 616     push @html, section_login( $cookie );
 617
 618     return wantarray ? @html : \@html;
 619 }
 620
 621
 622 sub page_search
 623 {
 624     # Martin A. Hansen, December 2009.
 625
 626     # Renders the search page.
 627
 628     my ( $cookie,
 629        ) = @_;
 630
 631     # Returns a list.
 632
 633     my ( @html );
 634
 635     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 636     push @html, section_search( $cookie );
 637
 638     return wantarray ? @html : \@html;
 639 }
 640
 641
 642 sub page_browse
 643 {
 644     # Martin A. Hansen, November 2009.
 645
 646     # Renders the browse page.
 647
 648     my ( $cookie,
 649        ) = @_;
 650
 651     # Returns a list.
 652
 653     my ( @html );
 654
 655     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 656     push @html, section_navigate( $cookie );
 657     push @html, section_browse( $cookie );
 658     push @html, section_linkout( $cookie );
 659
 660     return wantarray ? @html : \@html;
 661 }
 662
 663
 664 sub page_dna
 665 {
 666     # Martin A. Hansen, November 2009.
 667
 668     # Renders the DNA page.
 669
 670     my ( $cookie,
 671        ) = @_;
 672
 673     # Returns a list.
 674
 675     my ( @html );
 676
 677     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 678     push @html, section_dna( $cookie );
 679
 680     return wantarray ? @html : \@html;
 681 }
 682
 683
 684 sub page_export
 685 {
 686     # Martin A. Hansen, November 2009.
 687
 688     # Renders the export page.
 689
 690     my ( $cookie,
 691        ) = @_;
 692
 693     # Returns a list.
 694
 695     my ( @html );
 696
 697     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 698     push @html, section_export( $cookie );
 699
 700     return wantarray ? @html : \@html;
 701 }
 702
 703
 704 sub page_clade
 705 {
 706     # Martin A. Hansen, March 2010.
 707
 708     # Renders the clade selection page.
 709
 710     my ( $cookie,   # cookie hash
 711        ) = @_;
 712
 713     # Returns a list.
 714
 715     my ( @html );
 716
 717     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 718     push @html, section_clade( $cookie );
 719
 720     return wantarray ? @html : \@html;
 721 }
 722
 723
 724 sub page_genome
 725 {
 726     # Martin A. Hansen, March 2010.
 727
 728     # Renders the genome selection page.
 729
 730     my ( $cookie,   # cookie hash
 731        ) = @_;
 732
 733     # Returns a list.
 734
 735     my ( @html );
 736
 737     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 738     push @html, section_genome( $cookie );
 739
 740     return wantarray ? @html : \@html;
 741 }
 742
 743
 744 sub page_assembly
 745 {
 746     # Martin A. Hansen, March 2010.
 747
 748     # Renders the clade selection page.
 749
 750     my ( $cookie,   # cookie hash
 751        ) = @_;
 752
 753     # Returns a list.
 754
 755     my ( @html );
 756
 757     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 758     push @html, section_assembly( $cookie );
 759
 760     return wantarray ? @html : \@html;
 761 }
 762
 763
 764 sub page_contig
 765 {
 766     # Martin A. Hansen, November 2009.
 767
 768     # Renders the browse page.
 769
 770     my ( $cookie,   # cookie hash
 771        ) = @_;
 772
 773     # Returns a list.
 774
 775     my ( @html );
 776
 777     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 778     push @html, section_contig( $cookie );
 779
 780     return wantarray ? @html : \@html;
 781 }
 782
 783
 784 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> SECTIONS <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 785
 786
 787 sub section_login
 788 {
 789     # Martin A. Hansen, December 2009.
 790
 791     # Returns a HTML section with a login menu.
 792
 793     my ( $cookie,   # cookie hash
 794        ) = @_;
 795
 796     # Returns a list.
 797
 798     my ( $user, $password, $login, @html );
 799
 800     $user     = Maasha::XHTML::text( name => "user", value => "", size => 20 );
 801     $password = Maasha::XHTML::password( name => "password", value => "", size => 20 );
 802     $login    = Maasha::XHTML::submit( name => "login_submit", value => "Login" );
 803
 804     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Login", class => 'center' );
 805
 806     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Login table", align => 'center' );
 807     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ "User:", $user ] );
 808     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ "Password:", $password ] );
 809     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ "", $login ] );
 810     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 811
 812     if ( defined $cookie->{ 'CLADE' }     and
 813          defined $cookie->{ 'GENOME' }    and
 814          defined $cookie->{ 'ASSEMBLY' }  and
 815          defined $cookie->{ 'CONTIG' }    and
 816          defined $cookie->{ 'NAV_START' } and
 817          defined $cookie->{ 'NAV_END' }
 818     )
 819     {
 820         push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "clade",     value => $cookie->{ 'CLADE' } ) );
 821         push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "genome",    value => $cookie->{ 'GENOME' } ) );
 822         push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "assembly",  value => $cookie->{ 'ASSEMBLY' } ) );
 823         push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "contig",    value => $cookie->{ 'CONTIG' } ) );
 824         push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "nav_start", value => $cookie->{ 'NAV_START' } ) );
 825         push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "nav_end",   value => $cookie->{ 'NAV_END' } ) );
 826     }
 827
 828     if ( $cookie->{ 'LOGIN_ERROR' } ) {
 829         push @html, Maasha::XHTML::h3( txt => "Bad user or password - please retry", class => 'error' );
 830     }
 831
 832     return wantarray ? @html : \@html;
 833 }
 834
 835
 836 sub section_taxonomy_table
 837 {
 838     # Martin A. Hansen, November 2009.
 839
 840     # Returns a HTML section with a taxonomy table
 841     # showing the location in the taxonomy and with
 842     # links to browse the taxonomy.
 843
 844     my ( $cookie,   # cookie hash
 845        ) = @_;
 846
 847     # Returns a list.
 848
 849     my ( $page, @row, @html, $href, $txt );
 850
 851     foreach $page ( @{ $cookie->{ 'LIST_PAGES' } } )
 852     {
 853         last if $page eq $cookie->{ 'PAGE' } or $page eq 'browse';
 854
 855         $href  = "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=$page";
 856         $href .= "&session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }";
 857         $href .= "&user=$cookie->{ 'USER' }";
 858         $href .= "&clade=$cookie->{ 'CLADE' }"       if $page !~ /clade/;
 859         $href .= "&genome=$cookie->{ 'GENOME' }"     if $page !~ /clade|genome/;
 860         $href .= "&assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }" if $page !~ /clade|genome|assembly/;
 861         $href .= "&contig=$cookie->{ 'CONTIG' }"     if $page !~ /clade|genome|assembly|contig/;
 862
 863         $txt = ": $cookie->{ uc $page }";
 864
 865         push @row, Maasha::XHTML::ln( txt => $page, href => $href, class => 'inline' );
 866         push @row, Maasha::XHTML::p(  txt => $txt, class => 'inline' );
 867     }
 868
 869     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Taxonomy table", align => 'center', cellpadding => '5px' );
 870     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ join( "\n", @row ) ], align => 'center' );
 871     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 872
 873     return wantarray ? @html : \@html;
 874 }
 875
 876
 877 sub section_clade
 878 {
 879     # Martin A. Hansen, March 2010.
 880
 881     # Returns a HTML section with clade selection choices
 882     # for navigating the taxonomy tree.
 883
 884     my ( $cookie,   # cookie hash
 885        ) = @_;
 886
 887     # Returns a list.
 888
 889     my ( @html, $clade, $href );
 890
 891     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Select clade", class => 'center' );
 892
 893     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Taxonomy select table", align => 'center', cellpadding => '5px' );
 894
 895     foreach $clade ( @{ $cookie->{ 'LIST_CLADE' } } )
 896     {
 897         $href  = "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=genome";
 898         $href .= "&session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }";
 899         $href .= "&user=$cookie->{ 'USER' }";
 900         $href .= "&clade=$clade";
 901
 902         push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ Maasha::XHTML::ln( txt => $clade, href => $href ) ] );
 903     }
 904
 905     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 906
 907     return wantarray ? @html : \@html;
 908 }
 909
 910
 911 sub section_genome
 912 {
 913     # Martin A. Hansen, March 2010.
 914
 915     # Returns a HTML section with genome selection choices
 916     # for navigating the taxonomy tree.
 917
 918     my ( $cookie,   # cookie hash
 919        ) = @_;
 920
 921     # Returns a list.
 922
 923     my ( @html, $genome, $href );
 924
 925     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Select genome", class => 'center' );
 926
 927     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Taxonomy select table", align => 'center', cellpadding => '5px' );
 928
 929     foreach $genome ( @{ $cookie->{ 'LIST_GENOME' } } )
 930     {
 931         $href  = "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=assembly";
 932         $href .= "&session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }";
 933         $href .= "&user=$cookie->{ 'USER' }";
 934         $href .= "&clade=$cookie->{ 'CLADE' }";
 935         $href .= "&genome=$genome";
 936
 937         push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ Maasha::XHTML::ln( txt => $genome, href => $href ) ] );
 938     }
 939
 940     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 941
 942     return wantarray ? @html : \@html;
 943 }
 944
 945
 946 sub section_assembly
 947 {
 948     # Martin A. Hansen, March 2010.
 949
 950     # Returns a HTML section with assembly selection choices
 951     # for navigating the taxonomy tree.
 952
 953     my ( $cookie,   # cookie hash
 954        ) = @_;
 955
 956     # Returns a list.
 957
 958     my ( @html, $assembly, $href );
 959
 960     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Select assembly", class => 'center' );
 961
 962     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Taxonomy select table", align => 'center', cellpadding => '5px' );
 963
 964     foreach $assembly ( @{ $cookie->{ 'LIST_ASSEMBLY' } } )
 965     {
 966         $href  = "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=contig";
 967         $href .= "&session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }";
 968         $href .= "&user=$cookie->{ 'USER' }";
 969         $href .= "&clade=$cookie->{ 'CLADE' }";
 970         $href .= "&genome=$cookie->{ 'GENOME' }";
 971         $href .= "&assembly=$assembly";
 972
 973         push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ Maasha::XHTML::ln( txt => $assembly, href => $href ) ] );
 974     }
 975
 976     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 977
 978     return wantarray ? @html : \@html;
 979 }
 980
 981
 982 sub section_contig
 983 {
 984     # Martin A. Hansen, March 2010.
 985
 986     # Returns a HTML section with contig selection choices
 987     # for navigating the taxonomy tree.
 988
 989     my ( $cookie,   # cookie hash
 990        ) = @_;
 991
 992     # Returns a list.
 993
 994     my ( @html, $contig, $href );
 995
 996     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Select contig", class => 'center' );
 997
 998     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Taxonomy select table", align => 'center', cellpadding => '5px' );
 999
1000     foreach $contig ( @{ $cookie->{ 'LIST_CONTIG' } } )
1001     {
1002         $href  = "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=browse";
1003         $href .= "&session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }";
1004         $href .= "&user=$cookie->{ 'USER' }";
1005         $href .= "&clade=$cookie->{ 'CLADE' }";
1006         $href .= "&genome=$cookie->{ 'GENOME' }";
1007         $href .= "&assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }";
1008         $href .= "&contig=$contig";
1009
1010         push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ Maasha::XHTML::ln( txt => $contig, href => $href ) ] );
1011     }
1012
1013     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
1014
1015     return wantarray ? @html : \@html;
1016 }
1017
1018
1019 sub section_navigate
1020 {
1021     # Martin A. Hansen, November 2009.
1022
1023     # Returns a HTML section for navigating in the browser window.
1024
1025     my ( $cookie,   # cookie hash
1026        ) = @_;
1027
1028     # Returns a list.
1029
1030     my ( @html, $nav_val );
1031
1032     $nav_val = Maasha::Calc::commify( $cookie->{ 'NAV_START' } ) . "-" . Maasha::Calc::commify( $cookie->{ 'NAV_END' } );
1033
1034     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Navigation table", align => 'center' );
1035     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [
1036         "Position or search term:",
1037         Maasha::XHTML::text( name => "nav_search", value => $nav_val, size => 30 ),
1038         Maasha::XHTML::submit( name => "nav_submit", value => "Submit" ),
1039     ] );
1040     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
1041
1042     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Zoom table", align => 'center' );
1043     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [
1044         Maasha::XHTML::p( txt => 'Move:' ),
1045         Maasha::XHTML::submit( name => "move_left3",  value => "<<<", title => "move 95% to the left" ),
1046         Maasha::XHTML::submit( name => "move_left2",  value => "<<",  title => "move 47.5% to the left" ),
1047         Maasha::XHTML::submit( name => "move_left1",  value => "<",   title => "move 10% to the left" ),
1048         Maasha::XHTML::submit( name => "move_right1", value => ">",   title => "move 10% to the rigth" ),
1049         Maasha::XHTML::submit( name => "move_right2", value => ">>",  title => "move 47.5% to the rigth" ),
1050         Maasha::XHTML::submit( name => "move_right3", value => ">>>", title => "move 95% to the right" ),
1051         Maasha::XHTML::p( txt => 'Zoom in:' ),
1052         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_in1", value => "1.5x" ),
1053         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_in2", value => "3x" ),
1054         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_in3", value => "10x" ),
1055         Maasha::XHTML::p( txt => 'Zoom out:' ),
1056         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_out1", value => "1.5x" ),
1057         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_out2", value => "3x" ),
1058         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_out3", value => "10x" ),
1059     ] );
1060     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
1061
1062     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "page",     value => "browse" ) );
1063     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "user",     value => $cookie->{ 'USER' } ) );
1064     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "clade",    value => $cookie->{ 'CLADE' } ) );
1065     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "genome",   value => $cookie->{ 'GENOME' } ) );
1066     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "assembly", value => $cookie->{ 'ASSEMBLY' } ) );
1067     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "contig",   value => $cookie->{ 'CONTIG' } ) );
1068
1069     return wantarray ? @html : \@html;
1070 }
1071
1072
1073 sub section_linkout
1074 {
1075     # Martin A. Hansen, March 2010.
1076
1077     # Returns a HTML section for a static link based on information in the cookie.
1078
1079     my ( $cookie,   # cookie hash
1080        ) = @_;
1081
1082     # Returns a list.
1083
1084     my ( $link, @html );
1085
1086     $link = Maasha::XHTML::ln(
1087         txt  => 'link',
1088         href => join( "&", "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=browse",
1089                            "clade=$cookie->{ 'CLADE' }",
1090                            "genome=$cookie->{ 'GENOME' }",
1091                            "assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }",
1092                            "contig=$cookie->{ 'CONTIG' }",
1093                            "nav_start=$cookie->{ 'NAV_START' }",
1094                            "nav_end=$cookie->{ 'NAV_END' }",
1095               ),
1096         title  => "Static link to this view",
1097     );
1098
1099     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => $link, class => 'center' );
1100
1101     return wantarray ? @html : \@html;
1102 }
1103
1104
1105 sub section_browse
1106 {
1107     my ( $cookie,
1108        ) = @_;
1109
1110     # Returns a list.
1111
1112     my ( @track_list, $i, @tracks, $track, $elem, $surface, $cr, $png_data, @html, @img, $x1, $y1, $x2, $y2, $factor, $center );
1113
1114     push @tracks, [ Maasha::BGB::Track::track_ruler( $cookie ) ];
1115     push @tracks, [ Maasha::BGB::Track::track_seq( $cookie ) ];
1116
1117     @track_list = Maasha::BGB::Track::list_track_dir( $cookie->{ 'USER' }, $cookie->{ 'CLADE' }, $cookie->{ 'GENOME' }, $cookie->{ 'ASSEMBLY' }, $cookie->{ 'CONTIG' } );
1118
1119     for ( $i = 0; $i < @track_list; $i++ )
1120     {
1121         $cookie->{ 'FEAT_COLOR' } = Maasha::BGB::Draw::palette( $i );
1122
1123         push @tracks, [ Maasha::BGB::Track::track_feature( $track_list[ $i ], $cookie ) ];
1124     }
1125
1126     $surface = Cairo::ImageSurface->create( 'argb32', $cookie->{ 'IMG_WIDTH' }, $cookie->{ 'TRACK_OFFSET' } );
1127     $cr      = Cairo::Context->create( $surface );
1128
1129     $cr->rectangle( 0, 0, $cookie->{ 'IMG_WIDTH' }, $cookie->{ 'TRACK_OFFSET' } );
1130     $cr->set_source_rgb( 1, 1, 1 );
1131     $cr->fill;
1132
1133     foreach $track ( @tracks ) {
1134         Maasha::BGB::Draw::draw_feature( $cr, $track ) if $track;
1135     }
1136
1137     $png_data = Maasha::BGB::Draw::base64_png( $surface );
1138
1139     push @img, Maasha::XHTML::img(
1140         src    => "data:image/png;base64,$png_data",
1141         alt    => "Browser Tracks",
1142         height => $cookie->{ 'TRACK_OFFSET' },
1143         width  => $cookie->{ 'IMG_WIDTH' },
1144         id     => "browser_map",
1145         usemap => "#browser_map"
1146     );
1147
1148     push @img, Maasha::XHTML::map_beg( name => "browser_map", id => "browser_map" );
1149
1150     $factor = ( $cookie->{ 'NAV_END' } - $cookie->{ 'NAV_START' } + 1 ) / $cookie->{ 'IMG_WIDTH' };
1151
1152     for ( $i = 0; $i < $cookie->{ 'IMG_WIDTH' }; $i += 5 )
1153     {
1154         $x1 = $i;
1155         $y1 = 10;
1156         $x2 = $i + 5;
1157         $y2 = 20;
1158
1159         $center = int( $cookie->{ 'NAV_START' } + $factor * $i );
1160
1161         push @img, Maasha::XHTML::area(
1162             href   => join( "&", "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=browse",
1163                                  "session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }",
1164                                  "user=$cookie->{ 'USER' }",
1165                                  "clade=$cookie->{ 'CLADE' }",
1166                                  "genome=$cookie->{ 'GENOME' }",
1167                                  "assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }",
1168                                  "contig=$cookie->{ 'CONTIG' }",
1169                                  "nav_start=$cookie->{ 'NAV_START' }",
1170                                  "nav_end=$cookie->{ 'NAV_END' }",
1171                                  "nav_center=$center",
1172                       ),
1173             shape  => 'rect',
1174             coords => "$x1, $y1, $x2, $y2",
1175             title  => "Center on " . Maasha::Calc::commify( $center ),
1176         );
1177     }
1178
1179     foreach $track ( @tracks )
1180     {
1181         foreach $elem ( @{ $track } )
1182         {
1183             next if $elem->{ 'type' } =~ /text|wiggle/;
1184
1185             if ( $elem->{ 'type' } eq 'track_name' )
1186             {
1187                 $x1 = $elem->{ 'x1' };
1188                 $y1 = $elem->{ 'y1' } - 10;
1189                 $x2 = $elem->{ 'x1' } + 6 * length $elem->{ 'txt' };
1190                 $y2 = $elem->{ 'y1' };
1191
1192                 if ( Maasha::BGB::Track::track_hide( $cookie, $elem->{ 'track' } ) )
1193                 {
1194                     push @img, Maasha::XHTML::area(
1195                         href   => join( "&", "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=browse",
1196                                              "session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }",
1197                                              "user=$cookie->{ 'USER' }",
1198                                              "clade=$cookie->{ 'CLADE' }",
1199                                              "genome=$cookie->{ 'GENOME' }",
1200                                              "assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }",
1201                                              "contig=$cookie->{ 'CONTIG' }",
1202                                              "track=$elem->{ 'track' }",
1203                                   ),
1204                         shape  => 'rect',
1205                         coords => "$x1, $y1, $x2, $y2",
1206                         title  => qq(Show track: $elem->{ 'txt' }),
1207                     );
1208                 }
1209                 else
1210                 {
1211                     push @img, Maasha::XHTML::area(
1212                         href   => join( "&", "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=browse",
1213                                              "session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }",
1214                                              "user=$cookie->{ 'USER' }",
1215                                              "clade=$cookie->{ 'CLADE' }",
1216                                              "genome=$cookie->{ 'GENOME' }",
1217                                              "assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }",
1218                                              "contig=$cookie->{ 'CONTIG' }",
1219                                              "track=$elem->{ 'track' }",
1220                                   ),
1221                         shape  => 'rect',
1222                         coords => "$x1, $y1, $x2, $y2",
1223                         title  => qq(Hide track: $elem->{ 'txt' }),
1224                     );
1225                 }
1226             }
1227             else
1228             {
1229                 push @img, Maasha::XHTML::area(
1230                     href     => join( "&", "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=export",
1231                                            "session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }",
1232                                            "user=$cookie->{ 'USER' }",
1233                                            "clade=$cookie->{ 'CLADE' }",
1234                                            "genome=$cookie->{ 'GENOME' }",
1235                                            "assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }",
1236                                            "contig=$cookie->{ 'CONTIG' }",
1237                                            "s_beg=$elem->{ 's_beg' }",
1238                                            "s_end=$elem->{ 's_end' }",
1239                                            "strand=$elem->{ 'strand' }",
1240                                            "q_id=$elem->{ 'q_id' }",
1241                               ),
1242                     shape  => 'rect',
1243                     coords => "$elem->{ x1 }, $elem->{ y1 }, $elem->{ x2 }, $elem->{ y2 }",
1244                     title  => "$elem->{ 'title' }",
1245                 );
1246             }
1247         }
1248     }
1249
1250     push @img, Maasha::XHTML::map_end();
1251
1252     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => join( "\n", @img ) );
1253
1254     @html = Maasha::XHTML::div( txt => join( "\n", @html ), class => 'browse' );
1255
1256     return wantarray ? @html : \@html;
1257 }
1258
1259
1260 sub section_export
1261 {
1262     # Martin A. Hansen, November 2009.
1263
1264     # Returns a HTML section with export table.
1265
1266     my ( $cookie,   # cookie hash
1267        ) = @_;
1268
1269     # Returns a list.
1270
1271     my ( $feat, @row_dna_contig, @html );
1272
1273     $feat = $cookie->{ 'Q_ID' } || "[no name]";
1274
1275     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::p( txt => qq(Export Feature: "$feat" DNA from Contig: ), class => 'inline' );
1276     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::p( txt  => "$cookie->{ 'CONTIG' } Start: ", class => 'inline' );
1277     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::text( name => "s_beg", value => Maasha::Calc::commify( $cookie->{ 'S_BEG' } ), size => 15 );
1278     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::p( txt => "End: ", class => 'inline' );
1279     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::text( name => "s_end", value => Maasha::Calc::commify( $cookie->{ 'S_END' } ), size => 15 );
1280     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::p( txt => "Strand: ", class => 'inline' );
1281     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::menu( name => "strand", options => [ qw( + - ) ], selected => $cookie->{ 'STRAND' } );
1282     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::submit( name => "export", value => "Export", title => "Fetch DNA from this region" );
1283
1284     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Export", class => 'center' );
1285     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Taxonomy select table", align => 'center' );
1286     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => \@row_dna_contig );
1287     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
1288
1289     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "page",     value => "dna" ) );
1290     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "user",     value => $cookie->{ 'USER' } ) );
1291     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "clade",    value => $cookie->{ 'CLADE' } ) );
1292     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "genome",   value => $cookie->{ 'GENOME' } ) );
1293     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "assembly", value => $cookie->{ 'ASSEMBLY' } ) );
1294     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "contig",   value => $cookie->{ 'CONTIG' } ) );
1295
1296     return wantarray ? @html : \@html;
1297 }
1298
1299
1300 sub section_search
1301 {
1302     # Martin A. Hansen, November 2009.
1303
1304     # Returns a HTML section with export table.
1305
1306     my ( $cookie,   # cookie hash
1307        ) = @_;
1308
1309     # Returns a list.
1310
1311     my ( $results, $result, $count, @html, $export, $browse );
1312
1313     $results = Maasha::BGB::Track::search_tracks( $cookie );
1314
1315     $count = scalar @{ $results };
1316
1317     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Search", class => 'center' );
1318     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => qq(Results for "$cookie->{ 'SEARCH' }": $count), class => 'center' );
1319
1320     if ( $count > 0 )
1321     {
1322         push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Search table", align => 'center', cellpadding => '5px' );
1323         push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ qw( S_ID S_BEG S_END Q_ID SCORE STRAND HITS ALIGN BLOCK_COUNT BLOCK_BEGS BLOCK_LENS BLOCK_TYPE) ] );
1324
1325         foreach $result ( @{ $results } )
1326         {
1327             $cookie->{ 'CONTIG' }    = $result->{ 'S_ID' };
1328             $cookie->{ 'NAV_START' } = $result->{ 'S_BEG' };
1329             $cookie->{ 'NAV_END' }   = $result->{ 'S_END' };
1330             $cookie->{ 'S_BEG' }     = $result->{ 'S_BEG' };
1331             $cookie->{ 'S_END' }     = $result->{ 'S_END' };
1332             $cookie->{ 'STRAND' }    = $result->{ 'STRAND' };
1333             $cookie->{ 'Q_ID' }      = $result->{ 'Q_ID' };
1334
1335             $browse = Maasha::XHTML::ln(
1336                 txt  => "browse",
1337                 href => join( "&", "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=browse",
1338                                    "session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }",
1339                                    "user=$cookie->{ 'USER' }",
1340                                    "clade=$cookie->{ 'CLADE' }",
1341                                    "genome=$cookie->{ 'GENOME' }",
1342                                    "assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }",
1343                                    "contig=$cookie->{ 'CONTIG' }",
1344                                    "nav_start=$cookie->{ 'NAV_START' }",
1345                                    "nav_end=$cookie->{ 'NAV_END' }",
1346                 ),
1347             );
1348
1349
1350             $export = Maasha::XHTML::ln(
1351                 txt  => "export",
1352                 href => join( "&", "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=export",
1353                                    "session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }",
1354                                    "user=$cookie->{ 'USER' }",
1355                                    "clade=$cookie->{ 'CLADE' }",
1356                                    "genome=$cookie->{ 'GENOME' }",
1357                                    "assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }",
1358                                    "contig=$cookie->{ 'CONTIG' }",
1359                                    "s_beg=$cookie->{ 'S_BEG' }",
1360                                    "s_end=$cookie->{ 'S_END' }",
1361                                    "strand=$cookie->{ 'STRAND' }",
1362                 ),
1363             );
1364
1365             push @html, Maasha::XHTML::table_row_advanced(
1366                 tr => [ { td => $result->{ 'S_ID' } },
1367                         { td => $result->{ 'S_BEG' }, align => 'right' },
1368                         { td => $result->{ 'S_END' }, align => 'right' },
1369                         { td => $result->{ 'Q_ID' } },
1370                         { td => $result->{ 'SCORE' }, align => 'right' },
1371                         { td => $result->{ 'STRAND' } },
1372                         { td => $result->{ 'HITS' }, align => 'right' },
1373                         { td => $result->{ 'ALIGN' } },
1374                         { td => $result->{ 'BLOCK_COUNT' }, align => 'right' },
1375                         { td => $result->{ 'BLOCK_BEGS' } },
1376                         { td => $result->{ 'BLOCK_LENS' } },
1377                         { td => $result->{ 'BLOCK_TYPE' } },
1378                         { td => $browse },
1379                         { td => $export },
1380                 ], class => "monospace"
1381             );
1382         }
1383
1384         push @html, Maasha::XHTML::table_end;
1385     }
1386
1387     return wantarray ? @html : \@html;
1388 }
1389
1390
1391 sub section_dna
1392 {
1393     # Martin A. Hansen, November 2009.
1394
1395     # Returns a HTML section with extracted DNA.
1396
1397     my ( $cookie,   # cookie hash
1398        ) = @_;
1399
1400     # Returns a list.
1401
1402     my ( @html, $beg, $end, $seq );
1403
1404     $beg = $cookie->{ 'S_BEG' };
1405     $end = $cookie->{ 'S_END' };
1406     $beg =~ tr/,//d;
1407     $end =~ tr/,//d;
1408
1409     $seq = join ";", ">$cookie->{ 'GENOME' }", $cookie->{ 'ASSEMBLY' }, $cookie->{ 'CONTIG' }, $beg, $end, "$cookie->{ 'STRAND' }\n";
1410     $seq .= Maasha::BGB::Track::dna_get( $cookie );
1411
1412     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "DNA", class => 'center' );
1413     push @html, Maasha::XHTML::pre( txt => $seq );
1414
1415     return wantarray ? @html : \@html;
1416 }
1417
1418
1419 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1420
1421
1422 __END__