www/index.cgi

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2006-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 use strict;
  24 use warnings;
  25
  26 use lib $ENV{ 'BP_PERL' };
  27
  28 use CGI;
  29 use URI::Escape;
  30 use Data::Dumper;
  31 use Digest::MD5;
  32 use Maasha::Common;
  33 use Maasha::Filesys;
  34 use Maasha::Calc;
  35 use Maasha::XHTML;
  36 use Maasha::BGB::Session;
  37 use Maasha::BGB::Track;
  38 use Maasha::BGB::Draw;
  39
  40 my ( $cgi, $cookie, @html );
  41
  42 $cgi    = new CGI;
  43 $cookie = cookie_default( $cgi );;
  44
  45 push @html, Maasha::XHTML::html_header(
  46     cgi_header  => 1,
  47     title       => 'Biopieces Genome Browser',
  48     css_file    => 'bgb.css',
  49     author      => 'Martin A. Hansen, mail@maasha.dk',
  50     description => 'Biopieces Genome Browser',
  51     keywords    => [ qw( Biopieces biopiece genome browser viewer bacterium bacteria prokaryote prokaryotes ) ],
  52     no_cache    => 1,
  53 );
  54
  55 push @html, Maasha::XHTML::h1( txt => "Biopieces Genome Browser", class => 'center' );
  56 push @html, Maasha::XHTML::form_beg( action => $cookie->{ 'SCRIPT' }, method => "post", enctype => "multipart/form-data" );
  57
  58 push @html, page( $cookie );
  59
  60 push @html, Maasha::XHTML::form_end;
  61 push @html, Maasha::XHTML::body_end;
  62 push @html, Maasha::XHTML::html_end;
  63
  64 # push @html, Maasha::XHTML::hdump( { $cgi->Vars } );  # DEBUG
  65 # push @html, Maasha::XHTML::hdump( $cookie );         # DEBUG
  66 # push @html, Maasha::XHTML::hdump( \%ENV );           # DEBUG
  67
  68 print "$_\n" foreach @html;
  69
  70 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> SUBROUTINES <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  71
  72
  73 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> COOKIE <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  74
  75
  76 sub cookie_default
  77 {
  78     # Martin A. Hansen, November 2009.
  79
  80     # Set a cookie with values from the CGI object or defaults.
  81
  82     my ( $cgi,   # CGI object
  83        ) = @_;
  84
  85     # Returns a hash.
  86
  87     my ( $cookie, $session );
  88
  89     $cookie = {};
  90
  91     if ( $cgi->param( 'nav_search' ) )
  92     {
  93         if ( $cgi->param( 'nav_search' ) =~ /([0-9,]+)[ -]([0-9,]+)/ )
  94         {
  95             $cookie->{ 'NAV_START' } = $1;
  96             $cookie->{ 'NAV_END' }   = $2;
  97         }
  98         else
  99         {
 100             $cookie->{ 'SEARCH' } = $cgi->param( 'nav_search' );
 101
 102             $cgi->param( 'page', 'search' );
 103         }
 104     }
 105
 106     $cookie->{ 'SCRIPT' }          = Maasha::Common::get_scriptname();
 107     $cookie->{ 'DATA_DIR' }        = "Data";
 108     $cookie->{ 'SESSION_DIR' }     = "Sessions";
 109     $cookie->{ 'LIST_PAGES' }      = [ qw( clade genome assembly contig browse ) ];
 110     $cookie->{ 'USER' }            = $cgi->param( 'user' );
 111     $cookie->{ 'PASSWORD' }        = $cgi->param( 'password' );
 112     $cookie->{ 'SESSION_ID' }      = $cgi->param( 'session_id' );
 113
 114     $session = session_restore( $cookie );
 115
 116     cookie_login( $cookie );
 117
 118     # session_id_check( $cookie, $session );
 119
 120     if ( $cookie->{ 'LOGIN_ERROR' } or $cookie->{ 'SESSION_ERROR' } )
 121     {
 122         $cookie->{ 'PAGE' } = 'login';
 123     }
 124     elsif ( $cookie->{ 'LOGIN' } )
 125     {
 126         if ( $cgi->param( 'genome' ) ) {
 127             $cookie->{ 'PAGE' } = 'browse';
 128         } else {
 129             $cookie->{ 'PAGE' } = $session->{ 'PAGE' } || 'clade';
 130         }
 131     }
 132     elsif ( not defined $cookie->{ 'USER' } )
 133     {
 134         $cookie->{ 'PAGE' } = 'login';
 135     }
 136     else
 137     {
 138          $cookie->{ 'PAGE' } = $cgi->param( 'page' ) || 'login';
 139     }
 140
 141     $cookie->{ 'CLADE' }           = $cgi->param( 'clade' )       || $session->{ 'CLADE' };
 142     $cookie->{ 'GENOME' }          = $cgi->param( 'genome' )      || $session->{ 'GENOME' };
 143     $cookie->{ 'ASSEMBLY' }        = $cgi->param( 'assembly' )    || $session->{ 'ASSEMBLY' };
 144     $cookie->{ 'CONTIG' }          = $cgi->param( 'contig' )      || $session->{ 'CONTIG' };
 145     $cookie->{ 'Q_ID' }            = $cgi->param( 'q_id' )        || $session->{ 'Q_ID' };
 146     $cookie->{ 'NAV_START' }     ||= defined $cgi->param( 'nav_start' ) ? $cgi->param( 'nav_start' ) : $session->{ 'NAV_START' };
 147     $cookie->{ 'NAV_END' }       ||= $cgi->param( 'nav_end' )     || $session->{ 'NAV_END' };
 148     $cookie->{ 'NAV_CENTER' }      = $cgi->param( 'nav_center' );
 149     $cookie->{ 'S_BEG' }           = $cgi->param( 's_beg' )       || $session->{ 'S_BEG' };
 150     $cookie->{ 'S_END' }           = $cgi->param( 's_end' )       || $session->{ 'S_END' };
 151     $cookie->{ 'STRAND' }          = $cgi->param( 'strand' )      || $session->{ 'STRAND' };
 152     $cookie->{ 'ZOOM_IN1' }        = $cgi->param( 'zoom_in1' );
 153     $cookie->{ 'ZOOM_IN2' }        = $cgi->param( 'zoom_in2' );
 154     $cookie->{ 'ZOOM_IN3' }        = $cgi->param( 'zoom_in3' );
 155     $cookie->{ 'ZOOM_OUT1' }       = $cgi->param( 'zoom_out1' );
 156     $cookie->{ 'ZOOM_OUT2' }       = $cgi->param( 'zoom_out2' );
 157     $cookie->{ 'ZOOM_OUT3' }       = $cgi->param( 'zoom_out3' );
 158     $cookie->{ 'MOVE_LEFT1' }      = $cgi->param( 'move_left1' );
 159     $cookie->{ 'MOVE_LEFT2' }      = $cgi->param( 'move_left2' );
 160     $cookie->{ 'MOVE_LEFT3' }      = $cgi->param( 'move_left3' );
 161     $cookie->{ 'MOVE_RIGHT1' }     = $cgi->param( 'move_right1' );
 162     $cookie->{ 'MOVE_RIGHT2' }     = $cgi->param( 'move_right2' );
 163     $cookie->{ 'MOVE_RIGHT3' }     = $cgi->param( 'move_right3' );
 164
 165     $cookie->{ 'IMG_WIDTH' }       = 1200;   # Width of browser image in pixels
 166     $cookie->{ 'IMG_HEIGHT' }      = 800;    # Height of browser image in pixels
 167     $cookie->{ 'WIGGLE_HEIGHT' }   = 75;     # Height of Wiggle tracks in pixels
 168     $cookie->{ 'TRACK_OFFSET' }    = 20;
 169     $cookie->{ 'TRACK_SPACE' }     = 20;
 170     $cookie->{ 'RULER_FONT_SIZE' } = 10;     # Size of ruler font in pixels
 171     $cookie->{ 'RULER_COLOR' }     = [ 0, 0, 0 ];
 172     $cookie->{ 'SEQ_FONT_SIZE' }   = 10;
 173     $cookie->{ 'SEQ_COLOR' }       = [ 0, 0, 0, ];
 174     $cookie->{ 'FEAT_WIDTH' }      = 5;
 175     $cookie->{ 'FEAT_COLOR' }      = [ 0, 0, 0 ];
 176     $cookie->{ 'FEAT_MAX' }        = 5000;   # TODO: Reduntant?
 177
 178 #    $cookie->{ 'LIST_USER' }       = Maasha::BGB::Track::list_users();  # TODO: Redundant?
 179
 180     if ( $cookie->{ 'USER' } and not $cookie->{ 'LOGIN_ERROR' } )
 181     {
 182         $cookie->{ 'LIST_CLADE' }      = Maasha::BGB::Track::list_clades(     $cookie->{ 'USER' } );
 183         $cookie->{ 'LIST_GENOME' }     = Maasha::BGB::Track::list_genomes(    $cookie->{ 'USER' }, $cookie->{ 'CLADE' } );
 184         $cookie->{ 'LIST_ASSEMBLY' }   = Maasha::BGB::Track::list_assemblies( $cookie->{ 'USER' }, $cookie->{ 'CLADE' }, $cookie->{ 'GENOME' } );
 185         $cookie->{ 'LIST_CONTIG' }     = Maasha::BGB::Track::list_contigs(    $cookie->{ 'USER' }, $cookie->{ 'CLADE' }, $cookie->{ 'GENOME' }, $cookie->{ 'ASSEMBLY' } );
 186
 187         if ( $cookie->{ 'CONTIG' } )
 188         {
 189             cookie_start( $cookie );
 190             cookie_end( $cookie );
 191             cookie_zoom( $cookie );
 192             cookie_move( $cookie );
 193             cookie_center( $cookie );
 194         }
 195     }
 196
 197     $cookie->{ 'STRAND' } = '+' if defined $cookie->{ 'STRAND' } and $cookie->{ 'STRAND' } eq ' ';   # FIXME ugly HTML fix
 198
 199     session_store( $cookie, $session );
 200
 201     return wantarray ? %{ $cookie } : $cookie;
 202 }
 203
 204
 205 sub session_restore
 206 {
 207     # Martin A. Hansen, March 2010.
 208
 209     # Restores session and returns this.
 210
 211     my ( $cookie,   # cookie hash
 212        ) = @_;
 213
 214     # Returns hashref.
 215
 216     my ( $session );
 217
 218     if ( defined $cookie->{ 'USER' } and -d "$cookie->{ 'SESSION_DIR' }/$cookie->{ 'USER' }" ) {
 219         $session = Maasha::BGB::Session::session_restore( "$cookie->{ 'SESSION_DIR' }/$cookie->{ 'USER' }/session.json" );
 220     }
 221
 222     return wantarray ? %{ $session } : $session;
 223 }
 224
 225
 226 sub session_store
 227 {
 228     # Martin A. Hansen, March 2010.
 229
 230     # Store a session updated with cookie information to session file.
 231
 232     my ( $cookie,    # cookie hash
 233          $session,   # session hash
 234        ) = @_;
 235
 236     # Returns nothing.
 237
 238     my ( $new_session );
 239
 240     if ( defined $cookie->{ 'USER' } and $cookie->{ 'USER' } ne '' and -d "$cookie->{ 'SESSION_DIR' }/$cookie->{ 'USER' }" )
 241     {
 242         $new_session->{ 'PASSWORD' }   = $session->{ 'PASSWORD' };
 243         $new_session->{ 'SESSION_ID' } = $session->{ 'SESSION_ID' };
 244         $new_session->{ 'TIME' }       = Maasha::Common::time_stamp();
 245         $new_session->{ 'PAGE' }       = $cookie->{ 'PAGE' };
 246
 247         if ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'browse' )
 248         {
 249             $new_session->{ 'CLADE' }     = $cookie->{ 'CLADE' };
 250             $new_session->{ 'GENOME' }    = $cookie->{ 'GENOME' };
 251             $new_session->{ 'ASSEMBLY' }  = $cookie->{ 'ASSEMBLY' };
 252             $new_session->{ 'CONTIG' }    = $cookie->{ 'CONTIG' };
 253             $new_session->{ 'NAV_START' } = $cookie->{ 'NAV_START' };
 254             $new_session->{ 'NAV_END' }   = $cookie->{ 'NAV_END' };
 255         }
 256         elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'contig' )
 257         {
 258             $new_session->{ 'CLADE' }     = $cookie->{ 'CLADE' };
 259             $new_session->{ 'GENOME' }    = $cookie->{ 'GENOME' };
 260             $new_session->{ 'ASSEMBLY' }  = $cookie->{ 'ASSEMBLY' };
 261         }
 262         elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'assembly' )
 263         {
 264             $new_session->{ 'CLADE' }     = $cookie->{ 'CLADE' };
 265             $new_session->{ 'GENOME' }    = $cookie->{ 'GENOME' };
 266         }
 267         elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'genome' )
 268         {
 269             $new_session->{ 'CLADE' }     = $cookie->{ 'CLADE' };
 270         }
 271         elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'export' )
 272         {
 273             $new_session->{ 'CLADE' }     = $cookie->{ 'CLADE' };
 274             $new_session->{ 'GENOME' }    = $cookie->{ 'GENOME' };
 275             $new_session->{ 'ASSEMBLY' }  = $cookie->{ 'ASSEMBLY' };
 276             $new_session->{ 'CONTIG' }    = $cookie->{ 'CONTIG' };
 277             $new_session->{ 'Q_ID' }      = $cookie->{ 'Q_ID' };
 278             $new_session->{ 'S_BEG' }     = $cookie->{ 'S_BEG' };
 279             $new_session->{ 'S_END' }     = $cookie->{ 'S_END' };
 280             $new_session->{ 'STRAND' }    = $cookie->{ 'STRAND' };
 281         }
 282
 283         Maasha::BGB::Session::session_store( "$cookie->{ 'SESSION_DIR' }/$cookie->{ 'USER' }/session.json", $new_session );
 284     }
 285 }
 286
 287
 288 sub session_id_check
 289 {
 290     # Martin A. Hansen, March 2010.
 291
 292     # Check that the session id in the cookie and session match.
 293     # Sets SESSION_ERROR flag in cookie if not matching.
 294
 295     my ( $cookie,    # cookie hash
 296          $session,   # session hash
 297        ) = @_;
 298
 299     # Returns nothing.
 300
 301     if ( defined $cookie->{ 'SESSION_ID' } and defined $session->{ 'SESSION_ID' } )
 302     {
 303         if ( $cookie->{ 'SESSION_ID' } ne $session->{ 'SESSION_ID' } ) {
 304             $cookie->{ 'SESSION_ERROR' } = 1;
 305         } else {
 306             $cookie->{ 'SESSION_ERROR' } = 0;
 307         }
 308     }
 309 }
 310
 311
 312 sub cookie_login
 313 {
 314     # Martin A. Hansen, December 2009.
 315
 316     # Check a user and password from CGI against the password file and
 317     # set the session ID, if found, in the cookie.
 318
 319     my ( $cookie,   # cookie hash
 320        ) = @_;
 321
 322     # Returns nothing.
 323
 324     my ( $session );
 325
 326     if ( defined $cookie->{ 'PASSWORD' } )
 327     {
 328         if ( defined $cookie->{ 'USER' } and -d "$cookie->{ 'SESSION_DIR' }/$cookie->{ 'USER' }" )
 329         {
 330             $session = Maasha::BGB::Session::session_restore( "$cookie->{ 'SESSION_DIR' }/$cookie->{ 'USER' }/session.json" );
 331
 332             if ( $session->{ 'PASSWORD' } eq Digest::MD5::md5_hex( $cookie->{ 'PASSWORD' } ) )
 333             {
 334                 $cookie->{ 'TIME' }          = Maasha::Common::time_stamp();
 335                 $cookie->{ 'SESSION_ID' }  ||= Maasha::BGB::Session::session_new();
 336                 $cookie->{ 'LOGIN' }         = 1;
 337                 $cookie->{ 'LOGIN_ERROR' }   = 0;
 338             }
 339             else
 340             {
 341                 $cookie->{ 'LOGIN_ERROR' } = 1;
 342             }
 343         }
 344         else
 345         {
 346             $cookie->{ 'LOGIN_ERROR' } = 1;
 347         }
 348     }
 349 }
 350
 351
 352 sub cookie_start
 353 {
 354     # Martin A. Hansen, November 2009.
 355
 356     # Decommify the cookie value for NAV_START and adjust it to
 357     # to prevent negative values.
 358
 359     my ( $cookie,   # cookie hash
 360        ) = @_;
 361
 362     # Returns nothing.
 363
 364     if ( defined $cookie->{ 'NAV_START' } )
 365     {
 366         $cookie->{ 'NAV_START' } =~ tr/,//d;
 367         $cookie->{ 'NAV_START' } = 0 if $cookie->{ 'NAV_START' } < 0;
 368     }
 369     else
 370     {
 371         $cookie->{ 'NAV_START' } = 0;
 372     }
 373 }
 374
 375
 376 sub cookie_end
 377 {
 378     # Martin A. Hansen, November 2009.
 379
 380     # Decommify the cookie value for NAV_END and adjust it to prevent
 381     # overshooting the max value for the contig size as determined
 382     # from the cookie.
 383
 384     my ( $cookie,   # cookie hash
 385        ) = @_;
 386
 387     # Returns nothing.
 388
 389     my ( $max );
 390
 391     $max = Maasha::Filesys::file_size( Maasha::BGB::Track::path_seq( $cookie ) );
 392
 393     if ( defined $cookie->{ 'NAV_END' } )
 394     {
 395         $cookie->{ 'NAV_END' } =~ tr/,//d;
 396         $cookie->{ 'NAV_END' } = $max if $cookie->{ 'NAV_END' } > $max;
 397     }
 398     else
 399     {
 400         $cookie->{ 'NAV_END' } = $max;
 401     }
 402 }
 403
 404
 405 sub cookie_zoom
 406 {
 407     # Martin A. Hansen, November 2009.
 408
 409     # Adjust the cookie values for NAV_START and NAV_END based
 410     # on cookie ZOOM values.
 411
 412     my ( $cookie,   # cookie hash
 413        ) = @_;
 414
 415     # Returns nothing.
 416
 417     my ( $max, $dist, $new_dist, $dist_diff );
 418
 419     $max = Maasha::Filesys::file_size( Maasha::BGB::Track::path_seq( $cookie ) );
 420
 421     $dist = $cookie->{ 'NAV_END' } - $cookie->{ 'NAV_START' };
 422
 423     if ( defined $cookie->{ 'ZOOM_IN1' } ) {
 424         $new_dist = $dist / 1.5;
 425     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_IN2' } ) {
 426         $new_dist = $dist / 3;
 427     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_IN3' } ) {
 428         $new_dist = $dist / 10;
 429     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_OUT1' } ) {
 430         $new_dist = $dist * 1.5;
 431     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_OUT2' } ) {
 432         $new_dist = $dist * 3;
 433     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_OUT3' } ) {
 434         $new_dist = $dist * 10;
 435     }
 436
 437     if ( $new_dist )
 438     {
 439         $dist_diff = $dist - $new_dist;
 440
 441         $cookie->{ 'NAV_START' } = int( $cookie->{ 'NAV_START' } + ( $dist_diff / 2 ) );
 442         $cookie->{ 'NAV_END' }   = int( $cookie->{ 'NAV_END' }   - ( $dist_diff / 2 ) );
 443
 444         $cookie->{ 'NAV_START' } = 0    if $cookie->{ 'NAV_START' } < 0;
 445         $cookie->{ 'NAV_END' }   = $max if $cookie->{ 'NAV_END' } > $max;
 446     }
 447 }
 448
 449
 450 sub cookie_move
 451 {
 452     # Martin A. Hansen, November 2009.
 453
 454     # Adjust the cookie values for NAV_START and NAV_END based
 455     # on cookie MOVE values.
 456
 457     my ( $cookie,   # cookie hash
 458        ) = @_;
 459
 460     # Returns nothing.
 461
 462     my ( $max, $dist, $shift, $new_start, $new_end );
 463
 464     $max = Maasha::Filesys::file_size( Maasha::BGB::Track::path_seq( $cookie ) );
 465
 466     $dist = $cookie->{ 'NAV_END' } - $cookie->{ 'NAV_START' };
 467
 468     if ( defined $cookie->{ 'MOVE_LEFT1' } ) {
 469         $shift = -1 * $dist * 0.10;
 470     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_LEFT2' } ) {
 471         $shift = -1 * $dist * 0.475;
 472     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_LEFT3' } ) {
 473         $shift = -1 * $dist * 0.95;
 474     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_RIGHT1' } ) {
 475         $shift = $dist * 0.10;
 476     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_RIGHT2' } ) {
 477         $shift = $dist * 0.475;
 478     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_RIGHT3' } ) {
 479         $shift = $dist * 0.95;
 480     }
 481
 482     if ( $shift )
 483     {
 484         $new_start = int( $cookie->{ 'NAV_START' } + $shift );
 485         $new_end   = int( $cookie->{ 'NAV_END' }   + $shift );
 486
 487         if ( $new_start > 0 and $new_end < $max )
 488         {
 489             $cookie->{ 'NAV_START' } = $new_start;
 490             $cookie->{ 'NAV_END' }   = $new_end;
 491         }
 492     }
 493 }
 494
 495
 496 sub cookie_center
 497 {
 498     # Martin A. Hansen, March 2010
 499
 500     # Adjust the cookie values for NAV_START and NAV_END based
 501     # on cookie CENTER value if defined.
 502
 503     my ( $cookie,   # cookie hash
 504        ) = @_;
 505
 506     # Returns nothing.
 507
 508     my ( $l_dist, $r_dist );
 509
 510     if ( defined $cookie->{ 'NAV_CENTER' } )
 511     {
 512         $l_dist = $cookie->{ 'NAV_CENTER' } - $cookie->{ 'NAV_START' };
 513         $r_dist = $cookie->{ 'NAV_END' } - $cookie->{ 'NAV_CENTER' };
 514
 515         if ( $l_dist > $r_dist ) {
 516             $cookie->{ 'NAV_START' } = $cookie->{ 'NAV_END' } - 2 * $r_dist;
 517         } else {
 518             $cookie->{ 'NAV_END' } = $cookie->{ 'NAV_START' } + 2 * $l_dist;
 519         }
 520     }
 521 }
 522
 523
 524 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> PAGES <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 525
 526
 527 sub page
 528 {
 529     # Martin A. Hansen, November 2009.
 530
 531     # Determines what page to render based on
 532     # the cookie's PAGE setting.
 533
 534     my ( $cookie,   # cookie hash
 535        ) = @_;
 536
 537     # Returns a list.
 538
 539     my ( @html );
 540
 541     if ( $cookie->{ 'SESSION_ID' } ) {
 542         push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "session_id", value => $cookie->{ 'SESSION_ID' } ) );
 543     }
 544
 545     if ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'login' ) {
 546         push @html, page_login( $cookie );
 547     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'search' ) {
 548         push @html, page_search( $cookie );
 549     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'browse' ) {
 550         push @html, page_browse( $cookie );
 551     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'dna' ) {
 552         push @html, page_dna( $cookie );
 553     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'export' ) {
 554         push @html, page_export( $cookie );
 555     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'clade' ) {
 556         push @html, page_clade( $cookie );
 557     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'genome' ) {
 558         push @html, page_genome( $cookie );
 559     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'assembly' ) {
 560         push @html, page_assembly( $cookie );
 561     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'contig' ) {
 562         push @html, page_contig( $cookie );
 563     }
 564
 565     return wantarray ? @html : \@html;
 566 }
 567
 568
 569 sub page_login
 570 {
 571     # Martin A. Hansen, December 2009.
 572
 573     # Renders the login page.
 574
 575     my ( $cookie,
 576        ) = @_;
 577
 578     # Returns a list.
 579
 580     my ( @html );
 581
 582     push @html, section_login( $cookie );
 583
 584     return wantarray ? @html : \@html;
 585 }
 586
 587
 588 sub page_search
 589 {
 590     # Martin A. Hansen, December 2009.
 591
 592     # Renders the search page.
 593
 594     my ( $cookie,
 595        ) = @_;
 596
 597     # Returns a list.
 598
 599     my ( @html );
 600
 601     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 602     push @html, section_search( $cookie );
 603
 604     return wantarray ? @html : \@html;
 605 }
 606
 607
 608 sub page_browse
 609 {
 610     # Martin A. Hansen, November 2009.
 611
 612     # Renders the browse page.
 613
 614     my ( $cookie,
 615        ) = @_;
 616
 617     # Returns a list.
 618
 619     my ( @html );
 620
 621     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 622     push @html, section_navigate( $cookie );
 623     push @html, section_browse( $cookie );
 624     push @html, section_linkout( $cookie );
 625
 626     return wantarray ? @html : \@html;
 627 }
 628
 629
 630 sub page_dna
 631 {
 632     # Martin A. Hansen, November 2009.
 633
 634     # Renders the DNA page.
 635
 636     my ( $cookie,
 637        ) = @_;
 638
 639     # Returns a list.
 640
 641     my ( @html );
 642
 643     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 644     push @html, section_dna( $cookie );
 645
 646     return wantarray ? @html : \@html;
 647 }
 648
 649
 650 sub page_export
 651 {
 652     # Martin A. Hansen, November 2009.
 653
 654     # Renders the export page.
 655
 656     my ( $cookie,
 657        ) = @_;
 658
 659     # Returns a list.
 660
 661     my ( @html );
 662
 663     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 664     push @html, section_export( $cookie );
 665
 666     return wantarray ? @html : \@html;
 667 }
 668
 669
 670 sub page_clade
 671 {
 672     # Martin A. Hansen, March 2010.
 673
 674     # Renders the clade selection page.
 675
 676     my ( $cookie,   # cookie hash
 677        ) = @_;
 678
 679     # Returns a list.
 680
 681     my ( @html );
 682
 683     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 684     push @html, section_clade( $cookie );
 685
 686     return wantarray ? @html : \@html;
 687 }
 688
 689
 690 sub page_genome
 691 {
 692     # Martin A. Hansen, March 2010.
 693
 694     # Renders the genome selection page.
 695
 696     my ( $cookie,   # cookie hash
 697        ) = @_;
 698
 699     # Returns a list.
 700
 701     my ( @html );
 702
 703     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 704     push @html, section_genome( $cookie );
 705
 706     return wantarray ? @html : \@html;
 707 }
 708
 709
 710 sub page_assembly
 711 {
 712     # Martin A. Hansen, March 2010.
 713
 714     # Renders the clade selection page.
 715
 716     my ( $cookie,   # cookie hash
 717        ) = @_;
 718
 719     # Returns a list.
 720
 721     my ( @html );
 722
 723     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 724     push @html, section_assembly( $cookie );
 725
 726     return wantarray ? @html : \@html;
 727 }
 728
 729
 730 sub page_contig
 731 {
 732     # Martin A. Hansen, November 2009.
 733
 734     # Renders the browse page.
 735
 736     my ( $cookie,   # cookie hash
 737        ) = @_;
 738
 739     # Returns a list.
 740
 741     my ( @html );
 742
 743     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 744     push @html, section_contig( $cookie );
 745
 746     return wantarray ? @html : \@html;
 747 }
 748
 749
 750 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> SECTIONS <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 751
 752
 753 sub section_login
 754 {
 755     # Martin A. Hansen, December 2009.
 756
 757     # Returns a HTML section with a login menu.
 758
 759     my ( $cookie,   # cookie hash
 760        ) = @_;
 761
 762     # Returns a list.
 763
 764     my ( $user, $password, $login, @html );
 765
 766     $user     = Maasha::XHTML::text( name => "user", value => "", size => 20 );
 767     $password = Maasha::XHTML::password( name => "password", value => "", size => 20 );
 768     $login    = Maasha::XHTML::submit( name => "login_submit", value => "Login" );
 769
 770     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Login", class => 'center' );
 771
 772     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Login table", align => 'center' );
 773     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ "User:", $user ] );
 774     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ "Password:", $password ] );
 775     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ "", $login ] );
 776     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 777
 778     if ( defined $cookie->{ 'CLADE' }     and
 779          defined $cookie->{ 'GENOME' }    and
 780          defined $cookie->{ 'ASSEMBLY' }  and
 781          defined $cookie->{ 'CONTIG' }    and
 782          defined $cookie->{ 'NAV_START' } and
 783          defined $cookie->{ 'NAV_END' }
 784     )
 785     {
 786         push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "clade",     value => $cookie->{ 'CLADE' } ) );
 787         push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "genome",    value => $cookie->{ 'GENOME' } ) );
 788         push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "assembly",  value => $cookie->{ 'ASSEMBLY' } ) );
 789         push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "contig",    value => $cookie->{ 'CONTIG' } ) );
 790         push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "nav_start", value => $cookie->{ 'NAV_START' } ) );
 791         push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "nav_end",   value => $cookie->{ 'NAV_END' } ) );
 792     }
 793
 794     if ( $cookie->{ 'LOGIN_ERROR' } ) {
 795         push @html, Maasha::XHTML::h3( txt => "Bad user or password - please retry", class => 'error' );
 796     }
 797
 798     return wantarray ? @html : \@html;
 799 }
 800
 801
 802 sub section_taxonomy_table
 803 {
 804     # Martin A. Hansen, November 2009.
 805
 806     # Returns a HTML section with a taxonomy table
 807     # showing the location in the taxonomy and with
 808     # links to browse the taxonomy.
 809
 810     my ( $cookie,   # cookie hash
 811        ) = @_;
 812
 813     # Returns a list.
 814
 815     my ( $page, @row, @html, $href, $txt );
 816
 817     foreach $page ( @{ $cookie->{ 'LIST_PAGES' } } )
 818     {
 819         last if $page eq $cookie->{ 'PAGE' } or $page eq 'browse';
 820
 821         $href  = "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=$page";
 822         $href .= "&session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }";
 823         $href .= "&user=$cookie->{ 'USER' }";
 824         $href .= "&clade=$cookie->{ 'CLADE' }"       if $page !~ /clade/;
 825         $href .= "&genome=$cookie->{ 'GENOME' }"     if $page !~ /clade|genome/;
 826         $href .= "&assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }" if $page !~ /clade|genome|assembly/;
 827         $href .= "&contig=$cookie->{ 'CONTIG' }"     if $page !~ /clade|genome|assembly|contig/;
 828
 829         $txt = ": $cookie->{ uc $page }";
 830
 831         push @row, Maasha::XHTML::ln( txt => $page, href => $href, class => 'inline' );
 832         push @row, Maasha::XHTML::p(  txt => $txt, class => 'inline' );
 833     }
 834
 835     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Taxonomy table", align => 'center', cellpadding => '5px' );
 836     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ join( "\n", @row ) ], align => 'center' );
 837     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 838
 839     return wantarray ? @html : \@html;
 840 }
 841
 842
 843 sub section_clade
 844 {
 845     # Martin A. Hansen, March 2010.
 846
 847     # Returns a HTML section with clade selection choices
 848     # for navigating the taxonomy tree.
 849
 850     my ( $cookie,   # cookie hash
 851        ) = @_;
 852
 853     # Returns a list.
 854
 855     my ( @html, $clade, $href );
 856
 857     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Select clade", class => 'center' );
 858
 859     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Taxonomy select table", align => 'center', cellpadding => '5px' );
 860
 861     foreach $clade ( @{ $cookie->{ 'LIST_CLADE' } } )
 862     {
 863         $href  = "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=genome";
 864         $href .= "&session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }";
 865         $href .= "&user=$cookie->{ 'USER' }";
 866         $href .= "&clade=$clade";
 867
 868         push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ Maasha::XHTML::ln( txt => $clade, href => $href ) ] );
 869     }
 870
 871     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 872
 873     return wantarray ? @html : \@html;
 874 }
 875
 876
 877 sub section_genome
 878 {
 879     # Martin A. Hansen, March 2010.
 880
 881     # Returns a HTML section with genome selection choices
 882     # for navigating the taxonomy tree.
 883
 884     my ( $cookie,   # cookie hash
 885        ) = @_;
 886
 887     # Returns a list.
 888
 889     my ( @html, $genome, $href );
 890
 891     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Select genome", class => 'center' );
 892
 893     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Taxonomy select table", align => 'center', cellpadding => '5px' );
 894
 895     foreach $genome ( @{ $cookie->{ 'LIST_GENOME' } } )
 896     {
 897         $href  = "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=assembly";
 898         $href .= "&session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }";
 899         $href .= "&user=$cookie->{ 'USER' }";
 900         $href .= "&clade=$cookie->{ 'CLADE' }";
 901         $href .= "&genome=$genome";
 902
 903         push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ Maasha::XHTML::ln( txt => $genome, href => $href ) ] );
 904     }
 905
 906     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 907
 908     return wantarray ? @html : \@html;
 909 }
 910
 911
 912 sub section_assembly
 913 {
 914     # Martin A. Hansen, March 2010.
 915
 916     # Returns a HTML section with assembly selection choices
 917     # for navigating the taxonomy tree.
 918
 919     my ( $cookie,   # cookie hash
 920        ) = @_;
 921
 922     # Returns a list.
 923
 924     my ( @html, $assembly, $href );
 925
 926     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Select assembly", class => 'center' );
 927
 928     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Taxonomy select table", align => 'center', cellpadding => '5px' );
 929
 930     foreach $assembly ( @{ $cookie->{ 'LIST_ASSEMBLY' } } )
 931     {
 932         $href  = "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=contig";
 933         $href .= "&session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }";
 934         $href .= "&user=$cookie->{ 'USER' }";
 935         $href .= "&clade=$cookie->{ 'CLADE' }";
 936         $href .= "&genome=$cookie->{ 'GENOME' }";
 937         $href .= "&assembly=$assembly";
 938
 939         push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ Maasha::XHTML::ln( txt => $assembly, href => $href ) ] );
 940     }
 941
 942     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 943
 944     return wantarray ? @html : \@html;
 945 }
 946
 947
 948 sub section_contig
 949 {
 950     # Martin A. Hansen, March 2010.
 951
 952     # Returns a HTML section with contig selection choices
 953     # for navigating the taxonomy tree.
 954
 955     my ( $cookie,   # cookie hash
 956        ) = @_;
 957
 958     # Returns a list.
 959
 960     my ( @html, $contig, $href );
 961
 962     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Select contig", class => 'center' );
 963
 964     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Taxonomy select table", align => 'center', cellpadding => '5px' );
 965
 966     foreach $contig ( @{ $cookie->{ 'LIST_CONTIG' } } )
 967     {
 968         $href  = "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=browse";
 969         $href .= "&session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }";
 970         $href .= "&user=$cookie->{ 'USER' }";
 971         $href .= "&clade=$cookie->{ 'CLADE' }";
 972         $href .= "&genome=$cookie->{ 'GENOME' }";
 973         $href .= "&assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }";
 974         $href .= "&contig=$contig";
 975
 976         push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ Maasha::XHTML::ln( txt => $contig, href => $href ) ] );
 977     }
 978
 979     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 980
 981     return wantarray ? @html : \@html;
 982 }
 983
 984
 985 sub section_navigate
 986 {
 987     # Martin A. Hansen, November 2009.
 988
 989     # Returns a HTML section for navigating in the browser window.
 990
 991     my ( $cookie,   # cookie hash
 992        ) = @_;
 993
 994     # Returns a list.
 995
 996     my ( @html, $nav_val );
 997
 998     $nav_val = Maasha::Calc::commify( $cookie->{ 'NAV_START' } ) . "-" . Maasha::Calc::commify( $cookie->{ 'NAV_END' } );
 999
1000     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Navigation table", align => 'center' );
1001     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [
1002         "Position or search term:",
1003         Maasha::XHTML::text( name => "nav_search", value => $nav_val, size => 30 ),
1004         Maasha::XHTML::submit( name => "nav_submit", value => "Submit" ),
1005     ] );
1006     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
1007
1008     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Zoom table", align => 'center' );
1009     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [
1010         Maasha::XHTML::p( txt => 'Move:' ),
1011         Maasha::XHTML::submit( name => "move_left3",  value => "<<<", title => "move 95% to the left" ),
1012         Maasha::XHTML::submit( name => "move_left2",  value => "<<",  title => "move 47.5% to the left" ),
1013         Maasha::XHTML::submit( name => "move_left1",  value => "<",   title => "move 10% to the left" ),
1014         Maasha::XHTML::submit( name => "move_right1", value => ">",   title => "move 10% to the rigth" ),
1015         Maasha::XHTML::submit( name => "move_right2", value => ">>",  title => "move 47.5% to the rigth" ),
1016         Maasha::XHTML::submit( name => "move_right3", value => ">>>", title => "move 95% to the right" ),
1017         Maasha::XHTML::p( txt => 'Zoom in:' ),
1018         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_in1", value => "1.5x" ),
1019         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_in2", value => "3x" ),
1020         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_in3", value => "10x" ),
1021         Maasha::XHTML::p( txt => 'Zoom out:' ),
1022         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_out1", value => "1.5x" ),
1023         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_out2", value => "3x" ),
1024         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_out3", value => "10x" ),
1025     ] );
1026     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
1027
1028     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "page",     value => "browse" ) );
1029     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "user",     value => $cookie->{ 'USER' } ) );
1030     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "clade",    value => $cookie->{ 'CLADE' } ) );
1031     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "genome",   value => $cookie->{ 'GENOME' } ) );
1032     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "assembly", value => $cookie->{ 'ASSEMBLY' } ) );
1033     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "contig",   value => $cookie->{ 'CONTIG' } ) );
1034
1035     return wantarray ? @html : \@html;
1036 }
1037
1038
1039 sub section_linkout
1040 {
1041     # Martin A. Hansen, March 2010.
1042
1043     # Returns a HTML section for a static link based on information in the cookie.
1044
1045     my ( $cookie,   # cookie hash
1046        ) = @_;
1047
1048     # Returns a list.
1049
1050     my ( $link, @html );
1051
1052     $link = Maasha::XHTML::ln(
1053         txt  => 'link',
1054         href => join( "&", "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=browse",
1055                            "clade=$cookie->{ 'CLADE' }",
1056                            "genome=$cookie->{ 'GENOME' }",
1057                            "assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }",
1058                            "contig=$cookie->{ 'CONTIG' }",
1059                            "nav_start=$cookie->{ 'NAV_START' }",
1060                            "nav_end=$cookie->{ 'NAV_END' }",
1061               ),
1062         title  => "Static link to this view",
1063     );
1064
1065     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => $link, class => 'center' );
1066
1067     return wantarray ? @html : \@html;
1068 }
1069
1070
1071 sub section_browse
1072 {
1073     my ( $cookie,
1074        ) = @_;
1075
1076     # Returns a list.
1077
1078     my ( @track_list, $i, @tracks, $track, $elem, $surface, $cr, $png_data, @html, @img, $x1, $y1, $x2, $y2, $factor, $center );
1079
1080     push @tracks, [ Maasha::BGB::Track::track_ruler( $cookie ) ];
1081     push @tracks, [ Maasha::BGB::Track::track_seq( $cookie ) ];
1082
1083     @track_list = Maasha::BGB::Track::list_track_dir( $cookie->{ 'USER' }, $cookie->{ 'CLADE' }, $cookie->{ 'GENOME' }, $cookie->{ 'ASSEMBLY' }, $cookie->{ 'CONTIG' } );
1084
1085     for ( $i = 0; $i < @track_list; $i++ )
1086     {
1087         $cookie->{ 'FEAT_COLOR' } = Maasha::BGB::Draw::palette( $i );
1088
1089         push @tracks, [ Maasha::BGB::Track::track_feature( $track_list[ $i ], $cookie ) ];
1090     }
1091
1092     $surface = Cairo::ImageSurface->create( 'argb32', $cookie->{ 'IMG_WIDTH' }, $cookie->{ 'TRACK_OFFSET' } );
1093     $cr      = Cairo::Context->create( $surface );
1094
1095     $cr->rectangle( 0, 0, $cookie->{ 'IMG_WIDTH' }, $cookie->{ 'TRACK_OFFSET' } );
1096     $cr->set_source_rgb( 1, 1, 1 );
1097     $cr->fill;
1098
1099     foreach $track ( @tracks ) {
1100         Maasha::BGB::Draw::draw_feature( $cr, $track ) if $track;
1101     }
1102
1103     $png_data = Maasha::BGB::Draw::base64_png( $surface );
1104
1105     push @img, Maasha::XHTML::img(
1106         src    => "data:image/png;base64,$png_data",
1107         alt    => "Browser Tracks",
1108         height => $cookie->{ 'TRACK_OFFSET' },
1109         width  => $cookie->{ 'IMG_WIDTH' },
1110         id     => "browser_map",
1111         usemap => "#browser_map"
1112     );
1113
1114     push @img, Maasha::XHTML::map_beg( name => "browser_map", id => "browser_map" );
1115
1116     $factor = ( $cookie->{ 'NAV_END' } - $cookie->{ 'NAV_START' } + 1 ) / $cookie->{ 'IMG_WIDTH' };
1117
1118     for ( $i = 0; $i < $cookie->{ 'IMG_WIDTH' }; $i += 5 )
1119     {
1120         $x1 = $i;
1121         $y1 = 10;
1122         $x2 = $i + 5;
1123         $y2 = 20;
1124
1125         $center = int( $cookie->{ 'NAV_START' } + $factor * $i );
1126
1127         push @img, Maasha::XHTML::area(
1128             href   => join( "&", "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=browse",
1129                                  "session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }",
1130                                  "user=$cookie->{ 'USER' }",
1131                                  "clade=$cookie->{ 'CLADE' }",
1132                                  "genome=$cookie->{ 'GENOME' }",
1133                                  "assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }",
1134                                  "contig=$cookie->{ 'CONTIG' }",
1135                                  "nav_start=$cookie->{ 'NAV_START' }",
1136                                  "nav_end=$cookie->{ 'NAV_END' }",
1137                                  "nav_center=$center",
1138                       ),
1139             shape  => 'rect',
1140             coords => "$x1, $y1, $x2, $y2",
1141             title  => "Center on " . Maasha::Calc::commify( $center ),
1142         );
1143     }
1144
1145     foreach $track ( @tracks )
1146     {
1147         foreach $elem ( @{ $track } )
1148         {
1149             next if $elem->{ 'type' } =~ /text|wiggle/;
1150
1151             push @img, Maasha::XHTML::area(
1152                 href     => join( "&", "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=export",
1153                                        "session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }",
1154                                        "user=$cookie->{ 'USER' }",
1155                                        "clade=$cookie->{ 'CLADE' }",
1156                                        "genome=$cookie->{ 'GENOME' }",
1157                                        "assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }",
1158                                        "contig=$cookie->{ 'CONTIG' }",
1159                                        "s_beg=$elem->{ 's_beg' }",
1160                                        "s_end=$elem->{ 's_end' }",
1161                                        "strand=$elem->{ 'strand' }",
1162                                        "q_id=$elem->{ 'q_id' }",
1163                           ),
1164                 shape  => 'rect',
1165                 coords => "$elem->{ x1 }, $elem->{ y1 }, $elem->{ x2 }, $elem->{ y2 }",
1166                 title  => "$elem->{ 'title' }",
1167             );
1168         }
1169     }
1170
1171     push @img, Maasha::XHTML::map_end();
1172
1173     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => join( "\n", @img ) );
1174
1175     @html = Maasha::XHTML::div( txt => join( "\n", @html ), class => 'browse' );
1176
1177     return wantarray ? @html : \@html;
1178 }
1179
1180
1181 sub section_export
1182 {
1183     # Martin A. Hansen, November 2009.
1184
1185     # Returns a HTML section with export table.
1186
1187     my ( $cookie,   # cookie hash
1188        ) = @_;
1189
1190     # Returns a list.
1191
1192     my ( $feat, @row_dna_contig, @html );
1193
1194     $feat = $cookie->{ 'Q_ID' } || "[no name]";
1195
1196     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::p( txt => qq(Export Feature: "$feat" DNA from Contig: ), class => 'inline' );
1197     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::p( txt  => "$cookie->{ 'CONTIG' } Start: ", class => 'inline' );
1198     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::text( name => "s_beg", value => Maasha::Calc::commify( $cookie->{ 'S_BEG' } ), size => 15 );
1199     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::p( txt => "End: ", class => 'inline' );
1200     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::text( name => "s_end", value => Maasha::Calc::commify( $cookie->{ 'S_END' } ), size => 15 );
1201     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::p( txt => "Strand: ", class => 'inline' );
1202     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::menu( name => "strand", options => [ qw( + - ) ], selected => $cookie->{ 'STRAND' } );
1203     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::submit( name => "export", value => "Export", title => "Fetch DNA from this region" );
1204
1205     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Export", class => 'center' );
1206     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Taxonomy select table", align => 'center' );
1207     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => \@row_dna_contig );
1208     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
1209
1210     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "page",     value => "dna" ) );
1211     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "user",     value => $cookie->{ 'USER' } ) );
1212     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "clade",    value => $cookie->{ 'CLADE' } ) );
1213     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "genome",   value => $cookie->{ 'GENOME' } ) );
1214     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "assembly", value => $cookie->{ 'ASSEMBLY' } ) );
1215     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "contig",   value => $cookie->{ 'CONTIG' } ) );
1216
1217     return wantarray ? @html : \@html;
1218 }
1219
1220
1221 sub section_search
1222 {
1223     # Martin A. Hansen, November 2009.
1224
1225     # Returns a HTML section with export table.
1226
1227     my ( $cookie,   # cookie hash
1228        ) = @_;
1229
1230     # Returns a list.
1231
1232     my ( $results, $result, $count, @html, $export, $browse );
1233
1234     $results = Maasha::BGB::Track::search_tracks( $cookie );
1235
1236     $count = scalar @{ $results };
1237
1238     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Search", class => 'center' );
1239     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => qq(Results for "$cookie->{ 'SEARCH' }": $count), class => 'center' );
1240
1241     if ( $count > 0 )
1242     {
1243         push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Search table", align => 'center', cellpadding => '5px' );
1244         push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ qw( S_ID S_BEG S_END Q_ID SCORE STRAND HITS ALIGN BLOCK_COUNT BLOCK_BEGS BLOCK_LENS BLOCK_TYPE) ] );
1245
1246         foreach $result ( @{ $results } )
1247         {
1248             $cookie->{ 'CONTIG' }    = $result->{ 'S_ID' };
1249             $cookie->{ 'NAV_START' } = $result->{ 'S_BEG' };
1250             $cookie->{ 'NAV_END' }   = $result->{ 'S_END' };
1251             $cookie->{ 'S_BEG' }     = $result->{ 'S_BEG' };
1252             $cookie->{ 'S_END' }     = $result->{ 'S_END' };
1253             $cookie->{ 'STRAND' }    = $result->{ 'STRAND' };
1254             $cookie->{ 'Q_ID' }      = $result->{ 'Q_ID' };
1255
1256             $browse = Maasha::XHTML::ln(
1257                 txt  => "browse",
1258                 href => join( "&", "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=browse",
1259                                    "session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }",
1260                                    "user=$cookie->{ 'USER' }",
1261                                    "clade=$cookie->{ 'CLADE' }",
1262                                    "genome=$cookie->{ 'GENOME' }",
1263                                    "assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }",
1264                                    "contig=$cookie->{ 'CONTIG' }",
1265                                    "nav_start=$cookie->{ 'NAV_START' }",
1266                                    "nav_end=$cookie->{ 'NAV_END' }",
1267                 ),
1268             );
1269
1270
1271             $export = Maasha::XHTML::ln(
1272                 txt  => "export",
1273                 href => join( "&", "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=export",
1274                                    "session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }",
1275                                    "user=$cookie->{ 'USER' }",
1276                                    "clade=$cookie->{ 'CLADE' }",
1277                                    "genome=$cookie->{ 'GENOME' }",
1278                                    "assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }",
1279                                    "contig=$cookie->{ 'CONTIG' }",
1280                                    "s_beg=$cookie->{ 'S_BEG' }",
1281                                    "s_end=$cookie->{ 'S_END' }",
1282                                    "strand=$cookie->{ 'STRAND' }",
1283                 ),
1284             );
1285
1286             push @html, Maasha::XHTML::table_row_advanced(
1287                 tr => [ { td => $result->{ 'S_ID' } },
1288                         { td => $result->{ 'S_BEG' }, align => 'right' },
1289                         { td => $result->{ 'S_END' }, align => 'right' },
1290                         { td => $result->{ 'Q_ID' } },
1291                         { td => $result->{ 'SCORE' }, align => 'right' },
1292                         { td => $result->{ 'STRAND' } },
1293                         { td => $result->{ 'HITS' }, align => 'right' },
1294                         { td => $result->{ 'ALIGN' } },
1295                         { td => $result->{ 'BLOCK_COUNT' }, align => 'right' },
1296                         { td => $result->{ 'BLOCK_BEGS' } },
1297                         { td => $result->{ 'BLOCK_LENS' } },
1298                         { td => $result->{ 'BLOCK_TYPE' } },
1299                         { td => $browse },
1300                         { td => $export },
1301                 ], class => "monospace"
1302             );
1303         }
1304
1305         push @html, Maasha::XHTML::table_end;
1306     }
1307
1308     return wantarray ? @html : \@html;
1309 }
1310
1311
1312 sub section_dna
1313 {
1314     # Martin A. Hansen, November 2009.
1315
1316     # Returns a HTML section with extracted DNA.
1317
1318     my ( $cookie,   # cookie hash
1319        ) = @_;
1320
1321     # Returns a list.
1322
1323     my ( @html, $beg, $end, $seq );
1324
1325     $beg = $cookie->{ 'S_BEG' };
1326     $end = $cookie->{ 'S_END' };
1327     $beg =~ tr/,//d;
1328     $end =~ tr/,//d;
1329
1330     $seq = join ";", ">$cookie->{ 'GENOME' }", $cookie->{ 'ASSEMBLY' }, $cookie->{ 'CONTIG' }, $beg, $end, "$cookie->{ 'STRAND' }\n";
1331     $seq .= Maasha::BGB::Track::dna_get( $cookie );
1332
1333     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "DNA", class => 'center' );
1334     push @html, Maasha::XHTML::pre( txt => $seq );
1335
1336     return wantarray ? @html : \@html;
1337 }
1338
1339
1340 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1341
1342
1343 __END__