www/index.cgi

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2006-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 use strict;
  24 use warnings;
  25
  26 use lib $ENV{ 'BP_PERL' };
  27
  28 use CGI;
  29 use URI::Escape;
  30 use Data::Dumper;
  31 use Digest::MD5;
  32 use Maasha::Common;
  33 use Maasha::Filesys;
  34 use Maasha::Calc;
  35 use Maasha::XHTML;
  36 use Maasha::BGB::Session;
  37 use Maasha::BGB::Track;
  38 use Maasha::BGB::Draw;
  39
  40 my ( $cgi, $cookie, @html );
  41
  42 $cgi    = new CGI;
  43 $cookie = cookie_default( $cgi );;
  44
  45 push @html, Maasha::XHTML::html_header(
  46     cgi_header  => 1,
  47     title       => 'Biopieces Genome Browser',
  48     css_file    => 'bgb.css',
  49     author      => 'Martin A. Hansen, mail@maasha.dk',
  50     description => 'Biopieces Genome Browser',
  51     keywords    => [ qw( Biopieces biopiece genome browser viewer bacterium bacteria prokaryote prokaryotes ) ],
  52     no_cache    => 1,
  53 );
  54
  55 push @html, Maasha::XHTML::h1( txt => "Biopieces Genome Browser", class => 'center' );
  56 push @html, Maasha::XHTML::form_beg( action => $cookie->{ 'SCRIPT' }, method => "post", enctype => "multipart/form-data" );
  57
  58 push @html, page( $cookie );
  59
  60 push @html, Maasha::XHTML::form_end;
  61 push @html, Maasha::XHTML::body_end;
  62 push @html, Maasha::XHTML::html_end;
  63
  64 # push @html, Maasha::XHTML::hdump( { $cgi->Vars } );  # DEBUG
  65 # push @html, Maasha::XHTML::hdump( $cookie );         # DEBUG
  66 # push @html, Maasha::XHTML::hdump( \%ENV );           # DEBUG
  67
  68 print "$_\n" foreach @html;
  69
  70
  71 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> SUBROUTINES <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  72
  73
  74 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> COOKIE <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  75
  76
  77 sub cookie_default
  78 {
  79     # Martin A. Hansen, November 2009.
  80
  81     # Set a cookie with values from the CGI object or defaults.
  82
  83     my ( $cgi,   # CGI object
  84        ) = @_;
  85
  86     # Returns a hash.
  87
  88     my ( $cookie, $session );
  89
  90     $cookie = {};
  91
  92     if ( $cgi->param( 'nav_search' ) )
  93     {
  94         if ( $cgi->param( 'nav_search' ) =~ /([0-9,]+)[ -]([0-9,]+)/ )
  95         {
  96             $cookie->{ 'NAV_START' } = $1;
  97             $cookie->{ 'NAV_END' }   = $2;
  98         }
  99         else
 100         {
 101             $cookie->{ 'SEARCH' } = $cgi->param( 'nav_search' );
 102
 103             $cgi->param( 'page', 'search' );
 104         }
 105     }
 106
 107     $cookie->{ 'SCRIPT' }          = Maasha::Common::get_scriptname();
 108     $cookie->{ 'DATA_DIR' }        = "Data";
 109     $cookie->{ 'SESSION_DIR' }     = "Sessions";
 110     $cookie->{ 'LIST_PAGES' }      = [ qw( clade genome assembly contig browse ) ];
 111     $cookie->{ 'USER' }            = $cgi->param( 'user' );
 112     $cookie->{ 'PASSWORD' }        = $cgi->param( 'password' );
 113     $cookie->{ 'SESSION_ID' }      = $cgi->param( 'session_id' );
 114
 115     $session = session_restore( $cookie );
 116
 117     cookie_login( $cookie );
 118
 119     # session_id_check( $cookie, $session );
 120
 121     if ( $cookie->{ 'LOGIN_ERROR' } or $cookie->{ 'SESSION_ERROR' } )
 122     {
 123         $cookie->{ 'PAGE' } = 'login';
 124     }
 125     elsif ( $cookie->{ 'LOGIN' } )
 126     {
 127         if ( $cgi->param( 'genome' ) ) {
 128             $cookie->{ 'PAGE' } = 'browse';
 129         } else {
 130             $cookie->{ 'PAGE' } = $session->{ 'PAGE' } || 'clade';
 131         }
 132     }
 133     elsif ( not defined $cookie->{ 'USER' } )
 134     {
 135         $cookie->{ 'PAGE' } = 'login';
 136     }
 137     else
 138     {
 139          $cookie->{ 'PAGE' } = $cgi->param( 'page' ) || 'login';
 140     }
 141
 142     $cookie->{ 'CLADE' }           = $cgi->param( 'clade' )       || $session->{ 'CLADE' };
 143     $cookie->{ 'GENOME' }          = $cgi->param( 'genome' )      || $session->{ 'GENOME' };
 144     $cookie->{ 'ASSEMBLY' }        = $cgi->param( 'assembly' )    || $session->{ 'ASSEMBLY' };
 145     $cookie->{ 'CONTIG' }          = $cgi->param( 'contig' )      || $session->{ 'CONTIG' };
 146     $cookie->{ 'Q_ID' }            = $cgi->param( 'q_id' )        || $session->{ 'Q_ID' };
 147     $cookie->{ 'NAV_START' }       = defined $cgi->param( 'nav_start' ) ? $cgi->param( 'nav_start' ) : $session->{ 'NAV_START' };
 148     $cookie->{ 'NAV_END' }         = $cgi->param( 'nav_end' )     || $session->{ 'NAV_END' };
 149     $cookie->{ 'NAV_CENTER' }      = $cgi->param( 'nav_center' );
 150     $cookie->{ 'S_BEG' }           = $cgi->param( 's_beg' )       || $session->{ 'S_BEG' };
 151     $cookie->{ 'S_END' }           = $cgi->param( 's_end' )       || $session->{ 'S_END' };
 152     $cookie->{ 'STRAND' }          = $cgi->param( 'strand' )      || $session->{ 'STRAND' };
 153     $cookie->{ 'ZOOM_IN1' }        = $cgi->param( 'zoom_in1' );
 154     $cookie->{ 'ZOOM_IN2' }        = $cgi->param( 'zoom_in2' );
 155     $cookie->{ 'ZOOM_IN3' }        = $cgi->param( 'zoom_in3' );
 156     $cookie->{ 'ZOOM_OUT1' }       = $cgi->param( 'zoom_out1' );
 157     $cookie->{ 'ZOOM_OUT2' }       = $cgi->param( 'zoom_out2' );
 158     $cookie->{ 'ZOOM_OUT3' }       = $cgi->param( 'zoom_out3' );
 159     $cookie->{ 'MOVE_LEFT1' }      = $cgi->param( 'move_left1' );
 160     $cookie->{ 'MOVE_LEFT2' }      = $cgi->param( 'move_left2' );
 161     $cookie->{ 'MOVE_LEFT3' }      = $cgi->param( 'move_left3' );
 162     $cookie->{ 'MOVE_RIGHT1' }     = $cgi->param( 'move_right1' );
 163     $cookie->{ 'MOVE_RIGHT2' }     = $cgi->param( 'move_right2' );
 164     $cookie->{ 'MOVE_RIGHT3' }     = $cgi->param( 'move_right3' );
 165
 166     $cookie->{ 'IMG_WIDTH' }       = 1200;   # Width of browser image in pixels
 167     $cookie->{ 'IMG_HEIGHT' }      = 800;    # Height of browser image in pixels
 168     $cookie->{ 'WIGGLE_HEIGHT' }   = 75;     # Height of Wiggle tracks in pixels
 169     $cookie->{ 'TRACK_OFFSET' }    = 20;
 170     $cookie->{ 'TRACK_SPACE' }     = 20;
 171     $cookie->{ 'RULER_FONT_SIZE' } = 10;     # Size of ruler font in pixels
 172     $cookie->{ 'RULER_COLOR' }     = [ 0, 0, 0 ];
 173     $cookie->{ 'SEQ_FONT_SIZE' }   = 10;
 174     $cookie->{ 'SEQ_COLOR' }       = [ 0, 0, 0, ];
 175     $cookie->{ 'FEAT_WIDTH' }      = 5;
 176     $cookie->{ 'FEAT_COLOR' }      = [ 0, 0, 0 ];
 177     $cookie->{ 'FEAT_MAX' }        = 5000;   # TODO: Reduntant?
 178
 179 #    $cookie->{ 'LIST_USER' }       = Maasha::BGB::Track::list_users();  # TODO: Redundant?
 180
 181     if ( $cookie->{ 'USER' } and not $cookie->{ 'LOGIN_ERROR' } )
 182     {
 183         $cookie->{ 'LIST_CLADE' }      = Maasha::BGB::Track::list_clades(     $cookie->{ 'USER' } );
 184         $cookie->{ 'LIST_GENOME' }     = Maasha::BGB::Track::list_genomes(    $cookie->{ 'USER' }, $cookie->{ 'CLADE' } );
 185         $cookie->{ 'LIST_ASSEMBLY' }   = Maasha::BGB::Track::list_assemblies( $cookie->{ 'USER' }, $cookie->{ 'CLADE' }, $cookie->{ 'GENOME' } );
 186         $cookie->{ 'LIST_CONTIG' }     = Maasha::BGB::Track::list_contigs(    $cookie->{ 'USER' }, $cookie->{ 'CLADE' }, $cookie->{ 'GENOME' }, $cookie->{ 'ASSEMBLY' } );
 187
 188         if ( $cookie->{ 'CONTIG' } )
 189         {
 190             cookie_start( $cookie );
 191             cookie_end( $cookie );
 192             cookie_zoom( $cookie );
 193             cookie_move( $cookie );
 194             cookie_center( $cookie );
 195         }
 196     }
 197
 198     $cookie->{ 'STRAND' } = '+' if defined $cookie->{ 'STRAND' } and $cookie->{ 'STRAND' } eq ' ';   # FIXME ugly HTML fix
 199
 200     session_store( $cookie, $session );
 201
 202     return wantarray ? %{ $cookie } : $cookie;
 203 }
 204
 205
 206 sub session_restore
 207 {
 208     # Martin A. Hansen, March 2010.
 209
 210     # Restores session and returns this.
 211
 212     my ( $cookie,   # cookie hash
 213        ) = @_;
 214
 215     # Returns hashref.
 216
 217     my ( $session );
 218
 219     if ( defined $cookie->{ 'USER' } and -d "$cookie->{ 'SESSION_DIR' }/$cookie->{ 'USER' }" ) {
 220         $session = Maasha::BGB::Session::session_restore( "$cookie->{ 'SESSION_DIR' }/$cookie->{ 'USER' }/session.json" );
 221     }
 222
 223     return wantarray ? %{ $session } : $session;
 224 }
 225
 226
 227 sub session_store
 228 {
 229     # Martin A. Hansen, March 2010.
 230
 231     # Store a session updated with cookie information to session file.
 232
 233     my ( $cookie,    # cookie hash
 234          $session,   # session hash
 235        ) = @_;
 236
 237     # Returns nothing.
 238
 239     my ( $new_session );
 240
 241     if ( defined $cookie->{ 'USER' } and $cookie->{ 'USER' } ne '' and -d "$cookie->{ 'SESSION_DIR' }/$cookie->{ 'USER' }" )
 242     {
 243         $new_session->{ 'PASSWORD' }   = $session->{ 'PASSWORD' };
 244         $new_session->{ 'SESSION_ID' } = $session->{ 'SESSION_ID' };
 245         $new_session->{ 'TIME' }       = Maasha::Common::time_stamp();
 246         $new_session->{ 'PAGE' }       = $cookie->{ 'PAGE' };
 247
 248         if ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'browse' )
 249         {
 250             $new_session->{ 'CLADE' }     = $cookie->{ 'CLADE' };
 251             $new_session->{ 'GENOME' }    = $cookie->{ 'GENOME' };
 252             $new_session->{ 'ASSEMBLY' }  = $cookie->{ 'ASSEMBLY' };
 253             $new_session->{ 'CONTIG' }    = $cookie->{ 'CONTIG' };
 254             $new_session->{ 'NAV_START' } = $cookie->{ 'NAV_START' };
 255             $new_session->{ 'NAV_END' }   = $cookie->{ 'NAV_END' };
 256         }
 257         elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'contig' )
 258         {
 259             $new_session->{ 'CLADE' }     = $cookie->{ 'CLADE' };
 260             $new_session->{ 'GENOME' }    = $cookie->{ 'GENOME' };
 261             $new_session->{ 'ASSEMBLY' }  = $cookie->{ 'ASSEMBLY' };
 262         }
 263         elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'assembly' )
 264         {
 265             $new_session->{ 'CLADE' }     = $cookie->{ 'CLADE' };
 266             $new_session->{ 'GENOME' }    = $cookie->{ 'GENOME' };
 267         }
 268         elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'genome' )
 269         {
 270             $new_session->{ 'CLADE' }     = $cookie->{ 'CLADE' };
 271         }
 272         elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'export' )
 273         {
 274             $new_session->{ 'CLADE' }     = $cookie->{ 'CLADE' };
 275             $new_session->{ 'GENOME' }    = $cookie->{ 'GENOME' };
 276             $new_session->{ 'ASSEMBLY' }  = $cookie->{ 'ASSEMBLY' };
 277             $new_session->{ 'CONTIG' }    = $cookie->{ 'CONTIG' };
 278             $new_session->{ 'Q_ID' }      = $cookie->{ 'Q_ID' };
 279             $new_session->{ 'S_BEG' }     = $cookie->{ 'S_BEG' };
 280             $new_session->{ 'S_END' }     = $cookie->{ 'S_END' };
 281             $new_session->{ 'STRAND' }    = $cookie->{ 'STRAND' };
 282         }
 283
 284         Maasha::BGB::Session::session_store( "$cookie->{ 'SESSION_DIR' }/$cookie->{ 'USER' }/session.json", $new_session );
 285     }
 286 }
 287
 288
 289 sub session_id_check
 290 {
 291     # Martin A. Hansen, March 2010.
 292
 293     # Check that the session id in the cookie and session match.
 294     # Sets SESSION_ERROR flag in cookie if not matching.
 295
 296     my ( $cookie,    # cookie hash
 297          $session,   # session hash
 298        ) = @_;
 299
 300     # Returns nothing.
 301
 302     if ( defined $cookie->{ 'SESSION_ID' } and defined $session->{ 'SESSION_ID' } )
 303     {
 304         if ( $cookie->{ 'SESSION_ID' } ne $session->{ 'SESSION_ID' } ) {
 305             $cookie->{ 'SESSION_ERROR' } = 1;
 306         } else {
 307             $cookie->{ 'SESSION_ERROR' } = 0;
 308         }
 309     }
 310 }
 311
 312
 313 sub cookie_login
 314 {
 315     # Martin A. Hansen, December 2009.
 316
 317     # Check a user and password from CGI against the password file and
 318     # set the session ID, if found, in the cookie.
 319
 320     my ( $cookie,   # cookie hash
 321        ) = @_;
 322
 323     # Returns nothing.
 324
 325     my ( $session );
 326
 327     if ( defined $cookie->{ 'PASSWORD' } )
 328     {
 329         if ( defined $cookie->{ 'USER' } and -d "$cookie->{ 'SESSION_DIR' }/$cookie->{ 'USER' }" )
 330         {
 331             $session = Maasha::BGB::Session::session_restore( "$cookie->{ 'SESSION_DIR' }/$cookie->{ 'USER' }/session.json" );
 332
 333             if ( $session->{ 'PASSWORD' } eq Digest::MD5::md5_hex( $cookie->{ 'PASSWORD' } ) )
 334             {
 335                 $cookie->{ 'TIME' }          = Maasha::Common::time_stamp();
 336                 $cookie->{ 'SESSION_ID' }  ||= Maasha::BGB::Session::session_new();
 337                 $cookie->{ 'LOGIN' }         = 1;
 338                 $cookie->{ 'LOGIN_ERROR' }   = 0;
 339             }
 340             else
 341             {
 342                 $cookie->{ 'LOGIN_ERROR' } = 1;
 343             }
 344         }
 345         else
 346         {
 347             $cookie->{ 'LOGIN_ERROR' } = 1;
 348         }
 349     }
 350 }
 351
 352
 353 sub cookie_start
 354 {
 355     # Martin A. Hansen, November 2009.
 356
 357     # Decommify the cookie value for NAV_START and adjust it to
 358     # to prevent negative values.
 359
 360     my ( $cookie,   # cookie hash
 361        ) = @_;
 362
 363     # Returns nothing.
 364
 365     if ( defined $cookie->{ 'NAV_START' } )
 366     {
 367         $cookie->{ 'NAV_START' } =~ tr/,//d;
 368         $cookie->{ 'NAV_START' } = 0 if $cookie->{ 'NAV_START' } < 0;
 369     }
 370     else
 371     {
 372         $cookie->{ 'NAV_START' } = 0;
 373     }
 374 }
 375
 376
 377 sub cookie_end
 378 {
 379     # Martin A. Hansen, November 2009.
 380
 381     # Decommify the cookie value for NAV_END and adjust it to prevent
 382     # overshooting the max value for the contig size as determined
 383     # from the cookie.
 384
 385     my ( $cookie,   # cookie hash
 386        ) = @_;
 387
 388     # Returns nothing.
 389
 390     my ( $max );
 391
 392     $max = Maasha::Filesys::file_size( Maasha::BGB::Track::path_seq( $cookie ) );
 393
 394     if ( defined $cookie->{ 'NAV_END' } )
 395     {
 396         $cookie->{ 'NAV_END' } =~ tr/,//d;
 397         $cookie->{ 'NAV_END' } = $max if $cookie->{ 'NAV_END' } > $max;
 398     }
 399     else
 400     {
 401         $cookie->{ 'NAV_END' } = $max;
 402     }
 403 }
 404
 405
 406 sub cookie_zoom
 407 {
 408     # Martin A. Hansen, November 2009.
 409
 410     # Adjust the cookie values for NAV_START and NAV_END based
 411     # on cookie ZOOM values.
 412
 413     my ( $cookie,   # cookie hash
 414        ) = @_;
 415
 416     # Returns nothing.
 417
 418     my ( $max, $dist, $new_dist, $dist_diff );
 419
 420     $max = Maasha::Filesys::file_size( Maasha::BGB::Track::path_seq( $cookie ) );
 421
 422     $dist = $cookie->{ 'NAV_END' } - $cookie->{ 'NAV_START' };
 423
 424     if ( defined $cookie->{ 'ZOOM_IN1' } ) {
 425         $new_dist = $dist / 1.5;
 426     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_IN2' } ) {
 427         $new_dist = $dist / 3;
 428     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_IN3' } ) {
 429         $new_dist = $dist / 10;
 430     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_OUT1' } ) {
 431         $new_dist = $dist * 1.5;
 432     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_OUT2' } ) {
 433         $new_dist = $dist * 3;
 434     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_OUT3' } ) {
 435         $new_dist = $dist * 10;
 436     }
 437
 438     if ( $new_dist )
 439     {
 440         $dist_diff = $dist - $new_dist;
 441
 442         $cookie->{ 'NAV_START' } = int( $cookie->{ 'NAV_START' } + ( $dist_diff / 2 ) );
 443         $cookie->{ 'NAV_END' }   = int( $cookie->{ 'NAV_END' }   - ( $dist_diff / 2 ) );
 444
 445         $cookie->{ 'NAV_START' } = 0    if $cookie->{ 'NAV_START' } < 0;
 446         $cookie->{ 'NAV_END' }   = $max if $cookie->{ 'NAV_END' } > $max;
 447     }
 448 }
 449
 450
 451 sub cookie_move
 452 {
 453     # Martin A. Hansen, November 2009.
 454
 455     # Adjust the cookie values for NAV_START and NAV_END based
 456     # on cookie MOVE values.
 457
 458     my ( $cookie,   # cookie hash
 459        ) = @_;
 460
 461     # Returns nothing.
 462
 463     my ( $max, $dist, $shift, $new_start, $new_end );
 464
 465     $max = Maasha::Filesys::file_size( Maasha::BGB::Track::path_seq( $cookie ) );
 466
 467     $dist = $cookie->{ 'NAV_END' } - $cookie->{ 'NAV_START' };
 468
 469     if ( defined $cookie->{ 'MOVE_LEFT1' } ) {
 470         $shift = -1 * $dist * 0.10;
 471     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_LEFT2' } ) {
 472         $shift = -1 * $dist * 0.475;
 473     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_LEFT3' } ) {
 474         $shift = -1 * $dist * 0.95;
 475     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_RIGHT1' } ) {
 476         $shift = $dist * 0.10;
 477     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_RIGHT2' } ) {
 478         $shift = $dist * 0.475;
 479     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_RIGHT3' } ) {
 480         $shift = $dist * 0.95;
 481     }
 482
 483     if ( $shift )
 484     {
 485         $new_start = int( $cookie->{ 'NAV_START' } + $shift );
 486         $new_end   = int( $cookie->{ 'NAV_END' }   + $shift );
 487
 488         if ( $new_start > 0 and $new_end < $max )
 489         {
 490             $cookie->{ 'NAV_START' } = $new_start;
 491             $cookie->{ 'NAV_END' }   = $new_end;
 492         }
 493     }
 494 }
 495
 496
 497 sub cookie_center
 498 {
 499     # Martin A. Hansen, March 2010
 500
 501     # Adjust the cookie values for NAV_START and NAV_END based
 502     # on cookie CENTER value if defined.
 503
 504     my ( $cookie,   # cookie hash
 505        ) = @_;
 506
 507     # Returns nothing.
 508
 509     my ( $l_dist, $r_dist );
 510
 511     if ( defined $cookie->{ 'NAV_CENTER' } )
 512     {
 513         $l_dist = $cookie->{ 'NAV_CENTER' } - $cookie->{ 'NAV_START' };
 514         $r_dist = $cookie->{ 'NAV_END' } - $cookie->{ 'NAV_CENTER' };
 515
 516         if ( $l_dist > $r_dist ) {
 517             $cookie->{ 'NAV_START' } = $cookie->{ 'NAV_END' } - 2 * $r_dist;
 518         } else {
 519             $cookie->{ 'NAV_END' } = $cookie->{ 'NAV_START' } + 2 * $l_dist;
 520         }
 521     }
 522 }
 523
 524
 525 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> PAGES <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 526
 527
 528 sub page
 529 {
 530     # Martin A. Hansen, November 2009.
 531
 532     # Determines what page to render based on
 533     # the cookie's PAGE setting.
 534
 535     my ( $cookie,   # cookie hash
 536        ) = @_;
 537
 538     # Returns a list.
 539
 540     my ( @html );
 541
 542     if ( $cookie->{ 'SESSION_ID' } ) {
 543         push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "session_id", value => $cookie->{ 'SESSION_ID' } ) );
 544     }
 545
 546     if ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'login' ) {
 547         push @html, page_login( $cookie );
 548     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'search' ) {
 549         push @html, page_search( $cookie );
 550     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'browse' ) {
 551         push @html, page_browse( $cookie );
 552     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'dna' ) {
 553         push @html, page_dna( $cookie );
 554     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'export' ) {
 555         push @html, page_export( $cookie );
 556     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'clade' ) {
 557         push @html, page_clade( $cookie );
 558     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'genome' ) {
 559         push @html, page_genome( $cookie );
 560     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'assembly' ) {
 561         push @html, page_assembly( $cookie );
 562     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'contig' ) {
 563         push @html, page_contig( $cookie );
 564     }
 565
 566     return wantarray ? @html : \@html;
 567 }
 568
 569
 570 sub page_login
 571 {
 572     # Martin A. Hansen, December 2009.
 573
 574     # Renders the login page.
 575
 576     my ( $cookie,
 577        ) = @_;
 578
 579     # Returns a list.
 580
 581     my ( @html );
 582
 583     push @html, section_login( $cookie );
 584
 585     return wantarray ? @html : \@html;
 586 }
 587
 588
 589 sub page_search
 590 {
 591     # Martin A. Hansen, December 2009.
 592
 593     # Renders the search page.
 594
 595     my ( $cookie,
 596        ) = @_;
 597
 598     # Returns a list.
 599
 600     my ( @html );
 601
 602     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 603     push @html, section_search( $cookie );
 604
 605     return wantarray ? @html : \@html;
 606 }
 607
 608
 609 sub page_browse
 610 {
 611     # Martin A. Hansen, November 2009.
 612
 613     # Renders the browse page.
 614
 615     my ( $cookie,
 616        ) = @_;
 617
 618     # Returns a list.
 619
 620     my ( @html );
 621
 622     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 623     push @html, section_navigate( $cookie );
 624     push @html, section_browse( $cookie );
 625     push @html, section_linkout( $cookie );
 626
 627     return wantarray ? @html : \@html;
 628 }
 629
 630
 631 sub page_dna
 632 {
 633     # Martin A. Hansen, November 2009.
 634
 635     # Renders the DNA page.
 636
 637     my ( $cookie,
 638        ) = @_;
 639
 640     # Returns a list.
 641
 642     my ( @html );
 643
 644     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 645     push @html, section_dna( $cookie );
 646
 647     return wantarray ? @html : \@html;
 648 }
 649
 650
 651 sub page_export
 652 {
 653     # Martin A. Hansen, November 2009.
 654
 655     # Renders the export page.
 656
 657     my ( $cookie,
 658        ) = @_;
 659
 660     # Returns a list.
 661
 662     my ( @html );
 663
 664     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 665     push @html, section_export( $cookie );
 666
 667     return wantarray ? @html : \@html;
 668 }
 669
 670
 671 sub page_clade
 672 {
 673     # Martin A. Hansen, March 2010.
 674
 675     # Renders the clade selection page.
 676
 677     my ( $cookie,   # cookie hash
 678        ) = @_;
 679
 680     # Returns a list.
 681
 682     my ( @html );
 683
 684     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 685     push @html, section_clade( $cookie );
 686
 687     return wantarray ? @html : \@html;
 688 }
 689
 690
 691 sub page_genome
 692 {
 693     # Martin A. Hansen, March 2010.
 694
 695     # Renders the genome selection page.
 696
 697     my ( $cookie,   # cookie hash
 698        ) = @_;
 699
 700     # Returns a list.
 701
 702     my ( @html );
 703
 704     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 705     push @html, section_genome( $cookie );
 706
 707     return wantarray ? @html : \@html;
 708 }
 709
 710
 711 sub page_assembly
 712 {
 713     # Martin A. Hansen, March 2010.
 714
 715     # Renders the clade selection page.
 716
 717     my ( $cookie,   # cookie hash
 718        ) = @_;
 719
 720     # Returns a list.
 721
 722     my ( @html );
 723
 724     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 725     push @html, section_assembly( $cookie );
 726
 727     return wantarray ? @html : \@html;
 728 }
 729
 730
 731 sub page_contig
 732 {
 733     # Martin A. Hansen, November 2009.
 734
 735     # Renders the browse page.
 736
 737     my ( $cookie,   # cookie hash
 738        ) = @_;
 739
 740     # Returns a list.
 741
 742     my ( @html );
 743
 744     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 745     push @html, section_contig( $cookie );
 746
 747     return wantarray ? @html : \@html;
 748 }
 749
 750
 751 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> SECTIONS <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 752
 753
 754 sub section_login
 755 {
 756     # Martin A. Hansen, December 2009.
 757
 758     # Returns a HTML section with a login menu.
 759
 760     my ( $cookie,   # cookie hash
 761        ) = @_;
 762
 763     # Returns a list.
 764
 765     my ( $user, $password, $login, @html );
 766
 767     $user     = Maasha::XHTML::text( name => "user", value => "", size => 20 );
 768     $password = Maasha::XHTML::password( name => "password", value => "", size => 20 );
 769     $login    = Maasha::XHTML::submit( name => "login_submit", value => "Login" );
 770
 771     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Login", class => 'center' );
 772
 773     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Login table", align => 'center' );
 774     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ "User:", $user ] );
 775     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ "Password:", $password ] );
 776     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ "", $login ] );
 777     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 778
 779     if ( defined $cookie->{ 'CLADE' }     and
 780          defined $cookie->{ 'GENOME' }    and
 781          defined $cookie->{ 'ASSEMBLY' }  and
 782          defined $cookie->{ 'CONTIG' }    and
 783          defined $cookie->{ 'NAV_START' } and
 784          defined $cookie->{ 'NAV_END' }
 785     )
 786     {
 787         push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "clade",     value => $cookie->{ 'CLADE' } ) );
 788         push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "genome",    value => $cookie->{ 'GENOME' } ) );
 789         push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "assembly",  value => $cookie->{ 'ASSEMBLY' } ) );
 790         push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "contig",    value => $cookie->{ 'CONTIG' } ) );
 791         push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "nav_start", value => $cookie->{ 'NAV_START' } ) );
 792         push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "nav_end",   value => $cookie->{ 'NAV_END' } ) );
 793     }
 794
 795     if ( $cookie->{ 'LOGIN_ERROR' } ) {
 796         push @html, Maasha::XHTML::h3( txt => "Bad user or password - please retry", class => 'error' );
 797     }
 798
 799     return wantarray ? @html : \@html;
 800 }
 801
 802
 803 sub section_taxonomy_table
 804 {
 805     # Martin A. Hansen, November 2009.
 806
 807     # Returns a HTML section with a taxonomy table
 808     # showing the location in the taxonomy and with
 809     # links to browse the taxonomy.
 810
 811     my ( $cookie,   # cookie hash
 812        ) = @_;
 813
 814     # Returns a list.
 815
 816     my ( $page, @row, @html, $href, $txt );
 817
 818     foreach $page ( @{ $cookie->{ 'LIST_PAGES' } } )
 819     {
 820         last if $page eq $cookie->{ 'PAGE' } or $page eq 'browse';
 821
 822         $href  = "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=$page";
 823         $href .= "&session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }";
 824         $href .= "&user=$cookie->{ 'USER' }";
 825         $href .= "&clade=$cookie->{ 'CLADE' }"       if $page !~ /clade/;
 826         $href .= "&genome=$cookie->{ 'GENOME' }"     if $page !~ /clade|genome/;
 827         $href .= "&assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }" if $page !~ /clade|genome|assembly/;
 828         $href .= "&contig=$cookie->{ 'CONTIG' }"     if $page !~ /clade|genome|assembly|contig/;
 829
 830         $txt = ": $cookie->{ uc $page }";
 831
 832         push @row, Maasha::XHTML::ln( txt => $page, href => $href, class => 'inline' );
 833         push @row, Maasha::XHTML::p(  txt => $txt, class => 'inline' );
 834     }
 835
 836     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Taxonomy table", align => 'center', cellpadding => '5px' );
 837     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ join( "\n", @row ) ], align => 'center' );
 838     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 839
 840     return wantarray ? @html : \@html;
 841 }
 842
 843
 844 sub section_clade
 845 {
 846     # Martin A. Hansen, March 2010.
 847
 848     # Returns a HTML section with clade selection choices
 849     # for navigating the taxonomy tree.
 850
 851     my ( $cookie,   # cookie hash
 852        ) = @_;
 853
 854     # Returns a list.
 855
 856     my ( @html, $clade, $href );
 857
 858     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Select clade", class => 'center' );
 859
 860     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Taxonomy select table", align => 'center', cellpadding => '5px' );
 861
 862     foreach $clade ( @{ $cookie->{ 'LIST_CLADE' } } )
 863     {
 864         $href  = "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=genome";
 865         $href .= "&session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }";
 866         $href .= "&user=$cookie->{ 'USER' }";
 867         $href .= "&clade=$clade";
 868
 869         push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ Maasha::XHTML::ln( txt => $clade, href => $href ) ] );
 870     }
 871
 872     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 873
 874     return wantarray ? @html : \@html;
 875 }
 876
 877
 878 sub section_genome
 879 {
 880     # Martin A. Hansen, March 2010.
 881
 882     # Returns a HTML section with genome selection choices
 883     # for navigating the taxonomy tree.
 884
 885     my ( $cookie,   # cookie hash
 886        ) = @_;
 887
 888     # Returns a list.
 889
 890     my ( @html, $genome, $href );
 891
 892     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Select genome", class => 'center' );
 893
 894     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Taxonomy select table", align => 'center', cellpadding => '5px' );
 895
 896     foreach $genome ( @{ $cookie->{ 'LIST_GENOME' } } )
 897     {
 898         $href  = "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=assembly";
 899         $href .= "&session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }";
 900         $href .= "&user=$cookie->{ 'USER' }";
 901         $href .= "&clade=$cookie->{ 'CLADE' }";
 902         $href .= "&genome=$genome";
 903
 904         push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ Maasha::XHTML::ln( txt => $genome, href => $href ) ] );
 905     }
 906
 907     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 908
 909     return wantarray ? @html : \@html;
 910 }
 911
 912
 913 sub section_assembly
 914 {
 915     # Martin A. Hansen, March 2010.
 916
 917     # Returns a HTML section with assembly selection choices
 918     # for navigating the taxonomy tree.
 919
 920     my ( $cookie,   # cookie hash
 921        ) = @_;
 922
 923     # Returns a list.
 924
 925     my ( @html, $assembly, $href );
 926
 927     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Select assembly", class => 'center' );
 928
 929     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Taxonomy select table", align => 'center', cellpadding => '5px' );
 930
 931     foreach $assembly ( @{ $cookie->{ 'LIST_ASSEMBLY' } } )
 932     {
 933         $href  = "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=contig";
 934         $href .= "&session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }";
 935         $href .= "&user=$cookie->{ 'USER' }";
 936         $href .= "&clade=$cookie->{ 'CLADE' }";
 937         $href .= "&genome=$cookie->{ 'GENOME' }";
 938         $href .= "&assembly=$assembly";
 939
 940         push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ Maasha::XHTML::ln( txt => $assembly, href => $href ) ] );
 941     }
 942
 943     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 944
 945     return wantarray ? @html : \@html;
 946 }
 947
 948
 949 sub section_contig
 950 {
 951     # Martin A. Hansen, March 2010.
 952
 953     # Returns a HTML section with contig selection choices
 954     # for navigating the taxonomy tree.
 955
 956     my ( $cookie,   # cookie hash
 957        ) = @_;
 958
 959     # Returns a list.
 960
 961     my ( @html, $contig, $href );
 962
 963     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Select contig", class => 'center' );
 964
 965     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Taxonomy select table", align => 'center', cellpadding => '5px' );
 966
 967     foreach $contig ( @{ $cookie->{ 'LIST_CONTIG' } } )
 968     {
 969         $href  = "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=browse";
 970         $href .= "&session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }";
 971         $href .= "&user=$cookie->{ 'USER' }";
 972         $href .= "&clade=$cookie->{ 'CLADE' }";
 973         $href .= "&genome=$cookie->{ 'GENOME' }";
 974         $href .= "&assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }";
 975         $href .= "&contig=$contig";
 976
 977         push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ Maasha::XHTML::ln( txt => $contig, href => $href ) ] );
 978     }
 979
 980     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 981
 982     return wantarray ? @html : \@html;
 983 }
 984
 985
 986 sub section_navigate
 987 {
 988     # Martin A. Hansen, November 2009.
 989
 990     # Returns a HTML section for navigating in the browser window.
 991
 992     my ( $cookie,   # cookie hash
 993        ) = @_;
 994
 995     # Returns a list.
 996
 997     my ( @html, $nav_val );
 998
 999     $nav_val = Maasha::Calc::commify( $cookie->{ 'NAV_START' } ) . "-" . Maasha::Calc::commify( $cookie->{ 'NAV_END' } );
1000
1001     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Navigation table", align => 'center' );
1002     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [
1003         "Position or search term:",
1004         Maasha::XHTML::text( name => "nav_search", value => $nav_val, size => 30 ),
1005         Maasha::XHTML::submit( name => "nav_submit", value => "Submit" ),
1006     ] );
1007     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
1008
1009     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Zoom table", align => 'center' );
1010     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [
1011         Maasha::XHTML::p( txt => 'Move:' ),
1012         Maasha::XHTML::submit( name => "move_left3",  value => "<<<", title => "move 95% to the left" ),
1013         Maasha::XHTML::submit( name => "move_left2",  value => "<<",  title => "move 47.5% to the left" ),
1014         Maasha::XHTML::submit( name => "move_left1",  value => "<",   title => "move 10% to the left" ),
1015         Maasha::XHTML::submit( name => "move_right1", value => ">",   title => "move 10% to the rigth" ),
1016         Maasha::XHTML::submit( name => "move_right2", value => ">>",  title => "move 47.5% to the rigth" ),
1017         Maasha::XHTML::submit( name => "move_right3", value => ">>>", title => "move 95% to the right" ),
1018         Maasha::XHTML::p( txt => 'Zoom in:' ),
1019         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_in1", value => "1.5x" ),
1020         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_in2", value => "3x" ),
1021         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_in3", value => "10x" ),
1022         Maasha::XHTML::p( txt => 'Zoom out:' ),
1023         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_out1", value => "1.5x" ),
1024         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_out2", value => "3x" ),
1025         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_out3", value => "10x" ),
1026     ] );
1027     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
1028
1029     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "page",     value => "browse" ) );
1030     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "user",     value => $cookie->{ 'USER' } ) );
1031     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "clade",    value => $cookie->{ 'CLADE' } ) );
1032     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "genome",   value => $cookie->{ 'GENOME' } ) );
1033     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "assembly", value => $cookie->{ 'ASSEMBLY' } ) );
1034     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "contig",   value => $cookie->{ 'CONTIG' } ) );
1035
1036     return wantarray ? @html : \@html;
1037 }
1038
1039
1040 sub section_linkout
1041 {
1042     # Martin A. Hansen, March 2010.
1043
1044     # Returns a HTML section for a static link based on information in the cookie.
1045
1046     my ( $cookie,   # cookie hash
1047        ) = @_;
1048
1049     # Returns a list.
1050
1051     my ( $link, @html );
1052
1053     $link = Maasha::XHTML::ln(
1054         txt  => 'link',
1055         href => join( "&", "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=browse",
1056                            "clade=$cookie->{ 'CLADE' }",
1057                            "genome=$cookie->{ 'GENOME' }",
1058                            "assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }",
1059                            "contig=$cookie->{ 'CONTIG' }",
1060                            "nav_start=$cookie->{ 'NAV_START' }",
1061                            "nav_end=$cookie->{ 'NAV_END' }",
1062               ),
1063         title  => "Static link to this view",
1064     );
1065
1066     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => $link, class => 'center' );
1067
1068     return wantarray ? @html : \@html;
1069 }
1070
1071
1072 sub section_browse
1073 {
1074     my ( $cookie,
1075        ) = @_;
1076
1077     # Returns a list.
1078
1079     my ( @tracks, $i, @features, $feat, $elem, $surface, $cr, $png_data, @html, @img, $x1, $y1, $x2, $y2, $factor, $center );
1080
1081     push @features, [ Maasha::BGB::Track::track_ruler( $cookie ) ];
1082     push @features, [ Maasha::BGB::Track::track_seq( $cookie ) ];
1083
1084     @tracks = Maasha::BGB::Track::path_tracks( $cookie );
1085
1086     for ( $i = 0; $i < @tracks; $i++ )
1087     {
1088         $cookie->{ 'FEAT_COLOR' } = Maasha::BGB::Draw::palette( $i );
1089
1090         push @features, [ Maasha::BGB::Track::track_feature( $tracks[ $i ], $cookie ) ];
1091     }
1092
1093     $surface = Cairo::ImageSurface->create( 'argb32', $cookie->{ 'IMG_WIDTH' }, $cookie->{ 'TRACK_OFFSET' } );
1094     $cr      = Cairo::Context->create( $surface );
1095
1096     $cr->rectangle ( 0, 0, $cookie->{ 'IMG_WIDTH' },  $cookie->{ 'TRACK_OFFSET' } );
1097     $cr->set_source_rgb ( 1, 1, 1 );
1098     $cr->fill;
1099
1100     foreach $feat ( @features ) {
1101         Maasha::BGB::Draw::draw_feature( $cr, $feat ) if $feat;
1102     }
1103
1104     $png_data = Maasha::BGB::Draw::base64_png( $surface );
1105
1106     push @img, Maasha::XHTML::img(
1107         src    => "data:image/png;base64,$png_data",
1108         alt    => "Browser Tracks",
1109         height => $cookie->{ 'TRACK_OFFSET' },
1110         width  => $cookie->{ 'IMG_WIDTH' },
1111         id     => "browser_map",
1112         usemap => "#browser_map"
1113     );
1114
1115     push @img, Maasha::XHTML::map_beg( name => "browser_map", id => "browser_map" );
1116
1117     $factor = ( $cookie->{ 'NAV_END' } - $cookie->{ 'NAV_START' } + 1 ) / $cookie->{ 'IMG_WIDTH' };
1118
1119     for ( $i = 0; $i < $cookie->{ 'IMG_WIDTH' }; $i += 5 )
1120     {
1121         $x1 = $i;
1122         $y1 = 10;
1123         $x2 = $i + 5;
1124         $y2 = 20;
1125
1126         $center = int( $cookie->{ 'NAV_START' } + $factor * $i );
1127
1128         push @img, Maasha::XHTML::area(
1129             href     => join( "&", "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=browse",
1130                                    "session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }",
1131                                    "user=$cookie->{ 'USER' }",
1132                                    "clade=$cookie->{ 'CLADE' }",
1133                                    "genome=$cookie->{ 'GENOME' }",
1134                                    "assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }",
1135                                    "contig=$cookie->{ 'CONTIG' }",
1136                                    "nav_start=$cookie->{ 'NAV_START' }",
1137                                    "nav_end=$cookie->{ 'NAV_END' }",
1138                                    "nav_center=$center",
1139                       ),
1140             shape  => 'rect',
1141             coords => "$x1, $y1, $x2, $y2",
1142             title  => "Center on " . Maasha::Calc::commify( $center ),
1143         );
1144     }
1145
1146     foreach $feat ( @features )
1147     {
1148         foreach $elem ( @{ $feat } )
1149         {
1150             next if $elem->{ 'type' } eq 'text';
1151             next if $elem->{ 'type' } eq 'wiggle';
1152
1153             #$elem->{ 'strand' } = '&#43' if $elem->{ 'strand' } eq '+';
1154
1155             $cookie->{ 'Q_ID' }   = $elem->{ 'q_id' };
1156             $cookie->{ 'S_BEG' }  = $elem->{ 's_beg' };
1157             $cookie->{ 'S_END' }  = $elem->{ 's_end' };
1158             $cookie->{ 'STRAND' } = $elem->{ 'strand' };
1159
1160             push @img, Maasha::XHTML::area(
1161                 href     => join( "&", "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=export",
1162                                        "session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }",
1163                                        "user=$cookie->{ 'USER' }",
1164                                        "clade=$cookie->{ 'CLADE' }",
1165                                        "genome=$cookie->{ 'GENOME' }",
1166                                        "assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }",
1167                                        "contig=$cookie->{ 'CONTIG' }",
1168                                        "s_beg=$cookie->{ 'S_BEG' }",
1169                                        "s_end=$cookie->{ 'S_END' }",
1170                                        "strand=$cookie->{ 'STRAND' }",
1171                           ),
1172                 shape  => 'rect',
1173                 coords => "$elem->{ x1 }, $elem->{ y1 }, $elem->{ x2 }, $elem->{ y2 }",
1174                 title  => "$elem->{ 'title' }",
1175             );
1176         }
1177     }
1178
1179     push @img, Maasha::XHTML::map_end();
1180
1181     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => join( "\n", @img ) );
1182
1183     @html = Maasha::XHTML::div( txt => join( "\n", @html ), class => 'browse' );
1184
1185     return wantarray ? @html : \@html;
1186 }
1187
1188
1189 sub section_export
1190 {
1191     # Martin A. Hansen, November 2009.
1192
1193     # Returns a HTML section with export table.
1194
1195     my ( $cookie,   # cookie hash
1196        ) = @_;
1197
1198     # Returns a list.
1199
1200     my ( $feat, @row_dna_contig, @html );
1201
1202     $feat = $cookie->{ 'Q_ID' } || "[no name]";
1203
1204     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::p( txt => qq(Export Feature: "$feat" DNA from Contig: ), class => 'inline' );
1205     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::p( txt  => "$cookie->{ 'CONTIG' } Start: ", class => 'inline' );
1206     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::text( name => "s_beg", value => Maasha::Calc::commify( $cookie->{ 'S_BEG' } ), size => 15 );
1207     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::p( txt => "End: ", class => 'inline' );
1208     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::text( name => "s_end", value => Maasha::Calc::commify( $cookie->{ 'S_END' } ), size => 15 );
1209     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::p( txt => "Strand: ", class => 'inline' );
1210     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::menu( name => "strand", options => [ qw( + - ) ], selected => $cookie->{ 'STRAND' } );
1211     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::submit( name => "export", value => "Export", title => "Fetch DNA from this region" );
1212
1213     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Export", class => 'center' );
1214     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Taxonomy select table", align => 'center' );
1215     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => \@row_dna_contig );
1216     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
1217
1218     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "page",     value => "dna" ) );
1219     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "user",     value => $cookie->{ 'USER' } ) );
1220     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "clade",    value => $cookie->{ 'CLADE' } ) );
1221     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "genome",   value => $cookie->{ 'GENOME' } ) );
1222     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "assembly", value => $cookie->{ 'ASSEMBLY' } ) );
1223     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "contig",   value => $cookie->{ 'CONTIG' } ) );
1224
1225     return wantarray ? @html : \@html;
1226 }
1227
1228
1229 sub section_search
1230 {
1231     # Martin A. Hansen, November 2009.
1232
1233     # Returns a HTML section with export table.
1234
1235     my ( $cookie,   # cookie hash
1236        ) = @_;
1237
1238     # Returns a list.
1239
1240     my ( $results, $result, $count, @html, $export, $browse );
1241
1242     $results = Maasha::BGB::Track::search_tracks( $cookie );
1243
1244     $count = scalar @{ $results };
1245
1246     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Search", class => 'center' );
1247     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => qq(Results for "$cookie->{ 'SEARCH' }": $count), class => 'center' );
1248
1249     if ( $count > 0 )
1250     {
1251         push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Search table", align => 'center', cellpadding => '5px' );
1252         push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ qw( S_ID S_BEG S_END Q_ID SCORE STRAND HITS ALIGN BLOCK_COUNT BLOCK_BEGS BLOCK_LENS BLOCK_TYPE) ] );
1253
1254         foreach $result ( @{ $results } )
1255         {
1256             $cookie->{ 'CONTIG' }    = $result->{ 'S_ID' };
1257             $cookie->{ 'NAV_START' } = $result->{ 'S_BEG' };
1258             $cookie->{ 'NAV_END' }   = $result->{ 'S_END' };
1259             $cookie->{ 'S_BEG' }     = $result->{ 'S_BEG' };
1260             $cookie->{ 'S_END' }     = $result->{ 'S_END' };
1261             $cookie->{ 'STRAND' }    = $result->{ 'STRAND' };
1262             $cookie->{ 'Q_ID' }      = $result->{ 'Q_ID' };
1263
1264             $browse = Maasha::XHTML::ln(
1265                 txt  => "browse",
1266                 href => join( "&", "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=browse",
1267                                    "session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }",
1268                                    "user=$cookie->{ 'USER' }",
1269                                    "clade=$cookie->{ 'CLADE' }",
1270                                    "genome=$cookie->{ 'GENOME' }",
1271                                    "assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }",
1272                                    "contig=$cookie->{ 'CONTIG' }",
1273                                    "nav_start=$cookie->{ 'NAV_START' }",
1274                                    "nav_end=$cookie->{ 'NAV_END' }",
1275                 ),
1276             );
1277
1278
1279             $export = Maasha::XHTML::ln(
1280                 txt  => "export",
1281                 href => join( "&", "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=export",
1282                                    "session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }",
1283                                    "user=$cookie->{ 'USER' }",
1284                                    "clade=$cookie->{ 'CLADE' }",
1285                                    "genome=$cookie->{ 'GENOME' }",
1286                                    "assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }",
1287                                    "contig=$cookie->{ 'CONTIG' }",
1288                                    "s_beg=$cookie->{ 'S_BEG' }",
1289                                    "s_end=$cookie->{ 'S_END' }",
1290                                    "strand=$cookie->{ 'STRAND' }",
1291                 ),
1292             );
1293
1294             push @html, Maasha::XHTML::table_row_advanced(
1295                 tr => [ { td => $result->{ 'S_ID' } },
1296                         { td => $result->{ 'S_BEG' }, align => 'right' },
1297                         { td => $result->{ 'S_END' }, align => 'right' },
1298                         { td => $result->{ 'Q_ID' } },
1299                         { td => $result->{ 'SCORE' }, align => 'right' },
1300                         { td => $result->{ 'STRAND' } },
1301                         { td => $result->{ 'HITS' }, align => 'right' },
1302                         { td => $result->{ 'ALIGN' } },
1303                         { td => $result->{ 'BLOCK_COUNT' }, align => 'right' },
1304                         { td => $result->{ 'BLOCK_BEGS' } },
1305                         { td => $result->{ 'BLOCK_LENS' } },
1306                         { td => $result->{ 'BLOCK_TYPE' } },
1307                         { td => $browse },
1308                         { td => $export },
1309                 ], class => "monospace"
1310             );
1311         }
1312
1313         push @html, Maasha::XHTML::table_end;
1314     }
1315
1316     return wantarray ? @html : \@html;
1317 }
1318
1319
1320 sub section_dna
1321 {
1322     # Martin A. Hansen, November 2009.
1323
1324     # Returns a HTML section with extracted DNA.
1325
1326     my ( $cookie,   # cookie hash
1327        ) = @_;
1328
1329     # Returns a list.
1330
1331     my ( @html, $beg, $end, $seq );
1332
1333     $beg = $cookie->{ 'S_BEG' };
1334     $end = $cookie->{ 'S_END' };
1335     $beg =~ tr/,//d;
1336     $end =~ tr/,//d;
1337
1338     $seq = join ";", ">$cookie->{ 'GENOME' }", $cookie->{ 'ASSEMBLY' }, $cookie->{ 'CONTIG' }, $beg, $end, "$cookie->{ 'STRAND' }\n";
1339     $seq .= Maasha::BGB::Track::dna_get( $cookie );
1340
1341     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "DNA", class => 'center' );
1342     push @html, Maasha::XHTML::pre( txt => $seq );
1343
1344     return wantarray ? @html : \@html;
1345 }
1346
1347
1348 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1349
1350
1351 __END__