www/index.cgi

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2006-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 use strict;
  24 use warnings;
  25
  26 use lib $ENV{ 'BP_PERL' };
  27
  28 use CGI;
  29 use URI::Escape;
  30 use Data::Dumper;
  31 use Digest::MD5;
  32 use Maasha::Common;
  33 use Maasha::Filesys;
  34 use Maasha::Calc;
  35 use Maasha::XHTML;
  36 use Maasha::BGB::Session;
  37 use Maasha::BGB::Track;
  38 use Maasha::BGB::Draw;
  39
  40 my ( $cgi, $cookie, @html );
  41
  42 $cgi    = new CGI;
  43 $cookie = cookie_default( $cgi );;
  44
  45 push @html, Maasha::XHTML::html_header(
  46     cgi_header  => 1,
  47     title       => 'Biopieces Genome Browser',
  48     css_file    => 'bgb.css',
  49     author      => 'Martin A. Hansen, mail@maasha.dk',
  50     description => 'Biopieces Genome Browser',
  51     keywords    => [ qw( Biopieces biopiece genome browser viewer bacterium bacteria prokaryote prokaryotes ) ],
  52     no_cache    => 1,
  53 );
  54
  55 push @html, Maasha::XHTML::h1( txt => "Biopieces Genome Browser", class => 'center' );
  56 push @html, Maasha::XHTML::form_beg( action => $cookie->{ 'SCRIPT' }, method => "post", enctype => "multipart/form-data" );
  57
  58 push @html, page( $cookie );
  59
  60 push @html, Maasha::XHTML::form_end;
  61 push @html, Maasha::XHTML::body_end;
  62 push @html, Maasha::XHTML::html_end;
  63
  64 # push @html, Maasha::XHTML::hdump( { $cgi->Vars } );  # DEBUG
  65 # push @html, Maasha::XHTML::hdump( $cookie );         # DEBUG
  66 # push @html, Maasha::XHTML::hdump( \%ENV );           # DEBUG
  67
  68 print "$_\n" foreach @html;
  69
  70 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> SUBROUTINES <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  71
  72
  73 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> COOKIE <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  74
  75
  76 sub cookie_default
  77 {
  78     # Martin A. Hansen, November 2009.
  79
  80     # Set a cookie with values from the CGI object or defaults.
  81
  82     my ( $cgi,   # CGI object
  83        ) = @_;
  84
  85     # Returns a hash.
  86
  87     my ( $cookie, $session );
  88
  89     $cookie = {};
  90
  91     if ( $cgi->param( 'nav_search' ) )
  92     {
  93         if ( $cgi->param( 'nav_search' ) =~ /([0-9,]+)[ -]([0-9,]+)/ )
  94         {
  95             $cookie->{ 'NAV_START' } = $1;
  96             $cookie->{ 'NAV_END' }   = $2;
  97         }
  98         else
  99         {
 100             $cookie->{ 'SEARCH' } = $cgi->param( 'nav_search' );
 101
 102             $cgi->param( 'page', 'search' );
 103         }
 104     }
 105
 106     $cookie->{ 'SCRIPT' }      = Maasha::Common::get_scriptname();
 107     $cookie->{ 'DATA_DIR' }    = "Data";
 108     $cookie->{ 'SESSION_DIR' } = "Sessions";
 109     $cookie->{ 'LIST_PAGES' }  = [ qw( clade genome assembly contig browse ) ];
 110     $cookie->{ 'USER' }        = $cgi->param( 'user' );
 111     $cookie->{ 'PASSWORD' }    = $cgi->param( 'password' );
 112     $cookie->{ 'SESSION_ID' }  = $cgi->param( 'session_id' );
 113
 114     $session = session_restore( $cookie );
 115
 116     cookie_login( $cookie );
 117
 118     # session_id_check( $cookie, $session );
 119
 120     if ( $cookie->{ 'LOGIN_ERROR' } or $cookie->{ 'SESSION_ERROR' } )
 121     {
 122         $cookie->{ 'PAGE' } = 'login';
 123     }
 124     elsif ( $cookie->{ 'LOGIN' } )
 125     {
 126         if ( $cgi->param( 'genome' ) ) {
 127             $cookie->{ 'PAGE' } = 'browse';
 128         } else {
 129             $cookie->{ 'PAGE' } = $session->{ 'PAGE' } || 'clade';
 130         }
 131     }
 132     elsif ( not defined $cookie->{ 'USER' } )
 133     {
 134         $cookie->{ 'PAGE' } = 'login';
 135     }
 136     else
 137     {
 138          $cookie->{ 'PAGE' } = $cgi->param( 'page' ) || 'login';
 139     }
 140
 141     $cookie->{ 'TRACK_STATUS' }    = $session->{ 'TRACK_STATUS' };
 142     $cookie->{ 'CLADE' }           = $cgi->param( 'clade' )       || $session->{ 'CLADE' };
 143     $cookie->{ 'GENOME' }          = $cgi->param( 'genome' )      || $session->{ 'GENOME' };
 144     $cookie->{ 'ASSEMBLY' }        = $cgi->param( 'assembly' )    || $session->{ 'ASSEMBLY' };
 145     $cookie->{ 'CONTIG' }          = $cgi->param( 'contig' )      || $session->{ 'CONTIG' };
 146     $cookie->{ 'Q_ID' }            = $cgi->param( 'q_id' )        || $session->{ 'Q_ID' };
 147     $cookie->{ 'NAV_START' }     ||= defined $cgi->param( 'nav_start' ) ? $cgi->param( 'nav_start' ) : $session->{ 'NAV_START' };
 148     $cookie->{ 'NAV_END' }       ||= defined $cgi->param( 'nav_end' )   ? $cgi->param( 'nav_end' )   : $session->{ 'NAV_END' };
 149     $cookie->{ 'NAV_CENTER' }      = $cgi->param( 'nav_center' );
 150     $cookie->{ 'S_BEG' }           = defined $cgi->param( 's_beg' ) ? $cgi->param( 's_beg' ) : $session->{ 'S_BEG' };
 151     $cookie->{ 'S_END' }           = defined $cgi->param( 's_end' ) ? $cgi->param( 's_end' ) : $session->{ 'S_END' };
 152     $cookie->{ 'STRAND' }          = $cgi->param( 'strand' )      || $session->{ 'STRAND' };
 153     $cookie->{ 'TRACK' }           = $cgi->param( 'track' );
 154     $cookie->{ 'ZOOM_IN1' }        = $cgi->param( 'zoom_in1' );
 155     $cookie->{ 'ZOOM_IN2' }        = $cgi->param( 'zoom_in2' );
 156     $cookie->{ 'ZOOM_IN3' }        = $cgi->param( 'zoom_in3' );
 157     $cookie->{ 'ZOOM_OUT1' }       = $cgi->param( 'zoom_out1' );
 158     $cookie->{ 'ZOOM_OUT2' }       = $cgi->param( 'zoom_out2' );
 159     $cookie->{ 'ZOOM_OUT3' }       = $cgi->param( 'zoom_out3' );
 160     $cookie->{ 'MOVE_LEFT1' }      = $cgi->param( 'move_left1' );
 161     $cookie->{ 'MOVE_LEFT2' }      = $cgi->param( 'move_left2' );
 162     $cookie->{ 'MOVE_LEFT3' }      = $cgi->param( 'move_left3' );
 163     $cookie->{ 'MOVE_RIGHT1' }     = $cgi->param( 'move_right1' );
 164     $cookie->{ 'MOVE_RIGHT2' }     = $cgi->param( 'move_right2' );
 165     $cookie->{ 'MOVE_RIGHT3' }     = $cgi->param( 'move_right3' );
 166
 167     $cookie->{ 'IMG_WIDTH' }       = 1200;   # Width of browser image in pixels
 168     $cookie->{ 'IMG_HEIGHT' }      = 800;    # Height of browser image in pixels  # TODO: Redundant?
 169     $cookie->{ 'WIGGLE_HEIGHT' }   = 75;     # Height of Wiggle tracks in pixels
 170     $cookie->{ 'TRACK_OFFSET' }    = 20;
 171     $cookie->{ 'TRACK_SPACE' }     = 20;
 172     $cookie->{ 'RULER_FONT_SIZE' } = 10;     # Size of ruler font in pixels
 173     $cookie->{ 'RULER_COLOR' }     = [ 0, 0, 0 ];
 174     $cookie->{ 'SEQ_FONT_SIZE' }   = 10;
 175     $cookie->{ 'SEQ_COLOR' }       = [ 0, 0, 0, ];
 176     $cookie->{ 'FEAT_WIDTH' }      = 5;
 177     $cookie->{ 'FEAT_COLOR' }      = [ 0, 0, 0 ];
 178 #    $cookie->{ 'FEAT_MAX' }        = 5000;   # TODO: Reduntant?
 179
 180 #    $cookie->{ 'LIST_USER' }       = Maasha::BGB::Track::list_users();  # TODO: Redundant?
 181
 182     if ( $cookie->{ 'USER' } and not $cookie->{ 'LOGIN_ERROR' } )
 183     {
 184         $cookie->{ 'LIST_CLADE' }      = Maasha::BGB::Track::list_clades(     $cookie->{ 'USER' } );
 185
 186         if ( $cookie->{ 'CLADE' } )
 187         {
 188             $cookie->{ 'LIST_GENOME' }     = Maasha::BGB::Track::list_genomes(    $cookie->{ 'USER' }, $cookie->{ 'CLADE' } );
 189
 190             if ( $cookie->{ 'GENOME' } )
 191             {
 192                 $cookie->{ 'LIST_ASSEMBLY' }   = Maasha::BGB::Track::list_assemblies( $cookie->{ 'USER' }, $cookie->{ 'CLADE' }, $cookie->{ 'GENOME' } );
 193
 194                 if ( $cookie->{ 'ASSEMBLY' } )
 195                 {
 196                     $cookie->{ 'LIST_CONTIG' }     = Maasha::BGB::Track::list_contigs(    $cookie->{ 'USER' }, $cookie->{ 'CLADE' }, $cookie->{ 'GENOME' }, $cookie->{ 'ASSEMBLY' } );
 197                 }
 198             }
 199         }
 200
 201         if ( $cookie->{ 'CONTIG' } )
 202         {
 203             cookie_start( $cookie );
 204             cookie_end( $cookie );
 205             cookie_zoom( $cookie );
 206             cookie_move( $cookie );
 207             cookie_center( $cookie );
 208             cookie_track_status( $cookie );
 209         }
 210     }
 211
 212     $cookie->{ 'STRAND' } = '+' if defined $cookie->{ 'STRAND' } and $cookie->{ 'STRAND' } eq ' ';   # FIXME ugly HTML fix
 213
 214     session_store( $cookie, $session );
 215
 216     return wantarray ? %{ $cookie } : $cookie;
 217 }
 218
 219
 220 sub session_restore
 221 {
 222     # Martin A. Hansen, March 2010.
 223
 224     # Restores session and returns this.
 225
 226     my ( $cookie,   # cookie hash
 227        ) = @_;
 228
 229     # Returns hashref.
 230
 231     my ( $session );
 232
 233     if ( defined $cookie->{ 'USER' } and -d "$cookie->{ 'SESSION_DIR' }/$cookie->{ 'USER' }" ) {
 234         $session = Maasha::BGB::Session::session_restore( "$cookie->{ 'SESSION_DIR' }/$cookie->{ 'USER' }/session.json" );
 235     }
 236
 237     return wantarray ? %{ $session } : $session;
 238 }
 239
 240
 241 sub session_store
 242 {
 243     # Martin A. Hansen, March 2010.
 244
 245     # Store a session updated with cookie information to session file.
 246
 247     my ( $cookie,    # cookie hash
 248          $session,   # session hash
 249        ) = @_;
 250
 251     # Returns nothing.
 252
 253     my ( $new_session );
 254
 255     if ( defined $cookie->{ 'USER' } and $cookie->{ 'USER' } ne '' and -d "$cookie->{ 'SESSION_DIR' }/$cookie->{ 'USER' }" )
 256     {
 257         $new_session->{ 'PASSWORD' }   = $session->{ 'PASSWORD' };
 258         $new_session->{ 'SESSION_ID' } = $session->{ 'SESSION_ID' };
 259         $new_session->{ 'TIME' }       = Maasha::Common::time_stamp();
 260         $new_session->{ 'PAGE' }       = $cookie->{ 'PAGE' };
 261
 262         if ( $cookie->{ 'PAGE' } =~ /browse|export_pdf|export_svg/ )
 263         {
 264             $new_session->{ 'CLADE' }     = $cookie->{ 'CLADE' };
 265             $new_session->{ 'GENOME' }    = $cookie->{ 'GENOME' };
 266             $new_session->{ 'ASSEMBLY' }  = $cookie->{ 'ASSEMBLY' };
 267             $new_session->{ 'CONTIG' }    = $cookie->{ 'CONTIG' };
 268             $new_session->{ 'NAV_START' } = $cookie->{ 'NAV_START' };
 269             $new_session->{ 'NAV_END' }   = $cookie->{ 'NAV_END' };
 270         }
 271         elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'contig' )
 272         {
 273             $new_session->{ 'CLADE' }     = $cookie->{ 'CLADE' };
 274             $new_session->{ 'GENOME' }    = $cookie->{ 'GENOME' };
 275             $new_session->{ 'ASSEMBLY' }  = $cookie->{ 'ASSEMBLY' };
 276         }
 277         elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'assembly' )
 278         {
 279             $new_session->{ 'CLADE' }     = $cookie->{ 'CLADE' };
 280             $new_session->{ 'GENOME' }    = $cookie->{ 'GENOME' };
 281         }
 282         elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'genome' )
 283         {
 284             $new_session->{ 'CLADE' }     = $cookie->{ 'CLADE' };
 285         }
 286         elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } =~ /export|dna/ )
 287         {
 288             $new_session->{ 'CLADE' }     = $cookie->{ 'CLADE' };
 289             $new_session->{ 'GENOME' }    = $cookie->{ 'GENOME' };
 290             $new_session->{ 'ASSEMBLY' }  = $cookie->{ 'ASSEMBLY' };
 291             $new_session->{ 'CONTIG' }    = $cookie->{ 'CONTIG' };
 292             $new_session->{ 'Q_ID' }      = $cookie->{ 'Q_ID' };
 293             $new_session->{ 'S_BEG' }     = $cookie->{ 'S_BEG' };
 294             $new_session->{ 'S_END' }     = $cookie->{ 'S_END' };
 295             $new_session->{ 'STRAND' }    = $cookie->{ 'STRAND' };
 296         }
 297
 298         $new_session->{ 'TRACK_STATUS' } = $cookie->{ 'TRACK_STATUS' };
 299
 300         Maasha::BGB::Session::session_store( "$cookie->{ 'SESSION_DIR' }/$cookie->{ 'USER' }/session.json", $new_session );
 301     }
 302 }
 303
 304
 305 sub session_id_check
 306 {
 307     # Martin A. Hansen, March 2010.
 308
 309     # Check that the session id in the cookie and session match.
 310     # Sets SESSION_ERROR flag in cookie if not matching.
 311
 312     my ( $cookie,    # cookie hash
 313          $session,   # session hash
 314        ) = @_;
 315
 316     # Returns nothing.
 317
 318     if ( defined $cookie->{ 'SESSION_ID' } and defined $session->{ 'SESSION_ID' } )
 319     {
 320         if ( $cookie->{ 'SESSION_ID' } ne $session->{ 'SESSION_ID' } ) {
 321             $cookie->{ 'SESSION_ERROR' } = 1;
 322         } else {
 323             $cookie->{ 'SESSION_ERROR' } = 0;
 324         }
 325     }
 326 }
 327
 328
 329 sub cookie_login
 330 {
 331     # Martin A. Hansen, December 2009.
 332
 333     # Check a user and password from CGI against the password file and
 334     # set the session ID, if found, in the cookie.
 335
 336     my ( $cookie,   # cookie hash
 337        ) = @_;
 338
 339     # Returns nothing.
 340
 341     my ( $session );
 342
 343     if ( defined $cookie->{ 'PASSWORD' } )
 344     {
 345         if ( defined $cookie->{ 'USER' } and -d "$cookie->{ 'SESSION_DIR' }/$cookie->{ 'USER' }" )
 346         {
 347             $session = Maasha::BGB::Session::session_restore( "$cookie->{ 'SESSION_DIR' }/$cookie->{ 'USER' }/session.json" );
 348
 349             if ( $session->{ 'PASSWORD' } eq Digest::MD5::md5_hex( $cookie->{ 'PASSWORD' } ) )
 350             {
 351                 $cookie->{ 'TIME' }          = Maasha::Common::time_stamp();
 352                 $cookie->{ 'SESSION_ID' }  ||= Maasha::BGB::Session::session_new();
 353                 $cookie->{ 'LOGIN' }         = 1;
 354                 $cookie->{ 'LOGIN_ERROR' }   = 0;
 355             }
 356             else
 357             {
 358                 $cookie->{ 'LOGIN_ERROR' } = 1;
 359             }
 360         }
 361         else
 362         {
 363             $cookie->{ 'LOGIN_ERROR' } = 1;
 364         }
 365     }
 366 }
 367
 368
 369 sub cookie_start
 370 {
 371     # Martin A. Hansen, November 2009.
 372
 373     # Decommify the cookie value for NAV_START and adjust it to
 374     # to prevent negative values.
 375
 376     my ( $cookie,   # cookie hash
 377        ) = @_;
 378
 379     # Returns nothing.
 380
 381     if ( defined $cookie->{ 'NAV_START' } )
 382     {
 383         $cookie->{ 'NAV_START' } =~ tr/,//d;
 384         $cookie->{ 'NAV_START' } = 0 if $cookie->{ 'NAV_START' } < 0;
 385     }
 386     else
 387     {
 388         $cookie->{ 'NAV_START' } = 0;
 389     }
 390 }
 391
 392
 393 sub cookie_end
 394 {
 395     # Martin A. Hansen, November 2009.
 396
 397     # Decommify the cookie value for NAV_END and adjust it to prevent
 398     # overshooting the max value for the contig size as determined
 399     # from the cookie.
 400
 401     my ( $cookie,   # cookie hash
 402        ) = @_;
 403
 404     # Returns nothing.
 405
 406     my ( $max );
 407
 408     $max = Maasha::Filesys::file_size( Maasha::BGB::Track::path_seq( $cookie ) );
 409
 410     if ( defined $cookie->{ 'NAV_END' } )
 411     {
 412         $cookie->{ 'NAV_END' } =~ tr/,//d;
 413         $cookie->{ 'NAV_END' } = $max if $cookie->{ 'NAV_END' } > $max;
 414     }
 415     else
 416     {
 417         $cookie->{ 'NAV_END' } = $max;
 418     }
 419 }
 420
 421
 422 sub cookie_zoom
 423 {
 424     # Martin A. Hansen, November 2009.
 425
 426     # Adjust the cookie values for NAV_START and NAV_END based
 427     # on cookie ZOOM values.
 428
 429     my ( $cookie,   # cookie hash
 430        ) = @_;
 431
 432     # Returns nothing.
 433
 434     my ( $max, $dist, $new_dist, $dist_diff );
 435
 436     $max = Maasha::Filesys::file_size( Maasha::BGB::Track::path_seq( $cookie ) );
 437
 438     $dist = $cookie->{ 'NAV_END' } - $cookie->{ 'NAV_START' };
 439
 440     if ( defined $cookie->{ 'ZOOM_IN1' } ) {
 441         $new_dist = $dist / 1.5;
 442     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_IN2' } ) {
 443         $new_dist = $dist / 3;
 444     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_IN3' } ) {
 445         $new_dist = $dist / 10;
 446     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_OUT1' } ) {
 447         $new_dist = $dist * 1.5;
 448     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_OUT2' } ) {
 449         $new_dist = $dist * 3;
 450     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_OUT3' } ) {
 451         $new_dist = $dist * 10;
 452     }
 453
 454     if ( $new_dist )
 455     {
 456         $dist_diff = $dist - $new_dist;
 457
 458         $cookie->{ 'NAV_START' } = int( $cookie->{ 'NAV_START' } + ( $dist_diff / 2 ) );
 459         $cookie->{ 'NAV_END' }   = int( $cookie->{ 'NAV_END' }   - ( $dist_diff / 2 ) );
 460
 461         $cookie->{ 'NAV_START' } = 0    if $cookie->{ 'NAV_START' } < 0;
 462         $cookie->{ 'NAV_END' }   = $max if $cookie->{ 'NAV_END' } > $max;
 463     }
 464 }
 465
 466
 467 sub cookie_move
 468 {
 469     # Martin A. Hansen, November 2009.
 470
 471     # Adjust the cookie values for NAV_START and NAV_END based
 472     # on cookie MOVE values.
 473
 474     my ( $cookie,   # cookie hash
 475        ) = @_;
 476
 477     # Returns nothing.
 478
 479     my ( $max, $dist, $shift, $new_start, $new_end );
 480
 481     $max = Maasha::Filesys::file_size( Maasha::BGB::Track::path_seq( $cookie ) );
 482
 483     $dist = $cookie->{ 'NAV_END' } - $cookie->{ 'NAV_START' };
 484
 485     if ( defined $cookie->{ 'MOVE_LEFT1' } ) {
 486         $shift = -1 * $dist * 0.10;
 487     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_LEFT2' } ) {
 488         $shift = -1 * $dist * 0.475;
 489     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_LEFT3' } ) {
 490         $shift = -1 * $dist * 0.95;
 491     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_RIGHT1' } ) {
 492         $shift = $dist * 0.10;
 493     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_RIGHT2' } ) {
 494         $shift = $dist * 0.475;
 495     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_RIGHT3' } ) {
 496         $shift = $dist * 0.95;
 497     }
 498
 499     if ( $shift )
 500     {
 501         $new_start = int( $cookie->{ 'NAV_START' } + $shift );
 502         $new_end   = int( $cookie->{ 'NAV_END' }   + $shift );
 503
 504         if ( $new_start > 0 and $new_end < $max )
 505         {
 506             $cookie->{ 'NAV_START' } = $new_start;
 507             $cookie->{ 'NAV_END' }   = $new_end;
 508         }
 509     }
 510 }
 511
 512
 513 sub cookie_center
 514 {
 515     # Martin A. Hansen, March 2010.
 516
 517     # Adjust the cookie values for NAV_START and NAV_END based
 518     # on cookie CENTER value if defined.
 519
 520     my ( $cookie,   # cookie hash
 521        ) = @_;
 522
 523     # Returns nothing.
 524
 525     my ( $l_dist, $r_dist );
 526
 527     if ( defined $cookie->{ 'NAV_CENTER' } )
 528     {
 529         $l_dist = $cookie->{ 'NAV_CENTER' } - $cookie->{ 'NAV_START' };
 530         $r_dist = $cookie->{ 'NAV_END' } - $cookie->{ 'NAV_CENTER' };
 531
 532         if ( $l_dist > $r_dist ) {
 533             $cookie->{ 'NAV_START' } = $cookie->{ 'NAV_END' } - 2 * $r_dist;
 534         } else {
 535             $cookie->{ 'NAV_END' } = $cookie->{ 'NAV_START' } + 2 * $l_dist;
 536         }
 537     }
 538 }
 539
 540
 541 sub cookie_track_status
 542 {
 543     # Martin A. Hansen, March 2010.
 544
 545     #
 546
 547     my ( $cookie,   # cookie hash
 548        ) = @_;
 549
 550     # Returns nothing.
 551
 552     my ( $clade, $genome, $assembly, $track );
 553
 554     $clade    = $cookie->{ 'CLADE' };
 555     $genome   = $cookie->{ 'GENOME' };
 556     $assembly = $cookie->{ 'ASSEMBLY' };
 557     $track    = $cookie->{ 'TRACK' };
 558
 559     if ( $track )
 560     {
 561         if ( $cookie->{ 'TRACK_STATUS' }->{ $clade }->{ $genome }->{ $assembly }->{ $track } ) {
 562             $cookie->{ 'TRACK_STATUS' }->{ $clade }->{ $genome }->{ $assembly }->{ $track } = 0;
 563         } else {
 564             $cookie->{ 'TRACK_STATUS' }->{ $clade }->{ $genome }->{ $assembly }->{ $track } = 1;
 565         }
 566     }
 567 }
 568
 569
 570 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> PAGES <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 571
 572
 573 sub page
 574 {
 575     # Martin A. Hansen, November 2009.
 576
 577     # Determines what page to render based on
 578     # the cookie's PAGE setting.
 579
 580     my ( $cookie,   # cookie hash
 581        ) = @_;
 582
 583     # Returns a list.
 584
 585     my ( @html );
 586
 587     if ( $cookie->{ 'SESSION_ID' } ) {
 588         push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "session_id", value => $cookie->{ 'SESSION_ID' } ) );
 589     }
 590
 591     if ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'login' ) {
 592         push @html, page_login( $cookie );
 593     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'search' ) {
 594         push @html, page_search( $cookie );
 595     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'browse' ) {
 596         push @html, page_browse( $cookie );
 597     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'dna' ) {
 598         push @html, page_dna( $cookie );
 599     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'export' ) {
 600         push @html, page_export( $cookie );
 601     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'export_pdf' ) {
 602         push @html, page_export_pdf( $cookie );
 603     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'export_svg' ) {
 604         push @html, page_export_svg( $cookie );
 605     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'clade' ) {
 606         push @html, page_clade( $cookie );
 607     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'genome' ) {
 608         push @html, page_genome( $cookie );
 609     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'assembly' ) {
 610         push @html, page_assembly( $cookie );
 611     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'contig' ) {
 612         push @html, page_contig( $cookie );
 613     }
 614
 615     return wantarray ? @html : \@html;
 616 }
 617
 618
 619 sub page_login
 620 {
 621     # Martin A. Hansen, December 2009.
 622
 623     # Renders the login page.
 624
 625     my ( $cookie,
 626        ) = @_;
 627
 628     # Returns a list.
 629
 630     my ( @html );
 631
 632     push @html, section_login( $cookie );
 633
 634     return wantarray ? @html : \@html;
 635 }
 636
 637
 638 sub page_search
 639 {
 640     # Martin A. Hansen, December 2009.
 641
 642     # Renders the search page.
 643
 644     my ( $cookie,
 645        ) = @_;
 646
 647     # Returns a list.
 648
 649     my ( @html );
 650
 651     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 652     push @html, section_search( $cookie );
 653
 654     return wantarray ? @html : \@html;
 655 }
 656
 657
 658 sub page_browse
 659 {
 660     # Martin A. Hansen, November 2009.
 661
 662     # Renders the browse page.
 663
 664     my ( $cookie,
 665        ) = @_;
 666
 667     # Returns a list.
 668
 669     my ( @html );
 670
 671     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 672     push @html, section_navigate( $cookie );
 673     push @html, section_browse( $cookie );
 674     push @html, section_linkout( $cookie );
 675
 676     return wantarray ? @html : \@html;
 677 }
 678
 679
 680 sub page_dna
 681 {
 682     # Martin A. Hansen, November 2009.
 683
 684     # Renders the DNA page.
 685
 686     my ( $cookie,
 687        ) = @_;
 688
 689     # Returns a list.
 690
 691     my ( @html );
 692
 693     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 694     push @html, section_dna( $cookie );
 695
 696     return wantarray ? @html : \@html;
 697 }
 698
 699
 700 sub page_export
 701 {
 702     # Martin A. Hansen, November 2009.
 703
 704     # Renders the export page.
 705
 706     my ( $cookie,
 707        ) = @_;
 708
 709     # Returns a list.
 710
 711     my ( @html );
 712
 713     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 714     push @html, section_export( $cookie );
 715
 716     return wantarray ? @html : \@html;
 717 }
 718
 719
 720 sub page_export_pdf
 721 {
 722     # Martin A. Hansen, March 2010.
 723
 724     # Renders the export PDF page.
 725
 726     my ( $cookie,
 727        ) = @_;
 728
 729     # Returns a list.
 730
 731     my ( @html );
 732
 733     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 734     push @html, section_export_pdf( $cookie );
 735
 736     return wantarray ? @html : \@html;
 737 }
 738
 739
 740 sub page_export_svg
 741 {
 742     # Martin A. Hansen, March 2010.
 743
 744     # Renders the export SVG page.
 745
 746     my ( $cookie,
 747        ) = @_;
 748
 749     # Returns a list.
 750
 751     my ( @html );
 752
 753     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 754     push @html, section_export_svg( $cookie );
 755
 756     return wantarray ? @html : \@html;
 757 }
 758
 759
 760 sub page_clade
 761 {
 762     # Martin A. Hansen, March 2010.
 763
 764     # Renders the clade selection page.
 765
 766     my ( $cookie,   # cookie hash
 767        ) = @_;
 768
 769     # Returns a list.
 770
 771     my ( @html );
 772
 773     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 774     push @html, section_clade( $cookie );
 775
 776     return wantarray ? @html : \@html;
 777 }
 778
 779
 780 sub page_genome
 781 {
 782     # Martin A. Hansen, March 2010.
 783
 784     # Renders the genome selection page.
 785
 786     my ( $cookie,   # cookie hash
 787        ) = @_;
 788
 789     # Returns a list.
 790
 791     my ( @html );
 792
 793     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 794     push @html, section_genome( $cookie );
 795
 796     return wantarray ? @html : \@html;
 797 }
 798
 799
 800 sub page_assembly
 801 {
 802     # Martin A. Hansen, March 2010.
 803
 804     # Renders the clade selection page.
 805
 806     my ( $cookie,   # cookie hash
 807        ) = @_;
 808
 809     # Returns a list.
 810
 811     my ( @html );
 812
 813     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 814     push @html, section_assembly( $cookie );
 815
 816     return wantarray ? @html : \@html;
 817 }
 818
 819
 820 sub page_contig
 821 {
 822     # Martin A. Hansen, November 2009.
 823
 824     # Renders the browse page.
 825
 826     my ( $cookie,   # cookie hash
 827        ) = @_;
 828
 829     # Returns a list.
 830
 831     my ( @html );
 832
 833     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 834     push @html, section_contig( $cookie );
 835
 836     return wantarray ? @html : \@html;
 837 }
 838
 839
 840 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> SECTIONS <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 841
 842
 843 sub section_login
 844 {
 845     # Martin A. Hansen, December 2009.
 846
 847     # Returns a HTML section with a login menu.
 848
 849     my ( $cookie,   # cookie hash
 850        ) = @_;
 851
 852     # Returns a list.
 853
 854     my ( $user, $password, $login, @html );
 855
 856     $user     = Maasha::XHTML::text( name => "user", value => "", size => 20 );
 857     $password = Maasha::XHTML::password( name => "password", value => "", size => 20 );
 858     $login    = Maasha::XHTML::submit( name => "login_submit", value => "Login" );
 859
 860     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Login", class => 'center' );
 861
 862     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Login table", align => 'center' );
 863     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ "User:", $user ] );
 864     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ "Password:", $password ] );
 865     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ "", $login ] );
 866     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 867
 868     if ( defined $cookie->{ 'CLADE' }     and
 869          defined $cookie->{ 'GENOME' }    and
 870          defined $cookie->{ 'ASSEMBLY' }  and
 871          defined $cookie->{ 'CONTIG' }    and
 872          defined $cookie->{ 'NAV_START' } and
 873          defined $cookie->{ 'NAV_END' }
 874     )
 875     {
 876         push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "clade",     value => $cookie->{ 'CLADE' } ) );
 877         push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "genome",    value => $cookie->{ 'GENOME' } ) );
 878         push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "assembly",  value => $cookie->{ 'ASSEMBLY' } ) );
 879         push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "contig",    value => $cookie->{ 'CONTIG' } ) );
 880         push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "nav_start", value => $cookie->{ 'NAV_START' } ) );
 881         push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "nav_end",   value => $cookie->{ 'NAV_END' } ) );
 882     }
 883
 884     if ( $cookie->{ 'LOGIN_ERROR' } ) {
 885         push @html, Maasha::XHTML::h3( txt => "Bad user or password - please retry", class => 'error' );
 886     }
 887
 888     return wantarray ? @html : \@html;
 889 }
 890
 891
 892 sub section_taxonomy_table
 893 {
 894     # Martin A. Hansen, November 2009.
 895
 896     # Returns a HTML section with a taxonomy table
 897     # showing the location in the taxonomy and with
 898     # links to browse the taxonomy.
 899
 900     my ( $cookie,   # cookie hash
 901        ) = @_;
 902
 903     # Returns a list.
 904
 905     my ( $page, @row, @html, $href, $txt );
 906
 907     foreach $page ( @{ $cookie->{ 'LIST_PAGES' } } )
 908     {
 909         last if $page eq $cookie->{ 'PAGE' } or $page eq 'browse';
 910
 911         $href  = "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=$page";
 912         $href .= "&session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }";
 913         $href .= "&user=$cookie->{ 'USER' }";
 914         $href .= "&clade=$cookie->{ 'CLADE' }"       if $page !~ /clade/;
 915         $href .= "&genome=$cookie->{ 'GENOME' }"     if $page !~ /clade|genome/;
 916         $href .= "&assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }" if $page !~ /clade|genome|assembly/;
 917         $href .= "&contig=$cookie->{ 'CONTIG' }"     if $page !~ /clade|genome|assembly|contig/;
 918
 919         $txt = ": $cookie->{ uc $page }";
 920
 921         push @row, Maasha::XHTML::ln( txt => $page, href => $href, class => 'inline' );
 922         push @row, Maasha::XHTML::p(  txt => $txt, class => 'inline' );
 923     }
 924
 925     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Taxonomy table", align => 'center', cellpadding => '5px' );
 926     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ join( "\n", @row ) ], align => 'center' );
 927     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 928
 929     return wantarray ? @html : \@html;
 930 }
 931
 932
 933 sub section_clade
 934 {
 935     # Martin A. Hansen, March 2010.
 936
 937     # Returns a HTML section with clade selection choices
 938     # for navigating the taxonomy tree.
 939
 940     my ( $cookie,   # cookie hash
 941        ) = @_;
 942
 943     # Returns a list.
 944
 945     my ( @html, $clade, $href );
 946
 947     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Select clade", class => 'center' );
 948
 949     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Taxonomy select table", align => 'center', cellpadding => '5px' );
 950
 951     foreach $clade ( @{ $cookie->{ 'LIST_CLADE' } } )
 952     {
 953         $href  = "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=genome";
 954         $href .= "&session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }";
 955         $href .= "&user=$cookie->{ 'USER' }";
 956         $href .= "&clade=$clade";
 957
 958         push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ Maasha::XHTML::ln( txt => $clade, href => $href ) ] );
 959     }
 960
 961     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 962
 963     return wantarray ? @html : \@html;
 964 }
 965
 966
 967 sub section_genome
 968 {
 969     # Martin A. Hansen, March 2010.
 970
 971     # Returns a HTML section with genome selection choices
 972     # for navigating the taxonomy tree.
 973
 974     my ( $cookie,   # cookie hash
 975        ) = @_;
 976
 977     # Returns a list.
 978
 979     my ( @html, $genome, $href );
 980
 981     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Select genome", class => 'center' );
 982
 983     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Taxonomy select table", align => 'center', cellpadding => '5px' );
 984
 985     foreach $genome ( @{ $cookie->{ 'LIST_GENOME' } } )
 986     {
 987         $href  = "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=assembly";
 988         $href .= "&session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }";
 989         $href .= "&user=$cookie->{ 'USER' }";
 990         $href .= "&clade=$cookie->{ 'CLADE' }";
 991         $href .= "&genome=$genome";
 992
 993         push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ Maasha::XHTML::ln( txt => $genome, href => $href ) ] );
 994     }
 995
 996     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 997
 998     return wantarray ? @html : \@html;
 999 }
1000
1001
1002 sub section_assembly
1003 {
1004     # Martin A. Hansen, March 2010.
1005
1006     # Returns a HTML section with assembly selection choices
1007     # for navigating the taxonomy tree.
1008
1009     my ( $cookie,   # cookie hash
1010        ) = @_;
1011
1012     # Returns a list.
1013
1014     my ( @html, $assembly, $href );
1015
1016     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Select assembly", class => 'center' );
1017
1018     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Taxonomy select table", align => 'center', cellpadding => '5px' );
1019
1020     foreach $assembly ( @{ $cookie->{ 'LIST_ASSEMBLY' } } )
1021     {
1022         $href  = "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=contig";
1023         $href .= "&session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }";
1024         $href .= "&user=$cookie->{ 'USER' }";
1025         $href .= "&clade=$cookie->{ 'CLADE' }";
1026         $href .= "&genome=$cookie->{ 'GENOME' }";
1027         $href .= "&assembly=$assembly";
1028
1029         push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ Maasha::XHTML::ln( txt => $assembly, href => $href ) ] );
1030     }
1031
1032     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
1033
1034     return wantarray ? @html : \@html;
1035 }
1036
1037
1038 sub section_contig
1039 {
1040     # Martin A. Hansen, March 2010.
1041
1042     # Returns a HTML section with contig selection choices
1043     # for navigating the taxonomy tree.
1044
1045     my ( $cookie,   # cookie hash
1046        ) = @_;
1047
1048     # Returns a list.
1049
1050     my ( @html, $contig, $href );
1051
1052     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Select contig", class => 'center' );
1053
1054     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Taxonomy select table", align => 'center', cellpadding => '5px' );
1055
1056     foreach $contig ( @{ $cookie->{ 'LIST_CONTIG' } } )
1057     {
1058         $href  = "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=browse";
1059         $href .= "&session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }";
1060         $href .= "&user=$cookie->{ 'USER' }";
1061         $href .= "&clade=$cookie->{ 'CLADE' }";
1062         $href .= "&genome=$cookie->{ 'GENOME' }";
1063         $href .= "&assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }";
1064         $href .= "&contig=$contig";
1065
1066         push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ Maasha::XHTML::ln( txt => $contig, href => $href ) ] );
1067     }
1068
1069     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
1070
1071     return wantarray ? @html : \@html;
1072 }
1073
1074
1075 sub section_navigate
1076 {
1077     # Martin A. Hansen, November 2009.
1078
1079     # Returns a HTML section for navigating in the browser window.
1080
1081     my ( $cookie,   # cookie hash
1082        ) = @_;
1083
1084     # Returns a list.
1085
1086     my ( @html, $nav_val );
1087
1088     $nav_val = Maasha::Calc::commify( $cookie->{ 'NAV_START' } ) . "-" . Maasha::Calc::commify( $cookie->{ 'NAV_END' } );
1089
1090     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Navigation table", align => 'center' );
1091     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [
1092         "Position or search term:",
1093         Maasha::XHTML::text( name => "nav_search", value => $nav_val, size => 30 ),
1094         Maasha::XHTML::submit( name => "nav_submit", value => "Submit" ),
1095     ] );
1096     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
1097
1098     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Zoom table", align => 'center' );
1099     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [
1100         Maasha::XHTML::p( txt => 'Move:' ),
1101         Maasha::XHTML::submit( name => "move_left3",  value => "<<<", title => "move 95% to the left" ),
1102         Maasha::XHTML::submit( name => "move_left2",  value => "<<",  title => "move 47.5% to the left" ),
1103         Maasha::XHTML::submit( name => "move_left1",  value => "<",   title => "move 10% to the left" ),
1104         Maasha::XHTML::submit( name => "move_right1", value => ">",   title => "move 10% to the rigth" ),
1105         Maasha::XHTML::submit( name => "move_right2", value => ">>",  title => "move 47.5% to the rigth" ),
1106         Maasha::XHTML::submit( name => "move_right3", value => ">>>", title => "move 95% to the right" ),
1107         Maasha::XHTML::p( txt => 'Zoom in:' ),
1108         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_in1", value => "1.5x" ),
1109         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_in2", value => "3x" ),
1110         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_in3", value => "10x" ),
1111         Maasha::XHTML::p( txt => 'Zoom out:' ),
1112         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_out1", value => "1.5x" ),
1113         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_out2", value => "3x" ),
1114         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_out3", value => "10x" ),
1115     ] );
1116     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
1117
1118     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "page",     value => "browse" ) );
1119     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "user",     value => $cookie->{ 'USER' } ) );
1120     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "clade",    value => $cookie->{ 'CLADE' } ) );
1121     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "genome",   value => $cookie->{ 'GENOME' } ) );
1122     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "assembly", value => $cookie->{ 'ASSEMBLY' } ) );
1123     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "contig",   value => $cookie->{ 'CONTIG' } ) );
1124
1125     return wantarray ? @html : \@html;
1126 }
1127
1128
1129 sub section_linkout
1130 {
1131     # Martin A. Hansen, March 2010.
1132
1133     # Returns a HTML section for a static link based on information in the cookie.
1134
1135     my ( $cookie,   # cookie hash
1136        ) = @_;
1137
1138     # Returns a list.
1139
1140     my ( $link_out, $link_pdf, $link_svg, @html );
1141
1142     $link_out = Maasha::XHTML::ln(
1143         txt  => 'link',
1144         href => join( "&", "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=browse",
1145                            "clade=$cookie->{ 'CLADE' }",
1146                            "genome=$cookie->{ 'GENOME' }",
1147                            "assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }",
1148                            "contig=$cookie->{ 'CONTIG' }",
1149                            "nav_start=$cookie->{ 'NAV_START' }",
1150                            "nav_end=$cookie->{ 'NAV_END' }",
1151               ),
1152         title  => "Static link to this view",
1153     );
1154
1155     $link_pdf = Maasha::XHTML::ln(
1156         txt  => 'PDF',
1157         href => join( "&", "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=export_pdf",
1158                            "session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }",
1159                            "user=$cookie->{ 'USER' }",
1160                            "clade=$cookie->{ 'CLADE' }",
1161                            "genome=$cookie->{ 'GENOME' }",
1162                            "assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }",
1163                            "contig=$cookie->{ 'CONTIG' }",
1164                            "nav_start=$cookie->{ 'NAV_START' }",
1165                            "nav_end=$cookie->{ 'NAV_END' }",
1166               ),
1167         title  => "Export view in PDF",
1168     );
1169
1170     $link_svg = Maasha::XHTML::ln(
1171         txt  => 'SVG',
1172         href => join( "&", "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=export_svg",
1173                            "session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }",
1174                            "user=$cookie->{ 'USER' }",
1175                            "clade=$cookie->{ 'CLADE' }",
1176                            "genome=$cookie->{ 'GENOME' }",
1177                            "assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }",
1178                            "contig=$cookie->{ 'CONTIG' }",
1179                            "nav_start=$cookie->{ 'NAV_START' }",
1180                            "nav_end=$cookie->{ 'NAV_END' }",
1181               ),
1182         title  => "Export view in SVG",
1183     );
1184
1185     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => "$link_out $link_pdf $link_svg", class => 'center' );
1186
1187     return wantarray ? @html : \@html;
1188 }
1189
1190
1191 sub section_browse
1192 {
1193     my ( $cookie,
1194        ) = @_;
1195
1196     # Returns a list.
1197
1198     my ( @track_list, $i, @tracks, $track, $elem, $png_data, @html, @img, $x1, $y1, $x2, $y2, $factor, $center );
1199
1200     push @tracks, [ Maasha::BGB::Track::track_ruler( $cookie ) ];
1201     push @tracks, [ Maasha::BGB::Track::track_seq( $cookie ) ];
1202
1203     @track_list = Maasha::BGB::Track::list_track_dir( $cookie->{ 'USER' }, $cookie->{ 'CLADE' }, $cookie->{ 'GENOME' }, $cookie->{ 'ASSEMBLY' }, $cookie->{ 'CONTIG' } );
1204
1205     for ( $i = 0; $i < @track_list; $i++ )
1206     {
1207         $cookie->{ 'FEAT_COLOR' } = Maasha::BGB::Draw::palette( $i );
1208
1209         push @tracks, [ Maasha::BGB::Track::track_feature( $track_list[ $i ], $cookie ) ];
1210     }
1211
1212     unshift @tracks, [ Maasha::BGB::Track::track_grid( $cookie ) ];
1213
1214     $png_data = Maasha::BGB::Draw::render_png( $cookie->{ 'IMG_WIDTH' }, $cookie->{ 'TRACK_OFFSET' }, \@tracks );
1215
1216     push @img, Maasha::XHTML::img(
1217         src    => "data:image/png;base64,$png_data",
1218         alt    => "Browser Tracks",
1219         height => $cookie->{ 'TRACK_OFFSET' },
1220         width  => $cookie->{ 'IMG_WIDTH' },
1221         id     => "browser_map",
1222         usemap => "#browser_map"
1223     );
1224
1225     push @img, Maasha::XHTML::map_beg( name => "browser_map", id => "browser_map" );
1226
1227     $factor = ( $cookie->{ 'NAV_END' } - $cookie->{ 'NAV_START' } + 1 ) / $cookie->{ 'IMG_WIDTH' };
1228
1229     for ( $i = 0; $i < $cookie->{ 'IMG_WIDTH' }; $i += 5 )
1230     {
1231         $x1 = $i;
1232         $y1 = 10;
1233         $x2 = $i + 5;
1234         $y2 = 20;
1235
1236         $center = int( $cookie->{ 'NAV_START' } + $factor * $i );
1237
1238         push @img, Maasha::XHTML::area(
1239             href   => join( "&", "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=browse",
1240                                  "session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }",
1241                                  "user=$cookie->{ 'USER' }",
1242                                  "clade=$cookie->{ 'CLADE' }",
1243                                  "genome=$cookie->{ 'GENOME' }",
1244                                  "assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }",
1245                                  "contig=$cookie->{ 'CONTIG' }",
1246                                  "nav_start=$cookie->{ 'NAV_START' }",
1247                                  "nav_end=$cookie->{ 'NAV_END' }",
1248                                  "nav_center=$center",
1249                       ),
1250             shape  => 'rect',
1251             coords => "$x1, $y1, $x2, $y2",
1252             title  => "Center on " . Maasha::Calc::commify( $center ),
1253         );
1254     }
1255
1256     foreach $track ( @tracks )
1257     {
1258         foreach $elem ( @{ $track } )
1259         {
1260             next if $elem->{ 'type' } =~ /grid|text|wiggle/;
1261
1262             if ( $elem->{ 'type' } eq 'track_name' )
1263             {
1264                 $x1 = $elem->{ 'x1' };
1265                 $y1 = $elem->{ 'y1' } - 10;
1266                 $x2 = $elem->{ 'x1' } + 6 * length $elem->{ 'txt' };
1267                 $y2 = $elem->{ 'y1' };
1268
1269                 if ( Maasha::BGB::Track::track_hide( $cookie, $elem->{ 'track' } ) )
1270                 {
1271                     push @img, Maasha::XHTML::area(
1272                         href   => join( "&", "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=browse",
1273                                              "session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }",
1274                                              "user=$cookie->{ 'USER' }",
1275                                              "clade=$cookie->{ 'CLADE' }",
1276                                              "genome=$cookie->{ 'GENOME' }",
1277                                              "assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }",
1278                                              "contig=$cookie->{ 'CONTIG' }",
1279                                              "track=$elem->{ 'track' }",
1280                                   ),
1281                         shape  => 'rect',
1282                         coords => "$x1, $y1, $x2, $y2",
1283                         title  => qq(Show track: $elem->{ 'txt' }),
1284                     );
1285                 }
1286                 else
1287                 {
1288                     push @img, Maasha::XHTML::area(
1289                         href   => join( "&", "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=browse",
1290                                              "session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }",
1291                                              "user=$cookie->{ 'USER' }",
1292                                              "clade=$cookie->{ 'CLADE' }",
1293                                              "genome=$cookie->{ 'GENOME' }",
1294                                              "assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }",
1295                                              "contig=$cookie->{ 'CONTIG' }",
1296                                              "track=$elem->{ 'track' }",
1297                                   ),
1298                         shape  => 'rect',
1299                         coords => "$x1, $y1, $x2, $y2",
1300                         title  => qq(Hide track: $elem->{ 'txt' }),
1301                     );
1302                 }
1303             }
1304             else
1305             {
1306                 push @img, Maasha::XHTML::area(
1307                     href     => join( "&", "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=export",
1308                                            "session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }",
1309                                            "user=$cookie->{ 'USER' }",
1310                                            "clade=$cookie->{ 'CLADE' }",
1311                                            "genome=$cookie->{ 'GENOME' }",
1312                                            "assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }",
1313                                            "contig=$cookie->{ 'CONTIG' }",
1314                                            "s_beg=$elem->{ 's_beg' }",
1315                                            "s_end=$elem->{ 's_end' }",
1316                                            "strand=$elem->{ 'strand' }",
1317                                            "q_id=$elem->{ 'q_id' }",
1318                               ),
1319                     shape  => 'rect',
1320                     coords => "$elem->{ x1 }, $elem->{ y1 }, $elem->{ x2 }, $elem->{ y2 }",
1321                     title  => "$elem->{ 'title' }",
1322                 );
1323             }
1324         }
1325     }
1326
1327     push @img, Maasha::XHTML::map_end();
1328
1329     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => join( "\n", @img ) );
1330
1331     @html = Maasha::XHTML::div( txt => join( "\n", @html ), class => 'browse' );
1332
1333     return wantarray ? @html : \@html;
1334 }
1335
1336
1337 sub section_export
1338 {
1339     # Martin A. Hansen, November 2009.
1340
1341     # Returns a HTML section with export table.
1342
1343     my ( $cookie,   # cookie hash
1344        ) = @_;
1345
1346     # Returns a list.
1347
1348     my ( $feat, @row_dna_contig, @html );
1349
1350     $feat = $cookie->{ 'Q_ID' } || "[no name]";
1351
1352     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::p( txt => qq(Export Feature: "$feat" DNA from Contig: ), class => 'inline' );
1353     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::p( txt  => "$cookie->{ 'CONTIG' } Start: ", class => 'inline' );
1354     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::text( name => "s_beg", value => Maasha::Calc::commify( $cookie->{ 'S_BEG' } ), size => 15 );
1355     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::p( txt => "End: ", class => 'inline' );
1356     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::text( name => "s_end", value => Maasha::Calc::commify( $cookie->{ 'S_END' } ), size => 15 );
1357     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::p( txt => "Strand: ", class => 'inline' );
1358     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::menu( name => "strand", options => [ qw( + - ) ], selected => $cookie->{ 'STRAND' } );
1359     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::submit( name => "export", value => "Export", title => "Fetch DNA from this region" );
1360
1361     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Export", class => 'center' );
1362     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Taxonomy select table", align => 'center' );
1363     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => \@row_dna_contig );
1364     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
1365
1366     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "page",     value => "dna" ) );
1367     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "user",     value => $cookie->{ 'USER' } ) );
1368     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "clade",    value => $cookie->{ 'CLADE' } ) );
1369     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "genome",   value => $cookie->{ 'GENOME' } ) );
1370     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "assembly", value => $cookie->{ 'ASSEMBLY' } ) );
1371     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "contig",   value => $cookie->{ 'CONTIG' } ) );
1372
1373     return wantarray ? @html : \@html;
1374 }
1375
1376
1377 sub section_export_pdf
1378 {
1379     # Martin A. Hansen, March 2010.
1380
1381     # Returns a HTML section with export table.
1382
1383     my ( $cookie,   # cookie hash
1384        ) = @_;
1385
1386     # Returns a list.
1387
1388     my ( @tracks, @track_list, $i, $file, @html );
1389
1390     push @tracks, [ Maasha::BGB::Track::track_ruler( $cookie ) ];
1391     push @tracks, [ Maasha::BGB::Track::track_seq( $cookie ) ];
1392
1393     @track_list = Maasha::BGB::Track::list_track_dir( $cookie->{ 'USER' }, $cookie->{ 'CLADE' }, $cookie->{ 'GENOME' }, $cookie->{ 'ASSEMBLY' }, $cookie->{ 'CONTIG' } );
1394
1395     for ( $i = 0; $i < @track_list; $i++ )
1396     {
1397         $cookie->{ 'FEAT_COLOR' } = Maasha::BGB::Draw::palette( $i );
1398
1399         push @tracks, [ Maasha::BGB::Track::track_feature( $track_list[ $i ], $cookie ) ];
1400     }
1401
1402     unshift @tracks, [ Maasha::BGB::Track::track_grid( $cookie ) ];
1403
1404     $file = "$cookie->{ 'SESSION_DIR' }/$cookie->{ 'USER' }/BGB_export.pdf";
1405
1406     Maasha::BGB::Draw::render_pdf_file( $file, $cookie->{ 'IMG_WIDTH' }, $cookie->{ 'TRACK_OFFSET' }, \@tracks );
1407
1408     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::ln( txt => "BGB_export.pdf", href => $file ), class => 'center' );
1409
1410     return wantarray ? @html : \@html;
1411 }
1412
1413
1414 sub section_export_svg
1415 {
1416     # Martin A. Hansen, March 2010.
1417
1418     # Export view in SVG format.
1419
1420     my ( $cookie,   # cookie hash
1421        ) = @_;
1422
1423     # Returns a list.
1424
1425     my ( @tracks, @track_list, $i, $file, @html );
1426
1427     push @tracks, [ Maasha::BGB::Track::track_ruler( $cookie ) ];
1428     push @tracks, [ Maasha::BGB::Track::track_seq( $cookie ) ];
1429
1430     @track_list = Maasha::BGB::Track::list_track_dir( $cookie->{ 'USER' }, $cookie->{ 'CLADE' }, $cookie->{ 'GENOME' }, $cookie->{ 'ASSEMBLY' }, $cookie->{ 'CONTIG' } );
1431
1432     for ( $i = 0; $i < @track_list; $i++ )
1433     {
1434         $cookie->{ 'FEAT_COLOR' } = Maasha::BGB::Draw::palette( $i );
1435
1436         push @tracks, [ Maasha::BGB::Track::track_feature( $track_list[ $i ], $cookie ) ];
1437     }
1438
1439     unshift @tracks, [ Maasha::BGB::Track::track_grid( $cookie ) ];
1440
1441     $file = "$cookie->{ 'SESSION_DIR' }/$cookie->{ 'USER' }/BGB_export.svg";
1442
1443     Maasha::BGB::Draw::render_svg_file( $file, $cookie->{ 'IMG_WIDTH' }, $cookie->{ 'TRACK_OFFSET' }, \@tracks );
1444
1445     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::ln( txt => "BGB_export.svg", href => $file ), class => 'center' );
1446
1447     return wantarray ? @html : \@html;
1448 }
1449
1450
1451 sub section_search
1452 {
1453     # Martin A. Hansen, November 2009.
1454
1455     # Returns a HTML section with export table.
1456
1457     my ( $cookie,   # cookie hash
1458        ) = @_;
1459
1460     # Returns a list.
1461
1462     my ( $results, $result, $count, @html, $export, $browse );
1463
1464     $results = Maasha::BGB::Track::search_tracks( $cookie );
1465
1466     $count = scalar @{ $results };
1467
1468     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Search", class => 'center' );
1469     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => qq(Results for "$cookie->{ 'SEARCH' }": $count), class => 'center' );
1470
1471     if ( $count > 0 )
1472     {
1473         push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Search table", align => 'center', cellpadding => '5px' );
1474         push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ qw( S_ID S_BEG S_END Q_ID SCORE STRAND HITS ALIGN BLOCK_COUNT BLOCK_BEGS BLOCK_LENS BLOCK_TYPE) ] );
1475
1476         foreach $result ( @{ $results } )
1477         {
1478             $cookie->{ 'CONTIG' }    = $result->{ 'S_ID' };
1479             $cookie->{ 'NAV_START' } = $result->{ 'S_BEG' };
1480             $cookie->{ 'NAV_END' }   = $result->{ 'S_END' };
1481             $cookie->{ 'S_BEG' }     = $result->{ 'S_BEG' };
1482             $cookie->{ 'S_END' }     = $result->{ 'S_END' };
1483             $cookie->{ 'STRAND' }    = $result->{ 'STRAND' };
1484             $cookie->{ 'Q_ID' }      = $result->{ 'Q_ID' };
1485
1486             $browse = Maasha::XHTML::ln(
1487                 txt  => "browse",
1488                 href => join( "&", "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=browse",
1489                                    "session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }",
1490                                    "user=$cookie->{ 'USER' }",
1491                                    "clade=$cookie->{ 'CLADE' }",
1492                                    "genome=$cookie->{ 'GENOME' }",
1493                                    "assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }",
1494                                    "contig=$cookie->{ 'CONTIG' }",
1495                                    "nav_start=$cookie->{ 'NAV_START' }",
1496                                    "nav_end=$cookie->{ 'NAV_END' }",
1497                 ),
1498             );
1499
1500
1501             $export = Maasha::XHTML::ln(
1502                 txt  => "export",
1503                 href => join( "&", "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=export",
1504                                    "session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }",
1505                                    "user=$cookie->{ 'USER' }",
1506                                    "clade=$cookie->{ 'CLADE' }",
1507                                    "genome=$cookie->{ 'GENOME' }",
1508                                    "assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }",
1509                                    "contig=$cookie->{ 'CONTIG' }",
1510                                    "s_beg=$cookie->{ 'S_BEG' }",
1511                                    "s_end=$cookie->{ 'S_END' }",
1512                                    "strand=$cookie->{ 'STRAND' }",
1513                 ),
1514             );
1515
1516             push @html, Maasha::XHTML::table_row_advanced(
1517                 tr => [ { td => $result->{ 'S_ID' } },
1518                         { td => $result->{ 'S_BEG' }, align => 'right' },
1519                         { td => $result->{ 'S_END' }, align => 'right' },
1520                         { td => $result->{ 'Q_ID' } },
1521                         { td => $result->{ 'SCORE' }, align => 'right' },
1522                         { td => $result->{ 'STRAND' } },
1523                         { td => $result->{ 'HITS' }, align => 'right' },
1524                         { td => $result->{ 'ALIGN' } },
1525                         { td => $result->{ 'BLOCK_COUNT' }, align => 'right' },
1526                         { td => $result->{ 'BLOCK_BEGS' } },
1527                         { td => $result->{ 'BLOCK_LENS' } },
1528                         { td => $result->{ 'BLOCK_TYPE' } },
1529                         { td => $browse },
1530                         { td => $export },
1531                 ], class => "monospace"
1532             );
1533         }
1534
1535         push @html, Maasha::XHTML::table_end;
1536     }
1537
1538     return wantarray ? @html : \@html;
1539 }
1540
1541
1542 sub section_dna
1543 {
1544     # Martin A. Hansen, November 2009.
1545
1546     # Returns a HTML section with extracted DNA.
1547
1548     my ( $cookie,   # cookie hash
1549        ) = @_;
1550
1551     # Returns a list.
1552
1553     my ( @html, $beg, $end, $seq );
1554
1555     $beg = $cookie->{ 'S_BEG' };
1556     $end = $cookie->{ 'S_END' };
1557     $beg =~ tr/,//d;
1558     $end =~ tr/,//d;
1559
1560     $seq = join ";", ">$cookie->{ 'GENOME' }", $cookie->{ 'ASSEMBLY' }, $cookie->{ 'CONTIG' }, $beg, $end, "$cookie->{ 'STRAND' }\n";
1561     $seq .= Maasha::BGB::Track::dna_get( $cookie );
1562
1563     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "DNA", class => 'center' );
1564     push @html, Maasha::XHTML::pre( txt => $seq );
1565
1566     return wantarray ? @html : \@html;
1567 }
1568
1569
1570 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1571
1572
1573 __END__