www/index.cgi

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2006-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 use strict;
  24 use warnings;
  25
  26 use lib $ENV{ 'BP_PERL' };
  27
  28 use CGI;
  29 use URI::Escape;
  30 use Data::Dumper;
  31 use Digest::MD5;
  32 use Maasha::Common;
  33 use Maasha::Filesys;
  34 use Maasha::Calc;
  35 use Maasha::XHTML;
  36 use Maasha::KISS;
  37 use Maasha::BGB::Session;
  38 use Maasha::BGB::Track;
  39 use Maasha::BGB::Draw;
  40
  41 my ( $cgi, $cookie, @html );
  42
  43 $cgi    = new CGI;
  44 $cookie = cookie_default( $cgi );;
  45
  46 push @html, Maasha::XHTML::html_header(
  47     cgi_header  => 1,
  48     title       => 'Biopieces Genome Browser',
  49     css_file    => 'bgb.css',
  50     author      => 'Martin A. Hansen, mail@maasha.dk',
  51     description => 'Biopieces Genome Browser',
  52     keywords    => [ qw( Biopieces biopiece genome browser viewer bacterium bacteria prokaryote prokaryotes ) ],
  53     no_cache    => 1,
  54 );
  55
  56 push @html, Maasha::XHTML::h1( txt => "Biopieces Genome Browser", class => 'center' );
  57 push @html, Maasha::XHTML::form_beg( action => $cookie->{ 'SCRIPT' }, method => "post", enctype => "multipart/form-data" );
  58
  59 push @html, page( $cookie );
  60
  61 push @html, Maasha::XHTML::form_end;
  62 push @html, Maasha::XHTML::body_end;
  63 push @html, Maasha::XHTML::html_end;
  64
  65 # push @html, Maasha::XHTML::hdump( [ $cgi->Vars ] );  # DEBUG
  66 # push @html, Maasha::XHTML::hdump( \%ENV );           # DEBUG
  67 # push @html, Maasha::XHTML::hdump( $cookie );         # DEBUG
  68
  69 print "$_\n" foreach @html;
  70
  71
  72 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> SUBROUTINES <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  73
  74
  75 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> COOKIE <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  76
  77
  78 sub cookie_default
  79 {
  80     # Martin A. Hansen, November 2009.
  81
  82     # Set a cookie with values from the CGI object or defaults.
  83
  84     my ( $cgi,   # CGI object
  85        ) = @_;
  86
  87     # Returns a hash.
  88
  89     my ( $cookie, $path );
  90
  91     $cookie = {};
  92
  93     if ( $cgi->param( 'nav_search' ) )
  94     {
  95         if ( $cgi->param( 'nav_search' ) =~ /([0-9,]+)[ -]([0-9,]+)/ )
  96         {
  97             $cookie->{ 'NAV_START' } = $1;
  98             $cookie->{ 'NAV_END' }   = $2;
  99         }
 100         else
 101         {
 102             $cookie->{ 'SEARCH' } = $cgi->param( 'nav_search' );
 103
 104             $cgi->param( 'page', 'search' );
 105         }
 106     }
 107
 108     $cookie->{ 'SCRIPT' }          = Maasha::Common::get_scriptname();
 109     $cookie->{ 'DATA_DIR' }        = "Data";
 110     $cookie->{ 'SESSION_DIR' }     = "Sessions";
 111     $cookie->{ 'LIST_PAGES' }      = [ qw( clade genome assembly contig browse ) ];
 112
 113     $cookie->{ 'USER' }            = $cgi->param( 'user' ) || '';
 114     $cookie->{ 'PASSWORD' }        = $cgi->param( 'password' );
 115     $cookie->{ 'SESSION_ID' }      = $cgi->param( 'session_id' );
 116
 117     cookie_session( $cookie );
 118     cookie_login( $cookie );
 119
 120     $cookie->{ 'PAGE' }          ||= $cgi->param( 'page' )     || 'login';
 121     $cookie->{ 'CLADE' }           = $cgi->param( 'clade' )    || '';
 122     $cookie->{ 'GENOME' }          = $cgi->param( 'genome' )   || '';
 123     $cookie->{ 'ASSEMBLY' }        = $cgi->param( 'assembly' ) || '';
 124     $cookie->{ 'CONTIG' }          = $cgi->param( 'contig' )   || '';
 125     $cookie->{ 'Q_ID' }            = $cgi->param( 'q_id' );
 126     $cookie->{ 'NAV_START' }     ||= $cgi->param( 'nav_start' ) || $cgi->param( 's_beg' );  # FIXME this is ugly!
 127     $cookie->{ 'NAV_END' }       ||= $cgi->param( 'nav_end' )   || $cgi->param( 's_end' );
 128     $cookie->{ 'NAV_CENTER' }      = $cgi->param( 'nav_center' );
 129     $cookie->{ 'S_BEG' }           = $cgi->param( 's_beg' );
 130     $cookie->{ 'S_END' }           = $cgi->param( 's_end' );
 131     $cookie->{ 'STRAND' }          = $cgi->param( 'strand' );
 132     $cookie->{ 'ZOOM_IN1' }        = $cgi->param( 'zoom_in1' );
 133     $cookie->{ 'ZOOM_IN2' }        = $cgi->param( 'zoom_in2' );
 134     $cookie->{ 'ZOOM_IN3' }        = $cgi->param( 'zoom_in3' );
 135     $cookie->{ 'ZOOM_OUT1' }       = $cgi->param( 'zoom_out1' );
 136     $cookie->{ 'ZOOM_OUT2' }       = $cgi->param( 'zoom_out2' );
 137     $cookie->{ 'ZOOM_OUT3' }       = $cgi->param( 'zoom_out3' );
 138     $cookie->{ 'MOVE_LEFT1' }      = $cgi->param( 'move_left1' );
 139     $cookie->{ 'MOVE_LEFT2' }      = $cgi->param( 'move_left2' );
 140     $cookie->{ 'MOVE_LEFT3' }      = $cgi->param( 'move_left3' );
 141     $cookie->{ 'MOVE_RIGHT1' }     = $cgi->param( 'move_right1' );
 142     $cookie->{ 'MOVE_RIGHT2' }     = $cgi->param( 'move_right2' );
 143     $cookie->{ 'MOVE_RIGHT3' }     = $cgi->param( 'move_right3' );
 144
 145     $cookie->{ 'IMG_WIDTH' }       = 1200;
 146     $cookie->{ 'IMG_HEIGHT' }      = 800;
 147     $cookie->{ 'TRACK_OFFSET' }    = 20;
 148     $cookie->{ 'TRACK_SPACE' }     = 20;
 149     $cookie->{ 'RULER_FONT_SIZE' } = 10;
 150     $cookie->{ 'RULER_COLOR' }     = [ 0, 0, 0 ];
 151     $cookie->{ 'SEQ_FONT_SIZE' }   = 10;
 152     $cookie->{ 'SEQ_COLOR' }       = [ 0, 0, 0, ];
 153     $cookie->{ 'FEAT_WIDTH' }      = 5;
 154     $cookie->{ 'FEAT_COLOR' }      = [ 0, 0, 0 ];
 155     $cookie->{ 'FEAT_MAX' }        = 5000;
 156
 157     $path = "$cookie->{ 'DATA_DIR' }/Users";
 158
 159     $cookie->{ 'LIST_USER' }       = Maasha::Filesys::ls_dirs_base( $path ) if -d $path;
 160
 161     $path .= "/$cookie->{ 'USER' }";
 162
 163     $cookie->{ 'LIST_CLADE' }      = Maasha::Filesys::ls_dirs_base( $path ) if -d $path;
 164
 165     $path .= "/$cookie->{ 'CLADE' }";
 166
 167     $cookie->{ 'LIST_GENOME' }     = Maasha::Filesys::ls_dirs_base( $path ) if -d $path;
 168
 169     $path .= "/$cookie->{ 'GENOME' }";
 170
 171     $cookie->{ 'LIST_ASSEMBLY' }   = Maasha::Filesys::ls_dirs_base( $path ) if -d $path;
 172
 173     $path .= "/$cookie->{ 'ASSEMBLY' }";
 174
 175     $cookie->{ 'LIST_CONTIG' }     = Maasha::Filesys::ls_dirs_base( $path ) if -d $path;
 176
 177     if ( $cookie->{ 'CONTIG' } )
 178     {
 179         cookie_start( $cookie );
 180         cookie_end( $cookie );
 181         cookie_zoom( $cookie );
 182         cookie_move( $cookie );
 183         cookie_center( $cookie );
 184     }
 185
 186     $cookie->{ 'STRAND' } = '+' if defined $cookie->{ 'STRAND' } and $cookie->{ 'STRAND' } eq ' ';   # FIXME ugly HTML fix
 187
 188     return wantarray ? %{ $cookie } : $cookie;
 189 }
 190
 191
 192 sub cookie_session
 193 {
 194     # Martin A. Hansen, December 2009.
 195
 196     # Check cookie information against session information.
 197
 198     my ( $cookie,   # cookie hash
 199        ) = @_;
 200
 201     # Returns nothing.
 202
 203     my ( $session );
 204
 205     $session = Maasha::BGB::Session::session_restore( "$cookie->{ 'SESSION_DIR' }/sessions.txt" );
 206
 207     # if ( $cookie->{ 'SESSION_ID' } )
 208     # {
 209     #     if ( $cookie->{ 'SESSION_ID' } ne $ENV{ 'SSL_SESSION_ID' } ) {
 210     #         $cookie->{ 'PAGE' } = 'login';
 211     #         print STDERR "HER1"; # DEBUG
 212     #     }
 213     # }
 214     # else
 215     # {
 216     #     $cookie->{ 'PAGE' } = 'login';
 217     #
 218     #     print STDERR "HER2"; # DEBUG
 219     # }
 220
 221     if ( exists $session->{ $cookie->{ 'USER' } } and $cookie->{ 'SESSION_ID' } )
 222     {
 223         if ( $session->{ $cookie->{ 'USER' } }->{ 'SESSION_ID' } ne $cookie->{ 'SESSION_ID' } ) {
 224             $cookie->{ 'PAGE' } = 'login';
 225             print STDERR "HER3"; # DEBUG
 226         }
 227     }
 228     else
 229     {
 230         $cookie->{ 'PAGE' } = 'login';
 231         print STDERR "HER4"; # DEBUG
 232         print STDERR "NO COOKIE SESSION ID\n" if not $cookie->{ 'SESSION_ID' }; # DEBUG
 233         print STDERR "NO COOKIE USER\n" if not $cookie->{ 'USER' }; # DEBUG
 234         print STDERR "NO SESSION USER\n"      if not exists $session->{ $cookie->{ 'USER' } }; # DEBUG
 235     }
 236 }
 237
 238
 239 sub cookie_login
 240 {
 241     # Martin A. Hansen, December 2009.
 242
 243     # Check a user and password from CGI against the password file and
 244     # set the session ID, if found, in the cookie.
 245
 246     my ( $cookie,   # cookie hash
 247        ) = @_;
 248
 249     # Returns nothing.
 250
 251     my ( $session );
 252
 253     if ( $cookie->{ 'USER' } and $cookie->{ 'PASSWORD' } )
 254     {
 255         $session = Maasha::BGB::Session::session_restore( "$cookie->{ 'SESSION_DIR' }/sessions.txt" );
 256
 257         if ( exists $session->{ $cookie->{ 'USER' } } and
 258              $session->{ $cookie->{ 'USER' } }->{ 'PASSWORD' } eq Digest::MD5::md5_hex( $cookie->{ 'PASSWORD' } ) )
 259         {
 260             $session->{ $cookie->{ 'USER' } }->{ 'SESSION_ID' } ||= Maasha::BGB::Session::session_new();
 261             # $session->{ $cookie->{ 'USER' } }->{ 'SESSION_ID' }   = $ENV{ 'SSL_SESSION_ID' };
 262             $session->{ $cookie->{ 'USER' } }->{ 'TIME' }         = Maasha::Common::time_stamp();
 263
 264             $cookie->{ 'SESSION_ID' } = $session->{ $cookie->{ 'USER' } }->{ 'SESSION_ID' };
 265             $cookie->{ 'LOGIN' }      = "OK";
 266             $cookie->{ 'PAGE' }       = 'clade';
 267
 268             Maasha::BGB::Session::session_store( "$cookie->{ 'SESSION_DIR' }/sessions.txt", $session );
 269         }
 270         else
 271         {
 272             $cookie->{ 'LOGIN' } = "ERROR";
 273         }
 274     }
 275 }
 276
 277
 278 sub cookie_start
 279 {
 280     # Martin A. Hansen, November 2009.
 281
 282     # Decommify the cookie value for NAV_START and adjust it to
 283     # to prevent negative values.
 284
 285     my ( $cookie,   # cookie hash
 286        ) = @_;
 287
 288     # Returns nothing.
 289
 290     if ( defined $cookie->{ 'NAV_START' } )
 291     {
 292         $cookie->{ 'NAV_START' } =~ tr/,//d;
 293         $cookie->{ 'NAV_START' } = 0 if $cookie->{ 'NAV_START' } < 0;
 294     }
 295     else
 296     {
 297         $cookie->{ 'NAV_START' } = 0;
 298     }
 299 }
 300
 301
 302 sub cookie_end
 303 {
 304     # Martin A. Hansen, November 2009.
 305
 306     # Decommify the cookie value for NAV_END and adjust it to prevent
 307     # overshooting the max value for the contig size as determined
 308     # from the cookie.
 309
 310     my ( $cookie,   # cookie hash
 311        ) = @_;
 312
 313     # Returns nothing.
 314
 315     my ( $max );
 316
 317     $max = Maasha::Filesys::file_size( Maasha::BGB::Track::path_seq( $cookie ) );
 318
 319     if ( defined $cookie->{ 'NAV_END' } )
 320     {
 321         $cookie->{ 'NAV_END' } =~ tr/,//d;
 322         $cookie->{ 'NAV_END' } = $max if $cookie->{ 'NAV_END' } > $max;
 323     }
 324     else
 325     {
 326         $cookie->{ 'NAV_END' } = $max;
 327     }
 328 }
 329
 330
 331 sub cookie_zoom
 332 {
 333     # Martin A. Hansen, November 2009.
 334
 335     # Adjust the cookie values for NAV_START and NAV_END based
 336     # on cookie ZOOM values.
 337
 338     my ( $cookie,   # cookie hash
 339        ) = @_;
 340
 341     # Returns nothing.
 342
 343     my ( $max, $dist, $new_dist, $dist_diff );
 344
 345     $max = Maasha::Filesys::file_size( Maasha::BGB::Track::path_seq( $cookie ) );
 346
 347     $dist = $cookie->{ 'NAV_END' } - $cookie->{ 'NAV_START' };
 348
 349     if ( defined $cookie->{ 'ZOOM_IN1' } ) {
 350         $new_dist = $dist / 1.5;
 351     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_IN2' } ) {
 352         $new_dist = $dist / 3;
 353     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_IN3' } ) {
 354         $new_dist = $dist / 10;
 355     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_OUT1' } ) {
 356         $new_dist = $dist * 1.5;
 357     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_OUT2' } ) {
 358         $new_dist = $dist * 3;
 359     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_OUT3' } ) {
 360         $new_dist = $dist * 10;
 361     }
 362
 363     if ( $new_dist )
 364     {
 365         $dist_diff = $dist - $new_dist;
 366
 367         $cookie->{ 'NAV_START' } = int( $cookie->{ 'NAV_START' } + ( $dist_diff / 2 ) );
 368         $cookie->{ 'NAV_END' }   = int( $cookie->{ 'NAV_END' }   - ( $dist_diff / 2 ) );
 369
 370         $cookie->{ 'NAV_START' } = 0    if $cookie->{ 'NAV_START' } < 0;
 371         $cookie->{ 'NAV_END' }   = $max if $cookie->{ 'NAV_END' } > $max;
 372     }
 373 }
 374
 375
 376 sub cookie_move
 377 {
 378     # Martin A. Hansen, November 2009.
 379
 380     # Adjust the cookie values for NAV_START and NAV_END based
 381     # on cookie MOVE values.
 382
 383     my ( $cookie,   # cookie hash
 384        ) = @_;
 385
 386     # Returns nothing.
 387
 388     my ( $max, $dist, $shift, $new_start, $new_end );
 389
 390     $max = Maasha::Filesys::file_size( Maasha::BGB::Track::path_seq( $cookie ) );
 391
 392     $dist = $cookie->{ 'NAV_END' } - $cookie->{ 'NAV_START' };
 393
 394     if ( defined $cookie->{ 'MOVE_LEFT1' } ) {
 395         $shift = -1 * $dist * 0.10;
 396     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_LEFT2' } ) {
 397         $shift = -1 * $dist * 0.475;
 398     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_LEFT3' } ) {
 399         $shift = -1 * $dist * 0.95;
 400     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_RIGHT1' } ) {
 401         $shift = $dist * 0.10;
 402     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_RIGHT2' } ) {
 403         $shift = $dist * 0.475;
 404     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_RIGHT3' } ) {
 405         $shift = $dist * 0.95;
 406     }
 407
 408     if ( $shift )
 409     {
 410         $new_start = int( $cookie->{ 'NAV_START' } + $shift );
 411         $new_end   = int( $cookie->{ 'NAV_END' }   + $shift );
 412
 413         if ( $new_start > 0 and $new_end < $max )
 414         {
 415             $cookie->{ 'NAV_START' } = $new_start;
 416             $cookie->{ 'NAV_END' }   = $new_end;
 417         }
 418     }
 419 }
 420
 421
 422 sub cookie_center
 423 {
 424     # Martin A. Hansen, March 2010
 425
 426     # Adjust the cookie values for NAV_START and NAV_END based
 427     # on cookie CENTER value if defined.
 428
 429     my ( $cookie,   # cookie hash
 430        ) = @_;
 431
 432     # Returns nothing.
 433
 434     my ( $l_dist, $r_dist );
 435
 436     if ( defined $cookie->{ 'NAV_CENTER' } )
 437     {
 438         $l_dist = $cookie->{ 'NAV_CENTER' } - $cookie->{ 'NAV_START' };
 439         $r_dist = $cookie->{ 'NAV_END' } - $cookie->{ 'NAV_CENTER' };
 440
 441         if ( $l_dist > $r_dist ) {
 442             $cookie->{ 'NAV_START' } = $cookie->{ 'NAV_END' } - 2 * $r_dist;
 443         } else {
 444             $cookie->{ 'NAV_END' } = $cookie->{ 'NAV_START' } + 2 * $l_dist;
 445         }
 446     }
 447 }
 448
 449
 450 sub cookie_page_next
 451 {
 452     # Martin A. Hansen, November 2009.
 453
 454     # Returns the next page in the taxonomy path.
 455
 456     my ( $cookie,   # cookie hash
 457        ) = @_;
 458
 459     # Returns a string.
 460
 461     my ( $i );
 462
 463     for ( $i = 0; $i < @{ $cookie->{ 'LIST_PAGES' } }; $i++ ) {
 464         last if $cookie->{ 'PAGE' } eq $cookie->{ 'LIST_PAGES' }->[ $i ];
 465     }
 466
 467     return $cookie->{ 'LIST_PAGES' }->[ $i + 1 ];
 468 }
 469
 470
 471 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> PAGES <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 472
 473
 474 sub page
 475 {
 476     # Martin A. Hansen, November 2009.
 477
 478     # Determines what page to render based on
 479     # the cookie's PAGE setting.
 480
 481     my ( $cookie,   # cookie hash
 482        ) = @_;
 483
 484     # Returns a list.
 485
 486     my ( @html );
 487
 488     if ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'login' ) {
 489         push @html, page_login( $cookie );
 490     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'search' ) {
 491         push @html, page_search( $cookie );
 492     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'browse' ) {
 493         push @html, page_browse( $cookie );
 494     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'dna' ) {
 495         push @html, page_dna( $cookie );
 496     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'export' ) {
 497         push @html, page_export( $cookie );
 498     } else {
 499         push @html, page_taxonomy( $cookie );
 500     }
 501
 502     if ( $cookie->{ 'SESSION_ID' } ) {
 503         push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "session_id", value => $cookie->{ 'SESSION_ID' } ) );
 504     }
 505
 506     return wantarray ? @html : \@html;
 507 }
 508
 509
 510 sub page_login
 511 {
 512     # Martin A. Hansen, December 2009.
 513
 514     # Renders the login page.
 515
 516     my ( $cookie,
 517        ) = @_;
 518
 519     # Returns a list.
 520
 521     my ( @html );
 522
 523     push @html, section_login( $cookie );
 524
 525     return wantarray ? @html : \@html;
 526 }
 527
 528
 529 sub page_search
 530 {
 531     # Martin A. Hansen, December 2009.
 532
 533     # Renders the search page.
 534
 535     my ( $cookie,
 536        ) = @_;
 537
 538     # Returns a list.
 539
 540     my ( @html );
 541
 542     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 543     push @html, section_search( $cookie );
 544
 545     return wantarray ? @html : \@html;
 546 }
 547
 548
 549 sub page_browse
 550 {
 551     # Martin A. Hansen, November 2009.
 552
 553     # Renders the browse page.
 554
 555     my ( $cookie,
 556        ) = @_;
 557
 558     # Returns a list.
 559
 560     my ( @html );
 561
 562     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 563     push @html, section_navigate( $cookie );
 564     push @html, section_browse( $cookie );
 565
 566     return wantarray ? @html : \@html;
 567 }
 568
 569
 570 sub page_dna
 571 {
 572     # Martin A. Hansen, November 2009.
 573
 574     # Renders the DNA page.
 575
 576     my ( $cookie,
 577        ) = @_;
 578
 579     # Returns a list.
 580
 581     my ( @html );
 582
 583     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 584     push @html, section_dna( $cookie );
 585
 586     return wantarray ? @html : \@html;
 587 }
 588
 589
 590 sub page_export
 591 {
 592     # Martin A. Hansen, November 2009.
 593
 594     # Renders the export page.
 595
 596     my ( $cookie,
 597        ) = @_;
 598
 599     # Returns a list.
 600
 601     my ( @html );
 602
 603     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 604     push @html, section_export( $cookie );
 605
 606     return wantarray ? @html : \@html;
 607 }
 608
 609
 610 sub page_taxonomy
 611 {
 612     # Martin A. Hansen, November 2009.
 613
 614     # Renders the browse page.
 615
 616     my ( $cookie,   # cookie hash
 617        ) = @_;
 618
 619     # Returns a list.
 620
 621     my ( @html );
 622
 623     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 624     push @html, section_taxonomy_select( $cookie );
 625
 626     return wantarray ? @html : \@html;
 627 }
 628
 629
 630 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> SECTIONS <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 631
 632
 633 sub section_login
 634 {
 635     # Martin A. Hansen, December 2009.
 636
 637     # Returns a HTML section with a login menu.
 638
 639     my ( $cookie,   # cookie hash
 640        ) = @_;
 641
 642     # Returns a list.
 643
 644     my ( $user, $password, $login, @html );
 645
 646     $user     = Maasha::XHTML::text( name => "user", value => "", size => 20 );
 647     $password = Maasha::XHTML::password( name => "password", value => "", size => 20 );
 648     $login    = Maasha::XHTML::submit( name => "login_submit", value => "Login" );
 649
 650     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Login", class => 'center' );
 651
 652     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Login table", align => 'center' );
 653     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ "User:", $user ] );
 654     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ "Password:", $password ] );
 655     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ "", $login ] );
 656     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 657
 658     if ( $cookie->{ 'LOGIN' } and $cookie->{ 'LOGIN' } eq 'ERROR' ) {
 659         push @html, Maasha::XHTML::h3( txt => "Bad user or password - please retry", class => 'error' );
 660     }
 661
 662     return wantarray ? @html : \@html;
 663 }
 664
 665
 666 sub section_taxonomy_table
 667 {
 668     # Martin A. Hansen, November 2009.
 669
 670     # Returns a HTML section with a taxonomy table
 671     # showing the location in the taxonomy and with
 672     # links to browse the taxonomy.
 673
 674     my ( $cookie,   # cookie hash
 675        ) = @_;
 676
 677     # Returns a list.
 678
 679     my ( $page, @row, @html, $href, $txt );
 680
 681     foreach $page ( @{ $cookie->{ 'LIST_PAGES' } } )
 682     {
 683         last if $page eq $cookie->{ 'PAGE' } or $page eq 'browse';
 684
 685         $href  = "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=$page";
 686         $href .= "&session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }";
 687         $href .= "&user=$cookie->{ 'USER' }";
 688         $href .= "&clade=$cookie->{ 'CLADE' }"       if $page !~ /clade/;
 689         $href .= "&genome=$cookie->{ 'GENOME' }"     if $page !~ /clade|genome/;
 690         $href .= "&assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }" if $page !~ /clade|genome|assembly/;
 691         $href .= "&contig=$cookie->{ 'CONTIG' }"     if $page !~ /clade|genome|assembly|contig/;
 692
 693         $txt = ": $cookie->{ uc $page }";
 694
 695         push @row, Maasha::XHTML::ln( txt => $page, href => $href, class => 'inline' );
 696         push @row, Maasha::XHTML::p(  txt => $txt, class => 'inline' );
 697     }
 698
 699     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Taxonomy table", align => 'center', cellpadding => '5px' );
 700     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ join( "\n", @row ) ], align => 'center' );
 701     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 702
 703     return wantarray ? @html : \@html;
 704 }
 705
 706
 707 sub section_taxonomy_select
 708 {
 709     # Martin A. Hansen, November 2009.
 710
 711     # Returns a HTML section with selection choices
 712     # for navigating the taxonomy tree.
 713
 714     my ( $cookie,   # cookie hash
 715        ) = @_;
 716
 717     # Returns a list.
 718
 719     my ( $list, @html, $item, $href );
 720
 721     $list = "LIST_" . uc $cookie->{ 'PAGE' };
 722
 723     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Select $cookie->{ 'PAGE' }", class => 'center' );
 724
 725     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Taxonomy select table", align => 'center', cellpadding => '5px' );
 726
 727     foreach $item ( @{ $cookie->{ $list } } )
 728     {
 729         $cookie->{ uc $cookie->{ 'PAGE' } } = $item;
 730
 731         $href  = "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=" . cookie_page_next( $cookie );
 732         $href .= "&session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }";
 733         $href .= "&user=$cookie->{ 'USER' }";
 734         $href .= "&clade=$cookie->{ 'CLADE' }";
 735         $href .= "&genome=$cookie->{ 'GENOME' }"     if $cookie->{ 'GENOME' };
 736         $href .= "&assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }" if $cookie->{ 'ASSEMBLY' };
 737         $href .= "&contig=$cookie->{ 'CONTIG' }"     if $cookie->{ 'CONTIG' };
 738
 739         push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ Maasha::XHTML::ln( txt => $item, href => $href ) ] );
 740     }
 741
 742     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 743
 744     return wantarray ? @html : \@html;
 745 }
 746
 747
 748 sub section_navigate
 749 {
 750     # Martin A. Hansen, November 2009.
 751
 752     # Returns a HTML section for navigating in the browser window.
 753
 754     my ( $cookie,   # cookie hash
 755        ) = @_;
 756
 757     # Returns a list.
 758
 759     my ( @html, $nav_val );
 760
 761     $nav_val = Maasha::Calc::commify( $cookie->{ 'NAV_START' } ) . "-" . Maasha::Calc::commify( $cookie->{ 'NAV_END' } );
 762
 763     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Navigation table", align => 'center' );
 764     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [
 765         "Position or search term:",
 766         Maasha::XHTML::text( name => "nav_search", value => $nav_val, size => 30 ),
 767         Maasha::XHTML::submit( name => "nav_submit", value => "Submit" ),
 768     ] );
 769     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 770
 771     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Zoom table", align => 'center' );
 772     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [
 773         Maasha::XHTML::p( txt => 'Move:' ),
 774         Maasha::XHTML::submit( name => "move_left3",  value => "<<<", title => "move 95% to the left" ),
 775         Maasha::XHTML::submit( name => "move_left2",  value => "<<",  title => "move 47.5% to the left" ),
 776         Maasha::XHTML::submit( name => "move_left1",  value => "<",   title => "move 10% to the left" ),
 777         Maasha::XHTML::submit( name => "move_right1", value => ">",   title => "move 10% to the rigth" ),
 778         Maasha::XHTML::submit( name => "move_right2", value => ">>",  title => "move 47.5% to the rigth" ),
 779         Maasha::XHTML::submit( name => "move_right3", value => ">>>", title => "move 95% to the right" ),
 780         Maasha::XHTML::p( txt => 'Zoom in:' ),
 781         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_in1", value => "1.5x" ),
 782         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_in2", value => "3x" ),
 783         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_in3", value => "10x" ),
 784         Maasha::XHTML::p( txt => 'Zoom out:' ),
 785         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_out1", value => "1.5x" ),
 786         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_out2", value => "3x" ),
 787         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_out3", value => "10x" ),
 788     ] );
 789     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 790
 791     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "page",     value => "browse" ) );
 792     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "user",     value => $cookie->{ 'USER' } ) );
 793     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "clade",    value => $cookie->{ 'CLADE' } ) );
 794     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "genome",   value => $cookie->{ 'GENOME' } ) );
 795     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "assembly", value => $cookie->{ 'ASSEMBLY' } ) );
 796     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "contig",   value => $cookie->{ 'CONTIG' } ) );
 797
 798     return wantarray ? @html : \@html;
 799 }
 800
 801
 802 sub section_browse
 803 {
 804     my ( $cookie,
 805        ) = @_;
 806
 807     # Returns a list.
 808
 809     my ( @tracks, $i, @features, $feat, $elem, $surface, $cr, $png_data, @html, @img, $x1, $y1, $x2, $y2, $factor, $center );
 810
 811     push @features, [ Maasha::BGB::Track::track_ruler( $cookie ) ];
 812     push @features, [ Maasha::BGB::Track::track_seq( $cookie ) ];
 813
 814     @tracks = Maasha::BGB::Track::path_tracks( $cookie );
 815
 816     for ( $i = 0; $i < @tracks; $i++ )
 817     {
 818         $cookie->{ 'FEAT_COLOR' } = Maasha::BGB::Draw::palette( $i );
 819
 820         push @features, [ Maasha::BGB::Track::track_feature( $tracks[ $i ], $cookie ) ];
 821     }
 822
 823     $surface = Cairo::ImageSurface->create( 'argb32', $cookie->{ 'IMG_WIDTH' }, $cookie->{ 'TRACK_OFFSET' } );
 824     $cr      = Cairo::Context->create( $surface );
 825
 826     $cr->rectangle ( 0, 0, $cookie->{ 'IMG_WIDTH' },  $cookie->{ 'TRACK_OFFSET' } );
 827     $cr->set_source_rgb ( 1, 1, 1 );
 828     $cr->fill;
 829
 830     foreach $feat ( @features ) {
 831         Maasha::BGB::Draw::draw_feature( $cr, $feat ) if $feat;
 832     }
 833
 834     $png_data = Maasha::BGB::Draw::base64_png( $surface );
 835
 836     push @img, Maasha::XHTML::img(
 837         src    => "data:image/png;base64,$png_data",
 838         alt    => "Browser Tracks",
 839         height => $cookie->{ 'TRACK_OFFSET' },
 840         width  => $cookie->{ 'IMG_WIDTH' },
 841         id     => "browser_map",
 842         usemap => "#browser_map"
 843     );
 844
 845     push @img, Maasha::XHTML::map_beg( name => "browser_map", id => "browser_map" );
 846
 847     $factor = ( $cookie->{ 'NAV_END' } - $cookie->{ 'NAV_START' } + 1 ) / $cookie->{ 'IMG_WIDTH' };
 848
 849     for ( $i = 0; $i < $cookie->{ 'IMG_WIDTH' }; $i += 5 )
 850     {
 851         $x1 = $i;
 852         $y1 = 10;
 853         $x2 = $i + 5;
 854         $y2 = 20;
 855
 856         $center = int( $cookie->{ 'NAV_START' } + $factor * $i );
 857
 858         push @img, Maasha::XHTML::area(
 859             href     => join( "&", "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=browse",
 860                                    "session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }",
 861                                    "user=$cookie->{ 'USER' }",
 862                                    "clade=$cookie->{ 'CLADE' }",
 863                                    "genome=$cookie->{ 'GENOME' }",
 864                                    "contig=$cookie->{ 'CONTIG' }",
 865                                    "assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }",
 866                                    "nav_start=$cookie->{ 'NAV_START' }",
 867                                    "nav_end=$cookie->{ 'NAV_END' }",
 868                                    "nav_center=$center",
 869                       ),
 870             shape  => 'rect',
 871             coords => "$x1, $y1, $x2, $y2",
 872             title  => "Center on " . Maasha::Calc::commify( $center ),
 873         );
 874     }
 875
 876     foreach $feat ( @features )
 877     {
 878         foreach $elem ( @{ $feat } )
 879         {
 880             next if $elem->{ 'type' } eq 'text';
 881             next if $elem->{ 'type' } eq 'wiggle';
 882
 883             #$elem->{ 'strand' } = '&#43' if $elem->{ 'strand' } eq '+';
 884
 885             $cookie->{ 'Q_ID' }   = $elem->{ 'q_id' };
 886             $cookie->{ 'S_BEG' }  = $elem->{ 's_beg' };
 887             $cookie->{ 'S_END' }  = $elem->{ 's_end' };
 888             $cookie->{ 'STRAND' } = $elem->{ 'strand' };
 889
 890             push @img, Maasha::XHTML::area(
 891                 href     => join( "&", "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=export",
 892                                        "session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }",
 893                                        "user=$cookie->{ 'USER' }",
 894                                        "clade=$cookie->{ 'CLADE' }",
 895                                        "genome=$cookie->{ 'GENOME' }",
 896                                        "contig=$cookie->{ 'CONTIG' }",
 897                                        "assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }",
 898                                        "s_beg=$cookie->{ 'S_BEG' }",
 899                                        "s_end=$cookie->{ 'S_END' }",
 900                                        "strand=$cookie->{ 'STRAND' }",
 901                           ),
 902                 shape  => 'rect',
 903                 coords => "$elem->{ x1 }, $elem->{ y1 }, $elem->{ x2 }, $elem->{ y2 }",
 904                 title  => "$elem->{ 'title' }",
 905             );
 906         }
 907     }
 908
 909     push @img, Maasha::XHTML::map_end();
 910
 911     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => join( "\n", @img ) );
 912
 913     @html = Maasha::XHTML::div( txt => join( "\n", @html ), class => 'browse' );
 914
 915     return wantarray ? @html : \@html;
 916 }
 917
 918
 919 sub section_export
 920 {
 921     # Martin A. Hansen, November 2009.
 922
 923     # Returns a HTML section with export table.
 924
 925     my ( $cookie,   # cookie hash
 926        ) = @_;
 927
 928     # Returns a list.
 929
 930     my ( @row_dna_contig, @html );
 931
 932     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::p( txt => qq(Export Feature: "$cookie->{ 'Q_ID' }" DNA from Contig: ), class => 'inline' );
 933     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::p( txt  => "$cookie->{ 'CONTIG' } Start: ", class => 'inline' );
 934     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::text( name => "s_beg", value => Maasha::Calc::commify( $cookie->{ 'S_BEG' } ), size => 15 );
 935     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::p( txt => "End: ", class => 'inline' );
 936     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::text( name => "s_end", value => Maasha::Calc::commify( $cookie->{ 'S_END' } ), size => 15 );
 937     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::p( txt => "Strand: ", class => 'inline' );
 938     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::menu( name => "strand", options => [ qw( + - ) ], selected => $cookie->{ 'STRAND' } );
 939     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::submit( name => "export", value => "Export", title => "Fetch DNA from this region" );
 940
 941     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Export", class => 'center' );
 942     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Taxonomy select table", align => 'center' );
 943     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => \@row_dna_contig );
 944     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 945
 946     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "page",     value => "dna" ) );
 947     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "user",     value => $cookie->{ 'USER' } ) );
 948     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "clade",    value => $cookie->{ 'CLADE' } ) );
 949     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "genome",   value => $cookie->{ 'GENOME' } ) );
 950     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "assembly", value => $cookie->{ 'ASSEMBLY' } ) );
 951     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "contig",   value => $cookie->{ 'CONTIG' } ) );
 952
 953     return wantarray ? @html : \@html;
 954 }
 955
 956
 957 sub section_search
 958 {
 959     # Martin A. Hansen, November 2009.
 960
 961     # Returns a HTML section with export table.
 962
 963     my ( $cookie,   # cookie hash
 964        ) = @_;
 965
 966     # Returns a list.
 967
 968     my ( $results, $result, $count, @html, $export, $browse );
 969
 970     $results = Maasha::BGB::Track::search_tracks( $cookie );
 971
 972     $count = scalar @{ $results };
 973
 974     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Search", class => 'center' );
 975     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => qq(Results for "$cookie->{ 'SEARCH' }": $count), class => 'center' );
 976
 977     if ( $count > 0 )
 978     {
 979         push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Search table", align => 'center', cellpadding => '5px' );
 980         push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ qw( S_ID S_BEG S_END Q_ID SCORE STRAND HITS ALIGN BLOCK_COUNT BLOCK_BEGS BLOCK_LENS BLOCK_TYPE) ] );
 981
 982         foreach $result ( @{ $results } )
 983         {
 984             $result = Maasha::KISS::kiss2biopiece( $result );
 985
 986             $cookie->{ 'CONTIG' }    = $result->{ 'S_ID' };
 987             $cookie->{ 'NAV_START' } = $result->{ 'S_BEG' };
 988             $cookie->{ 'NAV_END' }   = $result->{ 'S_END' };
 989             $cookie->{ 'S_BEG' }     = $result->{ 'S_BEG' };
 990             $cookie->{ 'S_END' }     = $result->{ 'S_END' };
 991             $cookie->{ 'STRAND' }    = $result->{ 'STRAND' };
 992             $cookie->{ 'Q_ID' }      = $result->{ 'Q_ID' };
 993
 994             $browse = Maasha::XHTML::ln(
 995                 txt  => "browse",
 996                 href => join( "&", "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=browse",
 997                                    "session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }",
 998                                    "user=$cookie->{ 'USER' }",
 999                                    "clade=$cookie->{ 'CLADE' }",
1000                                    "genome=$cookie->{ 'GENOME' }",
1001                                    "contig=$cookie->{ 'CONTIG' }",
1002                                    "assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }",
1003                                    "nav_start=$cookie->{ 'NAV_START' }",
1004                                    "nav_end=$cookie->{ 'NAV_END' }",
1005                 ),
1006             );
1007
1008
1009             $export = Maasha::XHTML::ln(
1010                 txt  => "export",
1011                 href => join( "&", "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=export",
1012                                    "session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }",
1013                                    "user=$cookie->{ 'USER' }",
1014                                    "clade=$cookie->{ 'CLADE' }",
1015                                    "genome=$cookie->{ 'GENOME' }",
1016                                    "contig=$cookie->{ 'CONTIG' }",
1017                                    "assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }",
1018                                    "s_beg=$cookie->{ 'S_BEG' }",
1019                                    "s_end=$cookie->{ 'S_END' }",
1020                                    "strand=$cookie->{ 'STRAND' }",
1021                 ),
1022             );
1023
1024             push @html, Maasha::XHTML::table_row_advanced(
1025                 tr => [ { td => $result->{ 'S_ID' } },
1026                         { td => $result->{ 'S_BEG' }, align => 'right' },
1027                         { td => $result->{ 'S_END' }, align => 'right' },
1028                         { td => $result->{ 'Q_ID' } },
1029                         { td => $result->{ 'SCORE' }, align => 'right' },
1030                         { td => $result->{ 'STRAND' } },
1031                         { td => $result->{ 'HITS' }, align => 'right' },
1032                         { td => $result->{ 'ALIGN' } },
1033                         { td => $result->{ 'BLOCK_COUNT' }, align => 'right' },
1034                         { td => $result->{ 'BLOCK_BEGS' } },
1035                         { td => $result->{ 'BLOCK_LENS' } },
1036                         { td => $result->{ 'BLOCK_TYPE' } },
1037                         { td => $browse },
1038                         { td => $export },
1039                 ], class => "monospace"
1040             );
1041         }
1042
1043         push @html, Maasha::XHTML::table_end;
1044     }
1045
1046     return wantarray ? @html : \@html;
1047 }
1048
1049
1050 sub section_dna
1051 {
1052     # Martin A. Hansen, November 2009.
1053
1054     # Returns a HTML section with extracted DNA.
1055
1056     my ( $cookie,   # cookie hash
1057        ) = @_;
1058
1059     # Returns a list.
1060
1061     my ( @html, $beg, $end, $seq );
1062
1063     $beg = $cookie->{ 'S_BEG' };
1064     $end = $cookie->{ 'S_END' };
1065     $beg =~ tr/,//d;
1066     $end =~ tr/,//d;
1067
1068     $seq = join ";", ">$cookie->{ 'GENOME' }", $cookie->{ 'ASSEMBLY' }, $cookie->{ 'CONTIG' }, $beg, $end, "$cookie->{ 'STRAND' }\n";
1069     $seq .= Maasha::BGB::Track::dna_get( $cookie );
1070
1071     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "DNA", class => 'center' );
1072     push @html, Maasha::XHTML::pre( txt => $seq );
1073
1074     return wantarray ? @html : \@html;
1075 }
1076
1077
1078 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1079
1080
1081 __END__