www/index.cgi

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2006-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 use strict;
  24 use warnings;
  25
  26 use lib $ENV{ 'BP_PERL' };
  27
  28 use CGI;
  29 use URI::Escape;
  30 use Data::Dumper;
  31 use Digest::MD5;
  32 use Maasha::Common;
  33 use Maasha::Filesys;
  34 use Maasha::Calc;
  35 use Maasha::XHTML;
  36 use Maasha::BGB::Session;
  37 use Maasha::BGB::Track;
  38 use Maasha::BGB::Draw;
  39
  40 my ( $cgi, $cookie, @html );
  41
  42 $cgi    = new CGI;
  43 $cookie = cookie_default( $cgi );;
  44
  45 push @html, Maasha::XHTML::html_header(
  46     cgi_header  => 1,
  47     title       => 'Biopieces Genome Browser',
  48     css_file    => 'bgb.css',
  49     author      => 'Martin A. Hansen, mail@maasha.dk',
  50     description => 'Biopieces Genome Browser',
  51     keywords    => [ qw( Biopieces biopiece genome browser viewer bacterium bacteria prokaryote prokaryotes ) ],
  52     no_cache    => 1,
  53 );
  54
  55 push @html, Maasha::XHTML::h1( txt => "Biopieces Genome Browser", class => 'center' );
  56 push @html, Maasha::XHTML::form_beg( action => $cookie->{ 'SCRIPT' }, method => "post", enctype => "multipart/form-data" );
  57
  58 push @html, page( $cookie );
  59
  60 push @html, Maasha::XHTML::form_end;
  61 push @html, Maasha::XHTML::body_end;
  62 push @html, Maasha::XHTML::html_end;
  63
  64 # push @html, Maasha::XHTML::hdump( [ $cgi->Vars ] );  # DEBUG
  65 # push @html, Maasha::XHTML::hdump( \%ENV );           # DEBUG
  66 # push @html, Maasha::XHTML::hdump( $cookie );         # DEBUG
  67
  68 print "$_\n" foreach @html;
  69
  70
  71 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> SUBROUTINES <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  72
  73
  74 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> COOKIE <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  75
  76
  77 sub cookie_default
  78 {
  79     # Martin A. Hansen, November 2009.
  80
  81     # Set a cookie with values from the CGI object or defaults.
  82
  83     my ( $cgi,   # CGI object
  84        ) = @_;
  85
  86     # Returns a hash.
  87
  88     my ( $cookie );
  89
  90     $cookie = {};
  91
  92     if ( $cgi->param( 'nav_search' ) )
  93     {
  94         if ( $cgi->param( 'nav_search' ) =~ /([0-9,]+)[ -]([0-9,]+)/ )
  95         {
  96             $cookie->{ 'NAV_START' } = $1;
  97             $cookie->{ 'NAV_END' }   = $2;
  98         }
  99         else
 100         {
 101             $cookie->{ 'SEARCH' } = $cgi->param( 'nav_search' );
 102
 103             $cgi->param( 'page', 'search' );
 104         }
 105     }
 106
 107     $cookie->{ 'SCRIPT' }          = Maasha::Common::get_scriptname();
 108     $cookie->{ 'DATA_DIR' }        = "Data";
 109     $cookie->{ 'SESSION_DIR' }     = "Sessions";
 110     $cookie->{ 'LIST_PAGES' }      = [ qw( clade genome assembly contig browse ) ];
 111
 112     $cookie->{ 'USER' }            = $cgi->param( 'user' ) || '';
 113     $cookie->{ 'PASSWORD' }        = $cgi->param( 'password' );
 114     $cookie->{ 'SESSION_ID' }      = $cgi->param( 'session_id' );
 115
 116     cookie_session( $cookie );
 117     cookie_login( $cookie );
 118
 119     $cookie->{ 'PAGE' }          ||= $cgi->param( 'page' )     || 'login';
 120     $cookie->{ 'CLADE' }           = $cgi->param( 'clade' )    || '';
 121     $cookie->{ 'GENOME' }          = $cgi->param( 'genome' )   || '';
 122     $cookie->{ 'ASSEMBLY' }        = $cgi->param( 'assembly' ) || '';
 123     $cookie->{ 'CONTIG' }          = $cgi->param( 'contig' )   || '';
 124     $cookie->{ 'Q_ID' }            = $cgi->param( 'q_id' );
 125     $cookie->{ 'NAV_START' }     ||= $cgi->param( 'nav_start' );
 126     $cookie->{ 'NAV_END' }       ||= $cgi->param( 'nav_end' );
 127     $cookie->{ 'NAV_CENTER' }      = $cgi->param( 'nav_center' );
 128     $cookie->{ 'S_BEG' }           = $cgi->param( 's_beg' );
 129     $cookie->{ 'S_END' }           = $cgi->param( 's_end' );
 130     $cookie->{ 'STRAND' }          = $cgi->param( 'strand' );
 131     $cookie->{ 'ZOOM_IN1' }        = $cgi->param( 'zoom_in1' );
 132     $cookie->{ 'ZOOM_IN2' }        = $cgi->param( 'zoom_in2' );
 133     $cookie->{ 'ZOOM_IN3' }        = $cgi->param( 'zoom_in3' );
 134     $cookie->{ 'ZOOM_OUT1' }       = $cgi->param( 'zoom_out1' );
 135     $cookie->{ 'ZOOM_OUT2' }       = $cgi->param( 'zoom_out2' );
 136     $cookie->{ 'ZOOM_OUT3' }       = $cgi->param( 'zoom_out3' );
 137     $cookie->{ 'MOVE_LEFT1' }      = $cgi->param( 'move_left1' );
 138     $cookie->{ 'MOVE_LEFT2' }      = $cgi->param( 'move_left2' );
 139     $cookie->{ 'MOVE_LEFT3' }      = $cgi->param( 'move_left3' );
 140     $cookie->{ 'MOVE_RIGHT1' }     = $cgi->param( 'move_right1' );
 141     $cookie->{ 'MOVE_RIGHT2' }     = $cgi->param( 'move_right2' );
 142     $cookie->{ 'MOVE_RIGHT3' }     = $cgi->param( 'move_right3' );
 143
 144     $cookie->{ 'IMG_WIDTH' }       = 1200;   # Width of browser image in pixels
 145     $cookie->{ 'IMG_HEIGHT' }      = 800;    # Height of browser image in pixels
 146     $cookie->{ 'WIGGLE_HEIGHT' }   = 75;     # Height of Wiggle tracks in pixels
 147     $cookie->{ 'TRACK_OFFSET' }    = 20;
 148     $cookie->{ 'TRACK_SPACE' }     = 20;
 149     $cookie->{ 'RULER_FONT_SIZE' } = 10;     # Size of ruler font in pixels
 150     $cookie->{ 'RULER_COLOR' }     = [ 0, 0, 0 ];
 151     $cookie->{ 'SEQ_FONT_SIZE' }   = 10;
 152     $cookie->{ 'SEQ_COLOR' }       = [ 0, 0, 0, ];
 153     $cookie->{ 'FEAT_WIDTH' }      = 5;
 154     $cookie->{ 'FEAT_COLOR' }      = [ 0, 0, 0 ];
 155     $cookie->{ 'FEAT_MAX' }        = 5000;   # TODO: Reduntant?
 156
 157     $cookie->{ 'LIST_USER' }       = Maasha::BGB::Track::list_users();
 158     $cookie->{ 'LIST_CLADE' }      = Maasha::BGB::Track::list_clades(     $cookie->{ 'USER' } );
 159     $cookie->{ 'LIST_GENOME' }     = Maasha::BGB::Track::list_genomes(    $cookie->{ 'USER' }, $cookie->{ 'CLADE' } );
 160     $cookie->{ 'LIST_ASSEMBLY' }   = Maasha::BGB::Track::list_assemblies( $cookie->{ 'USER' }, $cookie->{ 'CLADE' }, $cookie->{ 'GENOME' } );
 161     $cookie->{ 'LIST_CONTIG' }     = Maasha::BGB::Track::list_contigs(    $cookie->{ 'USER' }, $cookie->{ 'CLADE' }, $cookie->{ 'GENOME' }, $cookie->{ 'ASSEMBLY' } );
 162
 163     if ( $cookie->{ 'CONTIG' } )
 164     {
 165         cookie_start( $cookie );
 166         cookie_end( $cookie );
 167         cookie_zoom( $cookie );
 168         cookie_move( $cookie );
 169         cookie_center( $cookie );
 170     }
 171
 172     $cookie->{ 'STRAND' } = '+' if defined $cookie->{ 'STRAND' } and $cookie->{ 'STRAND' } eq ' ';   # FIXME ugly HTML fix
 173
 174     return wantarray ? %{ $cookie } : $cookie;
 175 }
 176
 177
 178 sub cookie_session
 179 {
 180     # Martin A. Hansen, December 2009.
 181
 182     # Check cookie information against session information.
 183
 184     my ( $cookie,   # cookie hash
 185        ) = @_;
 186
 187     # Returns nothing.
 188
 189     my ( $session );
 190
 191     $session = Maasha::BGB::Session::session_restore( "$cookie->{ 'SESSION_DIR' }/sessions.txt" );
 192
 193     # if ( $cookie->{ 'SESSION_ID' } )
 194     # {
 195     #     if ( $cookie->{ 'SESSION_ID' } ne $ENV{ 'SSL_SESSION_ID' } ) {
 196     #         $cookie->{ 'PAGE' } = 'login';
 197     #         print STDERR "HER1"; # DEBUG
 198     #     }
 199     # }
 200     # else
 201     # {
 202     #     $cookie->{ 'PAGE' } = 'login';
 203     #
 204     #     print STDERR "HER2"; # DEBUG
 205     # }
 206
 207     if ( exists $session->{ $cookie->{ 'USER' } } and $cookie->{ 'SESSION_ID' } )
 208     {
 209         if ( $session->{ $cookie->{ 'USER' } }->{ 'SESSION_ID' } ne $cookie->{ 'SESSION_ID' } ) {
 210             $cookie->{ 'PAGE' } = 'login';
 211             print STDERR "HER3"; # DEBUG
 212         }
 213     }
 214     else
 215     {
 216         $cookie->{ 'PAGE' } = 'login';
 217         print STDERR "HER4"; # DEBUG
 218         print STDERR "NO COOKIE SESSION ID\n" if not $cookie->{ 'SESSION_ID' }; # DEBUG
 219         print STDERR "NO COOKIE USER\n" if not $cookie->{ 'USER' }; # DEBUG
 220         print STDERR "NO SESSION USER\n"      if not exists $session->{ $cookie->{ 'USER' } }; # DEBUG
 221     }
 222 }
 223
 224
 225 sub cookie_login
 226 {
 227     # Martin A. Hansen, December 2009.
 228
 229     # Check a user and password from CGI against the password file and
 230     # set the session ID, if found, in the cookie.
 231
 232     my ( $cookie,   # cookie hash
 233        ) = @_;
 234
 235     # Returns nothing.
 236
 237     my ( $session );
 238
 239     if ( $cookie->{ 'USER' } and $cookie->{ 'PASSWORD' } )
 240     {
 241         $session = Maasha::BGB::Session::session_restore( "$cookie->{ 'SESSION_DIR' }/sessions.txt" );
 242
 243         if ( exists $session->{ $cookie->{ 'USER' } } and
 244              $session->{ $cookie->{ 'USER' } }->{ 'PASSWORD' } eq Digest::MD5::md5_hex( $cookie->{ 'PASSWORD' } ) )
 245         {
 246             $session->{ $cookie->{ 'USER' } }->{ 'SESSION_ID' } ||= Maasha::BGB::Session::session_new();
 247             # $session->{ $cookie->{ 'USER' } }->{ 'SESSION_ID' }   = $ENV{ 'SSL_SESSION_ID' };
 248             $session->{ $cookie->{ 'USER' } }->{ 'TIME' }         = Maasha::Common::time_stamp();
 249
 250             $cookie->{ 'SESSION_ID' } = $session->{ $cookie->{ 'USER' } }->{ 'SESSION_ID' };
 251             $cookie->{ 'LOGIN' }      = "OK";
 252             $cookie->{ 'PAGE' }       = 'clade';
 253
 254             Maasha::BGB::Session::session_store( "$cookie->{ 'SESSION_DIR' }/sessions.txt", $session );
 255         }
 256         else
 257         {
 258             $cookie->{ 'LOGIN' } = "ERROR";
 259         }
 260     }
 261 }
 262
 263
 264 sub cookie_start
 265 {
 266     # Martin A. Hansen, November 2009.
 267
 268     # Decommify the cookie value for NAV_START and adjust it to
 269     # to prevent negative values.
 270
 271     my ( $cookie,   # cookie hash
 272        ) = @_;
 273
 274     # Returns nothing.
 275
 276     if ( defined $cookie->{ 'NAV_START' } )
 277     {
 278         $cookie->{ 'NAV_START' } =~ tr/,//d;
 279         $cookie->{ 'NAV_START' } = 0 if $cookie->{ 'NAV_START' } < 0;
 280     }
 281     else
 282     {
 283         $cookie->{ 'NAV_START' } = 0;
 284     }
 285 }
 286
 287
 288 sub cookie_end
 289 {
 290     # Martin A. Hansen, November 2009.
 291
 292     # Decommify the cookie value for NAV_END and adjust it to prevent
 293     # overshooting the max value for the contig size as determined
 294     # from the cookie.
 295
 296     my ( $cookie,   # cookie hash
 297        ) = @_;
 298
 299     # Returns nothing.
 300
 301     my ( $max );
 302
 303     $max = Maasha::Filesys::file_size( Maasha::BGB::Track::path_seq( $cookie ) );
 304
 305     if ( defined $cookie->{ 'NAV_END' } )
 306     {
 307         $cookie->{ 'NAV_END' } =~ tr/,//d;
 308         $cookie->{ 'NAV_END' } = $max if $cookie->{ 'NAV_END' } > $max;
 309     }
 310     else
 311     {
 312         $cookie->{ 'NAV_END' } = $max;
 313     }
 314 }
 315
 316
 317 sub cookie_zoom
 318 {
 319     # Martin A. Hansen, November 2009.
 320
 321     # Adjust the cookie values for NAV_START and NAV_END based
 322     # on cookie ZOOM values.
 323
 324     my ( $cookie,   # cookie hash
 325        ) = @_;
 326
 327     # Returns nothing.
 328
 329     my ( $max, $dist, $new_dist, $dist_diff );
 330
 331     $max = Maasha::Filesys::file_size( Maasha::BGB::Track::path_seq( $cookie ) );
 332
 333     $dist = $cookie->{ 'NAV_END' } - $cookie->{ 'NAV_START' };
 334
 335     if ( defined $cookie->{ 'ZOOM_IN1' } ) {
 336         $new_dist = $dist / 1.5;
 337     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_IN2' } ) {
 338         $new_dist = $dist / 3;
 339     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_IN3' } ) {
 340         $new_dist = $dist / 10;
 341     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_OUT1' } ) {
 342         $new_dist = $dist * 1.5;
 343     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_OUT2' } ) {
 344         $new_dist = $dist * 3;
 345     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_OUT3' } ) {
 346         $new_dist = $dist * 10;
 347     }
 348
 349     if ( $new_dist )
 350     {
 351         $dist_diff = $dist - $new_dist;
 352
 353         $cookie->{ 'NAV_START' } = int( $cookie->{ 'NAV_START' } + ( $dist_diff / 2 ) );
 354         $cookie->{ 'NAV_END' }   = int( $cookie->{ 'NAV_END' }   - ( $dist_diff / 2 ) );
 355
 356         $cookie->{ 'NAV_START' } = 0    if $cookie->{ 'NAV_START' } < 0;
 357         $cookie->{ 'NAV_END' }   = $max if $cookie->{ 'NAV_END' } > $max;
 358     }
 359 }
 360
 361
 362 sub cookie_move
 363 {
 364     # Martin A. Hansen, November 2009.
 365
 366     # Adjust the cookie values for NAV_START and NAV_END based
 367     # on cookie MOVE values.
 368
 369     my ( $cookie,   # cookie hash
 370        ) = @_;
 371
 372     # Returns nothing.
 373
 374     my ( $max, $dist, $shift, $new_start, $new_end );
 375
 376     $max = Maasha::Filesys::file_size( Maasha::BGB::Track::path_seq( $cookie ) );
 377
 378     $dist = $cookie->{ 'NAV_END' } - $cookie->{ 'NAV_START' };
 379
 380     if ( defined $cookie->{ 'MOVE_LEFT1' } ) {
 381         $shift = -1 * $dist * 0.10;
 382     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_LEFT2' } ) {
 383         $shift = -1 * $dist * 0.475;
 384     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_LEFT3' } ) {
 385         $shift = -1 * $dist * 0.95;
 386     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_RIGHT1' } ) {
 387         $shift = $dist * 0.10;
 388     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_RIGHT2' } ) {
 389         $shift = $dist * 0.475;
 390     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_RIGHT3' } ) {
 391         $shift = $dist * 0.95;
 392     }
 393
 394     if ( $shift )
 395     {
 396         $new_start = int( $cookie->{ 'NAV_START' } + $shift );
 397         $new_end   = int( $cookie->{ 'NAV_END' }   + $shift );
 398
 399         if ( $new_start > 0 and $new_end < $max )
 400         {
 401             $cookie->{ 'NAV_START' } = $new_start;
 402             $cookie->{ 'NAV_END' }   = $new_end;
 403         }
 404     }
 405 }
 406
 407
 408 sub cookie_center
 409 {
 410     # Martin A. Hansen, March 2010
 411
 412     # Adjust the cookie values for NAV_START and NAV_END based
 413     # on cookie CENTER value if defined.
 414
 415     my ( $cookie,   # cookie hash
 416        ) = @_;
 417
 418     # Returns nothing.
 419
 420     my ( $l_dist, $r_dist );
 421
 422     if ( defined $cookie->{ 'NAV_CENTER' } )
 423     {
 424         $l_dist = $cookie->{ 'NAV_CENTER' } - $cookie->{ 'NAV_START' };
 425         $r_dist = $cookie->{ 'NAV_END' } - $cookie->{ 'NAV_CENTER' };
 426
 427         if ( $l_dist > $r_dist ) {
 428             $cookie->{ 'NAV_START' } = $cookie->{ 'NAV_END' } - 2 * $r_dist;
 429         } else {
 430             $cookie->{ 'NAV_END' } = $cookie->{ 'NAV_START' } + 2 * $l_dist;
 431         }
 432     }
 433 }
 434
 435
 436 sub cookie_page_next
 437 {
 438     # Martin A. Hansen, November 2009.
 439
 440     # Returns the next page in the taxonomy path.
 441
 442     my ( $cookie,   # cookie hash
 443        ) = @_;
 444
 445     # Returns a string.
 446
 447     my ( $i );
 448
 449     for ( $i = 0; $i < @{ $cookie->{ 'LIST_PAGES' } }; $i++ ) {
 450         last if $cookie->{ 'PAGE' } eq $cookie->{ 'LIST_PAGES' }->[ $i ];
 451     }
 452
 453     return $cookie->{ 'LIST_PAGES' }->[ $i + 1 ];
 454 }
 455
 456
 457 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> PAGES <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 458
 459
 460 sub page
 461 {
 462     # Martin A. Hansen, November 2009.
 463
 464     # Determines what page to render based on
 465     # the cookie's PAGE setting.
 466
 467     my ( $cookie,   # cookie hash
 468        ) = @_;
 469
 470     # Returns a list.
 471
 472     my ( @html );
 473
 474     if ( $cookie->{ 'SESSION_ID' } ) {
 475         push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "session_id", value => $cookie->{ 'SESSION_ID' } ) );
 476     }
 477
 478     if ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'login' ) {
 479         push @html, page_login( $cookie );
 480     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'search' ) {
 481         push @html, page_search( $cookie );
 482     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'browse' ) {
 483         push @html, page_browse( $cookie );
 484     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'dna' ) {
 485         push @html, page_dna( $cookie );
 486     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'export' ) {
 487         push @html, page_export( $cookie );
 488     } else {
 489         push @html, page_taxonomy( $cookie );
 490     }
 491
 492     return wantarray ? @html : \@html;
 493 }
 494
 495
 496 sub page_login
 497 {
 498     # Martin A. Hansen, December 2009.
 499
 500     # Renders the login page.
 501
 502     my ( $cookie,
 503        ) = @_;
 504
 505     # Returns a list.
 506
 507     my ( @html );
 508
 509     push @html, section_login( $cookie );
 510
 511     return wantarray ? @html : \@html;
 512 }
 513
 514
 515 sub page_search
 516 {
 517     # Martin A. Hansen, December 2009.
 518
 519     # Renders the search page.
 520
 521     my ( $cookie,
 522        ) = @_;
 523
 524     # Returns a list.
 525
 526     my ( @html );
 527
 528     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 529     push @html, section_search( $cookie );
 530
 531     return wantarray ? @html : \@html;
 532 }
 533
 534
 535 sub page_browse
 536 {
 537     # Martin A. Hansen, November 2009.
 538
 539     # Renders the browse page.
 540
 541     my ( $cookie,
 542        ) = @_;
 543
 544     # Returns a list.
 545
 546     my ( @html );
 547
 548     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 549     push @html, section_navigate( $cookie );
 550     push @html, section_browse( $cookie );
 551
 552     return wantarray ? @html : \@html;
 553 }
 554
 555
 556 sub page_dna
 557 {
 558     # Martin A. Hansen, November 2009.
 559
 560     # Renders the DNA page.
 561
 562     my ( $cookie,
 563        ) = @_;
 564
 565     # Returns a list.
 566
 567     my ( @html );
 568
 569     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 570     push @html, section_dna( $cookie );
 571
 572     return wantarray ? @html : \@html;
 573 }
 574
 575
 576 sub page_export
 577 {
 578     # Martin A. Hansen, November 2009.
 579
 580     # Renders the export page.
 581
 582     my ( $cookie,
 583        ) = @_;
 584
 585     # Returns a list.
 586
 587     my ( @html );
 588
 589     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 590     push @html, section_export( $cookie );
 591
 592     return wantarray ? @html : \@html;
 593 }
 594
 595
 596 sub page_taxonomy
 597 {
 598     # Martin A. Hansen, November 2009.
 599
 600     # Renders the browse page.
 601
 602     my ( $cookie,   # cookie hash
 603        ) = @_;
 604
 605     # Returns a list.
 606
 607     my ( @html );
 608
 609     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 610     push @html, section_taxonomy_select( $cookie );
 611
 612     return wantarray ? @html : \@html;
 613 }
 614
 615
 616 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> SECTIONS <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 617
 618
 619 sub section_login
 620 {
 621     # Martin A. Hansen, December 2009.
 622
 623     # Returns a HTML section with a login menu.
 624
 625     my ( $cookie,   # cookie hash
 626        ) = @_;
 627
 628     # Returns a list.
 629
 630     my ( $user, $password, $login, @html );
 631
 632     $user     = Maasha::XHTML::text( name => "user", value => "", size => 20 );
 633     $password = Maasha::XHTML::password( name => "password", value => "", size => 20 );
 634     $login    = Maasha::XHTML::submit( name => "login_submit", value => "Login" );
 635
 636     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Login", class => 'center' );
 637
 638     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Login table", align => 'center' );
 639     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ "User:", $user ] );
 640     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ "Password:", $password ] );
 641     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ "", $login ] );
 642     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 643
 644     if ( $cookie->{ 'LOGIN' } and $cookie->{ 'LOGIN' } eq 'ERROR' ) {
 645         push @html, Maasha::XHTML::h3( txt => "Bad user or password - please retry", class => 'error' );
 646     }
 647
 648     return wantarray ? @html : \@html;
 649 }
 650
 651
 652 sub section_taxonomy_table
 653 {
 654     # Martin A. Hansen, November 2009.
 655
 656     # Returns a HTML section with a taxonomy table
 657     # showing the location in the taxonomy and with
 658     # links to browse the taxonomy.
 659
 660     my ( $cookie,   # cookie hash
 661        ) = @_;
 662
 663     # Returns a list.
 664
 665     my ( $page, @row, @html, $href, $txt );
 666
 667     foreach $page ( @{ $cookie->{ 'LIST_PAGES' } } )
 668     {
 669         last if $page eq $cookie->{ 'PAGE' } or $page eq 'browse';
 670
 671         $href  = "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=$page";
 672         $href .= "&session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }";
 673         $href .= "&user=$cookie->{ 'USER' }";
 674         $href .= "&clade=$cookie->{ 'CLADE' }"       if $page !~ /clade/;
 675         $href .= "&genome=$cookie->{ 'GENOME' }"     if $page !~ /clade|genome/;
 676         $href .= "&assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }" if $page !~ /clade|genome|assembly/;
 677         $href .= "&contig=$cookie->{ 'CONTIG' }"     if $page !~ /clade|genome|assembly|contig/;
 678
 679         $txt = ": $cookie->{ uc $page }";
 680
 681         push @row, Maasha::XHTML::ln( txt => $page, href => $href, class => 'inline' );
 682         push @row, Maasha::XHTML::p(  txt => $txt, class => 'inline' );
 683     }
 684
 685     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Taxonomy table", align => 'center', cellpadding => '5px' );
 686     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ join( "\n", @row ) ], align => 'center' );
 687     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 688
 689     return wantarray ? @html : \@html;
 690 }
 691
 692
 693 sub section_taxonomy_select
 694 {
 695     # Martin A. Hansen, November 2009.
 696
 697     # Returns a HTML section with selection choices
 698     # for navigating the taxonomy tree.
 699
 700     my ( $cookie,   # cookie hash
 701        ) = @_;
 702
 703     # Returns a list.
 704
 705     my ( $list, @html, $item, $href );
 706
 707     $list = "LIST_" . uc $cookie->{ 'PAGE' };
 708
 709     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Select $cookie->{ 'PAGE' }", class => 'center' );
 710
 711     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Taxonomy select table", align => 'center', cellpadding => '5px' );
 712
 713     foreach $item ( @{ $cookie->{ $list } } )
 714     {
 715         $cookie->{ uc $cookie->{ 'PAGE' } } = $item;
 716
 717         $href  = "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=" . cookie_page_next( $cookie );
 718         $href .= "&session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }";
 719         $href .= "&user=$cookie->{ 'USER' }";
 720         $href .= "&clade=$cookie->{ 'CLADE' }";
 721         $href .= "&genome=$cookie->{ 'GENOME' }"     if $cookie->{ 'GENOME' };
 722         $href .= "&assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }" if $cookie->{ 'ASSEMBLY' };
 723         $href .= "&contig=$cookie->{ 'CONTIG' }"     if $cookie->{ 'CONTIG' };
 724
 725         push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ Maasha::XHTML::ln( txt => $item, href => $href ) ] );
 726     }
 727
 728     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 729
 730     return wantarray ? @html : \@html;
 731 }
 732
 733
 734 sub section_navigate
 735 {
 736     # Martin A. Hansen, November 2009.
 737
 738     # Returns a HTML section for navigating in the browser window.
 739
 740     my ( $cookie,   # cookie hash
 741        ) = @_;
 742
 743     # Returns a list.
 744
 745     my ( @html, $nav_val );
 746
 747     $nav_val = Maasha::Calc::commify( $cookie->{ 'NAV_START' } ) . "-" . Maasha::Calc::commify( $cookie->{ 'NAV_END' } );
 748
 749     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Navigation table", align => 'center' );
 750     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [
 751         "Position or search term:",
 752         Maasha::XHTML::text( name => "nav_search", value => $nav_val, size => 30 ),
 753         Maasha::XHTML::submit( name => "nav_submit", value => "Submit" ),
 754     ] );
 755     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 756
 757     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Zoom table", align => 'center' );
 758     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [
 759         Maasha::XHTML::p( txt => 'Move:' ),
 760         Maasha::XHTML::submit( name => "move_left3",  value => "<<<", title => "move 95% to the left" ),
 761         Maasha::XHTML::submit( name => "move_left2",  value => "<<",  title => "move 47.5% to the left" ),
 762         Maasha::XHTML::submit( name => "move_left1",  value => "<",   title => "move 10% to the left" ),
 763         Maasha::XHTML::submit( name => "move_right1", value => ">",   title => "move 10% to the rigth" ),
 764         Maasha::XHTML::submit( name => "move_right2", value => ">>",  title => "move 47.5% to the rigth" ),
 765         Maasha::XHTML::submit( name => "move_right3", value => ">>>", title => "move 95% to the right" ),
 766         Maasha::XHTML::p( txt => 'Zoom in:' ),
 767         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_in1", value => "1.5x" ),
 768         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_in2", value => "3x" ),
 769         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_in3", value => "10x" ),
 770         Maasha::XHTML::p( txt => 'Zoom out:' ),
 771         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_out1", value => "1.5x" ),
 772         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_out2", value => "3x" ),
 773         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_out3", value => "10x" ),
 774     ] );
 775     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 776
 777     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "page",     value => "browse" ) );
 778     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "user",     value => $cookie->{ 'USER' } ) );
 779     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "clade",    value => $cookie->{ 'CLADE' } ) );
 780     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "genome",   value => $cookie->{ 'GENOME' } ) );
 781     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "assembly", value => $cookie->{ 'ASSEMBLY' } ) );
 782     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "contig",   value => $cookie->{ 'CONTIG' } ) );
 783
 784     return wantarray ? @html : \@html;
 785 }
 786
 787
 788 sub section_browse
 789 {
 790     my ( $cookie,
 791        ) = @_;
 792
 793     # Returns a list.
 794
 795     my ( @tracks, $i, @features, $feat, $elem, $surface, $cr, $png_data, @html, @img, $x1, $y1, $x2, $y2, $factor, $center );
 796
 797     push @features, [ Maasha::BGB::Track::track_ruler( $cookie ) ];
 798     push @features, [ Maasha::BGB::Track::track_seq( $cookie ) ];
 799
 800     @tracks = Maasha::BGB::Track::path_tracks( $cookie );
 801
 802     for ( $i = 0; $i < @tracks; $i++ )
 803     {
 804         $cookie->{ 'FEAT_COLOR' } = Maasha::BGB::Draw::palette( $i );
 805
 806         push @features, [ Maasha::BGB::Track::track_feature( $tracks[ $i ], $cookie ) ];
 807     }
 808
 809     $surface = Cairo::ImageSurface->create( 'argb32', $cookie->{ 'IMG_WIDTH' }, $cookie->{ 'TRACK_OFFSET' } );
 810     $cr      = Cairo::Context->create( $surface );
 811
 812     $cr->rectangle ( 0, 0, $cookie->{ 'IMG_WIDTH' },  $cookie->{ 'TRACK_OFFSET' } );
 813     $cr->set_source_rgb ( 1, 1, 1 );
 814     $cr->fill;
 815
 816     foreach $feat ( @features ) {
 817         Maasha::BGB::Draw::draw_feature( $cr, $feat ) if $feat;
 818     }
 819
 820     $png_data = Maasha::BGB::Draw::base64_png( $surface );
 821
 822     push @img, Maasha::XHTML::img(
 823         src    => "data:image/png;base64,$png_data",
 824         alt    => "Browser Tracks",
 825         height => $cookie->{ 'TRACK_OFFSET' },
 826         width  => $cookie->{ 'IMG_WIDTH' },
 827         id     => "browser_map",
 828         usemap => "#browser_map"
 829     );
 830
 831     push @img, Maasha::XHTML::map_beg( name => "browser_map", id => "browser_map" );
 832
 833     $factor = ( $cookie->{ 'NAV_END' } - $cookie->{ 'NAV_START' } + 1 ) / $cookie->{ 'IMG_WIDTH' };
 834
 835     for ( $i = 0; $i < $cookie->{ 'IMG_WIDTH' }; $i += 5 )
 836     {
 837         $x1 = $i;
 838         $y1 = 10;
 839         $x2 = $i + 5;
 840         $y2 = 20;
 841
 842         $center = int( $cookie->{ 'NAV_START' } + $factor * $i );
 843
 844         push @img, Maasha::XHTML::area(
 845             href     => join( "&", "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=browse",
 846                                    "session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }",
 847                                    "user=$cookie->{ 'USER' }",
 848                                    "clade=$cookie->{ 'CLADE' }",
 849                                    "genome=$cookie->{ 'GENOME' }",
 850                                    "contig=$cookie->{ 'CONTIG' }",
 851                                    "assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }",
 852                                    "nav_start=$cookie->{ 'NAV_START' }",
 853                                    "nav_end=$cookie->{ 'NAV_END' }",
 854                                    "nav_center=$center",
 855                       ),
 856             shape  => 'rect',
 857             coords => "$x1, $y1, $x2, $y2",
 858             title  => "Center on " . Maasha::Calc::commify( $center ),
 859         );
 860     }
 861
 862     foreach $feat ( @features )
 863     {
 864         foreach $elem ( @{ $feat } )
 865         {
 866             next if $elem->{ 'type' } eq 'text';
 867             next if $elem->{ 'type' } eq 'wiggle';
 868
 869             #$elem->{ 'strand' } = '&#43' if $elem->{ 'strand' } eq '+';
 870
 871             $cookie->{ 'Q_ID' }   = $elem->{ 'q_id' };
 872             $cookie->{ 'S_BEG' }  = $elem->{ 's_beg' };
 873             $cookie->{ 'S_END' }  = $elem->{ 's_end' };
 874             $cookie->{ 'STRAND' } = $elem->{ 'strand' };
 875
 876             push @img, Maasha::XHTML::area(
 877                 href     => join( "&", "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=export",
 878                                        "session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }",
 879                                        "user=$cookie->{ 'USER' }",
 880                                        "clade=$cookie->{ 'CLADE' }",
 881                                        "genome=$cookie->{ 'GENOME' }",
 882                                        "contig=$cookie->{ 'CONTIG' }",
 883                                        "assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }",
 884                                        "s_beg=$cookie->{ 'S_BEG' }",
 885                                        "s_end=$cookie->{ 'S_END' }",
 886                                        "strand=$cookie->{ 'STRAND' }",
 887                           ),
 888                 shape  => 'rect',
 889                 coords => "$elem->{ x1 }, $elem->{ y1 }, $elem->{ x2 }, $elem->{ y2 }",
 890                 title  => "$elem->{ 'title' }",
 891             );
 892         }
 893     }
 894
 895     push @img, Maasha::XHTML::map_end();
 896
 897     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => join( "\n", @img ) );
 898
 899     @html = Maasha::XHTML::div( txt => join( "\n", @html ), class => 'browse' );
 900
 901     return wantarray ? @html : \@html;
 902 }
 903
 904
 905 sub section_export
 906 {
 907     # Martin A. Hansen, November 2009.
 908
 909     # Returns a HTML section with export table.
 910
 911     my ( $cookie,   # cookie hash
 912        ) = @_;
 913
 914     # Returns a list.
 915
 916     my ( $feat, @row_dna_contig, @html );
 917
 918     $feat = $cookie->{ 'Q_ID' } || "[no name]";
 919
 920     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::p( txt => qq(Export Feature: "$feat" DNA from Contig: ), class => 'inline' );
 921     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::p( txt  => "$cookie->{ 'CONTIG' } Start: ", class => 'inline' );
 922     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::text( name => "s_beg", value => Maasha::Calc::commify( $cookie->{ 'S_BEG' } ), size => 15 );
 923     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::p( txt => "End: ", class => 'inline' );
 924     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::text( name => "s_end", value => Maasha::Calc::commify( $cookie->{ 'S_END' } ), size => 15 );
 925     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::p( txt => "Strand: ", class => 'inline' );
 926     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::menu( name => "strand", options => [ qw( + - ) ], selected => $cookie->{ 'STRAND' } );
 927     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::submit( name => "export", value => "Export", title => "Fetch DNA from this region" );
 928
 929     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Export", class => 'center' );
 930     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Taxonomy select table", align => 'center' );
 931     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => \@row_dna_contig );
 932     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 933
 934     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "page",     value => "dna" ) );
 935     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "user",     value => $cookie->{ 'USER' } ) );
 936     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "clade",    value => $cookie->{ 'CLADE' } ) );
 937     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "genome",   value => $cookie->{ 'GENOME' } ) );
 938     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "assembly", value => $cookie->{ 'ASSEMBLY' } ) );
 939     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "contig",   value => $cookie->{ 'CONTIG' } ) );
 940
 941     return wantarray ? @html : \@html;
 942 }
 943
 944
 945 sub section_search
 946 {
 947     # Martin A. Hansen, November 2009.
 948
 949     # Returns a HTML section with export table.
 950
 951     my ( $cookie,   # cookie hash
 952        ) = @_;
 953
 954     # Returns a list.
 955
 956     my ( $results, $result, $count, @html, $export, $browse );
 957
 958     $results = Maasha::BGB::Track::search_tracks( $cookie );
 959
 960     $count = scalar @{ $results };
 961
 962     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Search", class => 'center' );
 963     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => qq(Results for "$cookie->{ 'SEARCH' }": $count), class => 'center' );
 964
 965     if ( $count > 0 )
 966     {
 967         push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Search table", align => 'center', cellpadding => '5px' );
 968         push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ qw( S_ID S_BEG S_END Q_ID SCORE STRAND HITS ALIGN BLOCK_COUNT BLOCK_BEGS BLOCK_LENS BLOCK_TYPE) ] );
 969
 970         foreach $result ( @{ $results } )
 971         {
 972             $cookie->{ 'CONTIG' }    = $result->{ 'S_ID' };
 973             $cookie->{ 'NAV_START' } = $result->{ 'S_BEG' };
 974             $cookie->{ 'NAV_END' }   = $result->{ 'S_END' };
 975             $cookie->{ 'S_BEG' }     = $result->{ 'S_BEG' };
 976             $cookie->{ 'S_END' }     = $result->{ 'S_END' };
 977             $cookie->{ 'STRAND' }    = $result->{ 'STRAND' };
 978             $cookie->{ 'Q_ID' }      = $result->{ 'Q_ID' };
 979
 980             $browse = Maasha::XHTML::ln(
 981                 txt  => "browse",
 982                 href => join( "&", "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=browse",
 983                                    "session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }",
 984                                    "user=$cookie->{ 'USER' }",
 985                                    "clade=$cookie->{ 'CLADE' }",
 986                                    "genome=$cookie->{ 'GENOME' }",
 987                                    "contig=$cookie->{ 'CONTIG' }",
 988                                    "assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }",
 989                                    "nav_start=$cookie->{ 'NAV_START' }",
 990                                    "nav_end=$cookie->{ 'NAV_END' }",
 991                 ),
 992             );
 993
 994
 995             $export = Maasha::XHTML::ln(
 996                 txt  => "export",
 997                 href => join( "&", "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=export",
 998                                    "session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }",
 999                                    "user=$cookie->{ 'USER' }",
1000                                    "clade=$cookie->{ 'CLADE' }",
1001                                    "genome=$cookie->{ 'GENOME' }",
1002                                    "contig=$cookie->{ 'CONTIG' }",
1003                                    "assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }",
1004                                    "s_beg=$cookie->{ 'S_BEG' }",
1005                                    "s_end=$cookie->{ 'S_END' }",
1006                                    "strand=$cookie->{ 'STRAND' }",
1007                 ),
1008             );
1009
1010             push @html, Maasha::XHTML::table_row_advanced(
1011                 tr => [ { td => $result->{ 'S_ID' } },
1012                         { td => $result->{ 'S_BEG' }, align => 'right' },
1013                         { td => $result->{ 'S_END' }, align => 'right' },
1014                         { td => $result->{ 'Q_ID' } },
1015                         { td => $result->{ 'SCORE' }, align => 'right' },
1016                         { td => $result->{ 'STRAND' } },
1017                         { td => $result->{ 'HITS' }, align => 'right' },
1018                         { td => $result->{ 'ALIGN' } },
1019                         { td => $result->{ 'BLOCK_COUNT' }, align => 'right' },
1020                         { td => $result->{ 'BLOCK_BEGS' } },
1021                         { td => $result->{ 'BLOCK_LENS' } },
1022                         { td => $result->{ 'BLOCK_TYPE' } },
1023                         { td => $browse },
1024                         { td => $export },
1025                 ], class => "monospace"
1026             );
1027         }
1028
1029         push @html, Maasha::XHTML::table_end;
1030     }
1031
1032     return wantarray ? @html : \@html;
1033 }
1034
1035
1036 sub section_dna
1037 {
1038     # Martin A. Hansen, November 2009.
1039
1040     # Returns a HTML section with extracted DNA.
1041
1042     my ( $cookie,   # cookie hash
1043        ) = @_;
1044
1045     # Returns a list.
1046
1047     my ( @html, $beg, $end, $seq );
1048
1049     $beg = $cookie->{ 'S_BEG' };
1050     $end = $cookie->{ 'S_END' };
1051     $beg =~ tr/,//d;
1052     $end =~ tr/,//d;
1053
1054     $seq = join ";", ">$cookie->{ 'GENOME' }", $cookie->{ 'ASSEMBLY' }, $cookie->{ 'CONTIG' }, $beg, $end, "$cookie->{ 'STRAND' }\n";
1055     $seq .= Maasha::BGB::Track::dna_get( $cookie );
1056
1057     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "DNA", class => 'center' );
1058     push @html, Maasha::XHTML::pre( txt => $seq );
1059
1060     return wantarray ? @html : \@html;
1061 }
1062
1063
1064 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1065
1066
1067 __END__