www/index.cgi

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2006-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 use strict;
  24 use warnings;
  25
  26 use lib $ENV{ 'BP_PERL' };
  27
  28 use CGI;
  29 use URI::Escape;
  30 use Data::Dumper;
  31 use Digest::MD5;
  32 use Maasha::Common;
  33 use Maasha::Filesys;
  34 use Maasha::Calc;
  35 use Maasha::XHTML;
  36 use Maasha::BGB::Session;
  37 use Maasha::BGB::Track;
  38 use Maasha::BGB::Draw;
  39
  40 my ( $cgi, $cookie, @html );
  41
  42 $cgi    = new CGI;
  43 $cookie = cookie_default( $cgi );;
  44
  45 push @html, Maasha::XHTML::html_header(
  46     cgi_header  => 1,
  47     title       => 'Biopieces Genome Browser',
  48     css_file    => 'bgb.css',
  49     author      => 'Martin A. Hansen, mail@maasha.dk',
  50     description => 'Biopieces Genome Browser',
  51     keywords    => [ qw( Biopieces biopiece genome browser viewer bacterium bacteria prokaryote prokaryotes ) ],
  52     no_cache    => 1,
  53 );
  54
  55 push @html, Maasha::XHTML::h1( txt => "Biopieces Genome Browser", class => 'center' );
  56 push @html, Maasha::XHTML::form_beg( action => $cookie->{ 'SCRIPT' }, method => "post", enctype => "multipart/form-data" );
  57
  58 push @html, page( $cookie );
  59
  60 push @html, Maasha::XHTML::form_end;
  61 push @html, Maasha::XHTML::body_end;
  62 push @html, Maasha::XHTML::html_end;
  63
  64 # push @html, Maasha::XHTML::hdump( { $cgi->Vars } );  # DEBUG
  65 # push @html, Maasha::XHTML::hdump( $cookie );         # DEBUG
  66 # push @html, Maasha::XHTML::hdump( \%ENV );           # DEBUG
  67
  68 print "$_\n" foreach @html;
  69
  70
  71 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> SUBROUTINES <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  72
  73
  74 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> COOKIE <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  75
  76
  77 sub cookie_default
  78 {
  79     # Martin A. Hansen, November 2009.
  80
  81     # Set a cookie with values from the CGI object or defaults.
  82
  83     my ( $cgi,   # CGI object
  84        ) = @_;
  85
  86     # Returns a hash.
  87
  88     my ( $cookie, $session );
  89
  90     $cookie = {};
  91
  92     if ( $cgi->param( 'nav_search' ) )
  93     {
  94         if ( $cgi->param( 'nav_search' ) =~ /([0-9,]+)[ -]([0-9,]+)/ )
  95         {
  96             $cookie->{ 'NAV_START' } = $1;
  97             $cookie->{ 'NAV_END' }   = $2;
  98         }
  99         else
 100         {
 101             $cookie->{ 'SEARCH' } = $cgi->param( 'nav_search' );
 102
 103             $cgi->param( 'page', 'search' );
 104         }
 105     }
 106
 107     $cookie->{ 'SCRIPT' }          = Maasha::Common::get_scriptname();
 108     $cookie->{ 'DATA_DIR' }        = "Data";
 109     $cookie->{ 'SESSION_DIR' }     = "Sessions";
 110     $cookie->{ 'LIST_PAGES' }      = [ qw( clade genome assembly contig browse ) ];
 111     $cookie->{ 'USER' }            = $cgi->param( 'user' );
 112     $cookie->{ 'PASSWORD' }        = $cgi->param( 'password' );
 113     $cookie->{ 'SESSION_ID' }      = $cgi->param( 'session_id' );
 114
 115     $session = session_restore( $cookie );
 116
 117     cookie_login( $cookie );
 118
 119     # session_id_check( $cookie, $session );
 120
 121     if ( $cookie->{ 'LOGIN_ERROR' } or $cookie->{ 'SESSION_ERROR' } )
 122     {
 123         $cookie->{ 'PAGE' } = 'login';
 124     }
 125     elsif ( $cookie->{ 'LOGIN' } )
 126     {
 127         if ( $cgi->param( 'genome' ) ) {
 128             $cookie->{ 'PAGE' } = 'browse';
 129         } else {
 130             $cookie->{ 'PAGE' } = $session->{ 'PAGE' } || 'clade';
 131         }
 132     }
 133     elsif ( not defined $cookie->{ 'USER' } )
 134     {
 135         $cookie->{ 'PAGE' } = 'login';
 136     }
 137     else
 138     {
 139          $cookie->{ 'PAGE' } = $cgi->param( 'page' ) || 'login';
 140     }
 141
 142     $cookie->{ 'CLADE' }           = $cgi->param( 'clade' )       || $session->{ 'CLADE' };
 143     $cookie->{ 'GENOME' }          = $cgi->param( 'genome' )      || $session->{ 'GENOME' };
 144     $cookie->{ 'ASSEMBLY' }        = $cgi->param( 'assembly' )    || $session->{ 'ASSEMBLY' };
 145     $cookie->{ 'CONTIG' }          = $cgi->param( 'contig' )      || $session->{ 'CONTIG' };
 146     $cookie->{ 'Q_ID' }            = $cgi->param( 'q_id' )        || $session->{ 'Q_ID' };
 147     $cookie->{ 'NAV_START' }       = defined $cgi->param( 'nav_start' ) ? $cgi->param( 'nav_start' ) : $session->{ 'NAV_START' };
 148     $cookie->{ 'NAV_END' }         = $cgi->param( 'nav_end' )     || $session->{ 'NAV_END' };
 149     $cookie->{ 'NAV_CENTER' }      = $cgi->param( 'nav_center' );
 150     $cookie->{ 'S_BEG' }           = $cgi->param( 's_beg' )       || $session->{ 'S_BEG' };
 151     $cookie->{ 'S_END' }           = $cgi->param( 's_end' )       || $session->{ 'S_END' };
 152     $cookie->{ 'STRAND' }          = $cgi->param( 'strand' )      || $session->{ 'STRAND' };
 153     $cookie->{ 'ZOOM_IN1' }        = $cgi->param( 'zoom_in1' );
 154     $cookie->{ 'ZOOM_IN2' }        = $cgi->param( 'zoom_in2' );
 155     $cookie->{ 'ZOOM_IN3' }        = $cgi->param( 'zoom_in3' );
 156     $cookie->{ 'ZOOM_OUT1' }       = $cgi->param( 'zoom_out1' );
 157     $cookie->{ 'ZOOM_OUT2' }       = $cgi->param( 'zoom_out2' );
 158     $cookie->{ 'ZOOM_OUT3' }       = $cgi->param( 'zoom_out3' );
 159     $cookie->{ 'MOVE_LEFT1' }      = $cgi->param( 'move_left1' );
 160     $cookie->{ 'MOVE_LEFT2' }      = $cgi->param( 'move_left2' );
 161     $cookie->{ 'MOVE_LEFT3' }      = $cgi->param( 'move_left3' );
 162     $cookie->{ 'MOVE_RIGHT1' }     = $cgi->param( 'move_right1' );
 163     $cookie->{ 'MOVE_RIGHT2' }     = $cgi->param( 'move_right2' );
 164     $cookie->{ 'MOVE_RIGHT3' }     = $cgi->param( 'move_right3' );
 165
 166     $cookie->{ 'IMG_WIDTH' }       = 1200;   # Width of browser image in pixels
 167     $cookie->{ 'IMG_HEIGHT' }      = 800;    # Height of browser image in pixels
 168     $cookie->{ 'WIGGLE_HEIGHT' }   = 75;     # Height of Wiggle tracks in pixels
 169     $cookie->{ 'TRACK_OFFSET' }    = 20;
 170     $cookie->{ 'TRACK_SPACE' }     = 20;
 171     $cookie->{ 'RULER_FONT_SIZE' } = 10;     # Size of ruler font in pixels
 172     $cookie->{ 'RULER_COLOR' }     = [ 0, 0, 0 ];
 173     $cookie->{ 'SEQ_FONT_SIZE' }   = 10;
 174     $cookie->{ 'SEQ_COLOR' }       = [ 0, 0, 0, ];
 175     $cookie->{ 'FEAT_WIDTH' }      = 5;
 176     $cookie->{ 'FEAT_COLOR' }      = [ 0, 0, 0 ];
 177     $cookie->{ 'FEAT_MAX' }        = 5000;   # TODO: Reduntant?
 178
 179 #    $cookie->{ 'LIST_USER' }       = Maasha::BGB::Track::list_users();  # TODO: Redundant?
 180
 181     if ( $cookie->{ 'USER' } and not $cookie->{ 'LOGIN_ERROR' } )
 182     {
 183         $cookie->{ 'LIST_CLADE' }      = Maasha::BGB::Track::list_clades(     $cookie->{ 'USER' } );
 184         $cookie->{ 'LIST_GENOME' }     = Maasha::BGB::Track::list_genomes(    $cookie->{ 'USER' }, $cookie->{ 'CLADE' } );
 185         $cookie->{ 'LIST_ASSEMBLY' }   = Maasha::BGB::Track::list_assemblies( $cookie->{ 'USER' }, $cookie->{ 'CLADE' }, $cookie->{ 'GENOME' } );
 186         $cookie->{ 'LIST_CONTIG' }     = Maasha::BGB::Track::list_contigs(    $cookie->{ 'USER' }, $cookie->{ 'CLADE' }, $cookie->{ 'GENOME' }, $cookie->{ 'ASSEMBLY' } );
 187
 188         if ( $cookie->{ 'CONTIG' } )
 189         {
 190             cookie_start( $cookie );
 191             cookie_end( $cookie );
 192             cookie_zoom( $cookie );
 193             cookie_move( $cookie );
 194             cookie_center( $cookie );
 195         }
 196     }
 197
 198     $cookie->{ 'STRAND' } = '+' if defined $cookie->{ 'STRAND' } and $cookie->{ 'STRAND' } eq ' ';   # FIXME ugly HTML fix
 199
 200     session_store( $cookie, $session );
 201
 202     return wantarray ? %{ $cookie } : $cookie;
 203 }
 204
 205
 206 sub session_restore
 207 {
 208     # Martin A. Hansen, March 2010.
 209
 210     # Restores session and returns this.
 211
 212     my ( $cookie,   # cookie hash
 213        ) = @_;
 214
 215     # Returns hashref.
 216
 217     my ( $session );
 218
 219     if ( defined $cookie->{ 'USER' } and -d "$cookie->{ 'SESSION_DIR' }/$cookie->{ 'USER' }" ) {
 220         $session = Maasha::BGB::Session::session_restore( "$cookie->{ 'SESSION_DIR' }/$cookie->{ 'USER' }/session.json" );
 221     }
 222
 223     return wantarray ? %{ $session } : $session;
 224 }
 225
 226
 227 sub session_store
 228 {
 229     # Martin A. Hansen, March 2010.
 230
 231     # Store a session updated with cookie information to session file.
 232
 233     my ( $cookie,    # cookie hash
 234          $session,   # session hash
 235        ) = @_;
 236
 237     # Returns nothing.
 238
 239     if ( defined $cookie->{ 'USER' } and $cookie->{ 'USER' } ne '' and -d "$cookie->{ 'SESSION_DIR' }/$cookie->{ 'USER' }" )
 240     {
 241         $session->{ 'TIME' }      = Maasha::Common::time_stamp();
 242         $session->{ 'PAGE' }      = $cookie->{ 'PAGE' };
 243         $session->{ 'CLADE' }     = $cookie->{ 'CLADE' };
 244         $session->{ 'GENOME' }    = $cookie->{ 'GENOME' };
 245         $session->{ 'ASSEMBLY' }  = $cookie->{ 'ASSEMBLY' };
 246         $session->{ 'CONTIG' }    = $cookie->{ 'CONTIG' };
 247         $session->{ 'Q_ID' }      = $cookie->{ 'Q_ID' };
 248         $session->{ 'S_BEG' }     = $cookie->{ 'S_BEG' };
 249         $session->{ 'S_END' }     = $cookie->{ 'S_END' };
 250         $session->{ 'STRAND' }    = $cookie->{ 'STRAND' };
 251         $session->{ 'NAV_START' } = $cookie->{ 'PAGE' } eq 'browse' ? $cookie->{ 'NAV_START' } : undef;
 252         $session->{ 'NAV_END' }   = $cookie->{ 'PAGE' } eq 'browse' ? $cookie->{ 'NAV_END' }   : undef;
 253
 254         Maasha::BGB::Session::session_store( "$cookie->{ 'SESSION_DIR' }/$cookie->{ 'USER' }/session.json", $session );
 255     }
 256 }
 257
 258
 259 sub session_id_check
 260 {
 261     # Martin A. Hansen, March 2010.
 262
 263     # Check that the session id in the cookie and session match.
 264     # Sets SESSION_ERROR flag in cookie if not matching.
 265
 266     my ( $cookie,    # cookie hash
 267          $session,   # session hash
 268        ) = @_;
 269
 270     # Returns nothing.
 271
 272     if ( defined $cookie->{ 'SESSION_ID' } and defined $session->{ 'SESSION_ID' } )
 273     {
 274         if ( $cookie->{ 'SESSION_ID' } ne $session->{ 'SESSION_ID' } ) {
 275             $cookie->{ 'SESSION_ERROR' } = 1;
 276         } else {
 277             $cookie->{ 'SESSION_ERROR' } = 0;
 278         }
 279     }
 280 }
 281
 282
 283 sub cookie_login
 284 {
 285     # Martin A. Hansen, December 2009.
 286
 287     # Check a user and password from CGI against the password file and
 288     # set the session ID, if found, in the cookie.
 289
 290     my ( $cookie,   # cookie hash
 291        ) = @_;
 292
 293     # Returns nothing.
 294
 295     my ( $session );
 296
 297     if ( defined $cookie->{ 'PASSWORD' } )
 298     {
 299         if ( defined $cookie->{ 'USER' } and -d "$cookie->{ 'SESSION_DIR' }/$cookie->{ 'USER' }" )
 300         {
 301             $session = Maasha::BGB::Session::session_restore( "$cookie->{ 'SESSION_DIR' }/$cookie->{ 'USER' }/session.json" );
 302
 303             if ( $session->{ 'PASSWORD' } eq Digest::MD5::md5_hex( $cookie->{ 'PASSWORD' } ) )
 304             {
 305                 $cookie->{ 'TIME' }          = Maasha::Common::time_stamp();
 306                 $cookie->{ 'SESSION_ID' }  ||= Maasha::BGB::Session::session_new();
 307                 $cookie->{ 'LOGIN' }         = 1;
 308                 $cookie->{ 'LOGIN_ERROR' }   = 0;
 309             }
 310             else
 311             {
 312                 $cookie->{ 'LOGIN_ERROR' } = 1;
 313             }
 314         }
 315         else
 316         {
 317             $cookie->{ 'LOGIN_ERROR' } = 1;
 318         }
 319     }
 320 }
 321
 322
 323 sub cookie_start
 324 {
 325     # Martin A. Hansen, November 2009.
 326
 327     # Decommify the cookie value for NAV_START and adjust it to
 328     # to prevent negative values.
 329
 330     my ( $cookie,   # cookie hash
 331        ) = @_;
 332
 333     # Returns nothing.
 334
 335     if ( defined $cookie->{ 'NAV_START' } )
 336     {
 337         $cookie->{ 'NAV_START' } =~ tr/,//d;
 338         $cookie->{ 'NAV_START' } = 0 if $cookie->{ 'NAV_START' } < 0;
 339     }
 340     else
 341     {
 342         $cookie->{ 'NAV_START' } = 0;
 343     }
 344 }
 345
 346
 347 sub cookie_end
 348 {
 349     # Martin A. Hansen, November 2009.
 350
 351     # Decommify the cookie value for NAV_END and adjust it to prevent
 352     # overshooting the max value for the contig size as determined
 353     # from the cookie.
 354
 355     my ( $cookie,   # cookie hash
 356        ) = @_;
 357
 358     # Returns nothing.
 359
 360     my ( $max );
 361
 362     $max = Maasha::Filesys::file_size( Maasha::BGB::Track::path_seq( $cookie ) );
 363
 364     if ( defined $cookie->{ 'NAV_END' } )
 365     {
 366         $cookie->{ 'NAV_END' } =~ tr/,//d;
 367         $cookie->{ 'NAV_END' } = $max if $cookie->{ 'NAV_END' } > $max;
 368     }
 369     else
 370     {
 371         $cookie->{ 'NAV_END' } = $max;
 372     }
 373 }
 374
 375
 376 sub cookie_zoom
 377 {
 378     # Martin A. Hansen, November 2009.
 379
 380     # Adjust the cookie values for NAV_START and NAV_END based
 381     # on cookie ZOOM values.
 382
 383     my ( $cookie,   # cookie hash
 384        ) = @_;
 385
 386     # Returns nothing.
 387
 388     my ( $max, $dist, $new_dist, $dist_diff );
 389
 390     $max = Maasha::Filesys::file_size( Maasha::BGB::Track::path_seq( $cookie ) );
 391
 392     $dist = $cookie->{ 'NAV_END' } - $cookie->{ 'NAV_START' };
 393
 394     if ( defined $cookie->{ 'ZOOM_IN1' } ) {
 395         $new_dist = $dist / 1.5;
 396     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_IN2' } ) {
 397         $new_dist = $dist / 3;
 398     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_IN3' } ) {
 399         $new_dist = $dist / 10;
 400     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_OUT1' } ) {
 401         $new_dist = $dist * 1.5;
 402     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_OUT2' } ) {
 403         $new_dist = $dist * 3;
 404     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_OUT3' } ) {
 405         $new_dist = $dist * 10;
 406     }
 407
 408     if ( $new_dist )
 409     {
 410         $dist_diff = $dist - $new_dist;
 411
 412         $cookie->{ 'NAV_START' } = int( $cookie->{ 'NAV_START' } + ( $dist_diff / 2 ) );
 413         $cookie->{ 'NAV_END' }   = int( $cookie->{ 'NAV_END' }   - ( $dist_diff / 2 ) );
 414
 415         $cookie->{ 'NAV_START' } = 0    if $cookie->{ 'NAV_START' } < 0;
 416         $cookie->{ 'NAV_END' }   = $max if $cookie->{ 'NAV_END' } > $max;
 417     }
 418 }
 419
 420
 421 sub cookie_move
 422 {
 423     # Martin A. Hansen, November 2009.
 424
 425     # Adjust the cookie values for NAV_START and NAV_END based
 426     # on cookie MOVE values.
 427
 428     my ( $cookie,   # cookie hash
 429        ) = @_;
 430
 431     # Returns nothing.
 432
 433     my ( $max, $dist, $shift, $new_start, $new_end );
 434
 435     $max = Maasha::Filesys::file_size( Maasha::BGB::Track::path_seq( $cookie ) );
 436
 437     $dist = $cookie->{ 'NAV_END' } - $cookie->{ 'NAV_START' };
 438
 439     if ( defined $cookie->{ 'MOVE_LEFT1' } ) {
 440         $shift = -1 * $dist * 0.10;
 441     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_LEFT2' } ) {
 442         $shift = -1 * $dist * 0.475;
 443     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_LEFT3' } ) {
 444         $shift = -1 * $dist * 0.95;
 445     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_RIGHT1' } ) {
 446         $shift = $dist * 0.10;
 447     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_RIGHT2' } ) {
 448         $shift = $dist * 0.475;
 449     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_RIGHT3' } ) {
 450         $shift = $dist * 0.95;
 451     }
 452
 453     if ( $shift )
 454     {
 455         $new_start = int( $cookie->{ 'NAV_START' } + $shift );
 456         $new_end   = int( $cookie->{ 'NAV_END' }   + $shift );
 457
 458         if ( $new_start > 0 and $new_end < $max )
 459         {
 460             $cookie->{ 'NAV_START' } = $new_start;
 461             $cookie->{ 'NAV_END' }   = $new_end;
 462         }
 463     }
 464 }
 465
 466
 467 sub cookie_center
 468 {
 469     # Martin A. Hansen, March 2010
 470
 471     # Adjust the cookie values for NAV_START and NAV_END based
 472     # on cookie CENTER value if defined.
 473
 474     my ( $cookie,   # cookie hash
 475        ) = @_;
 476
 477     # Returns nothing.
 478
 479     my ( $l_dist, $r_dist );
 480
 481     if ( defined $cookie->{ 'NAV_CENTER' } )
 482     {
 483         $l_dist = $cookie->{ 'NAV_CENTER' } - $cookie->{ 'NAV_START' };
 484         $r_dist = $cookie->{ 'NAV_END' } - $cookie->{ 'NAV_CENTER' };
 485
 486         if ( $l_dist > $r_dist ) {
 487             $cookie->{ 'NAV_START' } = $cookie->{ 'NAV_END' } - 2 * $r_dist;
 488         } else {
 489             $cookie->{ 'NAV_END' } = $cookie->{ 'NAV_START' } + 2 * $l_dist;
 490         }
 491     }
 492 }
 493
 494
 495 sub cookie_page_next
 496 {
 497     # Martin A. Hansen, November 2009.
 498
 499     # Returns the next page in the taxonomy path.
 500
 501     my ( $cookie,   # cookie hash
 502        ) = @_;
 503
 504     # Returns a string.
 505
 506     my ( $i );
 507
 508     for ( $i = 0; $i < @{ $cookie->{ 'LIST_PAGES' } }; $i++ ) {
 509         last if $cookie->{ 'PAGE' } eq $cookie->{ 'LIST_PAGES' }->[ $i ];
 510     }
 511
 512     return $cookie->{ 'LIST_PAGES' }->[ $i + 1 ];
 513 }
 514
 515
 516 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> PAGES <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 517
 518
 519 sub page
 520 {
 521     # Martin A. Hansen, November 2009.
 522
 523     # Determines what page to render based on
 524     # the cookie's PAGE setting.
 525
 526     my ( $cookie,   # cookie hash
 527        ) = @_;
 528
 529     # Returns a list.
 530
 531     my ( @html );
 532
 533     if ( $cookie->{ 'SESSION_ID' } ) {
 534         push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "session_id", value => $cookie->{ 'SESSION_ID' } ) );
 535     }
 536
 537     if ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'login' ) {
 538         push @html, page_login( $cookie );
 539     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'search' ) {
 540         push @html, page_search( $cookie );
 541     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'browse' ) {
 542         push @html, page_browse( $cookie );
 543     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'dna' ) {
 544         push @html, page_dna( $cookie );
 545     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'export' ) {
 546         push @html, page_export( $cookie );
 547     } else {
 548         push @html, page_taxonomy( $cookie );
 549     }
 550
 551     return wantarray ? @html : \@html;
 552 }
 553
 554
 555 sub page_login
 556 {
 557     # Martin A. Hansen, December 2009.
 558
 559     # Renders the login page.
 560
 561     my ( $cookie,
 562        ) = @_;
 563
 564     # Returns a list.
 565
 566     my ( @html );
 567
 568     push @html, section_login( $cookie );
 569
 570     return wantarray ? @html : \@html;
 571 }
 572
 573
 574 sub page_search
 575 {
 576     # Martin A. Hansen, December 2009.
 577
 578     # Renders the search page.
 579
 580     my ( $cookie,
 581        ) = @_;
 582
 583     # Returns a list.
 584
 585     my ( @html );
 586
 587     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 588     push @html, section_search( $cookie );
 589
 590     return wantarray ? @html : \@html;
 591 }
 592
 593
 594 sub page_browse
 595 {
 596     # Martin A. Hansen, November 2009.
 597
 598     # Renders the browse page.
 599
 600     my ( $cookie,
 601        ) = @_;
 602
 603     # Returns a list.
 604
 605     my ( @html );
 606
 607     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 608     push @html, section_navigate( $cookie );
 609     push @html, section_browse( $cookie );
 610     push @html, section_linkout( $cookie );
 611
 612     return wantarray ? @html : \@html;
 613 }
 614
 615
 616 sub page_dna
 617 {
 618     # Martin A. Hansen, November 2009.
 619
 620     # Renders the DNA page.
 621
 622     my ( $cookie,
 623        ) = @_;
 624
 625     # Returns a list.
 626
 627     my ( @html );
 628
 629     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 630     push @html, section_dna( $cookie );
 631
 632     return wantarray ? @html : \@html;
 633 }
 634
 635
 636 sub page_export
 637 {
 638     # Martin A. Hansen, November 2009.
 639
 640     # Renders the export page.
 641
 642     my ( $cookie,
 643        ) = @_;
 644
 645     # Returns a list.
 646
 647     my ( @html );
 648
 649     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 650     push @html, section_export( $cookie );
 651
 652     return wantarray ? @html : \@html;
 653 }
 654
 655
 656 sub page_taxonomy
 657 {
 658     # Martin A. Hansen, November 2009.
 659
 660     # Renders the browse page.
 661
 662     my ( $cookie,   # cookie hash
 663        ) = @_;
 664
 665     # Returns a list.
 666
 667     my ( @html );
 668
 669     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 670     push @html, section_taxonomy_select( $cookie );
 671
 672     return wantarray ? @html : \@html;
 673 }
 674
 675
 676 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> SECTIONS <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 677
 678
 679 sub section_login
 680 {
 681     # Martin A. Hansen, December 2009.
 682
 683     # Returns a HTML section with a login menu.
 684
 685     my ( $cookie,   # cookie hash
 686        ) = @_;
 687
 688     # Returns a list.
 689
 690     my ( $user, $password, $login, @html );
 691
 692     $user     = Maasha::XHTML::text( name => "user", value => "", size => 20 );
 693     $password = Maasha::XHTML::password( name => "password", value => "", size => 20 );
 694     $login    = Maasha::XHTML::submit( name => "login_submit", value => "Login" );
 695
 696     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Login", class => 'center' );
 697
 698     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Login table", align => 'center' );
 699     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ "User:", $user ] );
 700     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ "Password:", $password ] );
 701     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ "", $login ] );
 702     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 703
 704     if ( defined $cookie->{ 'CLADE' }     and
 705          defined $cookie->{ 'GENOME' }    and
 706          defined $cookie->{ 'ASSEMBLY' }  and
 707          defined $cookie->{ 'CONTIG' }    and
 708          defined $cookie->{ 'NAV_START' } and
 709          defined $cookie->{ 'NAV_END' }
 710     )
 711     {
 712         push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "clade",     value => $cookie->{ 'CLADE' } ) );
 713         push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "genome",    value => $cookie->{ 'GENOME' } ) );
 714         push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "assembly",  value => $cookie->{ 'ASSEMBLY' } ) );
 715         push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "contig",    value => $cookie->{ 'CONTIG' } ) );
 716         push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "nav_start", value => $cookie->{ 'NAV_START' } ) );
 717         push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "nav_end",   value => $cookie->{ 'NAV_END' } ) );
 718     }
 719
 720     if ( $cookie->{ 'LOGIN_ERROR' } ) {
 721         push @html, Maasha::XHTML::h3( txt => "Bad user or password - please retry", class => 'error' );
 722     }
 723
 724     return wantarray ? @html : \@html;
 725 }
 726
 727
 728 sub section_taxonomy_table
 729 {
 730     # Martin A. Hansen, November 2009.
 731
 732     # Returns a HTML section with a taxonomy table
 733     # showing the location in the taxonomy and with
 734     # links to browse the taxonomy.
 735
 736     my ( $cookie,   # cookie hash
 737        ) = @_;
 738
 739     # Returns a list.
 740
 741     my ( $page, @row, @html, $href, $txt );
 742
 743     foreach $page ( @{ $cookie->{ 'LIST_PAGES' } } )
 744     {
 745         last if $page eq $cookie->{ 'PAGE' } or $page eq 'browse';
 746
 747         $href  = "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=$page";
 748         $href .= "&session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }";
 749         $href .= "&user=$cookie->{ 'USER' }";
 750         $href .= "&clade=$cookie->{ 'CLADE' }"       if $page !~ /clade/;
 751         $href .= "&genome=$cookie->{ 'GENOME' }"     if $page !~ /clade|genome/;
 752         $href .= "&assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }" if $page !~ /clade|genome|assembly/;
 753         $href .= "&contig=$cookie->{ 'CONTIG' }"     if $page !~ /clade|genome|assembly|contig/;
 754
 755         $txt = ": $cookie->{ uc $page }";
 756
 757         push @row, Maasha::XHTML::ln( txt => $page, href => $href, class => 'inline' );
 758         push @row, Maasha::XHTML::p(  txt => $txt, class => 'inline' );
 759     }
 760
 761     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Taxonomy table", align => 'center', cellpadding => '5px' );
 762     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ join( "\n", @row ) ], align => 'center' );
 763     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 764
 765     return wantarray ? @html : \@html;
 766 }
 767
 768
 769 sub section_taxonomy_select
 770 {
 771     # Martin A. Hansen, November 2009.
 772
 773     # Returns a HTML section with selection choices
 774     # for navigating the taxonomy tree.
 775
 776     my ( $cookie,   # cookie hash
 777        ) = @_;
 778
 779     # Returns a list.
 780
 781     my ( $list, @html, $item, $href );
 782
 783     $list = "LIST_" . uc $cookie->{ 'PAGE' };
 784
 785     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Select $cookie->{ 'PAGE' }", class => 'center' );
 786
 787     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Taxonomy select table", align => 'center', cellpadding => '5px' );
 788
 789     foreach $item ( @{ $cookie->{ $list } } )
 790     {
 791         $cookie->{ uc $cookie->{ 'PAGE' } } = $item;
 792
 793         $href  = "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=" . cookie_page_next( $cookie );
 794         $href .= "&session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }";
 795         $href .= "&user=$cookie->{ 'USER' }";
 796         $href .= "&clade=$cookie->{ 'CLADE' }";
 797         $href .= "&genome=$cookie->{ 'GENOME' }"     if $cookie->{ 'GENOME' };
 798         $href .= "&assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }" if $cookie->{ 'ASSEMBLY' };
 799         $href .= "&contig=$cookie->{ 'CONTIG' }"     if $cookie->{ 'CONTIG' };
 800
 801         push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ Maasha::XHTML::ln( txt => $item, href => $href ) ] );
 802     }
 803
 804     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 805
 806     return wantarray ? @html : \@html;
 807 }
 808
 809
 810 sub section_navigate
 811 {
 812     # Martin A. Hansen, November 2009.
 813
 814     # Returns a HTML section for navigating in the browser window.
 815
 816     my ( $cookie,   # cookie hash
 817        ) = @_;
 818
 819     # Returns a list.
 820
 821     my ( @html, $nav_val );
 822
 823     $nav_val = Maasha::Calc::commify( $cookie->{ 'NAV_START' } ) . "-" . Maasha::Calc::commify( $cookie->{ 'NAV_END' } );
 824
 825     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Navigation table", align => 'center' );
 826     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [
 827         "Position or search term:",
 828         Maasha::XHTML::text( name => "nav_search", value => $nav_val, size => 30 ),
 829         Maasha::XHTML::submit( name => "nav_submit", value => "Submit" ),
 830     ] );
 831     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 832
 833     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Zoom table", align => 'center' );
 834     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [
 835         Maasha::XHTML::p( txt => 'Move:' ),
 836         Maasha::XHTML::submit( name => "move_left3",  value => "<<<", title => "move 95% to the left" ),
 837         Maasha::XHTML::submit( name => "move_left2",  value => "<<",  title => "move 47.5% to the left" ),
 838         Maasha::XHTML::submit( name => "move_left1",  value => "<",   title => "move 10% to the left" ),
 839         Maasha::XHTML::submit( name => "move_right1", value => ">",   title => "move 10% to the rigth" ),
 840         Maasha::XHTML::submit( name => "move_right2", value => ">>",  title => "move 47.5% to the rigth" ),
 841         Maasha::XHTML::submit( name => "move_right3", value => ">>>", title => "move 95% to the right" ),
 842         Maasha::XHTML::p( txt => 'Zoom in:' ),
 843         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_in1", value => "1.5x" ),
 844         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_in2", value => "3x" ),
 845         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_in3", value => "10x" ),
 846         Maasha::XHTML::p( txt => 'Zoom out:' ),
 847         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_out1", value => "1.5x" ),
 848         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_out2", value => "3x" ),
 849         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_out3", value => "10x" ),
 850     ] );
 851     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 852
 853     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "page",     value => "browse" ) );
 854     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "user",     value => $cookie->{ 'USER' } ) );
 855     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "clade",    value => $cookie->{ 'CLADE' } ) );
 856     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "genome",   value => $cookie->{ 'GENOME' } ) );
 857     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "assembly", value => $cookie->{ 'ASSEMBLY' } ) );
 858     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "contig",   value => $cookie->{ 'CONTIG' } ) );
 859
 860     return wantarray ? @html : \@html;
 861 }
 862
 863
 864 sub section_linkout
 865 {
 866     # Martin A. Hansen, March 2010.
 867
 868     # Returns a HTML section for a static link based on information in the cookie.
 869
 870     my ( $cookie,   # cookie hash
 871        ) = @_;
 872
 873     # Returns a list.
 874
 875     my ( $link, @html );
 876
 877     $link = Maasha::XHTML::ln(
 878         txt  => 'link',
 879         href => join( "&", "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=browse",
 880                            "clade=$cookie->{ 'CLADE' }",
 881                            "genome=$cookie->{ 'GENOME' }",
 882                            "assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }",
 883                            "contig=$cookie->{ 'CONTIG' }",
 884                            "nav_start=$cookie->{ 'NAV_START' }",
 885                            "nav_end=$cookie->{ 'NAV_END' }",
 886               ),
 887         title  => "Static link to this view",
 888     );
 889
 890     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => $link, class => 'center' );
 891
 892     return wantarray ? @html : \@html;
 893 }
 894
 895
 896 sub section_browse
 897 {
 898     my ( $cookie,
 899        ) = @_;
 900
 901     # Returns a list.
 902
 903     my ( @tracks, $i, @features, $feat, $elem, $surface, $cr, $png_data, @html, @img, $x1, $y1, $x2, $y2, $factor, $center );
 904
 905     push @features, [ Maasha::BGB::Track::track_ruler( $cookie ) ];
 906     push @features, [ Maasha::BGB::Track::track_seq( $cookie ) ];
 907
 908     @tracks = Maasha::BGB::Track::path_tracks( $cookie );
 909
 910     for ( $i = 0; $i < @tracks; $i++ )
 911     {
 912         $cookie->{ 'FEAT_COLOR' } = Maasha::BGB::Draw::palette( $i );
 913
 914         push @features, [ Maasha::BGB::Track::track_feature( $tracks[ $i ], $cookie ) ];
 915     }
 916
 917     $surface = Cairo::ImageSurface->create( 'argb32', $cookie->{ 'IMG_WIDTH' }, $cookie->{ 'TRACK_OFFSET' } );
 918     $cr      = Cairo::Context->create( $surface );
 919
 920     $cr->rectangle ( 0, 0, $cookie->{ 'IMG_WIDTH' },  $cookie->{ 'TRACK_OFFSET' } );
 921     $cr->set_source_rgb ( 1, 1, 1 );
 922     $cr->fill;
 923
 924     foreach $feat ( @features ) {
 925         Maasha::BGB::Draw::draw_feature( $cr, $feat ) if $feat;
 926     }
 927
 928     $png_data = Maasha::BGB::Draw::base64_png( $surface );
 929
 930     push @img, Maasha::XHTML::img(
 931         src    => "data:image/png;base64,$png_data",
 932         alt    => "Browser Tracks",
 933         height => $cookie->{ 'TRACK_OFFSET' },
 934         width  => $cookie->{ 'IMG_WIDTH' },
 935         id     => "browser_map",
 936         usemap => "#browser_map"
 937     );
 938
 939     push @img, Maasha::XHTML::map_beg( name => "browser_map", id => "browser_map" );
 940
 941     $factor = ( $cookie->{ 'NAV_END' } - $cookie->{ 'NAV_START' } + 1 ) / $cookie->{ 'IMG_WIDTH' };
 942
 943     for ( $i = 0; $i < $cookie->{ 'IMG_WIDTH' }; $i += 5 )
 944     {
 945         $x1 = $i;
 946         $y1 = 10;
 947         $x2 = $i + 5;
 948         $y2 = 20;
 949
 950         $center = int( $cookie->{ 'NAV_START' } + $factor * $i );
 951
 952         push @img, Maasha::XHTML::area(
 953             href     => join( "&", "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=browse",
 954                                    "session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }",
 955                                    "user=$cookie->{ 'USER' }",
 956                                    "clade=$cookie->{ 'CLADE' }",
 957                                    "genome=$cookie->{ 'GENOME' }",
 958                                    "assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }",
 959                                    "contig=$cookie->{ 'CONTIG' }",
 960                                    "nav_start=$cookie->{ 'NAV_START' }",
 961                                    "nav_end=$cookie->{ 'NAV_END' }",
 962                                    "nav_center=$center",
 963                       ),
 964             shape  => 'rect',
 965             coords => "$x1, $y1, $x2, $y2",
 966             title  => "Center on " . Maasha::Calc::commify( $center ),
 967         );
 968     }
 969
 970     foreach $feat ( @features )
 971     {
 972         foreach $elem ( @{ $feat } )
 973         {
 974             next if $elem->{ 'type' } eq 'text';
 975             next if $elem->{ 'type' } eq 'wiggle';
 976
 977             #$elem->{ 'strand' } = '&#43' if $elem->{ 'strand' } eq '+';
 978
 979             $cookie->{ 'Q_ID' }   = $elem->{ 'q_id' };
 980             $cookie->{ 'S_BEG' }  = $elem->{ 's_beg' };
 981             $cookie->{ 'S_END' }  = $elem->{ 's_end' };
 982             $cookie->{ 'STRAND' } = $elem->{ 'strand' };
 983
 984             push @img, Maasha::XHTML::area(
 985                 href     => join( "&", "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=export",
 986                                        "session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }",
 987                                        "user=$cookie->{ 'USER' }",
 988                                        "clade=$cookie->{ 'CLADE' }",
 989                                        "genome=$cookie->{ 'GENOME' }",
 990                                        "assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }",
 991                                        "contig=$cookie->{ 'CONTIG' }",
 992                                        "s_beg=$cookie->{ 'S_BEG' }",
 993                                        "s_end=$cookie->{ 'S_END' }",
 994                                        "strand=$cookie->{ 'STRAND' }",
 995                           ),
 996                 shape  => 'rect',
 997                 coords => "$elem->{ x1 }, $elem->{ y1 }, $elem->{ x2 }, $elem->{ y2 }",
 998                 title  => "$elem->{ 'title' }",
 999             );
1000         }
1001     }
1002
1003     push @img, Maasha::XHTML::map_end();
1004
1005     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => join( "\n", @img ) );
1006
1007     @html = Maasha::XHTML::div( txt => join( "\n", @html ), class => 'browse' );
1008
1009     return wantarray ? @html : \@html;
1010 }
1011
1012
1013 sub section_export
1014 {
1015     # Martin A. Hansen, November 2009.
1016
1017     # Returns a HTML section with export table.
1018
1019     my ( $cookie,   # cookie hash
1020        ) = @_;
1021
1022     # Returns a list.
1023
1024     my ( $feat, @row_dna_contig, @html );
1025
1026     $feat = $cookie->{ 'Q_ID' } || "[no name]";
1027
1028     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::p( txt => qq(Export Feature: "$feat" DNA from Contig: ), class => 'inline' );
1029     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::p( txt  => "$cookie->{ 'CONTIG' } Start: ", class => 'inline' );
1030     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::text( name => "s_beg", value => Maasha::Calc::commify( $cookie->{ 'S_BEG' } ), size => 15 );
1031     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::p( txt => "End: ", class => 'inline' );
1032     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::text( name => "s_end", value => Maasha::Calc::commify( $cookie->{ 'S_END' } ), size => 15 );
1033     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::p( txt => "Strand: ", class => 'inline' );
1034     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::menu( name => "strand", options => [ qw( + - ) ], selected => $cookie->{ 'STRAND' } );
1035     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::submit( name => "export", value => "Export", title => "Fetch DNA from this region" );
1036
1037     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Export", class => 'center' );
1038     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Taxonomy select table", align => 'center' );
1039     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => \@row_dna_contig );
1040     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
1041
1042     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "page",     value => "dna" ) );
1043     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "user",     value => $cookie->{ 'USER' } ) );
1044     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "clade",    value => $cookie->{ 'CLADE' } ) );
1045     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "genome",   value => $cookie->{ 'GENOME' } ) );
1046     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "assembly", value => $cookie->{ 'ASSEMBLY' } ) );
1047     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "contig",   value => $cookie->{ 'CONTIG' } ) );
1048
1049     return wantarray ? @html : \@html;
1050 }
1051
1052
1053 sub section_search
1054 {
1055     # Martin A. Hansen, November 2009.
1056
1057     # Returns a HTML section with export table.
1058
1059     my ( $cookie,   # cookie hash
1060        ) = @_;
1061
1062     # Returns a list.
1063
1064     my ( $results, $result, $count, @html, $export, $browse );
1065
1066     $results = Maasha::BGB::Track::search_tracks( $cookie );
1067
1068     $count = scalar @{ $results };
1069
1070     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Search", class => 'center' );
1071     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => qq(Results for "$cookie->{ 'SEARCH' }": $count), class => 'center' );
1072
1073     if ( $count > 0 )
1074     {
1075         push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Search table", align => 'center', cellpadding => '5px' );
1076         push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ qw( S_ID S_BEG S_END Q_ID SCORE STRAND HITS ALIGN BLOCK_COUNT BLOCK_BEGS BLOCK_LENS BLOCK_TYPE) ] );
1077
1078         foreach $result ( @{ $results } )
1079         {
1080             $cookie->{ 'CONTIG' }    = $result->{ 'S_ID' };
1081             $cookie->{ 'NAV_START' } = $result->{ 'S_BEG' };
1082             $cookie->{ 'NAV_END' }   = $result->{ 'S_END' };
1083             $cookie->{ 'S_BEG' }     = $result->{ 'S_BEG' };
1084             $cookie->{ 'S_END' }     = $result->{ 'S_END' };
1085             $cookie->{ 'STRAND' }    = $result->{ 'STRAND' };
1086             $cookie->{ 'Q_ID' }      = $result->{ 'Q_ID' };
1087
1088             $browse = Maasha::XHTML::ln(
1089                 txt  => "browse",
1090                 href => join( "&", "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=browse",
1091                                    "session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }",
1092                                    "user=$cookie->{ 'USER' }",
1093                                    "clade=$cookie->{ 'CLADE' }",
1094                                    "genome=$cookie->{ 'GENOME' }",
1095                                    "assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }",
1096                                    "contig=$cookie->{ 'CONTIG' }",
1097                                    "nav_start=$cookie->{ 'NAV_START' }",
1098                                    "nav_end=$cookie->{ 'NAV_END' }",
1099                 ),
1100             );
1101
1102
1103             $export = Maasha::XHTML::ln(
1104                 txt  => "export",
1105                 href => join( "&", "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=export",
1106                                    "session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }",
1107                                    "user=$cookie->{ 'USER' }",
1108                                    "clade=$cookie->{ 'CLADE' }",
1109                                    "genome=$cookie->{ 'GENOME' }",
1110                                    "assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }",
1111                                    "contig=$cookie->{ 'CONTIG' }",
1112                                    "s_beg=$cookie->{ 'S_BEG' }",
1113                                    "s_end=$cookie->{ 'S_END' }",
1114                                    "strand=$cookie->{ 'STRAND' }",
1115                 ),
1116             );
1117
1118             push @html, Maasha::XHTML::table_row_advanced(
1119                 tr => [ { td => $result->{ 'S_ID' } },
1120                         { td => $result->{ 'S_BEG' }, align => 'right' },
1121                         { td => $result->{ 'S_END' }, align => 'right' },
1122                         { td => $result->{ 'Q_ID' } },
1123                         { td => $result->{ 'SCORE' }, align => 'right' },
1124                         { td => $result->{ 'STRAND' } },
1125                         { td => $result->{ 'HITS' }, align => 'right' },
1126                         { td => $result->{ 'ALIGN' } },
1127                         { td => $result->{ 'BLOCK_COUNT' }, align => 'right' },
1128                         { td => $result->{ 'BLOCK_BEGS' } },
1129                         { td => $result->{ 'BLOCK_LENS' } },
1130                         { td => $result->{ 'BLOCK_TYPE' } },
1131                         { td => $browse },
1132                         { td => $export },
1133                 ], class => "monospace"
1134             );
1135         }
1136
1137         push @html, Maasha::XHTML::table_end;
1138     }
1139
1140     return wantarray ? @html : \@html;
1141 }
1142
1143
1144 sub section_dna
1145 {
1146     # Martin A. Hansen, November 2009.
1147
1148     # Returns a HTML section with extracted DNA.
1149
1150     my ( $cookie,   # cookie hash
1151        ) = @_;
1152
1153     # Returns a list.
1154
1155     my ( @html, $beg, $end, $seq );
1156
1157     $beg = $cookie->{ 'S_BEG' };
1158     $end = $cookie->{ 'S_END' };
1159     $beg =~ tr/,//d;
1160     $end =~ tr/,//d;
1161
1162     $seq = join ";", ">$cookie->{ 'GENOME' }", $cookie->{ 'ASSEMBLY' }, $cookie->{ 'CONTIG' }, $beg, $end, "$cookie->{ 'STRAND' }\n";
1163     $seq .= Maasha::BGB::Track::dna_get( $cookie );
1164
1165     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "DNA", class => 'center' );
1166     push @html, Maasha::XHTML::pre( txt => $seq );
1167
1168     return wantarray ? @html : \@html;
1169 }
1170
1171
1172 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1173
1174
1175 __END__