www/index.cgi

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2006-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 use strict;
  24 use warnings;
  25
  26 use lib $ENV{ 'BP_PERL' };
  27
  28 use CGI;
  29 use Data::Dumper;
  30 use Maasha::Common;
  31 use Maasha::Filesys;
  32 use Maasha::Calc;
  33 use Maasha::XHTML;
  34 use Maasha::KISS;
  35 use Maasha::BBrowser::Track;
  36 use Maasha::BBrowser::Draw;
  37
  38 my ( $cgi, $cookie, @html );
  39
  40 $cgi    = new CGI;
  41 $cookie = cookie_default( $cgi );;
  42
  43 push @html, Maasha::XHTML::html_header(
  44     cgi_header  => 1,
  45     title       => "Biopieces Genome Browser",
  46     css_file    => "bgb.css",
  47     author      => "Martin A. Hansen, mail\@maasha.dk",
  48     description => "Biopieces Genome Browser",
  49     keywords    => [ qw( Biopieces biopiece genome browser viewer bacterium bacteria prokaryote prokaryotes ) ],
  50     no_cache    => 1,
  51 );
  52
  53 push @html, Maasha::XHTML::h1( txt => "Biopieces Genome Browser", class => 'center' );
  54 push @html, Maasha::XHTML::form_beg( action => $cookie->{ 'SCRIPT' }, method => "get", enctype => "multipart/form-data" );
  55
  56 push @html, page( $cookie );
  57
  58 push @html, Maasha::XHTML::form_end;
  59 push @html, Maasha::XHTML::body_end;
  60 push @html, Maasha::XHTML::html_end;
  61
  62 # push @html, Maasha::XHTML::hdump( [ $cgi->Vars ] );  # DEBUG
  63 # push @html, Maasha::XHTML::hdump( $cookie );     # DEBUG
  64
  65 print "$_\n" foreach @html;
  66
  67
  68 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> SUBROUTINES <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  69
  70
  71 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> COOKIE <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  72
  73
  74 sub cookie_default
  75 {
  76     # Martin A. Hansen, November 2009.
  77
  78     # Set a cookie with values from the CGI object or defaults.
  79
  80     my ( $cgi,   # CGI object
  81        ) = @_;
  82
  83     # Returns a hash.
  84
  85     my ( $cookie, $path );
  86
  87     $cookie = {};
  88
  89     if ( $cgi->param( 'nav_search' ) )
  90     {
  91         if ( $cgi->param( 'nav_search' ) =~ /([0-9,]+)[ -]([0-9,]+)/ )
  92         {
  93             $cookie->{ 'NAV_START' } = $1;
  94             $cookie->{ 'NAV_END' }   = $2;
  95         }
  96         else
  97         {
  98             $cookie->{ 'SEARCH' } = $cgi->param( 'nav_search' );
  99
 100             $cgi->param( 'page', 'search' );
 101         }
 102     }
 103
 104     $cookie->{ 'SCRIPT' }          = Maasha::Common::get_scriptname();
 105     $cookie->{ 'DATA_DIR' }        = "Data";
 106     $cookie->{ 'LIST_PAGES' }      = [ qw( user clade genome assembly contig browse ) ];
 107     $cookie->{ 'PAGE' }            = $cgi->param( 'page' )     || 'user';
 108     $cookie->{ 'USER' }            = $cgi->param( 'user' )     || '';
 109     $cookie->{ 'CLADE' }           = $cgi->param( 'clade' )    || '';
 110     $cookie->{ 'GENOME' }          = $cgi->param( 'genome' )   || '';
 111     $cookie->{ 'ASSEMBLY' }        = $cgi->param( 'assembly' ) || '';
 112     $cookie->{ 'CONTIG' }          = $cgi->param( 'contig' )   || '';
 113     $cookie->{ 'Q_ID' }            = $cgi->param( 'q_id' );
 114     $cookie->{ 'S_BEG' }           = $cgi->param( 's_beg' );
 115     $cookie->{ 'S_END' }           = $cgi->param( 's_end' );
 116     $cookie->{ 'STRAND' }          = $cgi->param( 'strand' );
 117     $cookie->{ 'ZOOM_IN1' }        = $cgi->param( 'zoom_in1' );
 118     $cookie->{ 'ZOOM_IN2' }        = $cgi->param( 'zoom_in2' );
 119     $cookie->{ 'ZOOM_IN3' }        = $cgi->param( 'zoom_in3' );
 120     $cookie->{ 'ZOOM_OUT1' }       = $cgi->param( 'zoom_out1' );
 121     $cookie->{ 'ZOOM_OUT2' }       = $cgi->param( 'zoom_out2' );
 122     $cookie->{ 'ZOOM_OUT3' }       = $cgi->param( 'zoom_out3' );
 123     $cookie->{ 'MOVE_LEFT1' }      = $cgi->param( 'move_left1' );
 124     $cookie->{ 'MOVE_LEFT2' }      = $cgi->param( 'move_left2' );
 125     $cookie->{ 'MOVE_LEFT3' }      = $cgi->param( 'move_left3' );
 126     $cookie->{ 'MOVE_RIGHT1' }     = $cgi->param( 'move_right1' );
 127     $cookie->{ 'MOVE_RIGHT2' }     = $cgi->param( 'move_right2' );
 128     $cookie->{ 'MOVE_RIGHT3' }     = $cgi->param( 'move_right3' );
 129
 130     $cookie->{ 'IMG_WIDTH' }       = 1200;
 131     $cookie->{ 'IMG_HEIGHT' }      = 800;
 132     $cookie->{ 'TRACK_OFFSET' }    = 20;
 133     $cookie->{ 'TRACK_SPACE' }     = 20;
 134     $cookie->{ 'RULER_FONT_SIZE' } = 10;
 135     $cookie->{ 'RULER_COLOR' }     = [ 0, 0, 0 ];
 136     $cookie->{ 'SEQ_FONT_SIZE' }   = 10;
 137     $cookie->{ 'SEQ_COLOR' }       = [ 0, 0, 0, ];
 138     $cookie->{ 'FEAT_WIDTH' }      = 5;
 139     $cookie->{ 'FEAT_COLOR' }      = [ 0, 0, 0 ];
 140     $cookie->{ 'FEAT_MAX' }        = 5000;
 141
 142     $path = "$cookie->{ 'DATA_DIR' }/Users";
 143
 144     $cookie->{ 'LIST_USER' }       = Maasha::Filesys::ls_dirs_base( $path ) if -d $path;
 145
 146     $path .= "/$cookie->{ 'USER' }";
 147
 148     $cookie->{ 'LIST_CLADE' }      = Maasha::Filesys::ls_dirs_base( $path ) if -d $path;
 149
 150     $path .= "/$cookie->{ 'CLADE' }";
 151
 152     $cookie->{ 'LIST_GENOME' }     = Maasha::Filesys::ls_dirs_base( $path ) if -d $path;
 153
 154     $path .= "/$cookie->{ 'GENOME' }";
 155
 156     $cookie->{ 'LIST_ASSEMBLY' }   = Maasha::Filesys::ls_dirs_base( $path ) if -d $path;
 157
 158     $path .= "/$cookie->{ 'ASSEMBLY' }";
 159
 160     $cookie->{ 'LIST_CONTIG' }     = Maasha::Filesys::ls_dirs_base( $path ) if -d $path;
 161
 162     if ( $cookie->{ 'CONTIG' } )
 163     {
 164         cookie_start( $cookie );
 165         cookie_end( $cookie );
 166         cookie_zoom( $cookie );
 167         cookie_move( $cookie );
 168     }
 169
 170     $cookie->{ 'STRAND' } = '+' if defined $cookie->{ 'STRAND' } and $cookie->{ 'STRAND' } eq ' ';   # FIXME ugly HTML fix
 171
 172     return wantarray ? %{ $cookie } : $cookie;
 173 }
 174
 175
 176 sub cookie_start
 177 {
 178     # Martin A. Hansen, November 2009.
 179
 180     # Decommify the cookie value for NAV_START and adjust it to
 181     # to prevent negative values.
 182
 183     my ( $cookie,   # cookie hash
 184        ) = @_;
 185
 186     # Returns nothing.
 187
 188     if ( defined $cookie->{ 'NAV_START' } )
 189     {
 190         $cookie->{ 'NAV_START' } =~ tr/,//d;
 191         $cookie->{ 'NAV_START' } = 0 if $cookie->{ 'NAV_START' } < 0;
 192     }
 193     else
 194     {
 195         $cookie->{ 'NAV_START' } = 0;
 196     }
 197 }
 198
 199
 200 sub cookie_end
 201 {
 202     # Martin A. Hansen, November 2009.
 203
 204     # Decommify the cookie value for NAV_END and adjust it to prevent
 205     # overshooting the max value for the contig size as determined
 206     # from the cookie.
 207
 208     my ( $cookie,   # cookie hash
 209        ) = @_;
 210
 211     # Returns nothing.
 212
 213     my ( $max );
 214
 215     $max = Maasha::Filesys::file_size( Maasha::BBrowser::Track::path_seq( $cookie ) );
 216
 217     if ( defined $cookie->{ 'NAV_END' } )
 218     {
 219         $cookie->{ 'NAV_END' } =~ tr/,//d;
 220         $cookie->{ 'NAV_END' } = $max if $cookie->{ 'NAV_END' } > $max;
 221     }
 222     else
 223     {
 224         $cookie->{ 'NAV_END' } = $max;
 225     }
 226 }
 227
 228
 229 sub cookie_zoom
 230 {
 231     # Martin A. Hansen, November 2009.
 232
 233     # Adjust the cookie values for NAV_START and NAV_END based
 234     # on cookie ZOOM values.
 235
 236     my ( $cookie,   # cookie hash
 237        ) = @_;
 238
 239     # Returns nothing.
 240
 241     my ( $max, $dist, $new_dist, $dist_diff );
 242
 243     $max = Maasha::Filesys::file_size( Maasha::BBrowser::Track::path_seq( $cookie ) );
 244
 245     $dist = $cookie->{ 'NAV_END' } - $cookie->{ 'NAV_START' };
 246
 247     if ( defined $cookie->{ 'ZOOM_IN1' } ) {
 248         $new_dist = $dist / 1.5;
 249     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_IN2' } ) {
 250         $new_dist = $dist / 3;
 251     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_IN3' } ) {
 252         $new_dist = $dist / 10;
 253     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_OUT1' } ) {
 254         $new_dist = $dist * 1.5;
 255     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_OUT2' } ) {
 256         $new_dist = $dist * 3;
 257     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_OUT3' } ) {
 258         $new_dist = $dist * 10;
 259     }
 260
 261     if ( $new_dist )
 262     {
 263         $dist_diff = $dist - $new_dist;
 264
 265         $cookie->{ 'NAV_START' } = int( $cookie->{ 'NAV_START' } + ( $dist_diff / 2 ) );
 266         $cookie->{ 'NAV_END' }   = int( $cookie->{ 'NAV_END' }   - ( $dist_diff / 2 ) );
 267
 268         $cookie->{ 'NAV_START' } = 0    if $cookie->{ 'NAV_START' } < 0;
 269         $cookie->{ 'NAV_END' }   = $max if $cookie->{ 'NAV_END' } > $max;
 270     }
 271 }
 272
 273
 274 sub cookie_move
 275 {
 276     # Martin A. Hansen, November 2009.
 277
 278     # Adjust the cookie values for NAV_START and NAV_END based
 279     # on cookie MOVE values.
 280
 281     my ( $cookie,   # cookie hash
 282        ) = @_;
 283
 284     my ( $max, $dist, $shift, $new_start, $new_end );
 285
 286     $max = Maasha::Filesys::file_size( Maasha::BBrowser::Track::path_seq( $cookie ) );
 287
 288     $dist = $cookie->{ 'NAV_END' } - $cookie->{ 'NAV_START' };
 289
 290     if ( defined $cookie->{ 'MOVE_LEFT1' } ) {
 291         $shift = -1 * $dist * 0.10;
 292     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_LEFT2' } ) {
 293         $shift = -1 * $dist * 0.475;
 294     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_LEFT3' } ) {
 295         $shift = -1 * $dist * 0.95;
 296     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_RIGHT1' } ) {
 297         $shift = $dist * 0.10;
 298     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_RIGHT2' } ) {
 299         $shift = $dist * 0.475;
 300     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_RIGHT3' } ) {
 301         $shift = $dist * 0.95;
 302     }
 303
 304     if ( $shift )
 305     {
 306         $new_start = int( $cookie->{ 'NAV_START' } + $shift );
 307         $new_end   = int( $cookie->{ 'NAV_END' }   + $shift );
 308
 309         if ( $new_start > 0 and $new_end < $max )
 310         {
 311             $cookie->{ 'NAV_START' } = $new_start;
 312             $cookie->{ 'NAV_END' }   = $new_end;
 313         }
 314     }
 315 }
 316
 317
 318 sub cookie_href
 319 {
 320     # Martin A. Hansen, November 2009.
 321
 322     # Returns the href for a taxonomy path terminated at a given
 323     # page using information stored in a cookie.
 324
 325     my ( $cookie,   # cookie hash
 326          $page,     # page
 327        ) = @_;
 328
 329     # Returns a string.
 330
 331     my ( @href_list, %href_hash, $href );
 332
 333     while ( 1 )
 334     {
 335         $href_hash{ "user" }  = $cookie->{ 'USER' }         if $cookie->{ 'USER' };
 336         last if $page eq 'user';
 337         $href_hash{ "clade" } = $cookie->{ 'CLADE' }        if $cookie->{ 'CLADE' };
 338         last if $page eq 'clade';
 339         $href_hash{ "genome" } = $cookie->{ 'GENOME' }      if $cookie->{ 'GENOME' };
 340         last if $page eq 'genome';
 341         $href_hash{ "assembly" } = $cookie->{ 'ASSEMBLY' }  if $cookie->{ 'ASSEMBLY' };
 342         last if $page eq 'assembly';
 343         $href_hash{ "contig" } = $cookie->{ 'CONTIG' }      if $cookie->{ 'CONTIG' };
 344         last if $page eq 'contig';
 345         last;
 346     }
 347
 348     if ( defined $cookie->{ 'NAV_START' } and defined $cookie->{ 'NAV_END' } ) {
 349         $href_hash{ "nav_search" } = "$cookie->{ 'NAV_START' }-$cookie->{ 'NAV_END' }";
 350     }
 351
 352     $href_hash{ "s_beg" }  = $cookie->{ 'S_BEG' }  if defined $cookie->{ 'S_BEG' };
 353     $href_hash{ "s_end" }  = $cookie->{ 'S_END' }  if defined $cookie->{ 'S_END' };
 354     $href_hash{ "q_id" }   = $cookie->{ 'Q_ID' }   if defined $cookie->{ 'Q_ID' };
 355     $href_hash{ "strand" } = $cookie->{ 'STRAND' } if defined $cookie->{ 'STRAND' };
 356
 357     push @href_list, "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=$page";
 358
 359     foreach $href ( keys %href_hash ) {
 360         push @href_list, "$href=$href_hash{ $href }";
 361     }
 362
 363     return join "&", @href_list;
 364 }
 365
 366
 367 sub cookie_page_next
 368 {
 369     # Martin A. Hansen, November 2009.
 370
 371     # Returns the next page in the taxonomy path.
 372
 373     my ( $cookie,   # cookie hash
 374        ) = @_;
 375
 376     # Returns a string.
 377
 378     my ( $i );
 379
 380     for ( $i = 0; $i < @{ $cookie->{ 'LIST_PAGES' } }; $i++ ) {
 381         last if $cookie->{ 'PAGE' } eq $cookie->{ 'LIST_PAGES' }->[ $i ];
 382     }
 383
 384     return $cookie->{ 'LIST_PAGES' }->[ $i + 1 ];
 385 }
 386
 387
 388 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> PAGES <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 389
 390
 391 sub page
 392 {
 393     # Martin A. Hansen, November 2009.
 394
 395     # Determines what page to render based on
 396     # the cookie's PAGE setting.
 397
 398     my ( $cookie,   # cookie hash
 399        ) = @_;
 400
 401     # Returns a list.
 402
 403     my ( @html );
 404
 405     if ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'export' ) {
 406         push @html, page_export( $cookie );
 407     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'search' ) {
 408         push @html, page_search( $cookie );
 409     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'browse' ) {
 410         push @html, page_browse( $cookie );
 411     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'dna' ) {
 412         push @html, page_dna( $cookie );
 413     } else {
 414         push @html, page_taxonomy( $cookie );
 415     }
 416
 417     return wantarray ? @html : \@html;
 418 }
 419
 420
 421 sub page_export
 422 {
 423     # Martin A. Hansen, November 2009.
 424
 425     # Renders the export page.
 426
 427     my ( $cookie,
 428        ) = @_;
 429
 430     # Returns a list.
 431
 432     my ( @html );
 433
 434     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 435     push @html, section_export( $cookie );
 436
 437     return wantarray ? @html : \@html;
 438 }
 439
 440
 441 sub page_search
 442 {
 443     # Martin A. Hansen, December 2009.
 444
 445     # Renders the search page.
 446
 447     my ( $cookie,
 448        ) = @_;
 449
 450     # Returns a list.
 451
 452     my ( @html );
 453
 454     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 455     push @html, section_search( $cookie );
 456
 457     return wantarray ? @html : \@html;
 458 }
 459
 460
 461 sub page_browse
 462 {
 463     # Martin A. Hansen, November 2009.
 464
 465     # Renders the browse page.
 466
 467     my ( $cookie,
 468        ) = @_;
 469
 470     # Returns a list.
 471
 472     my ( @html );
 473
 474     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 475     push @html, section_navigate( $cookie );
 476     push @html, section_browse( $cookie );
 477
 478     return wantarray ? @html : \@html;
 479 }
 480
 481
 482 sub page_dna
 483 {
 484     # Martin A. Hansen, November 2009.
 485
 486     # Renders the DNA page.
 487
 488     my ( $cookie,
 489        ) = @_;
 490
 491     # Returns a list.
 492
 493     my ( @html );
 494
 495     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 496     push @html, section_dna( $cookie );
 497
 498     return wantarray ? @html : \@html;
 499 }
 500
 501
 502 sub page_taxonomy
 503 {
 504     # Martin A. Hansen, November 2009.
 505
 506     # Renders the browse page.
 507
 508     my ( $cookie,   # cookie hash
 509        ) = @_;
 510
 511     # Returns a list.
 512
 513     my ( @html );
 514
 515     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 516     push @html, section_taxonomy_select( $cookie );
 517
 518     return wantarray ? @html : \@html;
 519 }
 520
 521
 522 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> SECTIONS <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 523
 524
 525 sub section_taxonomy_table
 526 {
 527     # Martin A. Hansen, November 2009.
 528
 529     # Returns a HTML section with a taxonomy table
 530     # showing the location in the taxonomy and with
 531     # links to browse the taxonomy.
 532
 533     my ( $cookie,   # cookie hash
 534        ) = @_;
 535
 536     # Returns a list.
 537
 538     my ( $page, @row, @html, $href, $txt );
 539
 540     foreach $page ( @{ $cookie->{ 'LIST_PAGES' } } )
 541     {
 542         last if $page eq $cookie->{ 'PAGE' } or $page eq 'browse';
 543
 544         $href = cookie_href( $cookie, $page );
 545
 546         $txt = ": $cookie->{ uc $page }";
 547
 548         push @row, Maasha::XHTML::ln( txt => $page, href => $href, class => 'inline' );
 549         push @row, Maasha::XHTML::p(  txt => $txt, class => 'inline' );
 550     }
 551
 552     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Taxonomy table", align => 'center', cellpadding => '5px' );
 553     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ join( "\n", @row ) ], align => 'center' );
 554     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 555
 556     return wantarray ? @html : \@html;
 557 }
 558
 559
 560 sub section_taxonomy_select
 561 {
 562     # Martin A. Hansen, November 2009.
 563
 564     # Returns a HTML section with selection choices
 565     # for navigating the taxonomy tree.
 566
 567     my ( $cookie,   # cookie hash
 568        ) = @_;
 569
 570     # Returns a list.
 571
 572     my ( $list, @html, $item, $href );
 573
 574     $list = "LIST_" . uc $cookie->{ 'PAGE' };
 575
 576     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Select $cookie->{ 'PAGE' }", class => 'center' );
 577
 578     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Taxonomy select table", align => 'center', cellpadding => '5px' );
 579
 580     foreach $item ( @{ $cookie->{ $list } } )
 581     {
 582         $cookie->{ uc $cookie->{ 'PAGE' } } = $item;
 583
 584         $href = cookie_href( $cookie, cookie_page_next( $cookie ) );
 585
 586         push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ Maasha::XHTML::ln( txt => $item, href => $href ) ] );
 587     }
 588
 589     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 590
 591     return wantarray ? @html : \@html;
 592 }
 593
 594
 595 sub section_navigate
 596 {
 597     # Martin A. Hansen, November 2009.
 598
 599     # Returns a HTML section for navigating in the browser window.
 600
 601     my ( $cookie,   # cookie hash
 602        ) = @_;
 603
 604     # Returns a list.
 605
 606     my ( @html, $nav_val );
 607
 608     $nav_val = Maasha::Calc::commify( $cookie->{ 'NAV_START' } ) . "-" . Maasha::Calc::commify( $cookie->{ 'NAV_END' } );
 609
 610     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Navigation table", align => 'center' );
 611     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [
 612         "Position or search term:",
 613         Maasha::XHTML::text( name => "nav_search", value => $nav_val, size => 30 ),
 614         Maasha::XHTML::submit( name => "nav_submit", value => "Submit" ),
 615     ] );
 616     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 617
 618     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Zoom table", align => 'center' );
 619     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [
 620         Maasha::XHTML::p( txt => 'Move:' ),
 621         Maasha::XHTML::submit( name => "move_left3",  value => "<<<", title => "move 95% to the left" ),
 622         Maasha::XHTML::submit( name => "move_left2",  value => "<<",  title => "move 47.5% to the left" ),
 623         Maasha::XHTML::submit( name => "move_left1",  value => "<",   title => "move 10% to the left" ),
 624         Maasha::XHTML::submit( name => "move_right1", value => ">",   title => "move 10% to the rigth" ),
 625         Maasha::XHTML::submit( name => "move_right2", value => ">>",  title => "move 47.5% to the rigth" ),
 626         Maasha::XHTML::submit( name => "move_right3", value => ">>>", title => "move 95% to the right" ),
 627         Maasha::XHTML::p( txt => 'Zoom in:' ),
 628         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_in1", value => "1.5x" ),
 629         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_in2", value => "3x" ),
 630         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_in3", value => "10x" ),
 631         Maasha::XHTML::p( txt => 'Zoom out:' ),
 632         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_out1", value => "1.5x" ),
 633         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_out2", value => "3x" ),
 634         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_out3", value => "10x" ),
 635     ] );
 636     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 637
 638     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "page",     value => "browse" ) );
 639     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "user",     value => "$cookie->{ 'USER' }" ) );
 640     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "clade",    value => "$cookie->{ 'CLADE' }" ) );
 641     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "genome",   value => "$cookie->{ 'GENOME' }" ) );
 642     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "assembly", value => "$cookie->{ 'ASSEMBLY' }" ) );
 643     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "contig",   value => "$cookie->{ 'CONTIG' }" ) );
 644
 645     return wantarray ? @html : \@html;
 646 }
 647
 648
 649 sub section_browse
 650 {
 651     my ( $cookie,
 652        ) = @_;
 653
 654     # Returns a list.
 655
 656     my ( @tracks, $i, @features, $feat, $elem, $surface, $cr, $png_data, @html, @img );
 657
 658     push @features, [ Maasha::BBrowser::Track::track_ruler( $cookie ) ];
 659     push @features, [ Maasha::BBrowser::Track::track_seq( $cookie ) ];
 660
 661     @tracks = Maasha::BBrowser::Track::path_tracks( $cookie );
 662
 663     for ( $i = 0; $i < @tracks; $i++ )
 664     {
 665         $cookie->{ 'FEAT_COLOR' } = Maasha::BBrowser::Draw::palette( $i );
 666
 667         push @features, [ Maasha::BBrowser::Track::track_feature( $tracks[ $i ], $cookie ) ];
 668     }
 669
 670     $surface = Cairo::ImageSurface->create( 'argb32', $cookie->{ 'IMG_WIDTH' }, $cookie->{ 'TRACK_OFFSET' } );
 671     $cr      = Cairo::Context->create( $surface );
 672
 673     $cr->rectangle ( 0, 0, $cookie->{ 'IMG_WIDTH' },  $cookie->{ 'TRACK_OFFSET' } );
 674     $cr->set_source_rgb ( 1, 1, 1 );
 675     $cr->fill;
 676
 677     foreach $feat ( @features ) {
 678         Maasha::BBrowser::Draw::draw_feature( $cr, $feat ) if $feat;
 679     }
 680
 681     $png_data = Maasha::BBrowser::Draw::base64_png( $surface );
 682
 683     push @img, Maasha::XHTML::img(
 684         src    => "data:image/png;base64,$png_data",
 685         alt    => "Browser Tracks",
 686         height => $cookie->{ 'TRACK_OFFSET' },
 687         width  => $cookie->{ 'IMG_WIDTH' },
 688         id     => "browser_map",
 689         usemap => "#browser_map"
 690     );
 691
 692     push @img, Maasha::XHTML::map_beg( name => "browser_map", id => "browser_map" );
 693
 694     foreach $feat ( @features )
 695     {
 696         foreach $elem ( @{ $feat } )
 697         {
 698             next if $elem->{ 'type' } eq 'text';
 699
 700             #$elem->{ 'strand' } = '&#43' if $elem->{ 'strand' } eq '+';
 701
 702             $cookie->{ 'Q_ID' }   = $elem->{ 'q_id' };
 703             $cookie->{ 'S_BEG' }  = $elem->{ 's_beg' };
 704             $cookie->{ 'S_END' }  = $elem->{ 's_end' };
 705             $cookie->{ 'STRAND' } = $elem->{ 'strand' };
 706
 707             push @img, Maasha::XHTML::area(
 708                 href   => cookie_href( $cookie, "export" ),
 709                 # href   => cookie_href( $cookie, "export" ) . "&q_id=$elem->{ 'q_id' }&s_beg=$elem->{ 's_beg' }&s_end=$elem->{ 's_end' }&strand=$elem->{ 'strand' }",
 710                 shape  => "rect",
 711                 coords => "$elem->{ x1 }, $elem->{ y1 }, $elem->{ x2 }, $elem->{ y2 }", title => "$elem->{ 'title' }",
 712             );
 713         }
 714     }
 715
 716     push @img, Maasha::XHTML::map_end();
 717
 718     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => join( "\n", @img ) );
 719
 720     @html = Maasha::XHTML::div( txt => join( "\n", @html ), class => 'browse' );
 721
 722     return wantarray ? @html : \@html;
 723 }
 724
 725
 726 sub section_export
 727 {
 728     # Martin A. Hansen, November 2009.
 729
 730     # Returns a HTML section with export table.
 731
 732     my ( $cookie,   # cookie hash
 733        ) = @_;
 734
 735     # Returns a list.
 736
 737     my ( @row_dna_contig, @html );
 738
 739     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::p( txt => qq(Export Feature: "$cookie->{ 'Q_ID' }" DNA from Contig: ), class => 'inline' );
 740     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::p( txt  => "$cookie->{ 'CONTIG' } Start: ", class => 'inline' );
 741     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::text( name => "s_beg", value => Maasha::Calc::commify( $cookie->{ 'S_BEG' } ), size => 15 );
 742     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::p( txt => "End: ", class => 'inline' );
 743     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::text( name => "s_end", value => Maasha::Calc::commify( $cookie->{ 'S_END' } ), size => 15 );
 744     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::p( txt => "Strand: ", class => 'inline' );
 745     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::menu( name => "strand", options => [ qw( + - ) ], selected => $cookie->{ 'STRAND' } );
 746     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::submit( name => "export", value => "Export", title => "Fetch DNA from this region" );
 747
 748     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Export", class => 'center' );
 749     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Taxonomy select table", align => 'center' );
 750     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => \@row_dna_contig );
 751     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 752
 753     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "page", value => "dna" ) );
 754     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "user",     value => "$cookie->{ 'USER' }" ) );
 755     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "clade",    value => "$cookie->{ 'CLADE' }" ) );
 756     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "genome",   value => "$cookie->{ 'GENOME' }" ) );
 757     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "assembly", value => "$cookie->{ 'ASSEMBLY' }" ) );
 758     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "contig",   value => "$cookie->{ 'CONTIG' }" ) );
 759
 760     return wantarray ? @html : \@html;
 761 }
 762
 763
 764 sub section_search
 765 {
 766     # Martin A. Hansen, November 2009.
 767
 768     # Returns a HTML section with export table.
 769
 770     my ( $cookie,   # cookie hash
 771        ) = @_;
 772
 773     # Returns a list.
 774
 775     my ( $results, $result, $count, @html, $export, $browse );
 776
 777     $results = Maasha::BBrowser::Track::search_tracks( $cookie );
 778
 779     $count = scalar @{ $results };
 780
 781     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Search", class => 'center' );
 782     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => qq(Results for "$cookie->{ 'SEARCH' }": $count), class => 'center' );
 783
 784     if ( $count > 0 )
 785     {
 786         push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Search table", align => 'center', cellpadding => '5px' );
 787         push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ qw( S_ID S_BEG S_END Q_ID SCORE STRAND HITS ALIGN BLOCK_COUNT BLOCK_BEGS BLOCK_LENS BLOCK_TYPE) ] );
 788
 789         foreach $result ( @{ $results } )
 790         {
 791             $cookie->{ 'CONTIG' }    = $result->{ 'S_ID' };
 792             $cookie->{ 'NAV_START' } = $result->{ 'S_BEG' };
 793             $cookie->{ 'NAV_END' }   = $result->{ 'S_END' };
 794             $cookie->{ 'S_BEG' }     = $result->{ 'S_BEG' };
 795             $cookie->{ 'S_END' }     = $result->{ 'S_END' };
 796             $cookie->{ 'STRAND' }    = $result->{ 'STRAND' };
 797             $cookie->{ 'Q_ID' }      = $result->{ 'Q_ID' };
 798
 799             $browse = Maasha::XHTML::ln( txt => "browse", href => cookie_href( $cookie, "browse" ) );
 800             $export = Maasha::XHTML::ln( txt => "export", href => cookie_href( $cookie, "export" ) );
 801
 802             push @html, Maasha::XHTML::table_row_advanced(
 803                 tr => [ { td => $result->{ 'S_ID' } },
 804                         { td => $result->{ 'S_BEG' }, align => 'right' },
 805                         { td => $result->{ 'S_END' }, align => 'right' },
 806                         { td => $result->{ 'Q_ID' } },
 807                         { td => $result->{ 'SCORE' }, align => 'right' },
 808                         { td => $result->{ 'STRAND' } },
 809                         { td => $result->{ 'HITS' }, align => 'right' },
 810                         { td => $result->{ 'ALIGN' } },
 811                         { td => $result->{ 'BLOCK_COUNT' }, align => 'right' },
 812                         { td => $result->{ 'BLOCK_BEGS' } },
 813                         { td => $result->{ 'BLOCK_LENS' } },
 814                         { td => $result->{ 'BLOCK_TYPE' } },
 815                         { td => $browse },
 816                         { td => $export },
 817                 ], class => "monospace"
 818             );
 819         }
 820
 821         push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 822     }
 823
 824     return wantarray ? @html : \@html;
 825 }
 826
 827
 828 sub section_dna
 829 {
 830     # Martin A. Hansen, November 2009.
 831
 832     # Returns a HTML section with extracted DNA.
 833
 834     my ( $cookie,   # cookie hash
 835        ) = @_;
 836
 837     # Returns a list.
 838
 839     my ( @html, $beg, $end, $seq );
 840
 841     $beg = $cookie->{ 'S_BEG' };
 842     $end = $cookie->{ 'S_END' };
 843     $beg =~ tr/,//d;
 844     $end =~ tr/,//d;
 845
 846     $seq = ">$cookie->{ 'CONTIG' }_$beg" . "_$end" . "_$cookie->{ 'STRAND' }\n";
 847     $seq .= Maasha::BBrowser::Track::dna_get( $cookie );
 848
 849     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "DNA", class => 'center' );
 850     push @html, Maasha::XHTML::pre( txt => $seq );
 851
 852     return wantarray ? @html : \@html;
 853 }
 854
 855
 856 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 857
 858
 859 __END__