www/index.cgi

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2006-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 use strict;
  24 use warnings;
  25
  26 use lib $ENV{ 'BP_PERL' };
  27
  28 use CGI;
  29 use Data::Dumper;
  30 use Digest::MD5;
  31 use Maasha::Common;
  32 use Maasha::Filesys;
  33 use Maasha::Calc;
  34 use Maasha::XHTML;
  35 use Maasha::KISS;
  36 use Maasha::BGB::Session;
  37 use Maasha::BGB::Track;
  38 use Maasha::BGB::Draw;
  39
  40 my ( $cgi, $cookie, @html );
  41
  42 $cgi    = new CGI;
  43 $cookie = cookie_default( $cgi );;
  44
  45 push @html, Maasha::XHTML::html_header(
  46     cgi_header  => 1,
  47     title       => "Biopieces Genome Browser",
  48     css_file    => "bgb.css",
  49     author      => "Martin A. Hansen, mail\@maasha.dk",
  50     description => "Biopieces Genome Browser",
  51     keywords    => [ qw( Biopieces biopiece genome browser viewer bacterium bacteria prokaryote prokaryotes ) ],
  52     no_cache    => 1,
  53 );
  54
  55 push @html, Maasha::XHTML::h1( txt => "Biopieces Genome Browser", class => 'center' );
  56 push @html, Maasha::XHTML::form_beg( action => $cookie->{ 'SCRIPT' }, method => "post", enctype => "multipart/form-data" );
  57
  58 push @html, page( $cookie );
  59
  60 push @html, Maasha::XHTML::form_end;
  61 push @html, Maasha::XHTML::body_end;
  62 push @html, Maasha::XHTML::html_end;
  63
  64 # push @html, Maasha::XHTML::hdump( [ $cgi->Vars ] );  # DEBUG
  65 # push @html, Maasha::XHTML::hdump( \%ENV );           # DEBUG
  66 # push @html, Maasha::XHTML::hdump( $cookie );         # DEBUG
  67
  68 print "$_\n" foreach @html;
  69
  70
  71 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> SUBROUTINES <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  72
  73
  74 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> COOKIE <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  75
  76
  77 sub cookie_default
  78 {
  79     # Martin A. Hansen, November 2009.
  80
  81     # Set a cookie with values from the CGI object or defaults.
  82
  83     my ( $cgi,   # CGI object
  84        ) = @_;
  85
  86     # Returns a hash.
  87
  88     my ( $cookie, $path );
  89
  90     $cookie = {};
  91
  92     if ( $cgi->param( 'nav_search' ) )
  93     {
  94         if ( $cgi->param( 'nav_search' ) =~ /([0-9,]+)[ -]([0-9,]+)/ )
  95         {
  96             $cookie->{ 'NAV_START' } = $1;
  97             $cookie->{ 'NAV_END' }   = $2;
  98         }
  99         else
 100         {
 101             $cookie->{ 'SEARCH' } = $cgi->param( 'nav_search' );
 102
 103             $cgi->param( 'page', 'search' );
 104         }
 105     }
 106
 107     $cookie->{ 'SCRIPT' }          = Maasha::Common::get_scriptname();
 108     $cookie->{ 'DATA_DIR' }        = "Data";
 109     $cookie->{ 'SESSION_DIR' }     = "Sessions";
 110     $cookie->{ 'LIST_PAGES' }      = [ qw( clade genome assembly contig browse ) ];
 111
 112     $cookie->{ 'USER' }            = $cgi->param( 'user' ) || '';
 113     $cookie->{ 'PASSWORD' }        = $cgi->param( 'password' );
 114     $cookie->{ 'SESSION_ID' }      = $cgi->param( 'session_id' );
 115
 116     cookie_session( $cookie );
 117     cookie_login( $cookie );
 118
 119     $cookie->{ 'PAGE' }          ||= $cgi->param( 'page' )     || 'login';
 120     $cookie->{ 'CLADE' }           = $cgi->param( 'clade' )    || '';
 121     $cookie->{ 'GENOME' }          = $cgi->param( 'genome' )   || '';
 122     $cookie->{ 'ASSEMBLY' }        = $cgi->param( 'assembly' ) || '';
 123     $cookie->{ 'CONTIG' }          = $cgi->param( 'contig' )   || '';
 124     $cookie->{ 'Q_ID' }            = $cgi->param( 'q_id' );
 125     $cookie->{ 'S_BEG' }           = $cgi->param( 's_beg' );
 126     $cookie->{ 'S_END' }           = $cgi->param( 's_end' );
 127     $cookie->{ 'STRAND' }          = $cgi->param( 'strand' );
 128     $cookie->{ 'ZOOM_IN1' }        = $cgi->param( 'zoom_in1' );
 129     $cookie->{ 'ZOOM_IN2' }        = $cgi->param( 'zoom_in2' );
 130     $cookie->{ 'ZOOM_IN3' }        = $cgi->param( 'zoom_in3' );
 131     $cookie->{ 'ZOOM_OUT1' }       = $cgi->param( 'zoom_out1' );
 132     $cookie->{ 'ZOOM_OUT2' }       = $cgi->param( 'zoom_out2' );
 133     $cookie->{ 'ZOOM_OUT3' }       = $cgi->param( 'zoom_out3' );
 134     $cookie->{ 'MOVE_LEFT1' }      = $cgi->param( 'move_left1' );
 135     $cookie->{ 'MOVE_LEFT2' }      = $cgi->param( 'move_left2' );
 136     $cookie->{ 'MOVE_LEFT3' }      = $cgi->param( 'move_left3' );
 137     $cookie->{ 'MOVE_RIGHT1' }     = $cgi->param( 'move_right1' );
 138     $cookie->{ 'MOVE_RIGHT2' }     = $cgi->param( 'move_right2' );
 139     $cookie->{ 'MOVE_RIGHT3' }     = $cgi->param( 'move_right3' );
 140
 141     $cookie->{ 'IMG_WIDTH' }       = 1200;
 142     $cookie->{ 'IMG_HEIGHT' }      = 800;
 143     $cookie->{ 'TRACK_OFFSET' }    = 20;
 144     $cookie->{ 'TRACK_SPACE' }     = 20;
 145     $cookie->{ 'RULER_FONT_SIZE' } = 10;
 146     $cookie->{ 'RULER_COLOR' }     = [ 0, 0, 0 ];
 147     $cookie->{ 'SEQ_FONT_SIZE' }   = 10;
 148     $cookie->{ 'SEQ_COLOR' }       = [ 0, 0, 0, ];
 149     $cookie->{ 'FEAT_WIDTH' }      = 5;
 150     $cookie->{ 'FEAT_COLOR' }      = [ 0, 0, 0 ];
 151     $cookie->{ 'FEAT_MAX' }        = 5000;
 152
 153     $path = "$cookie->{ 'DATA_DIR' }/Users";
 154
 155     $cookie->{ 'LIST_USER' }       = Maasha::Filesys::ls_dirs_base( $path ) if -d $path;
 156
 157     $path .= "/$cookie->{ 'USER' }";
 158
 159     $cookie->{ 'LIST_CLADE' }      = Maasha::Filesys::ls_dirs_base( $path ) if -d $path;
 160
 161     $path .= "/$cookie->{ 'CLADE' }";
 162
 163     $cookie->{ 'LIST_GENOME' }     = Maasha::Filesys::ls_dirs_base( $path ) if -d $path;
 164
 165     $path .= "/$cookie->{ 'GENOME' }";
 166
 167     $cookie->{ 'LIST_ASSEMBLY' }   = Maasha::Filesys::ls_dirs_base( $path ) if -d $path;
 168
 169     $path .= "/$cookie->{ 'ASSEMBLY' }";
 170
 171     $cookie->{ 'LIST_CONTIG' }     = Maasha::Filesys::ls_dirs_base( $path ) if -d $path;
 172
 173     if ( $cookie->{ 'CONTIG' } )
 174     {
 175         cookie_start( $cookie );
 176         cookie_end( $cookie );
 177         cookie_zoom( $cookie );
 178         cookie_move( $cookie );
 179     }
 180
 181     $cookie->{ 'STRAND' } = '+' if defined $cookie->{ 'STRAND' } and $cookie->{ 'STRAND' } eq ' ';   # FIXME ugly HTML fix
 182
 183     return wantarray ? %{ $cookie } : $cookie;
 184 }
 185
 186
 187 sub cookie_session
 188 {
 189     # Martin A. Hansen, December 2009.
 190
 191     # Check cookie information against session information.
 192
 193     my ( $cookie,   # cookie hash
 194        ) = @_;
 195
 196     # Returns nothing.
 197
 198     my ( $session );
 199
 200     $session = Maasha::BGB::Session::session_restore( "$cookie->{ 'SESSION_DIR' }/sessions.txt" );
 201
 202     # if ( $cookie->{ 'SESSION_ID' } )
 203     # {
 204     #     if ( $cookie->{ 'SESSION_ID' } ne $ENV{ 'SSL_SESSION_ID' } ) {
 205     #         $cookie->{ 'PAGE' } = 'login';
 206     #         print STDERR "HER1"; # DEBUG
 207     #     }
 208     # }
 209     # else
 210     # {
 211     #     $cookie->{ 'PAGE' } = 'login';
 212     #
 213     #     print STDERR "HER2"; # DEBUG
 214     # }
 215
 216     if ( exists $session->{ $cookie->{ 'USER' } } and $cookie->{ 'SESSION_ID' } )
 217     {
 218         if ( $session->{ $cookie->{ 'USER' } }->{ 'SESSION_ID' } ne $cookie->{ 'SESSION_ID' } ) {
 219             $cookie->{ 'PAGE' } = 'login';
 220             print STDERR "HER3"; # DEBUG
 221         }
 222     }
 223     else
 224     {
 225         $cookie->{ 'PAGE' } = 'login';
 226         print STDERR "HER4"; # DEBUG
 227         print STDERR "NO COOKIE SESSION ID\n" if not $cookie->{ 'SESSION_ID' }; # DEBUG
 228         print STDERR "NO COOKIE SESSION ID\n" if not $cookie->{ 'USER' }; # DEBUG
 229         print STDERR "NO SESSION USER\n"      if not exists $session->{ $cookie->{ 'USER' } }; # DEBUG
 230     }
 231 }
 232
 233
 234 sub cookie_login
 235 {
 236     # Martin A. Hansen, December 2009.
 237
 238     # Check a user and password from CGI against the password file and
 239     # set the session ID, if found, in the cookie.
 240
 241     my ( $cookie,   # cookie hash
 242        ) = @_;
 243
 244     # Returns nothing.
 245
 246     my ( $session );
 247
 248     if ( $cookie->{ 'USER' } and $cookie->{ 'PASSWORD' } )
 249     {
 250         $session = Maasha::BGB::Session::session_restore( "$cookie->{ 'SESSION_DIR' }/sessions.txt" );
 251
 252         if ( exists $session->{ $cookie->{ 'USER' } } and
 253              $session->{ $cookie->{ 'USER' } }->{ 'PASSWORD' } eq Digest::MD5::md5_hex( $cookie->{ 'PASSWORD' } ) )
 254         {
 255             $session->{ $cookie->{ 'USER' } }->{ 'SESSION_ID' } ||= Maasha::BGB::Session::session_new();
 256             # $session->{ $cookie->{ 'USER' } }->{ 'SESSION_ID' }   = $ENV{ 'SSL_SESSION_ID' };
 257             $session->{ $cookie->{ 'USER' } }->{ 'TIME' }         = Maasha::Common::time_stamp();
 258
 259             $cookie->{ 'SESSION_ID' } = $session->{ $cookie->{ 'USER' } }->{ 'SESSION_ID' };
 260             $cookie->{ 'LOGIN' }      = "OK";
 261             $cookie->{ 'PAGE' }       = 'clade';
 262
 263             Maasha::BGB::Session::session_store( "$cookie->{ 'SESSION_DIR' }/sessions.txt", $session );
 264         }
 265         else
 266         {
 267             $cookie->{ 'LOGIN' } = "ERROR";
 268         }
 269     }
 270 }
 271
 272
 273 sub cookie_start
 274 {
 275     # Martin A. Hansen, November 2009.
 276
 277     # Decommify the cookie value for NAV_START and adjust it to
 278     # to prevent negative values.
 279
 280     my ( $cookie,   # cookie hash
 281        ) = @_;
 282
 283     # Returns nothing.
 284
 285     if ( defined $cookie->{ 'NAV_START' } )
 286     {
 287         $cookie->{ 'NAV_START' } =~ tr/,//d;
 288         $cookie->{ 'NAV_START' } = 0 if $cookie->{ 'NAV_START' } < 0;
 289     }
 290     else
 291     {
 292         $cookie->{ 'NAV_START' } = 0;
 293     }
 294 }
 295
 296
 297 sub cookie_end
 298 {
 299     # Martin A. Hansen, November 2009.
 300
 301     # Decommify the cookie value for NAV_END and adjust it to prevent
 302     # overshooting the max value for the contig size as determined
 303     # from the cookie.
 304
 305     my ( $cookie,   # cookie hash
 306        ) = @_;
 307
 308     # Returns nothing.
 309
 310     my ( $max );
 311
 312     $max = Maasha::Filesys::file_size( Maasha::BGB::Track::path_seq( $cookie ) );
 313
 314     if ( defined $cookie->{ 'NAV_END' } )
 315     {
 316         $cookie->{ 'NAV_END' } =~ tr/,//d;
 317         $cookie->{ 'NAV_END' } = $max if $cookie->{ 'NAV_END' } > $max;
 318     }
 319     else
 320     {
 321         $cookie->{ 'NAV_END' } = $max;
 322     }
 323 }
 324
 325
 326 sub cookie_zoom
 327 {
 328     # Martin A. Hansen, November 2009.
 329
 330     # Adjust the cookie values for NAV_START and NAV_END based
 331     # on cookie ZOOM values.
 332
 333     my ( $cookie,   # cookie hash
 334        ) = @_;
 335
 336     # Returns nothing.
 337
 338     my ( $max, $dist, $new_dist, $dist_diff );
 339
 340     $max = Maasha::Filesys::file_size( Maasha::BGB::Track::path_seq( $cookie ) );
 341
 342     $dist = $cookie->{ 'NAV_END' } - $cookie->{ 'NAV_START' };
 343
 344     if ( defined $cookie->{ 'ZOOM_IN1' } ) {
 345         $new_dist = $dist / 1.5;
 346     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_IN2' } ) {
 347         $new_dist = $dist / 3;
 348     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_IN3' } ) {
 349         $new_dist = $dist / 10;
 350     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_OUT1' } ) {
 351         $new_dist = $dist * 1.5;
 352     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_OUT2' } ) {
 353         $new_dist = $dist * 3;
 354     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_OUT3' } ) {
 355         $new_dist = $dist * 10;
 356     }
 357
 358     if ( $new_dist )
 359     {
 360         $dist_diff = $dist - $new_dist;
 361
 362         $cookie->{ 'NAV_START' } = int( $cookie->{ 'NAV_START' } + ( $dist_diff / 2 ) );
 363         $cookie->{ 'NAV_END' }   = int( $cookie->{ 'NAV_END' }   - ( $dist_diff / 2 ) );
 364
 365         $cookie->{ 'NAV_START' } = 0    if $cookie->{ 'NAV_START' } < 0;
 366         $cookie->{ 'NAV_END' }   = $max if $cookie->{ 'NAV_END' } > $max;
 367     }
 368 }
 369
 370
 371 sub cookie_move
 372 {
 373     # Martin A. Hansen, November 2009.
 374
 375     # Adjust the cookie values for NAV_START and NAV_END based
 376     # on cookie MOVE values.
 377
 378     my ( $cookie,   # cookie hash
 379        ) = @_;
 380
 381     my ( $max, $dist, $shift, $new_start, $new_end );
 382
 383     $max = Maasha::Filesys::file_size( Maasha::BGB::Track::path_seq( $cookie ) );
 384
 385     $dist = $cookie->{ 'NAV_END' } - $cookie->{ 'NAV_START' };
 386
 387     if ( defined $cookie->{ 'MOVE_LEFT1' } ) {
 388         $shift = -1 * $dist * 0.10;
 389     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_LEFT2' } ) {
 390         $shift = -1 * $dist * 0.475;
 391     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_LEFT3' } ) {
 392         $shift = -1 * $dist * 0.95;
 393     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_RIGHT1' } ) {
 394         $shift = $dist * 0.10;
 395     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_RIGHT2' } ) {
 396         $shift = $dist * 0.475;
 397     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_RIGHT3' } ) {
 398         $shift = $dist * 0.95;
 399     }
 400
 401     if ( $shift )
 402     {
 403         $new_start = int( $cookie->{ 'NAV_START' } + $shift );
 404         $new_end   = int( $cookie->{ 'NAV_END' }   + $shift );
 405
 406         if ( $new_start > 0 and $new_end < $max )
 407         {
 408             $cookie->{ 'NAV_START' } = $new_start;
 409             $cookie->{ 'NAV_END' }   = $new_end;
 410         }
 411     }
 412 }
 413
 414
 415 sub cookie_href
 416 {
 417     # Martin A. Hansen, November 2009.
 418
 419     # Returns the href for a taxonomy path terminated at a given
 420     # page using information stored in a cookie.
 421
 422     my ( $cookie,   # cookie hash
 423          $page,     # page
 424        ) = @_;
 425
 426     # Returns a string.
 427
 428     my ( @href_list, %href_hash, $href );
 429
 430     $href_hash{ "user" } = $cookie->{ 'USER' } if $cookie->{ 'USER' };
 431
 432     while ( 1 )
 433     {
 434         $href_hash{ "clade" } = $cookie->{ 'CLADE' }        if $cookie->{ 'CLADE' };
 435         last if $page eq 'clade';
 436         $href_hash{ "genome" } = $cookie->{ 'GENOME' }      if $cookie->{ 'GENOME' };
 437         last if $page eq 'genome';
 438         $href_hash{ "assembly" } = $cookie->{ 'ASSEMBLY' }  if $cookie->{ 'ASSEMBLY' };
 439         last if $page eq 'assembly';
 440         $href_hash{ "contig" } = $cookie->{ 'CONTIG' }      if $cookie->{ 'CONTIG' };
 441         last if $page eq 'contig';
 442         last;
 443     }
 444
 445     if ( defined $cookie->{ 'NAV_START' } and defined $cookie->{ 'NAV_END' } ) {
 446         $href_hash{ "nav_search" } = "$cookie->{ 'NAV_START' }-$cookie->{ 'NAV_END' }";
 447     }
 448
 449     $href_hash{ "s_beg" }      = $cookie->{ 'S_BEG' }      if defined $cookie->{ 'S_BEG' };
 450     $href_hash{ "s_end" }      = $cookie->{ 'S_END' }      if defined $cookie->{ 'S_END' };
 451     $href_hash{ "q_id" }       = $cookie->{ 'Q_ID' }       if defined $cookie->{ 'Q_ID' };
 452     $href_hash{ "strand" }     = $cookie->{ 'STRAND' }     if defined $cookie->{ 'STRAND' };
 453     $href_hash{ "session_id" } = $cookie->{ 'SESSION_ID' } if defined $cookie->{ 'SESSION_ID' };
 454
 455     push @href_list, "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=$page";
 456
 457     foreach $href ( keys %href_hash ) {
 458         push @href_list, "$href=$href_hash{ $href }";
 459     }
 460
 461     return join "&", @href_list;
 462 }
 463
 464
 465 sub cookie_page_next
 466 {
 467     # Martin A. Hansen, November 2009.
 468
 469     # Returns the next page in the taxonomy path.
 470
 471     my ( $cookie,   # cookie hash
 472        ) = @_;
 473
 474     # Returns a string.
 475
 476     my ( $i );
 477
 478     for ( $i = 0; $i < @{ $cookie->{ 'LIST_PAGES' } }; $i++ ) {
 479         last if $cookie->{ 'PAGE' } eq $cookie->{ 'LIST_PAGES' }->[ $i ];
 480     }
 481
 482     return $cookie->{ 'LIST_PAGES' }->[ $i + 1 ];
 483 }
 484
 485
 486 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> PAGES <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 487
 488
 489 sub page
 490 {
 491     # Martin A. Hansen, November 2009.
 492
 493     # Determines what page to render based on
 494     # the cookie's PAGE setting.
 495
 496     my ( $cookie,   # cookie hash
 497        ) = @_;
 498
 499     # Returns a list.
 500
 501     my ( @html );
 502
 503     if ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'login' ) {
 504         push @html, page_login( $cookie );
 505     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'search' ) {
 506         push @html, page_search( $cookie );
 507     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'browse' ) {
 508         push @html, page_browse( $cookie );
 509     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'dna' ) {
 510         push @html, page_dna( $cookie );
 511     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'export' ) {
 512         push @html, page_export( $cookie );
 513     } else {
 514         push @html, page_taxonomy( $cookie );
 515     }
 516
 517     if ( $cookie->{ 'SESSION_ID' } ) {
 518         push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "session_id", value => "$cookie->{ 'SESSION_ID' }" ) );
 519     }
 520
 521     return wantarray ? @html : \@html;
 522 }
 523
 524
 525 sub page_login
 526 {
 527     # Martin A. Hansen, December 2009.
 528
 529     # Renders the login page.
 530
 531     my ( $cookie,
 532        ) = @_;
 533
 534     # Returns a list.
 535
 536     my ( @html );
 537
 538     push @html, section_login( $cookie );
 539
 540     return wantarray ? @html : \@html;
 541 }
 542
 543
 544 sub page_search
 545 {
 546     # Martin A. Hansen, December 2009.
 547
 548     # Renders the search page.
 549
 550     my ( $cookie,
 551        ) = @_;
 552
 553     # Returns a list.
 554
 555     my ( @html );
 556
 557     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 558     push @html, section_search( $cookie );
 559
 560     return wantarray ? @html : \@html;
 561 }
 562
 563
 564 sub page_browse
 565 {
 566     # Martin A. Hansen, November 2009.
 567
 568     # Renders the browse page.
 569
 570     my ( $cookie,
 571        ) = @_;
 572
 573     # Returns a list.
 574
 575     my ( @html );
 576
 577     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 578     push @html, section_navigate( $cookie );
 579     push @html, section_browse( $cookie );
 580
 581     return wantarray ? @html : \@html;
 582 }
 583
 584
 585 sub page_dna
 586 {
 587     # Martin A. Hansen, November 2009.
 588
 589     # Renders the DNA page.
 590
 591     my ( $cookie,
 592        ) = @_;
 593
 594     # Returns a list.
 595
 596     my ( @html );
 597
 598     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 599     push @html, section_dna( $cookie );
 600
 601     return wantarray ? @html : \@html;
 602 }
 603
 604
 605 sub page_export
 606 {
 607     # Martin A. Hansen, November 2009.
 608
 609     # Renders the export page.
 610
 611     my ( $cookie,
 612        ) = @_;
 613
 614     # Returns a list.
 615
 616     my ( @html );
 617
 618     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 619     push @html, section_export( $cookie );
 620
 621     return wantarray ? @html : \@html;
 622 }
 623
 624
 625 sub page_taxonomy
 626 {
 627     # Martin A. Hansen, November 2009.
 628
 629     # Renders the browse page.
 630
 631     my ( $cookie,   # cookie hash
 632        ) = @_;
 633
 634     # Returns a list.
 635
 636     my ( @html );
 637
 638     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 639     push @html, section_taxonomy_select( $cookie );
 640
 641     return wantarray ? @html : \@html;
 642 }
 643
 644
 645 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> SECTIONS <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 646
 647
 648 sub section_login
 649 {
 650     # Martin A. Hansen, December 2009.
 651
 652     # Returns a HTML section with a login menu.
 653
 654     my ( $cookie,   # cookie hash
 655        ) = @_;
 656
 657     # Returns a list.
 658
 659     my ( $user, $password, $login, @html );
 660
 661     $user     = Maasha::XHTML::text( name => "user", value => "", size => 20 );
 662     $password = Maasha::XHTML::password( name => "password", value => "", size => 20 );
 663     $login    = Maasha::XHTML::submit( name => "login_submit", value => "Login" );
 664
 665     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Login", class => 'center' );
 666
 667     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Login table", align => 'center' );
 668     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ "User:", $user ] );
 669     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ "Password:", $password ] );
 670     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ "", $login ] );
 671     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 672
 673     if ( $cookie->{ 'LOGIN' } and $cookie->{ 'LOGIN' } eq 'ERROR' ) {
 674         push @html, Maasha::XHTML::h3( txt => "Bad user or password - please retry", class => 'error' );
 675     }
 676
 677     return wantarray ? @html : \@html;
 678 }
 679
 680
 681 sub section_taxonomy_table
 682 {
 683     # Martin A. Hansen, November 2009.
 684
 685     # Returns a HTML section with a taxonomy table
 686     # showing the location in the taxonomy and with
 687     # links to browse the taxonomy.
 688
 689     my ( $cookie,   # cookie hash
 690        ) = @_;
 691
 692     # Returns a list.
 693
 694     my ( $page, @row, @html, $href, $txt );
 695
 696     foreach $page ( @{ $cookie->{ 'LIST_PAGES' } } )
 697     {
 698         last if $page eq $cookie->{ 'PAGE' } or $page eq 'browse';
 699
 700         $href = cookie_href( $cookie, $page );
 701
 702         $txt = ": $cookie->{ uc $page }";
 703
 704         push @row, Maasha::XHTML::ln( txt => $page, href => $href, class => 'inline' );
 705         push @row, Maasha::XHTML::p(  txt => $txt, class => 'inline' );
 706     }
 707
 708     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Taxonomy table", align => 'center', cellpadding => '5px' );
 709     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ join( "\n", @row ) ], align => 'center' );
 710     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 711
 712     return wantarray ? @html : \@html;
 713 }
 714
 715
 716 sub section_taxonomy_select
 717 {
 718     # Martin A. Hansen, November 2009.
 719
 720     # Returns a HTML section with selection choices
 721     # for navigating the taxonomy tree.
 722
 723     my ( $cookie,   # cookie hash
 724        ) = @_;
 725
 726     # Returns a list.
 727
 728     my ( $list, @html, $item, $href );
 729
 730     $list = "LIST_" . uc $cookie->{ 'PAGE' };
 731
 732     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Select $cookie->{ 'PAGE' }", class => 'center' );
 733
 734     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Taxonomy select table", align => 'center', cellpadding => '5px' );
 735
 736     foreach $item ( @{ $cookie->{ $list } } )
 737     {
 738         $cookie->{ uc $cookie->{ 'PAGE' } } = $item;
 739
 740         $href = cookie_href( $cookie, cookie_page_next( $cookie ) );
 741
 742         push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ Maasha::XHTML::ln( txt => $item, href => $href ) ] );
 743     }
 744
 745     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 746
 747     return wantarray ? @html : \@html;
 748 }
 749
 750
 751 sub section_navigate
 752 {
 753     # Martin A. Hansen, November 2009.
 754
 755     # Returns a HTML section for navigating in the browser window.
 756
 757     my ( $cookie,   # cookie hash
 758        ) = @_;
 759
 760     # Returns a list.
 761
 762     my ( @html, $nav_val );
 763
 764     $nav_val = Maasha::Calc::commify( $cookie->{ 'NAV_START' } ) . "-" . Maasha::Calc::commify( $cookie->{ 'NAV_END' } );
 765
 766     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Navigation table", align => 'center' );
 767     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [
 768         "Position or search term:",
 769         Maasha::XHTML::text( name => "nav_search", value => $nav_val, size => 30 ),
 770         Maasha::XHTML::submit( name => "nav_submit", value => "Submit" ),
 771     ] );
 772     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 773
 774     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Zoom table", align => 'center' );
 775     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [
 776         Maasha::XHTML::p( txt => 'Move:' ),
 777         Maasha::XHTML::submit( name => "move_left3",  value => "<<<", title => "move 95% to the left" ),
 778         Maasha::XHTML::submit( name => "move_left2",  value => "<<",  title => "move 47.5% to the left" ),
 779         Maasha::XHTML::submit( name => "move_left1",  value => "<",   title => "move 10% to the left" ),
 780         Maasha::XHTML::submit( name => "move_right1", value => ">",   title => "move 10% to the rigth" ),
 781         Maasha::XHTML::submit( name => "move_right2", value => ">>",  title => "move 47.5% to the rigth" ),
 782         Maasha::XHTML::submit( name => "move_right3", value => ">>>", title => "move 95% to the right" ),
 783         Maasha::XHTML::p( txt => 'Zoom in:' ),
 784         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_in1", value => "1.5x" ),
 785         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_in2", value => "3x" ),
 786         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_in3", value => "10x" ),
 787         Maasha::XHTML::p( txt => 'Zoom out:' ),
 788         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_out1", value => "1.5x" ),
 789         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_out2", value => "3x" ),
 790         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_out3", value => "10x" ),
 791     ] );
 792     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 793
 794     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "page",     value => "browse" ) );
 795     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "user",     value => "$cookie->{ 'USER' }" ) );
 796     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "clade",    value => "$cookie->{ 'CLADE' }" ) );
 797     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "genome",   value => "$cookie->{ 'GENOME' }" ) );
 798     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "assembly", value => "$cookie->{ 'ASSEMBLY' }" ) );
 799     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "contig",   value => "$cookie->{ 'CONTIG' }" ) );
 800
 801     return wantarray ? @html : \@html;
 802 }
 803
 804
 805 sub section_browse
 806 {
 807     my ( $cookie,
 808        ) = @_;
 809
 810     # Returns a list.
 811
 812     my ( @tracks, $i, @features, $feat, $elem, $surface, $cr, $png_data, @html, @img );
 813
 814     push @features, [ Maasha::BGB::Track::track_ruler( $cookie ) ];
 815     push @features, [ Maasha::BGB::Track::track_seq( $cookie ) ];
 816
 817     @tracks = Maasha::BGB::Track::path_tracks( $cookie );
 818
 819     for ( $i = 0; $i < @tracks; $i++ )
 820     {
 821         $cookie->{ 'FEAT_COLOR' } = Maasha::BGB::Draw::palette( $i );
 822
 823         push @features, [ Maasha::BGB::Track::track_feature( $tracks[ $i ], $cookie ) ];
 824     }
 825
 826     $surface = Cairo::ImageSurface->create( 'argb32', $cookie->{ 'IMG_WIDTH' }, $cookie->{ 'TRACK_OFFSET' } );
 827     $cr      = Cairo::Context->create( $surface );
 828
 829     $cr->rectangle ( 0, 0, $cookie->{ 'IMG_WIDTH' },  $cookie->{ 'TRACK_OFFSET' } );
 830     $cr->set_source_rgb ( 1, 1, 1 );
 831     $cr->fill;
 832
 833     foreach $feat ( @features ) {
 834         Maasha::BGB::Draw::draw_feature( $cr, $feat ) if $feat;
 835     }
 836
 837     $png_data = Maasha::BGB::Draw::base64_png( $surface );
 838
 839     push @img, Maasha::XHTML::img(
 840         src    => "data:image/png;base64,$png_data",
 841         alt    => "Browser Tracks",
 842         height => $cookie->{ 'TRACK_OFFSET' },
 843         width  => $cookie->{ 'IMG_WIDTH' },
 844         id     => "browser_map",
 845         usemap => "#browser_map"
 846     );
 847
 848     push @img, Maasha::XHTML::map_beg( name => "browser_map", id => "browser_map" );
 849
 850     foreach $feat ( @features )
 851     {
 852         foreach $elem ( @{ $feat } )
 853         {
 854             next if $elem->{ 'type' } eq 'text';
 855
 856             #$elem->{ 'strand' } = '&#43' if $elem->{ 'strand' } eq '+';
 857
 858             $cookie->{ 'Q_ID' }   = $elem->{ 'q_id' };
 859             $cookie->{ 'S_BEG' }  = $elem->{ 's_beg' };
 860             $cookie->{ 'S_END' }  = $elem->{ 's_end' };
 861             $cookie->{ 'STRAND' } = $elem->{ 'strand' };
 862
 863             push @img, Maasha::XHTML::area(
 864                 href   => cookie_href( $cookie, "export" ),
 865                 # href   => cookie_href( $cookie, "export" ) . "&q_id=$elem->{ 'q_id' }&s_beg=$elem->{ 's_beg' }&s_end=$elem->{ 's_end' }&strand=$elem->{ 'strand' }",
 866                 shape  => "rect",
 867                 coords => "$elem->{ x1 }, $elem->{ y1 }, $elem->{ x2 }, $elem->{ y2 }", title => "$elem->{ 'title' }",
 868             );
 869         }
 870     }
 871
 872     push @img, Maasha::XHTML::map_end();
 873
 874     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => join( "\n", @img ) );
 875
 876     @html = Maasha::XHTML::div( txt => join( "\n", @html ), class => 'browse' );
 877
 878     return wantarray ? @html : \@html;
 879 }
 880
 881
 882 sub section_export
 883 {
 884     # Martin A. Hansen, November 2009.
 885
 886     # Returns a HTML section with export table.
 887
 888     my ( $cookie,   # cookie hash
 889        ) = @_;
 890
 891     # Returns a list.
 892
 893     my ( @row_dna_contig, @html );
 894
 895     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::p( txt => qq(Export Feature: "$cookie->{ 'Q_ID' }" DNA from Contig: ), class => 'inline' );
 896     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::p( txt  => "$cookie->{ 'CONTIG' } Start: ", class => 'inline' );
 897     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::text( name => "s_beg", value => Maasha::Calc::commify( $cookie->{ 'S_BEG' } ), size => 15 );
 898     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::p( txt => "End: ", class => 'inline' );
 899     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::text( name => "s_end", value => Maasha::Calc::commify( $cookie->{ 'S_END' } ), size => 15 );
 900     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::p( txt => "Strand: ", class => 'inline' );
 901     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::menu( name => "strand", options => [ qw( + - ) ], selected => $cookie->{ 'STRAND' } );
 902     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::submit( name => "export", value => "Export", title => "Fetch DNA from this region" );
 903
 904     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Export", class => 'center' );
 905     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Taxonomy select table", align => 'center' );
 906     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => \@row_dna_contig );
 907     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 908
 909     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "page", value => "dna" ) );
 910     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "user",     value => "$cookie->{ 'USER' }" ) );
 911     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "clade",    value => "$cookie->{ 'CLADE' }" ) );
 912     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "genome",   value => "$cookie->{ 'GENOME' }" ) );
 913     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "assembly", value => "$cookie->{ 'ASSEMBLY' }" ) );
 914     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "contig",   value => "$cookie->{ 'CONTIG' }" ) );
 915
 916     return wantarray ? @html : \@html;
 917 }
 918
 919
 920 sub section_search
 921 {
 922     # Martin A. Hansen, November 2009.
 923
 924     # Returns a HTML section with export table.
 925
 926     my ( $cookie,   # cookie hash
 927        ) = @_;
 928
 929     # Returns a list.
 930
 931     my ( $results, $result, $count, @html, $export, $browse );
 932
 933     $results = Maasha::BGB::Track::search_tracks( $cookie );
 934
 935     $count = scalar @{ $results };
 936
 937     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Search", class => 'center' );
 938     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => qq(Results for "$cookie->{ 'SEARCH' }": $count), class => 'center' );
 939
 940     if ( $count > 0 )
 941     {
 942         push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Search table", align => 'center', cellpadding => '5px' );
 943         push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ qw( S_ID S_BEG S_END Q_ID SCORE STRAND HITS ALIGN BLOCK_COUNT BLOCK_BEGS BLOCK_LENS BLOCK_TYPE) ] );
 944
 945         foreach $result ( @{ $results } )
 946         {
 947             $cookie->{ 'CONTIG' }    = $result->{ 'S_ID' };
 948             $cookie->{ 'NAV_START' } = $result->{ 'S_BEG' };
 949             $cookie->{ 'NAV_END' }   = $result->{ 'S_END' };
 950             $cookie->{ 'S_BEG' }     = $result->{ 'S_BEG' };
 951             $cookie->{ 'S_END' }     = $result->{ 'S_END' };
 952             $cookie->{ 'STRAND' }    = $result->{ 'STRAND' };
 953             $cookie->{ 'Q_ID' }      = $result->{ 'Q_ID' };
 954
 955             $browse = Maasha::XHTML::ln( txt => "browse", href => cookie_href( $cookie, "browse" ) );
 956             $export = Maasha::XHTML::ln( txt => "export", href => cookie_href( $cookie, "export" ) );
 957
 958             push @html, Maasha::XHTML::table_row_advanced(
 959                 tr => [ { td => $result->{ 'S_ID' } },
 960                         { td => $result->{ 'S_BEG' }, align => 'right' },
 961                         { td => $result->{ 'S_END' }, align => 'right' },
 962                         { td => $result->{ 'Q_ID' } },
 963                         { td => $result->{ 'SCORE' }, align => 'right' },
 964                         { td => $result->{ 'STRAND' } },
 965                         { td => $result->{ 'HITS' }, align => 'right' },
 966                         { td => $result->{ 'ALIGN' } },
 967                         { td => $result->{ 'BLOCK_COUNT' }, align => 'right' },
 968                         { td => $result->{ 'BLOCK_BEGS' } },
 969                         { td => $result->{ 'BLOCK_LENS' } },
 970                         { td => $result->{ 'BLOCK_TYPE' } },
 971                         { td => $browse },
 972                         { td => $export },
 973                 ], class => "monospace"
 974             );
 975         }
 976
 977         push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 978     }
 979
 980     return wantarray ? @html : \@html;
 981 }
 982
 983
 984 sub section_dna
 985 {
 986     # Martin A. Hansen, November 2009.
 987
 988     # Returns a HTML section with extracted DNA.
 989
 990     my ( $cookie,   # cookie hash
 991        ) = @_;
 992
 993     # Returns a list.
 994
 995     my ( @html, $beg, $end, $seq );
 996
 997     $beg = $cookie->{ 'S_BEG' };
 998     $end = $cookie->{ 'S_END' };
 999     $beg =~ tr/,//d;
1000     $end =~ tr/,//d;
1001
1002     $seq = join ";", ">$cookie->{ 'GENOME' }", $cookie->{ 'ASSEMBLY' }, $cookie->{ 'CONTIG' }, $beg, $end, "$cookie->{ 'STRAND' }\n";
1003     $seq .= Maasha::BGB::Track::dna_get( $cookie );
1004
1005     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "DNA", class => 'center' );
1006     push @html, Maasha::XHTML::pre( txt => $seq );
1007
1008     return wantarray ? @html : \@html;
1009 }
1010
1011
1012 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1013
1014
1015 __END__