www/index.cgi

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2006-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 use strict;
  24 use warnings;
  25
  26 use lib $ENV{ 'BP_PERL' };
  27
  28 use CGI;
  29 use Data::Dumper;
  30 use Digest::MD5;
  31 use Maasha::Common;
  32 use Maasha::Filesys;
  33 use Maasha::Calc;
  34 use Maasha::XHTML;
  35 use Maasha::KISS;
  36 use Maasha::BGB::Session;
  37 use Maasha::BGB::Track;
  38 use Maasha::BGB::Draw;
  39
  40 my ( $cgi, $cookie, @html );
  41
  42 $cgi    = new CGI;
  43 $cookie = cookie_default( $cgi );;
  44
  45 push @html, Maasha::XHTML::html_header(
  46     cgi_header  => 1,
  47     title       => "Biopieces Genome Browser",
  48     css_file    => "bgb.css",
  49     author      => "Martin A. Hansen, mail\@maasha.dk",
  50     description => "Biopieces Genome Browser",
  51     keywords    => [ qw( Biopieces biopiece genome browser viewer bacterium bacteria prokaryote prokaryotes ) ],
  52     no_cache    => 1,
  53 );
  54
  55 push @html, Maasha::XHTML::h1( txt => "Biopieces Genome Browser", class => 'center' );
  56 push @html, Maasha::XHTML::form_beg( action => $cookie->{ 'SCRIPT' }, method => "post", enctype => "multipart/form-data" );
  57
  58 push @html, page( $cookie );
  59
  60 push @html, Maasha::XHTML::form_end;
  61 push @html, Maasha::XHTML::body_end;
  62 push @html, Maasha::XHTML::html_end;
  63
  64 # push @html, Maasha::XHTML::hdump( [ $cgi->Vars ] );  # DEBUG
  65 # push @html, Maasha::XHTML::hdump( \%ENV );           # DEBUG
  66 # push @html, Maasha::XHTML::hdump( $cookie );         # DEBUG
  67
  68 print "$_\n" foreach @html;
  69
  70
  71 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> SUBROUTINES <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  72
  73
  74 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> COOKIE <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  75
  76
  77 sub cookie_default
  78 {
  79     # Martin A. Hansen, November 2009.
  80
  81     # Set a cookie with values from the CGI object or defaults.
  82
  83     my ( $cgi,   # CGI object
  84        ) = @_;
  85
  86     # Returns a hash.
  87
  88     my ( $cookie, $path );
  89
  90     $cookie = {};
  91
  92     if ( $cgi->param( 'nav_search' ) )
  93     {
  94         if ( $cgi->param( 'nav_search' ) =~ /([0-9,]+)[ -]([0-9,]+)/ )
  95         {
  96             $cookie->{ 'NAV_START' } = $1;
  97             $cookie->{ 'NAV_END' }   = $2;
  98         }
  99         else
 100         {
 101             $cookie->{ 'SEARCH' } = $cgi->param( 'nav_search' );
 102
 103             $cgi->param( 'page', 'search' );
 104         }
 105     }
 106
 107     $cookie->{ 'SCRIPT' }          = Maasha::Common::get_scriptname();
 108     $cookie->{ 'DATA_DIR' }        = "Data";
 109     $cookie->{ 'SESSION_DIR' }     = "Sessions";
 110     $cookie->{ 'LIST_PAGES' }      = [ qw( clade genome assembly contig browse ) ];
 111
 112     $cookie->{ 'USER' }            = $cgi->param( 'user' ) || '';
 113     $cookie->{ 'PASSWORD' }        = $cgi->param( 'password' );
 114     $cookie->{ 'SESSION_ID' }      = $cgi->param( 'session_id' );
 115
 116     cookie_session( $cookie );
 117     cookie_login( $cookie );
 118
 119     $cookie->{ 'PAGE' }          ||= $cgi->param( 'page' )     || 'login';
 120     $cookie->{ 'CLADE' }           = $cgi->param( 'clade' )    || '';
 121     $cookie->{ 'GENOME' }          = $cgi->param( 'genome' )   || '';
 122     $cookie->{ 'ASSEMBLY' }        = $cgi->param( 'assembly' ) || '';
 123     $cookie->{ 'CONTIG' }          = $cgi->param( 'contig' )   || '';
 124     $cookie->{ 'Q_ID' }            = $cgi->param( 'q_id' );
 125     $cookie->{ 'S_BEG' }           = $cgi->param( 's_beg' );
 126     $cookie->{ 'S_END' }           = $cgi->param( 's_end' );
 127     $cookie->{ 'STRAND' }          = $cgi->param( 'strand' );
 128     $cookie->{ 'ZOOM_IN1' }        = $cgi->param( 'zoom_in1' );
 129     $cookie->{ 'ZOOM_IN2' }        = $cgi->param( 'zoom_in2' );
 130     $cookie->{ 'ZOOM_IN3' }        = $cgi->param( 'zoom_in3' );
 131     $cookie->{ 'ZOOM_OUT1' }       = $cgi->param( 'zoom_out1' );
 132     $cookie->{ 'ZOOM_OUT2' }       = $cgi->param( 'zoom_out2' );
 133     $cookie->{ 'ZOOM_OUT3' }       = $cgi->param( 'zoom_out3' );
 134     $cookie->{ 'MOVE_LEFT1' }      = $cgi->param( 'move_left1' );
 135     $cookie->{ 'MOVE_LEFT2' }      = $cgi->param( 'move_left2' );
 136     $cookie->{ 'MOVE_LEFT3' }      = $cgi->param( 'move_left3' );
 137     $cookie->{ 'MOVE_RIGHT1' }     = $cgi->param( 'move_right1' );
 138     $cookie->{ 'MOVE_RIGHT2' }     = $cgi->param( 'move_right2' );
 139     $cookie->{ 'MOVE_RIGHT3' }     = $cgi->param( 'move_right3' );
 140
 141     $cookie->{ 'IMG_WIDTH' }       = 1200;
 142     $cookie->{ 'IMG_HEIGHT' }      = 800;
 143     $cookie->{ 'TRACK_OFFSET' }    = 20;
 144     $cookie->{ 'TRACK_SPACE' }     = 20;
 145     $cookie->{ 'RULER_FONT_SIZE' } = 10;
 146     $cookie->{ 'RULER_COLOR' }     = [ 0, 0, 0 ];
 147     $cookie->{ 'SEQ_FONT_SIZE' }   = 10;
 148     $cookie->{ 'SEQ_COLOR' }       = [ 0, 0, 0, ];
 149     $cookie->{ 'FEAT_WIDTH' }      = 5;
 150     $cookie->{ 'FEAT_COLOR' }      = [ 0, 0, 0 ];
 151     $cookie->{ 'FEAT_MAX' }        = 5000;
 152
 153     $path = "$cookie->{ 'DATA_DIR' }/Users";
 154
 155     $cookie->{ 'LIST_USER' }       = Maasha::Filesys::ls_dirs_base( $path ) if -d $path;
 156
 157     $path .= "/$cookie->{ 'USER' }";
 158
 159     $cookie->{ 'LIST_CLADE' }      = Maasha::Filesys::ls_dirs_base( $path ) if -d $path;
 160
 161     $path .= "/$cookie->{ 'CLADE' }";
 162
 163     $cookie->{ 'LIST_GENOME' }     = Maasha::Filesys::ls_dirs_base( $path ) if -d $path;
 164
 165     $path .= "/$cookie->{ 'GENOME' }";
 166
 167     $cookie->{ 'LIST_ASSEMBLY' }   = Maasha::Filesys::ls_dirs_base( $path ) if -d $path;
 168
 169     $path .= "/$cookie->{ 'ASSEMBLY' }";
 170
 171     $cookie->{ 'LIST_CONTIG' }     = Maasha::Filesys::ls_dirs_base( $path ) if -d $path;
 172
 173     if ( $cookie->{ 'CONTIG' } )
 174     {
 175         cookie_start( $cookie );
 176         cookie_end( $cookie );
 177         cookie_zoom( $cookie );
 178         cookie_move( $cookie );
 179     }
 180
 181     $cookie->{ 'STRAND' } = '+' if defined $cookie->{ 'STRAND' } and $cookie->{ 'STRAND' } eq ' ';   # FIXME ugly HTML fix
 182
 183     return wantarray ? %{ $cookie } : $cookie;
 184 }
 185
 186
 187 sub cookie_session
 188 {
 189     # Martin A. Hansen, December 2009.
 190
 191     # Check cookie information against session information.
 192
 193     my ( $cookie,   # cookie hash
 194        ) = @_;
 195
 196     # Returns nothing.
 197
 198     my ( $session );
 199
 200     $session = Maasha::BGB::Session::session_restore( "$cookie->{ 'SESSION_DIR' }/sessions.txt" );
 201
 202     # if ( $cookie->{ 'SESSION_ID' } )
 203     # {
 204     #     if ( $cookie->{ 'SESSION_ID' } ne $ENV{ 'SSL_SESSION_ID' } ) {
 205     #         $cookie->{ 'PAGE' } = 'login';
 206     #         print STDERR "HER1"; # DEBUG
 207     #     }
 208     # }
 209     # else
 210     # {
 211     #     $cookie->{ 'PAGE' } = 'login';
 212     #
 213     #     print STDERR "HER2"; # DEBUG
 214     # }
 215
 216     if ( exists $session->{ $cookie->{ 'USER' } } and $cookie->{ 'SESSION_ID' } )
 217     {
 218         if ( $session->{ $cookie->{ 'USER' } }->{ 'SESSION_ID' } ne $cookie->{ 'SESSION_ID' } ) {
 219             $cookie->{ 'PAGE' } = 'login';
 220             print STDERR "HER3"; # DEBUG
 221         }
 222     }
 223     else
 224     {
 225         $cookie->{ 'PAGE' } = 'login';
 226         print STDERR "HER4"; # DEBUG
 227         print STDERR "NO COOKIE SESSION ID\n" if not $cookie->{ 'SESSION_ID' }; # DEBUG
 228         print STDERR "NO COOKIE SESSION ID\n" if not $cookie->{ 'USER' }; # DEBUG
 229         print STDERR "NO SESSION USER\n"      if not exists $session->{ $cookie->{ 'USER' } }; # DEBUG
 230     }
 231 }
 232
 233
 234 sub cookie_login
 235 {
 236     # Martin A. Hansen, December 2009.
 237
 238     # Check a user and password from CGI against the password file and
 239     # set the session ID, if found, in the cookie.
 240
 241     my ( $cookie,   # cookie hash
 242        ) = @_;
 243
 244     # Returns nothing.
 245
 246     my ( $session );
 247
 248 <<<<<<< .mine
 249 =======
 250     $session = Maasha::BGB::Session::session_restore( "$cookie->{ 'SESSION_DIR' }/sessions.txt" );
 251
 252 >>>>>>> .r811
 253     if ( $cookie->{ 'USER' } and $cookie->{ 'PASSWORD' } )
 254     {
 255         $session = Maasha::BBrowser::Session::session_restore( "$cookie->{ 'SESSION_DIR' }/sessions.txt" );
 256
 257         if ( exists $session->{ $cookie->{ 'USER' } } and
 258              $session->{ $cookie->{ 'USER' } }->{ 'PASSWORD' } eq Digest::MD5::md5_hex( $cookie->{ 'PASSWORD' } ) )
 259         {
 260 <<<<<<< .mine
 261             $session->{ $cookie->{ 'USER' } }->{ 'SESSION_ID' } ||= Maasha::BBrowser::Session::session_new();
 262             # $session->{ $cookie->{ 'USER' } }->{ 'SESSION_ID' }   = $ENV{ 'SSL_SESSION_ID' };
 263 =======
 264             # $session->{ $cookie->{ 'USER' } }->{ 'SESSION_ID' } ||= Maasha::BGB::Session::session_new();
 265             $session->{ $cookie->{ 'USER' } }->{ 'SESSION_ID' }   = $ENV{ 'SSL_SESSION_ID' };
 266 >>>>>>> .r811
 267             $session->{ $cookie->{ 'USER' } }->{ 'TIME' }         = Maasha::Common::time_stamp();
 268
 269             $cookie->{ 'SESSION_ID' } = $session->{ $cookie->{ 'USER' } }->{ 'SESSION_ID' };
 270             $cookie->{ 'LOGIN' }      = "OK";
 271             $cookie->{ 'PAGE' }       = 'clade';
 272
 273             Maasha::BGB::Session::session_store( "$cookie->{ 'SESSION_DIR' }/sessions.txt", $session );
 274         }
 275         else
 276         {
 277             $cookie->{ 'LOGIN' } = "ERROR";
 278         }
 279     }
 280 }
 281
 282
 283 sub cookie_start
 284 {
 285     # Martin A. Hansen, November 2009.
 286
 287     # Decommify the cookie value for NAV_START and adjust it to
 288     # to prevent negative values.
 289
 290     my ( $cookie,   # cookie hash
 291        ) = @_;
 292
 293     # Returns nothing.
 294
 295     if ( defined $cookie->{ 'NAV_START' } )
 296     {
 297         $cookie->{ 'NAV_START' } =~ tr/,//d;
 298         $cookie->{ 'NAV_START' } = 0 if $cookie->{ 'NAV_START' } < 0;
 299     }
 300     else
 301     {
 302         $cookie->{ 'NAV_START' } = 0;
 303     }
 304 }
 305
 306
 307 sub cookie_end
 308 {
 309     # Martin A. Hansen, November 2009.
 310
 311     # Decommify the cookie value for NAV_END and adjust it to prevent
 312     # overshooting the max value for the contig size as determined
 313     # from the cookie.
 314
 315     my ( $cookie,   # cookie hash
 316        ) = @_;
 317
 318     # Returns nothing.
 319
 320     my ( $max );
 321
 322     $max = Maasha::Filesys::file_size( Maasha::BGB::Track::path_seq( $cookie ) );
 323
 324     if ( defined $cookie->{ 'NAV_END' } )
 325     {
 326         $cookie->{ 'NAV_END' } =~ tr/,//d;
 327         $cookie->{ 'NAV_END' } = $max if $cookie->{ 'NAV_END' } > $max;
 328     }
 329     else
 330     {
 331         $cookie->{ 'NAV_END' } = $max;
 332     }
 333 }
 334
 335
 336 sub cookie_zoom
 337 {
 338     # Martin A. Hansen, November 2009.
 339
 340     # Adjust the cookie values for NAV_START and NAV_END based
 341     # on cookie ZOOM values.
 342
 343     my ( $cookie,   # cookie hash
 344        ) = @_;
 345
 346     # Returns nothing.
 347
 348     my ( $max, $dist, $new_dist, $dist_diff );
 349
 350     $max = Maasha::Filesys::file_size( Maasha::BGB::Track::path_seq( $cookie ) );
 351
 352     $dist = $cookie->{ 'NAV_END' } - $cookie->{ 'NAV_START' };
 353
 354     if ( defined $cookie->{ 'ZOOM_IN1' } ) {
 355         $new_dist = $dist / 1.5;
 356     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_IN2' } ) {
 357         $new_dist = $dist / 3;
 358     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_IN3' } ) {
 359         $new_dist = $dist / 10;
 360     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_OUT1' } ) {
 361         $new_dist = $dist * 1.5;
 362     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_OUT2' } ) {
 363         $new_dist = $dist * 3;
 364     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_OUT3' } ) {
 365         $new_dist = $dist * 10;
 366     }
 367
 368     if ( $new_dist )
 369     {
 370         $dist_diff = $dist - $new_dist;
 371
 372         $cookie->{ 'NAV_START' } = int( $cookie->{ 'NAV_START' } + ( $dist_diff / 2 ) );
 373         $cookie->{ 'NAV_END' }   = int( $cookie->{ 'NAV_END' }   - ( $dist_diff / 2 ) );
 374
 375         $cookie->{ 'NAV_START' } = 0    if $cookie->{ 'NAV_START' } < 0;
 376         $cookie->{ 'NAV_END' }   = $max if $cookie->{ 'NAV_END' } > $max;
 377     }
 378 }
 379
 380
 381 sub cookie_move
 382 {
 383     # Martin A. Hansen, November 2009.
 384
 385     # Adjust the cookie values for NAV_START and NAV_END based
 386     # on cookie MOVE values.
 387
 388     my ( $cookie,   # cookie hash
 389        ) = @_;
 390
 391     my ( $max, $dist, $shift, $new_start, $new_end );
 392
 393     $max = Maasha::Filesys::file_size( Maasha::BGB::Track::path_seq( $cookie ) );
 394
 395     $dist = $cookie->{ 'NAV_END' } - $cookie->{ 'NAV_START' };
 396
 397     if ( defined $cookie->{ 'MOVE_LEFT1' } ) {
 398         $shift = -1 * $dist * 0.10;
 399     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_LEFT2' } ) {
 400         $shift = -1 * $dist * 0.475;
 401     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_LEFT3' } ) {
 402         $shift = -1 * $dist * 0.95;
 403     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_RIGHT1' } ) {
 404         $shift = $dist * 0.10;
 405     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_RIGHT2' } ) {
 406         $shift = $dist * 0.475;
 407     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_RIGHT3' } ) {
 408         $shift = $dist * 0.95;
 409     }
 410
 411     if ( $shift )
 412     {
 413         $new_start = int( $cookie->{ 'NAV_START' } + $shift );
 414         $new_end   = int( $cookie->{ 'NAV_END' }   + $shift );
 415
 416         if ( $new_start > 0 and $new_end < $max )
 417         {
 418             $cookie->{ 'NAV_START' } = $new_start;
 419             $cookie->{ 'NAV_END' }   = $new_end;
 420         }
 421     }
 422 }
 423
 424
 425 sub cookie_href
 426 {
 427     # Martin A. Hansen, November 2009.
 428
 429     # Returns the href for a taxonomy path terminated at a given
 430     # page using information stored in a cookie.
 431
 432     my ( $cookie,   # cookie hash
 433          $page,     # page
 434        ) = @_;
 435
 436     # Returns a string.
 437
 438     my ( @href_list, %href_hash, $href );
 439
 440     $href_hash{ "user" } = $cookie->{ 'USER' } if $cookie->{ 'USER' };
 441
 442     while ( 1 )
 443     {
 444         $href_hash{ "clade" } = $cookie->{ 'CLADE' }        if $cookie->{ 'CLADE' };
 445         last if $page eq 'clade';
 446         $href_hash{ "genome" } = $cookie->{ 'GENOME' }      if $cookie->{ 'GENOME' };
 447         last if $page eq 'genome';
 448         $href_hash{ "assembly" } = $cookie->{ 'ASSEMBLY' }  if $cookie->{ 'ASSEMBLY' };
 449         last if $page eq 'assembly';
 450         $href_hash{ "contig" } = $cookie->{ 'CONTIG' }      if $cookie->{ 'CONTIG' };
 451         last if $page eq 'contig';
 452         last;
 453     }
 454
 455     if ( defined $cookie->{ 'NAV_START' } and defined $cookie->{ 'NAV_END' } ) {
 456         $href_hash{ "nav_search" } = "$cookie->{ 'NAV_START' }-$cookie->{ 'NAV_END' }";
 457     }
 458
 459     $href_hash{ "s_beg" }      = $cookie->{ 'S_BEG' }      if defined $cookie->{ 'S_BEG' };
 460     $href_hash{ "s_end" }      = $cookie->{ 'S_END' }      if defined $cookie->{ 'S_END' };
 461     $href_hash{ "q_id" }       = $cookie->{ 'Q_ID' }       if defined $cookie->{ 'Q_ID' };
 462     $href_hash{ "strand" }     = $cookie->{ 'STRAND' }     if defined $cookie->{ 'STRAND' };
 463     $href_hash{ "session_id" } = $cookie->{ 'SESSION_ID' } if defined $cookie->{ 'SESSION_ID' };
 464
 465     push @href_list, "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=$page";
 466
 467     foreach $href ( keys %href_hash ) {
 468         push @href_list, "$href=$href_hash{ $href }";
 469     }
 470
 471     return join "&", @href_list;
 472 }
 473
 474
 475 sub cookie_page_next
 476 {
 477     # Martin A. Hansen, November 2009.
 478
 479     # Returns the next page in the taxonomy path.
 480
 481     my ( $cookie,   # cookie hash
 482        ) = @_;
 483
 484     # Returns a string.
 485
 486     my ( $i );
 487
 488     for ( $i = 0; $i < @{ $cookie->{ 'LIST_PAGES' } }; $i++ ) {
 489         last if $cookie->{ 'PAGE' } eq $cookie->{ 'LIST_PAGES' }->[ $i ];
 490     }
 491
 492     return $cookie->{ 'LIST_PAGES' }->[ $i + 1 ];
 493 }
 494
 495
 496 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> PAGES <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 497
 498
 499 sub page
 500 {
 501     # Martin A. Hansen, November 2009.
 502
 503     # Determines what page to render based on
 504     # the cookie's PAGE setting.
 505
 506     my ( $cookie,   # cookie hash
 507        ) = @_;
 508
 509     # Returns a list.
 510
 511     my ( @html );
 512
 513     if ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'login' ) {
 514         push @html, page_login( $cookie );
 515     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'search' ) {
 516         push @html, page_search( $cookie );
 517     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'browse' ) {
 518         push @html, page_browse( $cookie );
 519     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'dna' ) {
 520         push @html, page_dna( $cookie );
 521     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'export' ) {
 522         push @html, page_export( $cookie );
 523     } else {
 524         push @html, page_taxonomy( $cookie );
 525     }
 526
 527     if ( $cookie->{ 'SESSION_ID' } ) {
 528         push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "session_id", value => "$cookie->{ 'SESSION_ID' }" ) );
 529     }
 530
 531     return wantarray ? @html : \@html;
 532 }
 533
 534
 535 sub page_login
 536 {
 537     # Martin A. Hansen, December 2009.
 538
 539     # Renders the login page.
 540
 541     my ( $cookie,
 542        ) = @_;
 543
 544     # Returns a list.
 545
 546     my ( @html );
 547
 548     push @html, section_login( $cookie );
 549
 550     return wantarray ? @html : \@html;
 551 }
 552
 553
 554 sub page_search
 555 {
 556     # Martin A. Hansen, December 2009.
 557
 558     # Renders the search page.
 559
 560     my ( $cookie,
 561        ) = @_;
 562
 563     # Returns a list.
 564
 565     my ( @html );
 566
 567     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 568     push @html, section_search( $cookie );
 569
 570     return wantarray ? @html : \@html;
 571 }
 572
 573
 574 sub page_browse
 575 {
 576     # Martin A. Hansen, November 2009.
 577
 578     # Renders the browse page.
 579
 580     my ( $cookie,
 581        ) = @_;
 582
 583     # Returns a list.
 584
 585     my ( @html );
 586
 587     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 588     push @html, section_navigate( $cookie );
 589     push @html, section_browse( $cookie );
 590
 591     return wantarray ? @html : \@html;
 592 }
 593
 594
 595 sub page_dna
 596 {
 597     # Martin A. Hansen, November 2009.
 598
 599     # Renders the DNA page.
 600
 601     my ( $cookie,
 602        ) = @_;
 603
 604     # Returns a list.
 605
 606     my ( @html );
 607
 608     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 609     push @html, section_dna( $cookie );
 610
 611     return wantarray ? @html : \@html;
 612 }
 613
 614
 615 sub page_export
 616 {
 617     # Martin A. Hansen, November 2009.
 618
 619     # Renders the export page.
 620
 621     my ( $cookie,
 622        ) = @_;
 623
 624     # Returns a list.
 625
 626     my ( @html );
 627
 628     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 629     push @html, section_export( $cookie );
 630
 631     return wantarray ? @html : \@html;
 632 }
 633
 634
 635 sub page_taxonomy
 636 {
 637     # Martin A. Hansen, November 2009.
 638
 639     # Renders the browse page.
 640
 641     my ( $cookie,   # cookie hash
 642        ) = @_;
 643
 644     # Returns a list.
 645
 646     my ( @html );
 647
 648     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 649     push @html, section_taxonomy_select( $cookie );
 650
 651     return wantarray ? @html : \@html;
 652 }
 653
 654
 655 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> SECTIONS <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 656
 657
 658 sub section_login
 659 {
 660     # Martin A. Hansen, December 2009.
 661
 662     # Returns a HTML section with a login menu.
 663
 664     my ( $cookie,   # cookie hash
 665        ) = @_;
 666
 667     # Returns a list.
 668
 669     my ( $user, $password, $login, @html );
 670
 671     $user     = Maasha::XHTML::text( name => "user", value => "", size => 20 );
 672     $password = Maasha::XHTML::password( name => "password", value => "", size => 20 );
 673     $login    = Maasha::XHTML::submit( name => "login_submit", value => "Login" );
 674
 675     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Login", class => 'center' );
 676
 677     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Login table", align => 'center' );
 678     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ "User:", $user ] );
 679     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ "Password:", $password ] );
 680     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ "", $login ] );
 681     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 682
 683     if ( $cookie->{ 'LOGIN' } and $cookie->{ 'LOGIN' } eq 'ERROR' ) {
 684         push @html, Maasha::XHTML::h3( txt => "Bad user or password - please retry", class => 'error' );
 685     }
 686
 687     return wantarray ? @html : \@html;
 688 }
 689
 690
 691 sub section_taxonomy_table
 692 {
 693     # Martin A. Hansen, November 2009.
 694
 695     # Returns a HTML section with a taxonomy table
 696     # showing the location in the taxonomy and with
 697     # links to browse the taxonomy.
 698
 699     my ( $cookie,   # cookie hash
 700        ) = @_;
 701
 702     # Returns a list.
 703
 704     my ( $page, @row, @html, $href, $txt );
 705
 706     foreach $page ( @{ $cookie->{ 'LIST_PAGES' } } )
 707     {
 708         last if $page eq $cookie->{ 'PAGE' } or $page eq 'browse';
 709
 710         $href = cookie_href( $cookie, $page );
 711
 712         $txt = ": $cookie->{ uc $page }";
 713
 714         push @row, Maasha::XHTML::ln( txt => $page, href => $href, class => 'inline' );
 715         push @row, Maasha::XHTML::p(  txt => $txt, class => 'inline' );
 716     }
 717
 718     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Taxonomy table", align => 'center', cellpadding => '5px' );
 719     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ join( "\n", @row ) ], align => 'center' );
 720     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 721
 722     return wantarray ? @html : \@html;
 723 }
 724
 725
 726 sub section_taxonomy_select
 727 {
 728     # Martin A. Hansen, November 2009.
 729
 730     # Returns a HTML section with selection choices
 731     # for navigating the taxonomy tree.
 732
 733     my ( $cookie,   # cookie hash
 734        ) = @_;
 735
 736     # Returns a list.
 737
 738     my ( $list, @html, $item, $href );
 739
 740     $list = "LIST_" . uc $cookie->{ 'PAGE' };
 741
 742     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Select $cookie->{ 'PAGE' }", class => 'center' );
 743
 744     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Taxonomy select table", align => 'center', cellpadding => '5px' );
 745
 746     foreach $item ( @{ $cookie->{ $list } } )
 747     {
 748         $cookie->{ uc $cookie->{ 'PAGE' } } = $item;
 749
 750         $href = cookie_href( $cookie, cookie_page_next( $cookie ) );
 751
 752         push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ Maasha::XHTML::ln( txt => $item, href => $href ) ] );
 753     }
 754
 755     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 756
 757     return wantarray ? @html : \@html;
 758 }
 759
 760
 761 sub section_navigate
 762 {
 763     # Martin A. Hansen, November 2009.
 764
 765     # Returns a HTML section for navigating in the browser window.
 766
 767     my ( $cookie,   # cookie hash
 768        ) = @_;
 769
 770     # Returns a list.
 771
 772     my ( @html, $nav_val );
 773
 774     $nav_val = Maasha::Calc::commify( $cookie->{ 'NAV_START' } ) . "-" . Maasha::Calc::commify( $cookie->{ 'NAV_END' } );
 775
 776     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Navigation table", align => 'center' );
 777     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [
 778         "Position or search term:",
 779         Maasha::XHTML::text( name => "nav_search", value => $nav_val, size => 30 ),
 780         Maasha::XHTML::submit( name => "nav_submit", value => "Submit" ),
 781     ] );
 782     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 783
 784     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Zoom table", align => 'center' );
 785     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [
 786         Maasha::XHTML::p( txt => 'Move:' ),
 787         Maasha::XHTML::submit( name => "move_left3",  value => "<<<", title => "move 95% to the left" ),
 788         Maasha::XHTML::submit( name => "move_left2",  value => "<<",  title => "move 47.5% to the left" ),
 789         Maasha::XHTML::submit( name => "move_left1",  value => "<",   title => "move 10% to the left" ),
 790         Maasha::XHTML::submit( name => "move_right1", value => ">",   title => "move 10% to the rigth" ),
 791         Maasha::XHTML::submit( name => "move_right2", value => ">>",  title => "move 47.5% to the rigth" ),
 792         Maasha::XHTML::submit( name => "move_right3", value => ">>>", title => "move 95% to the right" ),
 793         Maasha::XHTML::p( txt => 'Zoom in:' ),
 794         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_in1", value => "1.5x" ),
 795         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_in2", value => "3x" ),
 796         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_in3", value => "10x" ),
 797         Maasha::XHTML::p( txt => 'Zoom out:' ),
 798         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_out1", value => "1.5x" ),
 799         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_out2", value => "3x" ),
 800         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_out3", value => "10x" ),
 801     ] );
 802     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 803
 804     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "page",     value => "browse" ) );
 805     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "user",     value => "$cookie->{ 'USER' }" ) );
 806     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "clade",    value => "$cookie->{ 'CLADE' }" ) );
 807     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "genome",   value => "$cookie->{ 'GENOME' }" ) );
 808     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "assembly", value => "$cookie->{ 'ASSEMBLY' }" ) );
 809     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "contig",   value => "$cookie->{ 'CONTIG' }" ) );
 810
 811     return wantarray ? @html : \@html;
 812 }
 813
 814
 815 sub section_browse
 816 {
 817     my ( $cookie,
 818        ) = @_;
 819
 820     # Returns a list.
 821
 822     my ( @tracks, $i, @features, $feat, $elem, $surface, $cr, $png_data, @html, @img );
 823
 824     push @features, [ Maasha::BGB::Track::track_ruler( $cookie ) ];
 825     push @features, [ Maasha::BGB::Track::track_seq( $cookie ) ];
 826
 827     @tracks = Maasha::BGB::Track::path_tracks( $cookie );
 828
 829     for ( $i = 0; $i < @tracks; $i++ )
 830     {
 831         $cookie->{ 'FEAT_COLOR' } = Maasha::BGB::Draw::palette( $i );
 832
 833         push @features, [ Maasha::BGB::Track::track_feature( $tracks[ $i ], $cookie ) ];
 834     }
 835
 836     $surface = Cairo::ImageSurface->create( 'argb32', $cookie->{ 'IMG_WIDTH' }, $cookie->{ 'TRACK_OFFSET' } );
 837     $cr      = Cairo::Context->create( $surface );
 838
 839     $cr->rectangle ( 0, 0, $cookie->{ 'IMG_WIDTH' },  $cookie->{ 'TRACK_OFFSET' } );
 840     $cr->set_source_rgb ( 1, 1, 1 );
 841     $cr->fill;
 842
 843     foreach $feat ( @features ) {
 844         Maasha::BGB::Draw::draw_feature( $cr, $feat ) if $feat;
 845     }
 846
 847     $png_data = Maasha::BGB::Draw::base64_png( $surface );
 848
 849     push @img, Maasha::XHTML::img(
 850         src    => "data:image/png;base64,$png_data",
 851         alt    => "Browser Tracks",
 852         height => $cookie->{ 'TRACK_OFFSET' },
 853         width  => $cookie->{ 'IMG_WIDTH' },
 854         id     => "browser_map",
 855         usemap => "#browser_map"
 856     );
 857
 858     push @img, Maasha::XHTML::map_beg( name => "browser_map", id => "browser_map" );
 859
 860     foreach $feat ( @features )
 861     {
 862         foreach $elem ( @{ $feat } )
 863         {
 864             next if $elem->{ 'type' } eq 'text';
 865
 866             #$elem->{ 'strand' } = '&#43' if $elem->{ 'strand' } eq '+';
 867
 868             $cookie->{ 'Q_ID' }   = $elem->{ 'q_id' };
 869             $cookie->{ 'S_BEG' }  = $elem->{ 's_beg' };
 870             $cookie->{ 'S_END' }  = $elem->{ 's_end' };
 871             $cookie->{ 'STRAND' } = $elem->{ 'strand' };
 872
 873             push @img, Maasha::XHTML::area(
 874                 href   => cookie_href( $cookie, "export" ),
 875                 # href   => cookie_href( $cookie, "export" ) . "&q_id=$elem->{ 'q_id' }&s_beg=$elem->{ 's_beg' }&s_end=$elem->{ 's_end' }&strand=$elem->{ 'strand' }",
 876                 shape  => "rect",
 877                 coords => "$elem->{ x1 }, $elem->{ y1 }, $elem->{ x2 }, $elem->{ y2 }", title => "$elem->{ 'title' }",
 878             );
 879         }
 880     }
 881
 882     push @img, Maasha::XHTML::map_end();
 883
 884     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => join( "\n", @img ) );
 885
 886     @html = Maasha::XHTML::div( txt => join( "\n", @html ), class => 'browse' );
 887
 888     return wantarray ? @html : \@html;
 889 }
 890
 891
 892 sub section_export
 893 {
 894     # Martin A. Hansen, November 2009.
 895
 896     # Returns a HTML section with export table.
 897
 898     my ( $cookie,   # cookie hash
 899        ) = @_;
 900
 901     # Returns a list.
 902
 903     my ( @row_dna_contig, @html );
 904
 905     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::p( txt => qq(Export Feature: "$cookie->{ 'Q_ID' }" DNA from Contig: ), class => 'inline' );
 906     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::p( txt  => "$cookie->{ 'CONTIG' } Start: ", class => 'inline' );
 907     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::text( name => "s_beg", value => Maasha::Calc::commify( $cookie->{ 'S_BEG' } ), size => 15 );
 908     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::p( txt => "End: ", class => 'inline' );
 909     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::text( name => "s_end", value => Maasha::Calc::commify( $cookie->{ 'S_END' } ), size => 15 );
 910     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::p( txt => "Strand: ", class => 'inline' );
 911     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::menu( name => "strand", options => [ qw( + - ) ], selected => $cookie->{ 'STRAND' } );
 912     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::submit( name => "export", value => "Export", title => "Fetch DNA from this region" );
 913
 914     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Export", class => 'center' );
 915     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Taxonomy select table", align => 'center' );
 916     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => \@row_dna_contig );
 917     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 918
 919     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "page", value => "dna" ) );
 920     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "user",     value => "$cookie->{ 'USER' }" ) );
 921     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "clade",    value => "$cookie->{ 'CLADE' }" ) );
 922     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "genome",   value => "$cookie->{ 'GENOME' }" ) );
 923     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "assembly", value => "$cookie->{ 'ASSEMBLY' }" ) );
 924     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "contig",   value => "$cookie->{ 'CONTIG' }" ) );
 925
 926     return wantarray ? @html : \@html;
 927 }
 928
 929
 930 sub section_search
 931 {
 932     # Martin A. Hansen, November 2009.
 933
 934     # Returns a HTML section with export table.
 935
 936     my ( $cookie,   # cookie hash
 937        ) = @_;
 938
 939     # Returns a list.
 940
 941     my ( $results, $result, $count, @html, $export, $browse );
 942
 943     $results = Maasha::BGB::Track::search_tracks( $cookie );
 944
 945     $count = scalar @{ $results };
 946
 947     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Search", class => 'center' );
 948     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => qq(Results for "$cookie->{ 'SEARCH' }": $count), class => 'center' );
 949
 950     if ( $count > 0 )
 951     {
 952         push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Search table", align => 'center', cellpadding => '5px' );
 953         push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ qw( S_ID S_BEG S_END Q_ID SCORE STRAND HITS ALIGN BLOCK_COUNT BLOCK_BEGS BLOCK_LENS BLOCK_TYPE) ] );
 954
 955         foreach $result ( @{ $results } )
 956         {
 957             $cookie->{ 'CONTIG' }    = $result->{ 'S_ID' };
 958             $cookie->{ 'NAV_START' } = $result->{ 'S_BEG' };
 959             $cookie->{ 'NAV_END' }   = $result->{ 'S_END' };
 960             $cookie->{ 'S_BEG' }     = $result->{ 'S_BEG' };
 961             $cookie->{ 'S_END' }     = $result->{ 'S_END' };
 962             $cookie->{ 'STRAND' }    = $result->{ 'STRAND' };
 963             $cookie->{ 'Q_ID' }      = $result->{ 'Q_ID' };
 964
 965             $browse = Maasha::XHTML::ln( txt => "browse", href => cookie_href( $cookie, "browse" ) );
 966             $export = Maasha::XHTML::ln( txt => "export", href => cookie_href( $cookie, "export" ) );
 967
 968             push @html, Maasha::XHTML::table_row_advanced(
 969                 tr => [ { td => $result->{ 'S_ID' } },
 970                         { td => $result->{ 'S_BEG' }, align => 'right' },
 971                         { td => $result->{ 'S_END' }, align => 'right' },
 972                         { td => $result->{ 'Q_ID' } },
 973                         { td => $result->{ 'SCORE' }, align => 'right' },
 974                         { td => $result->{ 'STRAND' } },
 975                         { td => $result->{ 'HITS' }, align => 'right' },
 976                         { td => $result->{ 'ALIGN' } },
 977                         { td => $result->{ 'BLOCK_COUNT' }, align => 'right' },
 978                         { td => $result->{ 'BLOCK_BEGS' } },
 979                         { td => $result->{ 'BLOCK_LENS' } },
 980                         { td => $result->{ 'BLOCK_TYPE' } },
 981                         { td => $browse },
 982                         { td => $export },
 983                 ], class => "monospace"
 984             );
 985         }
 986
 987         push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 988     }
 989
 990     return wantarray ? @html : \@html;
 991 }
 992
 993
 994 sub section_dna
 995 {
 996     # Martin A. Hansen, November 2009.
 997
 998     # Returns a HTML section with extracted DNA.
 999
1000     my ( $cookie,   # cookie hash
1001        ) = @_;
1002
1003     # Returns a list.
1004
1005     my ( @html, $beg, $end, $seq );
1006
1007     $beg = $cookie->{ 'S_BEG' };
1008     $end = $cookie->{ 'S_END' };
1009     $beg =~ tr/,//d;
1010     $end =~ tr/,//d;
1011
1012     $seq = join ";", ">$cookie->{ 'GENOME' }", $cookie->{ 'ASSEMBLY' }, $cookie->{ 'CONTIG' }, $beg, $end, "$cookie->{ 'STRAND' }\n";
1013     $seq .= Maasha::BGB::Track::dna_get( $cookie );
1014
1015     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "DNA", class => 'center' );
1016     push @html, Maasha::XHTML::pre( txt => $seq );
1017
1018     return wantarray ? @html : \@html;
1019 }
1020
1021
1022 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1023
1024
1025 __END__