]> git.donarmstrong.com Git - biopieces.git/blob - www/index.cgi
cleanup of BGB
[biopieces.git] / www / index.cgi
1 #!/usr/bin/env perl
2
3 # Copyright (C) 2006-2009 Martin A. Hansen.
4
5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
8 # of the License, or (at your option) any later version.
9
10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
13 # GNU General Public License for more details.
14
15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
16 # along with this program; if not, write to the Free Software
17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
18
19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
20
21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
22
23 use strict;
24 use warnings;
25
26 use lib $ENV{ 'BP_PERL' };
27
28 use CGI;
29 use Data::Dumper;
30 use Digest::MD5;
31 use Maasha::Common;
32 use Maasha::Filesys;
33 use Maasha::Calc;
34 use Maasha::XHTML;
35 use Maasha::KISS;
36 use Maasha::BGB::Session;
37 use Maasha::BGB::Track;
38 use Maasha::BGB::Draw;
39
40 my ( $cgi, $cookie, @html );
41
42 $cgi    = new CGI;
43 $cookie = cookie_default( $cgi );;
44
45 push @html, Maasha::XHTML::html_header(
46     cgi_header  => 1,
47     title       => "Biopieces Genome Browser",
48     css_file    => "bgb.css",
49     author      => "Martin A. Hansen, mail\@maasha.dk",
50     description => "Biopieces Genome Browser",
51     keywords    => [ qw( Biopieces biopiece genome browser viewer bacterium bacteria prokaryote prokaryotes ) ],
52     no_cache    => 1,
53 );
54
55 push @html, Maasha::XHTML::h1( txt => "Biopieces Genome Browser", class => 'center' );
56 push @html, Maasha::XHTML::form_beg( action => $cookie->{ 'SCRIPT' }, method => "post", enctype => "multipart/form-data" );
57
58 push @html, page( $cookie );
59
60 push @html, Maasha::XHTML::form_end;
61 push @html, Maasha::XHTML::body_end;
62 push @html, Maasha::XHTML::html_end;
63
64 # push @html, Maasha::XHTML::hdump( [ $cgi->Vars ] );  # DEBUG
65 # push @html, Maasha::XHTML::hdump( \%ENV );           # DEBUG
66 # push @html, Maasha::XHTML::hdump( $cookie );         # DEBUG
67
68 print "$_\n" foreach @html;
69
70
71 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> SUBROUTINES <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
72
73
74 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> COOKIE <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
75
76
77 sub cookie_default
78 {
79     # Martin A. Hansen, November 2009.
80
81     # Set a cookie with values from the CGI object or defaults.
82
83     my ( $cgi,   # CGI object
84        ) = @_;
85
86     # Returns a hash.
87
88     my ( $cookie, $path );
89
90     $cookie = {};
91
92     if ( $cgi->param( 'nav_search' ) )
93     {
94         if ( $cgi->param( 'nav_search' ) =~ /([0-9,]+)[ -]([0-9,]+)/ )
95         {
96             $cookie->{ 'NAV_START' } = $1;
97             $cookie->{ 'NAV_END' }   = $2;
98         }
99         else
100         {
101             $cookie->{ 'SEARCH' } = $cgi->param( 'nav_search' );
102
103             $cgi->param( 'page', 'search' );
104         }
105     }
106
107     $cookie->{ 'SCRIPT' }          = Maasha::Common::get_scriptname();
108     $cookie->{ 'DATA_DIR' }        = "Data";
109     $cookie->{ 'SESSION_DIR' }     = "Sessions";
110     $cookie->{ 'LIST_PAGES' }      = [ qw( clade genome assembly contig browse ) ];
111
112     $cookie->{ 'USER' }            = $cgi->param( 'user' ) || '';
113     $cookie->{ 'PASSWORD' }        = $cgi->param( 'password' );
114     $cookie->{ 'SESSION_ID' }      = $cgi->param( 'session_id' );
115
116     cookie_session( $cookie );
117     cookie_login( $cookie );
118
119     $cookie->{ 'PAGE' }          ||= $cgi->param( 'page' )     || 'login';
120     $cookie->{ 'CLADE' }           = $cgi->param( 'clade' )    || '';
121     $cookie->{ 'GENOME' }          = $cgi->param( 'genome' )   || '';
122     $cookie->{ 'ASSEMBLY' }        = $cgi->param( 'assembly' ) || '';
123     $cookie->{ 'CONTIG' }          = $cgi->param( 'contig' )   || '';
124     $cookie->{ 'Q_ID' }            = $cgi->param( 'q_id' );
125     $cookie->{ 'NAV_START' }     ||= $cgi->param( 'nav_start' ) || $cgi->param( 's_beg' );  # FIXME this is ugly!
126     $cookie->{ 'NAV_END' }       ||= $cgi->param( 'nav_end' )   || $cgi->param( 's_end' );
127     $cookie->{ 'S_BEG' }           = $cgi->param( 's_beg' );
128     $cookie->{ 'S_END' }           = $cgi->param( 's_end' );
129     $cookie->{ 'STRAND' }          = $cgi->param( 'strand' );
130     $cookie->{ 'ZOOM_IN1' }        = $cgi->param( 'zoom_in1' );
131     $cookie->{ 'ZOOM_IN2' }        = $cgi->param( 'zoom_in2' );
132     $cookie->{ 'ZOOM_IN3' }        = $cgi->param( 'zoom_in3' );
133     $cookie->{ 'ZOOM_OUT1' }       = $cgi->param( 'zoom_out1' );
134     $cookie->{ 'ZOOM_OUT2' }       = $cgi->param( 'zoom_out2' );
135     $cookie->{ 'ZOOM_OUT3' }       = $cgi->param( 'zoom_out3' );
136     $cookie->{ 'MOVE_LEFT1' }      = $cgi->param( 'move_left1' );
137     $cookie->{ 'MOVE_LEFT2' }      = $cgi->param( 'move_left2' );
138     $cookie->{ 'MOVE_LEFT3' }      = $cgi->param( 'move_left3' );
139     $cookie->{ 'MOVE_RIGHT1' }     = $cgi->param( 'move_right1' );
140     $cookie->{ 'MOVE_RIGHT2' }     = $cgi->param( 'move_right2' );
141     $cookie->{ 'MOVE_RIGHT3' }     = $cgi->param( 'move_right3' );
142
143     $cookie->{ 'IMG_WIDTH' }       = 1200;
144     $cookie->{ 'IMG_HEIGHT' }      = 800;
145     $cookie->{ 'TRACK_OFFSET' }    = 20;
146     $cookie->{ 'TRACK_SPACE' }     = 20;
147     $cookie->{ 'RULER_FONT_SIZE' } = 10;
148     $cookie->{ 'RULER_COLOR' }     = [ 0, 0, 0 ];
149     $cookie->{ 'SEQ_FONT_SIZE' }   = 10;
150     $cookie->{ 'SEQ_COLOR' }       = [ 0, 0, 0, ];
151     $cookie->{ 'FEAT_WIDTH' }      = 5;
152     $cookie->{ 'FEAT_COLOR' }      = [ 0, 0, 0 ];
153     $cookie->{ 'FEAT_MAX' }        = 5000;
154
155     $path = "$cookie->{ 'DATA_DIR' }/Users";
156
157     $cookie->{ 'LIST_USER' }       = Maasha::Filesys::ls_dirs_base( $path ) if -d $path;
158
159     $path .= "/$cookie->{ 'USER' }";
160
161     $cookie->{ 'LIST_CLADE' }      = Maasha::Filesys::ls_dirs_base( $path ) if -d $path;
162
163     $path .= "/$cookie->{ 'CLADE' }";
164
165     $cookie->{ 'LIST_GENOME' }     = Maasha::Filesys::ls_dirs_base( $path ) if -d $path;
166
167     $path .= "/$cookie->{ 'GENOME' }";
168
169     $cookie->{ 'LIST_ASSEMBLY' }   = Maasha::Filesys::ls_dirs_base( $path ) if -d $path;
170
171     $path .= "/$cookie->{ 'ASSEMBLY' }";
172
173     $cookie->{ 'LIST_CONTIG' }     = Maasha::Filesys::ls_dirs_base( $path ) if -d $path;
174
175     if ( $cookie->{ 'CONTIG' } )
176     {
177         cookie_start( $cookie );
178         cookie_end( $cookie );
179         cookie_zoom( $cookie );
180         cookie_move( $cookie );
181     }
182
183     $cookie->{ 'STRAND' } = '+' if defined $cookie->{ 'STRAND' } and $cookie->{ 'STRAND' } eq ' ';   # FIXME ugly HTML fix
184
185     return wantarray ? %{ $cookie } : $cookie;
186 }
187
188
189 sub cookie_session
190 {
191     # Martin A. Hansen, December 2009.
192
193     # Check cookie information against session information.
194
195     my ( $cookie,   # cookie hash
196        ) = @_;
197
198     # Returns nothing.
199
200     my ( $session );
201
202     $session = Maasha::BGB::Session::session_restore( "$cookie->{ 'SESSION_DIR' }/sessions.txt" );
203
204     # if ( $cookie->{ 'SESSION_ID' } )
205     # {
206     #     if ( $cookie->{ 'SESSION_ID' } ne $ENV{ 'SSL_SESSION_ID' } ) {
207     #         $cookie->{ 'PAGE' } = 'login';
208     #         print STDERR "HER1"; # DEBUG
209     #     }
210     # }
211     # else
212     # {
213     #     $cookie->{ 'PAGE' } = 'login';
214     # 
215     #     print STDERR "HER2"; # DEBUG
216     # }
217
218     if ( exists $session->{ $cookie->{ 'USER' } } and $cookie->{ 'SESSION_ID' } )
219     {
220         if ( $session->{ $cookie->{ 'USER' } }->{ 'SESSION_ID' } ne $cookie->{ 'SESSION_ID' } ) {
221             $cookie->{ 'PAGE' } = 'login';
222             print STDERR "HER3"; # DEBUG
223         }
224     }
225     else
226     {
227         $cookie->{ 'PAGE' } = 'login';
228         print STDERR "HER4"; # DEBUG
229         print STDERR "NO COOKIE SESSION ID\n" if not $cookie->{ 'SESSION_ID' }; # DEBUG
230         print STDERR "NO COOKIE SESSION ID\n" if not $cookie->{ 'USER' }; # DEBUG
231         print STDERR "NO SESSION USER\n"      if not exists $session->{ $cookie->{ 'USER' } }; # DEBUG
232     }
233 }
234
235
236 sub cookie_login
237 {
238     # Martin A. Hansen, December 2009.
239
240     # Check a user and password from CGI against the password file and
241     # set the session ID, if found, in the cookie.
242
243     my ( $cookie,   # cookie hash
244        ) = @_;
245
246     # Returns nothing.
247
248     my ( $session );
249
250     if ( $cookie->{ 'USER' } and $cookie->{ 'PASSWORD' } )
251     {
252         $session = Maasha::BGB::Session::session_restore( "$cookie->{ 'SESSION_DIR' }/sessions.txt" );
253     
254         if ( exists $session->{ $cookie->{ 'USER' } } and
255              $session->{ $cookie->{ 'USER' } }->{ 'PASSWORD' } eq Digest::MD5::md5_hex( $cookie->{ 'PASSWORD' } ) )
256         {
257             $session->{ $cookie->{ 'USER' } }->{ 'SESSION_ID' } ||= Maasha::BGB::Session::session_new();
258             # $session->{ $cookie->{ 'USER' } }->{ 'SESSION_ID' }   = $ENV{ 'SSL_SESSION_ID' };
259             $session->{ $cookie->{ 'USER' } }->{ 'TIME' }         = Maasha::Common::time_stamp();
260
261             $cookie->{ 'SESSION_ID' } = $session->{ $cookie->{ 'USER' } }->{ 'SESSION_ID' };
262             $cookie->{ 'LOGIN' }      = "OK";
263             $cookie->{ 'PAGE' }       = 'clade'; 
264
265             Maasha::BGB::Session::session_store( "$cookie->{ 'SESSION_DIR' }/sessions.txt", $session );
266         }
267         else
268         {
269             $cookie->{ 'LOGIN' } = "ERROR";
270         }
271     }
272 }
273
274
275 sub cookie_start
276 {
277     # Martin A. Hansen, November 2009.
278
279     # Decommify the cookie value for NAV_START and adjust it to
280     # to prevent negative values.
281
282     my ( $cookie,   # cookie hash
283        ) = @_;
284
285     # Returns nothing.
286
287     if ( defined $cookie->{ 'NAV_START' } )
288     {
289         $cookie->{ 'NAV_START' } =~ tr/,//d;
290         $cookie->{ 'NAV_START' } = 0 if $cookie->{ 'NAV_START' } < 0;
291     }
292     else
293     {
294         $cookie->{ 'NAV_START' } = 0;
295     }
296 }
297
298
299 sub cookie_end
300 {
301     # Martin A. Hansen, November 2009.
302
303     # Decommify the cookie value for NAV_END and adjust it to prevent
304     # overshooting the max value for the contig size as determined
305     # from the cookie.
306
307     my ( $cookie,   # cookie hash
308        ) = @_;
309
310     # Returns nothing.
311
312     my ( $max );
313     
314     $max = Maasha::Filesys::file_size( Maasha::BGB::Track::path_seq( $cookie ) );
315
316     if ( defined $cookie->{ 'NAV_END' } )
317     {
318         $cookie->{ 'NAV_END' } =~ tr/,//d;
319         $cookie->{ 'NAV_END' } = $max if $cookie->{ 'NAV_END' } > $max;
320     }
321     else
322     {
323         $cookie->{ 'NAV_END' } = $max;
324     }
325 }
326
327
328 sub cookie_zoom
329 {
330     # Martin A. Hansen, November 2009.
331
332     # Adjust the cookie values for NAV_START and NAV_END based
333     # on cookie ZOOM values.
334
335     my ( $cookie,   # cookie hash
336        ) = @_;
337
338     # Returns nothing.
339
340     my ( $max, $dist, $new_dist, $dist_diff );
341
342     $max = Maasha::Filesys::file_size( Maasha::BGB::Track::path_seq( $cookie ) );
343
344     $dist = $cookie->{ 'NAV_END' } - $cookie->{ 'NAV_START' };
345
346     if ( defined $cookie->{ 'ZOOM_IN1' } ) {
347         $new_dist = $dist / 1.5;
348     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_IN2' } ) {
349         $new_dist = $dist / 3;
350     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_IN3' } ) {
351         $new_dist = $dist / 10;
352     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_OUT1' } ) {
353         $new_dist = $dist * 1.5;
354     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_OUT2' } ) {
355         $new_dist = $dist * 3;
356     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_OUT3' } ) {
357         $new_dist = $dist * 10;
358     }
359
360     if ( $new_dist )
361     {
362         $dist_diff = $dist - $new_dist;
363
364         $cookie->{ 'NAV_START' } = int( $cookie->{ 'NAV_START' } + ( $dist_diff / 2 ) );
365         $cookie->{ 'NAV_END' }   = int( $cookie->{ 'NAV_END' }   - ( $dist_diff / 2 ) );
366
367         $cookie->{ 'NAV_START' } = 0    if $cookie->{ 'NAV_START' } < 0;
368         $cookie->{ 'NAV_END' }   = $max if $cookie->{ 'NAV_END' } > $max;
369     }
370 }
371
372
373 sub cookie_move
374 {
375     # Martin A. Hansen, November 2009.
376
377     # Adjust the cookie values for NAV_START and NAV_END based
378     # on cookie MOVE values.
379
380     my ( $cookie,   # cookie hash
381        ) = @_;
382
383     my ( $max, $dist, $shift, $new_start, $new_end );
384
385     $max = Maasha::Filesys::file_size( Maasha::BGB::Track::path_seq( $cookie ) );
386
387     $dist = $cookie->{ 'NAV_END' } - $cookie->{ 'NAV_START' };
388
389     if ( defined $cookie->{ 'MOVE_LEFT1' } ) {
390         $shift = -1 * $dist * 0.10;
391     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_LEFT2' } ) {
392         $shift = -1 * $dist * 0.475;
393     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_LEFT3' } ) {
394         $shift = -1 * $dist * 0.95;
395     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_RIGHT1' } ) {
396         $shift = $dist * 0.10;
397     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_RIGHT2' } ) {
398         $shift = $dist * 0.475;
399     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_RIGHT3' } ) {
400         $shift = $dist * 0.95;
401     }
402
403     if ( $shift )
404     {
405         $new_start = int( $cookie->{ 'NAV_START' } + $shift );
406         $new_end   = int( $cookie->{ 'NAV_END' }   + $shift );
407
408         if ( $new_start > 0 and $new_end < $max )
409         {
410             $cookie->{ 'NAV_START' } = $new_start;
411             $cookie->{ 'NAV_END' }   = $new_end;
412         }
413     }
414 }
415
416
417 sub cookie_href
418 {
419     # Martin A. Hansen, November 2009.
420
421     # Returns the href for a taxonomy path terminated at a given
422     # page using information stored in a cookie.
423
424     my ( $cookie,   # cookie hash
425          $page,     # page
426        ) = @_;
427
428     # Returns a string.
429
430     my ( @href_list, %href_hash, $href );
431
432     $href_hash{ "user" } = $cookie->{ 'USER' } if $cookie->{ 'USER' };
433
434     while ( 1 )
435     {
436         $href_hash{ "clade" } = $cookie->{ 'CLADE' }        if $cookie->{ 'CLADE' };
437         last if $page eq 'clade';
438         $href_hash{ "genome" } = $cookie->{ 'GENOME' }      if $cookie->{ 'GENOME' };
439         last if $page eq 'genome';
440         $href_hash{ "assembly" } = $cookie->{ 'ASSEMBLY' }  if $cookie->{ 'ASSEMBLY' };
441         last if $page eq 'assembly';
442         $href_hash{ "contig" } = $cookie->{ 'CONTIG' }      if $cookie->{ 'CONTIG' };
443         last if $page eq 'contig';
444         last;
445     }
446
447     if ( defined $cookie->{ 'NAV_START' } and defined $cookie->{ 'NAV_END' } and $page !~ /clade|genome|assembly|contig|browse/ ) {
448         $href_hash{ "nav_search" } = "$cookie->{ 'NAV_START' }-$cookie->{ 'NAV_END' }";
449     }
450
451     $href_hash{ "s_beg" }      = $cookie->{ 'S_BEG' }      if defined $cookie->{ 'S_BEG' };
452     $href_hash{ "s_end" }      = $cookie->{ 'S_END' }      if defined $cookie->{ 'S_END' };
453     $href_hash{ "q_id" }       = $cookie->{ 'Q_ID' }       if defined $cookie->{ 'Q_ID' };
454     $href_hash{ "strand" }     = $cookie->{ 'STRAND' }     if defined $cookie->{ 'STRAND' };
455     $href_hash{ "session_id" } = $cookie->{ 'SESSION_ID' } if defined $cookie->{ 'SESSION_ID' };
456
457     push @href_list, "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=$page";
458
459     foreach $href ( keys %href_hash ) {
460         push @href_list, "$href=$href_hash{ $href }";
461     }
462
463     return join "&", @href_list;
464 }
465
466
467 sub cookie_page_next
468 {
469     # Martin A. Hansen, November 2009.
470     
471     # Returns the next page in the taxonomy path.
472
473     my ( $cookie,   # cookie hash
474        ) = @_;
475
476     # Returns a string.
477
478     my ( $i );
479
480     for ( $i = 0; $i < @{ $cookie->{ 'LIST_PAGES' } }; $i++ ) {
481         last if $cookie->{ 'PAGE' } eq $cookie->{ 'LIST_PAGES' }->[ $i ];
482     }
483
484     return $cookie->{ 'LIST_PAGES' }->[ $i + 1 ];
485 }
486
487
488 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> PAGES <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
489
490
491 sub page
492 {
493     # Martin A. Hansen, November 2009.
494
495     # Determines what page to render based on
496     # the cookie's PAGE setting.
497
498     my ( $cookie,   # cookie hash
499        ) = @_;
500
501     # Returns a list.
502
503     my ( @html );
504
505     if ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'login' ) {
506         push @html, page_login( $cookie );
507     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'search' ) {
508         push @html, page_search( $cookie );
509     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'browse' ) {
510         push @html, page_browse( $cookie );
511     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'dna' ) {
512         push @html, page_dna( $cookie );
513     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'export' ) {
514         push @html, page_export( $cookie );
515     } else {
516         push @html, page_taxonomy( $cookie );
517     }
518
519     if ( $cookie->{ 'SESSION_ID' } ) {
520         push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "session_id", value => $cookie->{ 'SESSION_ID' } ) );
521     }
522
523     return wantarray ? @html : \@html;
524 }
525
526
527 sub page_login
528 {
529     # Martin A. Hansen, December 2009.
530
531     # Renders the login page.
532
533     my ( $cookie,
534        ) = @_;
535
536     # Returns a list.
537
538     my ( @html );
539
540     push @html, section_login( $cookie );
541
542     return wantarray ? @html : \@html;
543 }
544
545
546 sub page_search
547 {
548     # Martin A. Hansen, December 2009.
549
550     # Renders the search page.
551
552     my ( $cookie,
553        ) = @_;
554
555     # Returns a list.
556
557     my ( @html );
558
559     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
560     push @html, section_search( $cookie );
561
562     return wantarray ? @html : \@html;
563 }
564
565
566 sub page_browse
567 {
568     # Martin A. Hansen, November 2009.
569     
570     # Renders the browse page.
571
572     my ( $cookie,
573        ) = @_;
574
575     # Returns a list.
576
577     my ( @html );
578
579     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
580     push @html, section_navigate( $cookie );
581     push @html, section_browse( $cookie );
582
583     return wantarray ? @html : \@html;
584 }
585
586
587 sub page_dna
588 {
589     # Martin A. Hansen, November 2009.
590     
591     # Renders the DNA page.
592
593     my ( $cookie,
594        ) = @_;
595
596     # Returns a list.
597
598     my ( @html );
599
600     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
601     push @html, section_dna( $cookie );
602
603     return wantarray ? @html : \@html;
604 }
605
606
607 sub page_export
608 {
609     # Martin A. Hansen, November 2009.
610
611     # Renders the export page.
612
613     my ( $cookie,
614        ) = @_;
615
616     # Returns a list.
617
618     my ( @html );
619
620     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
621     push @html, section_export( $cookie );
622
623     return wantarray ? @html : \@html;
624 }
625
626
627 sub page_taxonomy
628 {
629     # Martin A. Hansen, November 2009.
630     
631     # Renders the browse page.
632
633     my ( $cookie,   # cookie hash
634        ) = @_;
635
636     # Returns a list.
637
638     my ( @html );
639
640     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
641     push @html, section_taxonomy_select( $cookie );
642
643     return wantarray ? @html : \@html;
644 }
645
646
647 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> SECTIONS <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
648
649
650 sub section_login
651 {
652     # Martin A. Hansen, December 2009.
653    
654     # Returns a HTML section with a login menu.
655
656     my ( $cookie,   # cookie hash
657        ) = @_;
658
659     # Returns a list.
660
661     my ( $user, $password, $login, @html );
662
663     $user     = Maasha::XHTML::text( name => "user", value => "", size => 20 );
664     $password = Maasha::XHTML::password( name => "password", value => "", size => 20 );
665     $login    = Maasha::XHTML::submit( name => "login_submit", value => "Login" );
666
667     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Login", class => 'center' );
668
669     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Login table", align => 'center' );
670     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ "User:", $user ] );
671     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ "Password:", $password ] );
672     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ "", $login ] );
673     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
674
675     if ( $cookie->{ 'LOGIN' } and $cookie->{ 'LOGIN' } eq 'ERROR' ) {
676         push @html, Maasha::XHTML::h3( txt => "Bad user or password - please retry", class => 'error' );
677     }
678
679     return wantarray ? @html : \@html;
680 }
681
682
683 sub section_taxonomy_table
684 {
685     # Martin A. Hansen, November 2009.
686
687     # Returns a HTML section with a taxonomy table
688     # showing the location in the taxonomy and with
689     # links to browse the taxonomy.
690
691     my ( $cookie,   # cookie hash
692        ) = @_;
693
694     # Returns a list.
695
696     my ( $page, @row, @html, $href, $txt );
697     
698     foreach $page ( @{ $cookie->{ 'LIST_PAGES' } } )
699     {
700         last if $page eq $cookie->{ 'PAGE' } or $page eq 'browse';
701
702         $href = cookie_href( $cookie, $page );
703
704         $txt = ": $cookie->{ uc $page }";
705
706         push @row, Maasha::XHTML::ln( txt => $page, href => $href, class => 'inline' );
707         push @row, Maasha::XHTML::p(  txt => $txt, class => 'inline' );
708     }
709
710     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Taxonomy table", align => 'center', cellpadding => '5px' );
711     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ join( "\n", @row ) ], align => 'center' );
712     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
713
714     return wantarray ? @html : \@html;
715 }
716
717
718 sub section_taxonomy_select
719 {
720     # Martin A. Hansen, November 2009.
721     
722     # Returns a HTML section with selection choices
723     # for navigating the taxonomy tree.
724
725     my ( $cookie,   # cookie hash
726        ) = @_;
727
728     # Returns a list.
729
730     my ( $list, @html, $item, $href );
731
732     $list = "LIST_" . uc $cookie->{ 'PAGE' };
733
734     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Select $cookie->{ 'PAGE' }", class => 'center' );
735
736     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Taxonomy select table", align => 'center', cellpadding => '5px' );
737
738     foreach $item ( @{ $cookie->{ $list } } )
739     {
740         $cookie->{ uc $cookie->{ 'PAGE' } } = $item;
741
742         $href = cookie_href( $cookie, cookie_page_next( $cookie ) );
743
744         push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ Maasha::XHTML::ln( txt => $item, href => $href ) ] );
745     }
746
747     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
748
749     return wantarray ? @html : \@html;
750 }
751
752
753 sub section_navigate
754 {
755     # Martin A. Hansen, November 2009.
756
757     # Returns a HTML section for navigating in the browser window.
758
759     my ( $cookie,   # cookie hash
760        ) = @_;
761
762     # Returns a list.
763
764     my ( @html, $nav_val );
765
766     $nav_val = Maasha::Calc::commify( $cookie->{ 'NAV_START' } ) . "-" . Maasha::Calc::commify( $cookie->{ 'NAV_END' } );
767
768     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Navigation table", align => 'center' );
769     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [
770         "Position or search term:",
771         Maasha::XHTML::text( name => "nav_search", value => $nav_val, size => 30 ),
772         Maasha::XHTML::submit( name => "nav_submit", value => "Submit" ),
773     ] );
774     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
775
776     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Zoom table", align => 'center' );
777     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [
778         Maasha::XHTML::p( txt => 'Move:' ),
779         Maasha::XHTML::submit( name => "move_left3",  value => "<<<", title => "move 95% to the left" ),
780         Maasha::XHTML::submit( name => "move_left2",  value => "<<",  title => "move 47.5% to the left" ),
781         Maasha::XHTML::submit( name => "move_left1",  value => "<",   title => "move 10% to the left" ),
782         Maasha::XHTML::submit( name => "move_right1", value => ">",   title => "move 10% to the rigth" ),
783         Maasha::XHTML::submit( name => "move_right2", value => ">>",  title => "move 47.5% to the rigth" ),
784         Maasha::XHTML::submit( name => "move_right3", value => ">>>", title => "move 95% to the right" ),
785         Maasha::XHTML::p( txt => 'Zoom in:' ),
786         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_in1", value => "1.5x" ),
787         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_in2", value => "3x" ),
788         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_in3", value => "10x" ),
789         Maasha::XHTML::p( txt => 'Zoom out:' ),
790         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_out1", value => "1.5x" ),
791         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_out2", value => "3x" ),
792         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_out3", value => "10x" ),
793     ] );
794     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
795
796     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "page",     value => "browse" ) );
797     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "user",     value => $cookie->{ 'USER' } ) );
798     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "clade",    value => $cookie->{ 'CLADE' } ) );
799     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "genome",   value => $cookie->{ 'GENOME' } ) );
800     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "assembly", value => $cookie->{ 'ASSEMBLY' } ) );
801     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "contig",   value => $cookie->{ 'CONTIG' } ) );
802
803     return wantarray ? @html : \@html;
804 }
805
806
807 sub section_browse
808 {
809     my ( $cookie,
810        ) = @_;
811
812     # Returns a list.
813
814     my ( @tracks, $i, @features, $feat, $elem, $surface, $cr, $png_data, @html, @img );
815
816     push @features, [ Maasha::BGB::Track::track_ruler( $cookie ) ];
817     push @features, [ Maasha::BGB::Track::track_seq( $cookie ) ];
818
819     @tracks = Maasha::BGB::Track::path_tracks( $cookie );
820
821     for ( $i = 0; $i < @tracks; $i++ )
822     {
823         $cookie->{ 'FEAT_COLOR' } = Maasha::BGB::Draw::palette( $i );
824
825         push @features, [ Maasha::BGB::Track::track_feature( $tracks[ $i ], $cookie ) ];
826     }
827
828     $surface = Cairo::ImageSurface->create( 'argb32', $cookie->{ 'IMG_WIDTH' }, $cookie->{ 'TRACK_OFFSET' } );
829     $cr      = Cairo::Context->create( $surface );
830
831     $cr->rectangle ( 0, 0, $cookie->{ 'IMG_WIDTH' },  $cookie->{ 'TRACK_OFFSET' } );
832     $cr->set_source_rgb ( 1, 1, 1 );
833     $cr->fill;
834
835     foreach $feat ( @features ) {
836         Maasha::BGB::Draw::draw_feature( $cr, $feat ) if $feat;
837     }
838
839     $png_data = Maasha::BGB::Draw::base64_png( $surface );
840
841     push @img, Maasha::XHTML::img(
842         src    => "data:image/png;base64,$png_data",
843         alt    => "Browser Tracks",
844         height => $cookie->{ 'TRACK_OFFSET' },
845         width  => $cookie->{ 'IMG_WIDTH' },
846         id     => "browser_map",
847         usemap => "#browser_map"
848     );
849
850     push @img, Maasha::XHTML::map_beg( name => "browser_map", id => "browser_map" );
851
852     foreach $feat ( @features )
853     {
854         foreach $elem ( @{ $feat } )
855         {
856             next if $elem->{ 'type' } eq 'text';
857
858             #$elem->{ 'strand' } = '&#43' if $elem->{ 'strand' } eq '+';
859
860             $cookie->{ 'Q_ID' }   = $elem->{ 'q_id' };
861             $cookie->{ 'S_BEG' }  = $elem->{ 's_beg' };
862             $cookie->{ 'S_END' }  = $elem->{ 's_end' };
863             $cookie->{ 'STRAND' } = $elem->{ 'strand' };
864
865             push @img, Maasha::XHTML::area(
866                 href   => cookie_href( $cookie, "export" ),
867                 # href   => cookie_href( $cookie, "export" ) . "&q_id=$elem->{ 'q_id' }&s_beg=$elem->{ 's_beg' }&s_end=$elem->{ 's_end' }&strand=$elem->{ 'strand' }",
868                 shape  => "rect",
869                 coords => "$elem->{ x1 }, $elem->{ y1 }, $elem->{ x2 }, $elem->{ y2 }", title => "$elem->{ 'title' }",
870             );
871         }
872     }
873
874     push @img, Maasha::XHTML::map_end();
875
876     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => join( "\n", @img ) );
877
878     @html = Maasha::XHTML::div( txt => join( "\n", @html ), class => 'browse' );
879
880     return wantarray ? @html : \@html;
881 }
882
883
884 sub section_export
885 {
886     # Martin A. Hansen, November 2009.
887
888     # Returns a HTML section with export table.
889
890     my ( $cookie,   # cookie hash
891        ) = @_;
892
893     # Returns a list.
894
895     my ( @row_dna_contig, @html );
896
897     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::p( txt => qq(Export Feature: "$cookie->{ 'Q_ID' }" DNA from Contig: ), class => 'inline' );
898     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::p( txt  => "$cookie->{ 'CONTIG' } Start: ", class => 'inline' );
899     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::text( name => "s_beg", value => Maasha::Calc::commify( $cookie->{ 'S_BEG' } ), size => 15 );
900     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::p( txt => "End: ", class => 'inline' );
901     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::text( name => "s_end", value => Maasha::Calc::commify( $cookie->{ 'S_END' } ), size => 15 );
902     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::p( txt => "Strand: ", class => 'inline' );
903     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::menu( name => "strand", options => [ qw( + - ) ], selected => $cookie->{ 'STRAND' } );
904     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::submit( name => "export", value => "Export", title => "Fetch DNA from this region" );
905
906     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Export", class => 'center' );
907     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Taxonomy select table", align => 'center' );
908     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => \@row_dna_contig );
909     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
910
911     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "page",     value => "dna" ) );
912     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "user",     value => $cookie->{ 'USER' } ) );
913     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "clade",    value => $cookie->{ 'CLADE' } ) );
914     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "genome",   value => $cookie->{ 'GENOME' } ) );
915     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "assembly", value => $cookie->{ 'ASSEMBLY' } ) );
916     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "contig",   value => $cookie->{ 'CONTIG' } ) );
917
918     return wantarray ? @html : \@html;
919 }
920
921
922 sub section_search
923 {
924     # Martin A. Hansen, November 2009.
925
926     # Returns a HTML section with export table.
927
928     my ( $cookie,   # cookie hash
929        ) = @_;
930
931     # Returns a list.
932
933     my ( $results, $result, $count, @html, $export, $browse );
934
935     $results = Maasha::BGB::Track::search_tracks( $cookie );
936
937     $count = scalar @{ $results };
938
939     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Search", class => 'center' );
940     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => qq(Results for "$cookie->{ 'SEARCH' }": $count), class => 'center' );
941
942     if ( $count > 0 )
943     {
944         push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Search table", align => 'center', cellpadding => '5px' );
945         push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ qw( S_ID S_BEG S_END Q_ID SCORE STRAND HITS ALIGN BLOCK_COUNT BLOCK_BEGS BLOCK_LENS BLOCK_TYPE) ] );
946
947         foreach $result ( @{ $results } )
948         {
949             $cookie->{ 'CONTIG' }    = $result->{ 'S_ID' };
950             $cookie->{ 'NAV_START' } = $result->{ 'S_BEG' };
951             $cookie->{ 'NAV_END' }   = $result->{ 'S_END' };
952             $cookie->{ 'S_BEG' }     = $result->{ 'S_BEG' };
953             $cookie->{ 'S_END' }     = $result->{ 'S_END' };
954             $cookie->{ 'STRAND' }    = $result->{ 'STRAND' };
955             $cookie->{ 'Q_ID' }      = $result->{ 'Q_ID' };
956
957             $browse = Maasha::XHTML::ln( txt => "browse", href => cookie_href( $cookie, "browse" ) );
958             $export = Maasha::XHTML::ln( txt => "export", href => cookie_href( $cookie, "export" ) );
959
960             push @html, Maasha::XHTML::table_row_advanced(
961                 tr => [ { td => $result->{ 'S_ID' } },
962                         { td => $result->{ 'S_BEG' }, align => 'right' },
963                         { td => $result->{ 'S_END' }, align => 'right' },
964                         { td => $result->{ 'Q_ID' } },
965                         { td => $result->{ 'SCORE' }, align => 'right' },
966                         { td => $result->{ 'STRAND' } },
967                         { td => $result->{ 'HITS' }, align => 'right' },
968                         { td => $result->{ 'ALIGN' } },
969                         { td => $result->{ 'BLOCK_COUNT' }, align => 'right' },
970                         { td => $result->{ 'BLOCK_BEGS' } },
971                         { td => $result->{ 'BLOCK_LENS' } },
972                         { td => $result->{ 'BLOCK_TYPE' } },
973                         { td => $browse },
974                         { td => $export },
975                 ], class => "monospace"
976             );
977         }
978
979         push @html, Maasha::XHTML::table_end;
980     }
981
982     return wantarray ? @html : \@html;
983 }
984
985
986 sub section_dna
987 {
988     # Martin A. Hansen, November 2009.
989
990     # Returns a HTML section with extracted DNA.
991
992     my ( $cookie,   # cookie hash
993        ) = @_;
994
995     # Returns a list.
996
997     my ( @html, $beg, $end, $seq );
998     
999     $beg = $cookie->{ 'S_BEG' };
1000     $end = $cookie->{ 'S_END' };
1001     $beg =~ tr/,//d;
1002     $end =~ tr/,//d;
1003
1004     $seq = join ";", ">$cookie->{ 'GENOME' }", $cookie->{ 'ASSEMBLY' }, $cookie->{ 'CONTIG' }, $beg, $end, "$cookie->{ 'STRAND' }\n";
1005     $seq .= Maasha::BGB::Track::dna_get( $cookie );
1006
1007     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "DNA", class => 'center' );
1008     push @html, Maasha::XHTML::pre( txt => $seq );
1009
1010     return wantarray ? @html : \@html;
1011 }
1012
1013
1014 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1015
1016
1017 __END__